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梅貽琦之所以首先創辦原子能研究所，並非一時興起，實則是長期考慮考察的結果。戰後科學界已認識到原子能不僅可以製造駭人聽聞的原子彈，把一個廣島、長崎瞬間從地球上抹掉，令數十萬生靈登上鬼錄，還可能轉變為極其豐富的電能造福於人類。1953年，艾森豪總統在聯合國發表講話，拋出了“原子能和平用途推廣計劃”，目的除了“儘快結束人們思想中對於原子的恐懼”，還可利用這種高效能源創造經濟成果，造福人類。自此之後，一些發達國家爭相開發利用這種能源。1954年和1956年，蘇聯與英國分別建起了核電站，原子能和平利用並為人類造福的成果開始顯現。在這種科學發展趨勢下，一直支持台灣的美國把捐贈原子爐和技術，作為原子能和平用途推廣計劃之一部分與台灣當局合作。從戰爭的創傷與災難中復甦的台灣，急需發展電力以恢復經濟，因而梅貽琦與當局協商，首先設立原子能研究所，以此為依託，逐漸擴大成由三五個所組成的研究院，在此基礎上最後恢復清華大學建制。這一計劃得到了台灣當局認可、批准，並對梅表示了殷切期望，特別允許其在台北陽明山官邸附近劃撥校址。台灣島內許多縣、市領導人聞訊，認為這個倏忽間從天上掉來的金娃娃應該摟在自己懷中，不能讓它溜到別人的地盤亂蹦狂跳。於是，各縣、市長紛紛想方設法找梅貽琦遊說，讓這一計劃在自己管理的一畝三分地落地生根。一時間，輿論紛紛，群情矚目，搞得梅貽琦難以招架。
正在梅為研究所選址事宜大感苦惱，左右為難之時，蟄伏在一間屋子裡眯著有點老花的眼睛密切關注梅貽琦動向的蔣介石，認為自己出面解圍的時機已到，遂發出請柬，邀梅於某日參加自己定期舉行的茶話會。梅按時赴約，原以為有很多官僚政客或學界名流參加，當到達蔣公官邸後，才發現只有自己一人。與蔣對坐喝茶閒談中，梅頓悟對方如此安排，實出於對自己的特別禮遇，意在避免“召見”之意，並藉此彰顯蔣公對此事的重視、謹慎與對梅本人的尊重。交談中，蔣介石告訴梅貽琦不要聽那些巧舌如簧的縣、市長鼓動拉攏，宜於親自環島看看，有自己的主見才是。梅貽琦頗以為然，蔣介石親自指派原清華大學教授、台灣省政府秘書長浦薛鳳陪同一起察看。
南渡北歸：離別（第五章梅貽琦流亡海外之謎）最後的光芒（2）
梅氏一行沿台島縱貫線奔波十天後，考慮到原子爐附近五百尺以內不能有住戶或農工設施等因素，認為新竹縣赤土畸較為適宜，此處地勢開闊且大多是荒地，便於征地和建設，而離台北僅有70多公里路程，來往便利，便於海內外學人交流。經過反覆勘察並與政學兩界人士協商，最終確定該地為復校地址，並報請台灣當局批准。萬事俱備，只欠東風—清華基金利息撥付到位。就在梅貽琦與台灣當局組織的“籌備委員會”人員擬定具體計劃過程中，仍有政客出身的委員以破落戶心態在會議上大放厥詞，繼續聲言把清華基金本利全部調撥台灣，儘量一次性花光花淨，以“洗雪國恥”。據參加討論會的趙賡颺回憶說：這一謬論再度提出後，許多有識之士感到不快，“錢昌祚委員曾發言，大意謂近百年來外患頻仍，國恥甚多，不只庚子一樁，但花盡基金本利，似與雪國恥無何關係云云”。[39]經此一擊，對方自感無趣，只好閉上令人厭惡的嘴巴。又經過幾次反覆商討，最後敲定，購地、建設經費由台灣當局財政撥給，建所與復校後的一切設備、儀器由清華基金利息支付。
1956年1月，在梅貽琦主持下，新竹清華第一批校舍動工興建。這年秋，招收第一班原子科學研究生，暫借台灣大學上課。1957年，新竹首批校舍、辦公樓、教授住宅、職員、學生宿舍完工並投入使用，秋季開始在新校開課，聘陳可忠（南按：清華1920級校友，梅去世後任代校長、校長）為教務長，招考第二屆研究生，並興建物理館及加速器實驗室。1960年，原子爐爐房、原子爐實驗室、核子工程館、同位素實驗室相繼完工。1961年4月，原子爐裝置完成，臨界試車順利。1962年3月，物理館擴建工程完成，化學研究所和應用物理研究所相繼創立。如此快捷的建築速度，被台灣學界稱之為“魔術師般的神速”。[40]自1956年7月始，袁家騮、吳大猷、鄧思黎、錢家騏、陳省身、孫觀漢、傅瑞雪、馬祖聖、徐賢修等海外華人學者，與一大批外籍學者如小谷正雄、李德曼、齋滕一夫、真田順平、布來德等著名人士前往任教，興建中的新竹清華大學呈一時之盛。
1958年7月，台灣國民黨政府“行政院長”俞鴻鈞被迫辭職，陳誠再度以“副總統”、國民黨副總裁身份兼任“行政院”院長。向來與陳誠友善的梅貽琦被邀出任“教育部長”兼原子能委員會主任，梅堅辭不就，但經不住老友陳誠的一再勸說，最終入閣任職。據浦薛鳳回憶說：“梅師卒勉尊政府之命，主持教部。當局深知梅師不願舍離復校甫始之清華，故囑仍任清華校長。就職之日，向部中同仁致辭，勉以多記著‘教育’兩字，而少注意‘部’一字。意即實事求是，避免推宕拖延之官僚習氣。”[41]次年，梅貽琦又兼任台灣“國家長期科學發展委員會”副主席，與主席胡適共同主持制定《國家長期發展科學計劃綱領》。一連串的職銜和一攤子事務，梅貽琦來回奔波，簡食少眠，終於積勞成疾，身體漸趨不支。1960年5月，梅貽琦因腰痛、發熱與肺炎併發症，入住台大醫院特二號病房療治，自此開始了為期兩年與病魔鬥爭的生活。
正在梅為研究所選址事宜大感苦惱，左右為難之時，蟄伏在一間屋子裡眯著有點老花的眼睛密切關注梅貽琦動向的蔣介石，認為自己出面解圍的時機已到，遂發出請柬，邀梅於某日參加自己定期舉行的茶話會。梅按時赴約，原以為有很多官僚政客或學界名流參加，當到達蔣公官邸後，才發現只有自己一人。與蔣對坐喝茶閒談中，梅頓悟對方如此安排，實出於對自己的特別禮遇，意在避免“召見”之意，並藉此彰顯蔣公對此事的重視、謹慎與對梅本人的尊重。交談中，蔣介石告訴梅貽琦不要聽那些巧舌如簧的縣、市長鼓動拉攏，宜於親自環島看看，有自己的主見才是。梅貽琦頗以為然，蔣介石親自指派原清華大學教授、台灣省政府秘書長浦薛鳳陪同一起察看。
南渡北歸：離別（第五章梅貽琦流亡海外之謎）最後的光芒（2）
梅氏一行沿台島縱貫線奔波十天後，考慮到原子爐附近五百尺以內不能有住戶或農工設施等因素，認為新竹縣赤土畸較為適宜，此處地勢開闊且大多是荒地，便於征地和建設，而離台北僅有70多公里路程，來往便利，便於海內外學人交流。經過反覆勘察並與政學兩界人士協商，最終確定該地為復校地址，並報請台灣當局批准。萬事俱備，只欠東風—清華基金利息撥付到位。就在梅貽琦與台灣當局組織的“籌備委員會”人員擬定具體計劃過程中，仍有政客出身的委員以破落戶心態在會議上大放厥詞，繼續聲言把清華基金本利全部調撥台灣，儘量一次性花光花淨，以“洗雪國恥”。據參加討論會的趙賡颺回憶說：這一謬論再度提出後，許多有識之士感到不快，“錢昌祚委員曾發言，大意謂近百年來外患頻仍，國恥甚多，不只庚子一樁，但花盡基金本利，似與雪國恥無何關係云云”。[39]經此一擊，對方自感無趣，只好閉上令人厭惡的嘴巴。又經過幾次反覆商討，最後敲定，購地、建設經費由台灣當局財政撥給，建所與復校後的一切設備、儀器由清華基金利息支付。
1956年1月，在梅貽琦主持下，新竹清華第一批校舍動工興建。這年秋，招收第一班原子科學研究生，暫借台灣大學上課。1957年，新竹首批校舍、辦公樓、教授住宅、職員、學生宿舍完工並投入使用，秋季開始在新校開課，聘陳可忠（南按：清華1920級校友，梅去世後任代校長、校長）為教務長，招考第二屆研究生，並興建物理館及加速器實驗室。1960年，原子爐爐房、原子爐實驗室、核子工程館、同位素實驗室相繼完工。1961年4月，原子爐裝置完成，臨界試車順利。1962年3月，物理館擴建工程完成，化學研究所和應用物理研究所相繼創立。如此快捷的建築速度，被台灣學界稱之為“魔術師般的神速”。[40]自1956年7月始，袁家騮、吳大猷、鄧思黎、錢家騏、陳省身、孫觀漢、傅瑞雪、馬祖聖、徐賢修等海外華人學者，與一大批外籍學者如小谷正雄、李德曼、齋滕一夫、真田順平、布來德等著名人士前往任教，興建中的新竹清華大學呈一時之盛。
1958年7月，台灣國民黨政府“行政院長”俞鴻鈞被迫辭職，陳誠再度以“副總統”、國民黨副總裁身份兼任“行政院”院長。向來與陳誠友善的梅貽琦被邀出任“教育部長”兼原子能委員會主任，梅堅辭不就，但經不住老友陳誠的一再勸說，最終入閣任職。據浦薛鳳回憶說：“梅師卒勉尊政府之命，主持教部。當局深知梅師不願舍離復校甫始之清華，故囑仍任清華校長。就職之日，向部中同仁致辭，勉以多記著‘教育’兩字，而少注意‘部’一字。意即實事求是，避免推宕拖延之官僚習氣。”[41]次年，梅貽琦又兼任台灣“國家長期科學發展委員會”副主席，與主席胡適共同主持制定《國家長期發展科學計劃綱領》。一連串的職銜和一攤子事務，梅貽琦來回奔波，簡食少眠，終於積勞成疾，身體漸趨不支。1960年5月，梅貽琦因腰痛、發熱與肺炎併發症，入住台大醫院特二號病房療治，自此開始了為期兩年與病魔鬥爭的生活。