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隨著19世紀的到來，這兩批猶太人的前景更加不同。在東歐，哥薩克人的大屠殺推動了一個新的教派，哈西德教派的出現，這個教派由於他們的克白拉信仰（Kabbalistic beliefs）和奇特的宗教儀式而受到了正統派的拉比的批評。當大屠殺激起人們對復國救主的渴望時，一個彌賽亞及時出現了，雖然他後來變成了伊斯蘭教徒。對此，他的跟隨者感到惶恐不安。儘管這樣，與一個更加非宗教的歐洲文化的結合是當時的趨勢。在500年間，無論是東歐的猶太人還是西歐的猶太人，全部被大屠殺所吞沒——這使得18世紀的希望變成了一個荒唐
的笑柄。
當猶太人加百利。瑞瑟爾無情地批評這些通過擁護基督教來改善他們的社會地位和穩固他們的職業的德國基督教徒時說：“相信我，仇恨就像死亡天使一樣能發現自己的人，無論他叫什麼名字，它都能認出他來。”
從更廣泛意義上考慮，問題依然存在：在如此不同的社會和歷史軌道上的兩批人如何在一個相對短暫的時間內，共同承擔起一個共同的命運？對於許多歷史學家來說，答案就嵌在對猶太人的偏見和壓迫的歷史中。這個歷史可以追溯到耶穌誕生之前，以“神的選民”的出現為起點。
“反猶太主義”一詞雖然是從1879年才被提出來，但這一詞所指的現象卻早就存在了。一些歷史學家用其他的詞來替換反猶太主義這個詞，比如說對猶太人的厭惡或是簡單的常用的對猶太人的憎恨。歷史學家還將反猶太主義的表現形式追溯到古埃及。公元前3世紀，一個亞歷山大港的名叫摩那索的埃及大主教在摩西率領猶太人出埃及事件發生1000年後，留下了一個不同於那個令人激動的希伯來傳說的新報導，這個報導認為，不像《舊約》《出埃及記》中記載的那樣——猶太人在神的引領下獲得解救。他聲稱，猶太人被驅逐出埃及實際上是因為他們像其他到處遊蕩的衣衫襤褸的移民一樣，他們患有各種各樣的傳染病，包括麻風病。在摩那索看來，這，而不是猶太人那種將自己視為從大眾中分離出來的“神之寵兒”（神的選民？）式的自視清高，才是猶太人避開其他人的根源，正因為如此，埃及人曾經有一次把他們當作賤民驅逐出境！
當猶太人還在識別古典派作家對猶太人的厭惡的不同表達方式時，早期教父對猶太人的鄙視為迫害歐洲的猶太人奠定了思想基礎。雖然耶穌和他的門徒都是猶太人，一些猶太族的權威人士卻為耶穌所受的苦難和折磨以及他的死亡而承受著各種各樣的責難——《新約》里記載，一個腐敗的祭司機構曾故意抵制耶穌的新約，還把他交付給羅馬人。出賣了偉大的耶穌之後，這個民族因此再也不配享受神的恩寵。也因為這個原因，他們的後代將會永遠受到神的懲罰和世人的謾罵，除非他們會為他們的邪惡而悔過或是真心地接受耶穌。基督的審判。貫穿《舊約》，則是一個個被猶太教、基督教和伊斯蘭教共用的神聖經文，經文裡有關於猶太人與其他部族爭端與報應的故事，不僅是猶太人過去的傳奇式生活的記載，也預示著他們將來多舛的命運。
公元4世紀的君士坦丁堡大主教約翰。屈梭多模是最狠毒的早期指控者一員。他聲稱，自摩西時代以來，猶太人就拋棄了他們的信仰。他把猶太教堂描繪成妓院，並把猶太人說成是醉鬼和貪食者。他認為這些背信棄義、好色貪婪、殘忍的猶太人玷污了所有的貞潔，還把自己的孩子燒焦後當作供品獻給惡魔。到5世紀，將猶太人與撒旦視為一體的思想已蘊涵在全歐洲的基督教教義中。這為在中世紀把猶太人當作被驅逐者和褻瀆者對他們進行道德上的詆毀和肉體上的迫害提供了背景。
在中世紀，歸咎於猶太人的聳人聽聞的罪行擴展到：在宗教禮儀中，為達到施魔法和治療的目的而屠殺小孩；褻瀆聖體，當人們還是從字面上理解聖餐麵包和酒會變成耶穌的身體和血液這個信仰時這是一個極可怕的罪行；通過往井裡投毒傳播黑死病。一個早期的針對猶太人的歐洲大屠殺發生在1096年，基督教徒聚集在德國萊茵地區的史派亞小城，組成了第一次十字軍東征，在沃爾姆斯的猶太人得到消息，避難在大主教的邸宅中。拿著武器的攻擊者沖了進去，在把猶太人拖出去之前扒光了他們的衣服。據說，一些人為了不讓孩子受洗禮，親手殺了他們。在兩天多時間內，共有800名猶太人被屠殺，在接下來的幾天中，又有700名猶太人在美因茲死於非命，有謠言說猶太人為了逃避他們的折磨者就互相了結了性命。雖然十字軍東征的表面目的是為了把聖地從異教徒手中解放出來，但他們總是煽動對住在歐洲的猶太人的襲擊。1146年，第二次十字軍東征的消息的傳來引起了對在德國和法國許多小鎮和城市的猶太團體的再次攻擊。12世紀末期，伴隨第三次十字軍東征而來的是對在英格蘭——倫敦、約克郡、斯坦福和林恩的猶太人的大屠殺。形成固定模式的反猶太人的大掠奪，惶恐的受害者不顧一切要逃離的懇求和集體自殺的爆發貫穿了13和14世紀，只要返回耶路撒冷的標語一舉起來，上述的情形就會反覆出現。20世紀末，對猶太人舉行宗教禮儀時的屠殺的歇斯底里的控告越來越加劇，無論天主教會怎樣通過引用聖經中不許殺人和觸摸死屍的禁忌來緩和暴力傾向，集中焚燒猶太人成為人們泄恨的新途徑。當這種恐懼和憎惡達到頂點時，人們要求猶太人穿上特殊的衣服，這樣他們就會即刻被認出：在德國是戴紅黃帽子，在波蘭是戴綠色的尖頂帽子。很多年後，有趣的是，當新一代的當權者不再要求猶太人有所區別時，一些猶太人卻堅持要保留他們外部的令他們與眾不同的標誌。