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早在1788 年，居住在西藏日喀則聶拉木邊境南端的廓爾喀人就開始侵擾西藏邊境。1788 年以後，一個自稱為是廓爾喀國的國王拉特納巴都爾，派兵2000 餘人突然侵入西藏，他的理由是聶拉木邊境的西藏稅務官增加了對廓爾喀商人的稅收數目。很快這支來自喜瑪拉雅南麓的異族人攻占了濟嚨、聶拉木等三個宗，並圍困脅噶宗。
八世達賴喇嘛強白嘉措和駐藏大臣慶麟向乾隆皇帝上奏告急，很快一支由3000 人組成的滿漢部隊踏著高原的冰雪到達了拉薩。然而這支遠道而來的清軍隊伍的首領理藩院侍郎巴忠卻沒有再命令他的軍隊西進，而是只派噶倫丹津班珠爾前往聶拉木議和，秘密答應每年由西藏賠償廓爾喀人元寶三百錠，合銀倆9600 兩，並私下給了對方一張字據，廓爾喀人才心滿意足地離開了他們占領的土地。儘管八世達賴喇嘛和噶廈政府都不同意這樣做，但巴忠和他的另外兩名軍官卻為了將就了事，貪功邀賞，向乾隆報告說已將失地收復，準備凱旋。
一年以後，廓爾喀人拿著那張字據討取賠償來了。達賴喇嘛和噶廈地方政府無意支付。 1791 年7 月，廓爾喀人重新占領了聶拉木和濟嚨宗，抓走了噶倫丹津班珠爾，並一直打到日喀則和札什倫布寺。要不是駐藏大臣保泰在慌忙之中提前把七世班禪移到拉薩，這場災難的後果就不堪設想了。
當時八世達賴喇嘛的弟弟正好在北京，經軍機大臣詢問，才將巴忠等人調停賄和的情況告訴了乾隆皇帝。此時巴忠隨皇帝正在避暑山莊承德。聽到這個消息後，畏罪跳湖自殺。
巴忠雖然死了，但促使這次廓爾喀入侵西藏的真正的幫凶卻是噶舉派噶瑪巴第十世紅帽法王沙瑪爾巴。據藏文史料記載，六世班禪有弟兄三人，一個是當時札什倫布寺的札薩喇嘛仲巴呼圖克圖（活佛），掌管札什倫布寺的政教大權。而另一個就是沙瑪爾巴，法名確珠嘉措。
1777 年，六世班禪由西藏到達青海，第二年又由內蒙到達熱河承德避暑山莊，為乾隆帝70 大壽祝壽，沿途獲得蒙藏僧俗群眾供奉的金銀財寶和牛羊馬匹不可勝數。當六世班撣在北京圓寂後，這些財產都由仲巴活佛運回西藏，除將一部分牛羊馬匹交給札什倫布寺外，其他珍寶全部占為己有。沙瑪爾巴因屬不同教派，沒有得到分文。為此十分憤怒，遂萌發了投靠廓爾喀人的念頭。1784 年，沙瑪爾巴到達加德滿都後，將西藏防務空虛，札什倫布寺財富甚多等情況告訴了廓爾喀王，竭力慫恿他出兵西藏，搶奪札什倫布寺財寶。
1791 年，廓爾喀人直撲札什倫布寺時，事先仲巴活佛已得到消息，攜帶貴重之物棄寺逃之夭夭。這時七世班禪也已移駐拉薩，全寺無首人心慌慌，只好降神占卜，卜曰：十日不可與賊拒戰。於是寺僧四散。
這時駐藏大臣保泰和雅滿泰在驚慌中竟奏乾隆帝要將達賴喇嘛和班禪移到泰寧。清高宗見兩位駐藏大臣竟是無能之輩，如此心慌膽落，一怒之下，將他們革職。1792 年，嘉勇公福康安為大將軍，超勇公海蘭察為參贊大臣，率兵17000 余名收復了所有的失地，廓爾喀人投降，沙瑪爾巴服毒自殺。戰爭結束後，遵照乾隆皇帝的命令查抄了沙瑪爾巴主持的寺院並不准其轉世。
就在這一年，福康安遵照乾隆皇帝的旨意，與達賴喇嘛和班禪兩方面的重要僧俗官員，共同研究，議定了《二十九條欽定章程》，並得到了乾隆帝的批准。就在這個章程的第一條中，乾隆帝提出了金瓶掣籤認定達賴喇嘛、班禪及其他活佛之轉世靈童的制度：
“關於尋找活佛和呼圖克圖的靈童問題，依照藏人例俗，確認靈童必須問卜於四大護法，這樣就難免發生弊端。大皇帝為求黃教得到興隆，特賜一金瓶，今後遇到尋認靈童時，邀集四大護法，將靈童的名字及出生年月，用滿、漢、藏三種文字寫於簽牌上，放進瓶內，選派真正有學問的活佛，祈禱七日，然後由各呼圖克圖和駐藏大臣在大昭寺釋迦牟尼佛像前正式確認，假如找到的靈童僅只一名，亦須將一個有靈童名字的簽牌，和一個沒有名字的簽牌，共同放進瓶內，假若抽出沒有名字的簽牌，就不能認定已尋得的兒童，而要另外尋找。達賴喇嘛和班禪額爾德尼像父子一樣，認定他們的靈童時，亦須將他們的名字用滿、漢、藏三種文字寫在簽牌上，同樣進行，這些都是大皇帝為了黃教的興隆，和不使護法弄假作弊。這個金瓶常放在宗喀巴佛像前，需要保護淨法，並進行供養。”
根據一些學者的研究，乾隆皇帝當時之所以要這樣做，其原因主要是看到六世班禪、札什倫布寺的札薩喇嘛仲巴呼圖克圖、噶舉派噶瑪巴第十世紅帽活佛沙瑪爾巴都出自一家，而且都是通過“降神問卜”尋訪認定的，其中必有串通作弊的事情，所以才制定了金瓶掣籤制度。
據漢文史料記載， 1792 年，乾隆皇帝諭軍機大臣：“..向來藏內出呼畢勒罕（轉世靈童），俱令拉穆吹忠降神附體，指明地方，人家尋訪，其所指呼畢勒罕不止一人，找尋之人各將所出呼畢勒罕生年及伊父母姓名一一記明，復令拉穆吹忠降神禱問，指定真呼畢勒罕，積習相沿，由來已久。朕思其事，近乎荒唐，不足憑信。拉穆吹忠往往受人囑託，假託神言任意妄指，而藏中人等因其事涉神異，多為所愚，殊屬可笑。此等拉穆吹忠即系內地巫師，多以邪術惑人耳目。而拉穆吹忠降神時，舞刀自扎，身體無害，是以人皆信之。此等幻術，原屬常有。但即使其法果真，在佛教中已最下乘。若使虛假，則更不值一噱。其妄誕不經，豈可仍前信奉？福康安等現在整飭藏務，正應趁此破其積弊，莫若在藏即令拉穆吹忠各將其法試演，如用刀自扎等項果能有驗，則藏中相沿日久，亦姑聽之。若福康安親加面試，其法不靈，即當將吹忠降神荒唐不可信之處對眾曉諭，俾僧俗人等共知其妄，勿為所愚。嗣後出呼畢勒罕，竟可禁止吹忠降神，將所生年月相仿數人之名，專用金奔巴瓶，令達賴喇嘛掣籤指定，以昭公允”。
八世達賴喇嘛強白嘉措和駐藏大臣慶麟向乾隆皇帝上奏告急，很快一支由3000 人組成的滿漢部隊踏著高原的冰雪到達了拉薩。然而這支遠道而來的清軍隊伍的首領理藩院侍郎巴忠卻沒有再命令他的軍隊西進，而是只派噶倫丹津班珠爾前往聶拉木議和，秘密答應每年由西藏賠償廓爾喀人元寶三百錠，合銀倆9600 兩，並私下給了對方一張字據，廓爾喀人才心滿意足地離開了他們占領的土地。儘管八世達賴喇嘛和噶廈政府都不同意這樣做，但巴忠和他的另外兩名軍官卻為了將就了事，貪功邀賞，向乾隆報告說已將失地收復，準備凱旋。
一年以後，廓爾喀人拿著那張字據討取賠償來了。達賴喇嘛和噶廈地方政府無意支付。 1791 年7 月，廓爾喀人重新占領了聶拉木和濟嚨宗，抓走了噶倫丹津班珠爾，並一直打到日喀則和札什倫布寺。要不是駐藏大臣保泰在慌忙之中提前把七世班禪移到拉薩，這場災難的後果就不堪設想了。
當時八世達賴喇嘛的弟弟正好在北京，經軍機大臣詢問，才將巴忠等人調停賄和的情況告訴了乾隆皇帝。此時巴忠隨皇帝正在避暑山莊承德。聽到這個消息後，畏罪跳湖自殺。
巴忠雖然死了，但促使這次廓爾喀入侵西藏的真正的幫凶卻是噶舉派噶瑪巴第十世紅帽法王沙瑪爾巴。據藏文史料記載，六世班禪有弟兄三人，一個是當時札什倫布寺的札薩喇嘛仲巴呼圖克圖（活佛），掌管札什倫布寺的政教大權。而另一個就是沙瑪爾巴，法名確珠嘉措。
1777 年，六世班禪由西藏到達青海，第二年又由內蒙到達熱河承德避暑山莊，為乾隆帝70 大壽祝壽，沿途獲得蒙藏僧俗群眾供奉的金銀財寶和牛羊馬匹不可勝數。當六世班撣在北京圓寂後，這些財產都由仲巴活佛運回西藏，除將一部分牛羊馬匹交給札什倫布寺外，其他珍寶全部占為己有。沙瑪爾巴因屬不同教派，沒有得到分文。為此十分憤怒，遂萌發了投靠廓爾喀人的念頭。1784 年，沙瑪爾巴到達加德滿都後，將西藏防務空虛，札什倫布寺財富甚多等情況告訴了廓爾喀王，竭力慫恿他出兵西藏，搶奪札什倫布寺財寶。
1791 年，廓爾喀人直撲札什倫布寺時，事先仲巴活佛已得到消息，攜帶貴重之物棄寺逃之夭夭。這時七世班禪也已移駐拉薩，全寺無首人心慌慌，只好降神占卜，卜曰：十日不可與賊拒戰。於是寺僧四散。
這時駐藏大臣保泰和雅滿泰在驚慌中竟奏乾隆帝要將達賴喇嘛和班禪移到泰寧。清高宗見兩位駐藏大臣竟是無能之輩，如此心慌膽落，一怒之下，將他們革職。1792 年，嘉勇公福康安為大將軍，超勇公海蘭察為參贊大臣，率兵17000 余名收復了所有的失地，廓爾喀人投降，沙瑪爾巴服毒自殺。戰爭結束後，遵照乾隆皇帝的命令查抄了沙瑪爾巴主持的寺院並不准其轉世。
就在這一年，福康安遵照乾隆皇帝的旨意，與達賴喇嘛和班禪兩方面的重要僧俗官員，共同研究，議定了《二十九條欽定章程》，並得到了乾隆帝的批准。就在這個章程的第一條中，乾隆帝提出了金瓶掣籤認定達賴喇嘛、班禪及其他活佛之轉世靈童的制度：
“關於尋找活佛和呼圖克圖的靈童問題，依照藏人例俗，確認靈童必須問卜於四大護法，這樣就難免發生弊端。大皇帝為求黃教得到興隆，特賜一金瓶，今後遇到尋認靈童時，邀集四大護法，將靈童的名字及出生年月，用滿、漢、藏三種文字寫於簽牌上，放進瓶內，選派真正有學問的活佛，祈禱七日，然後由各呼圖克圖和駐藏大臣在大昭寺釋迦牟尼佛像前正式確認，假如找到的靈童僅只一名，亦須將一個有靈童名字的簽牌，和一個沒有名字的簽牌，共同放進瓶內，假若抽出沒有名字的簽牌，就不能認定已尋得的兒童，而要另外尋找。達賴喇嘛和班禪額爾德尼像父子一樣，認定他們的靈童時，亦須將他們的名字用滿、漢、藏三種文字寫在簽牌上，同樣進行，這些都是大皇帝為了黃教的興隆，和不使護法弄假作弊。這個金瓶常放在宗喀巴佛像前，需要保護淨法，並進行供養。”
根據一些學者的研究，乾隆皇帝當時之所以要這樣做，其原因主要是看到六世班禪、札什倫布寺的札薩喇嘛仲巴呼圖克圖、噶舉派噶瑪巴第十世紅帽活佛沙瑪爾巴都出自一家，而且都是通過“降神問卜”尋訪認定的，其中必有串通作弊的事情，所以才制定了金瓶掣籤制度。
據漢文史料記載， 1792 年，乾隆皇帝諭軍機大臣：“..向來藏內出呼畢勒罕（轉世靈童），俱令拉穆吹忠降神附體，指明地方，人家尋訪，其所指呼畢勒罕不止一人，找尋之人各將所出呼畢勒罕生年及伊父母姓名一一記明，復令拉穆吹忠降神禱問，指定真呼畢勒罕，積習相沿，由來已久。朕思其事，近乎荒唐，不足憑信。拉穆吹忠往往受人囑託，假託神言任意妄指，而藏中人等因其事涉神異，多為所愚，殊屬可笑。此等拉穆吹忠即系內地巫師，多以邪術惑人耳目。而拉穆吹忠降神時，舞刀自扎，身體無害，是以人皆信之。此等幻術，原屬常有。但即使其法果真，在佛教中已最下乘。若使虛假，則更不值一噱。其妄誕不經，豈可仍前信奉？福康安等現在整飭藏務，正應趁此破其積弊，莫若在藏即令拉穆吹忠各將其法試演，如用刀自扎等項果能有驗，則藏中相沿日久，亦姑聽之。若福康安親加面試，其法不靈，即當將吹忠降神荒唐不可信之處對眾曉諭，俾僧俗人等共知其妄，勿為所愚。嗣後出呼畢勒罕，竟可禁止吹忠降神，將所生年月相仿數人之名，專用金奔巴瓶，令達賴喇嘛掣籤指定，以昭公允”。