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據《章嘉國師若必多吉傳》記載， 1723 年，青海首領丹津親王反叛清朝，年羹堯和岳鍾琪率部平定青海蒙古。當時有色科寺的色欽然絳巴等人協助蒙古軍隊，致使清朝雍正皇帝下令懲治色科寺，隨後其惡運累及佑寧寺等眾多大小無辜寺院。此時是雍正帝即位的第二年。以前，雍正帝曾從二世章嘉活佛阿旺羅桑卻丹聽受過佛法。作為祈願即位執政的因緣，他曾賜給章嘉活佛一副珍奇的座具。後來他果然夙願實現，由此對章嘉活佛極為崇拜信服。這時雍正皇帝突然想到章嘉活佛的轉世靈童正處在兵荒馬亂之地，大為不安，立刻諭令年羹堯和岳鍾琪兩將軍，朕之上師章嘉大國師之轉世尚在彼處，應火速送來京師，不得有分毫傷害。
青海兵亂時，三世章嘉靈童被喇嘛們藏到了離佑寧寺有兩日路程的山窪里。這裡森林稠密，無邊無際，山崖與激流相接，地勢極為險峻。此處一座叫恰斯的山頂上，暗藏有一石洞，小靈童就躲在這裡。另有兩名隨從守護在身旁。為了不被人發現，他們白天不敢做飯，只有到深夜才匆匆燒水煮飯，兩位隨從整天提心吊擔，而小靈童卻毫不在意：“我們不必這樣藏起來，還是到一個寬闊的地方坐下來，舒舒服服地吃一頓飯。”
年羹堯和岳鍾琪得到聖令後，下令15 歲以下兒童一律不准傷害，並勒令小靈童藏身的附近部落和寺院交出靈童，否則將村落寺院夷為平地。在此關頭，佑寧寺只得派管家前去迎接小章嘉佛。
管家來到恰斯山的前一個晚上，小章嘉佛夢見一個人對他說：“明天有人來接您，還是大膽地跟他們回去好。”翌日，他給侍從們說後，堅巴古仁巴不高興地說：“依您的夢看，我們還是把頭送去為好。”小靈童爬到一面山崖上往遠處眺望，突然，他看見幾匹馬從遠處奔來。小靈童高興地把這個消息告訴了侍從。堅巴古仁巴說：“象您夢見的那樣，取我們頭的人來了。”說完倒地大哭。
轉眼間，這群人馬來到了洞裡，堅巴古仁巴破涕為笑。管家來到靈童跟前說道：“現在不但隱藏不住，若不馬上回去，地方和寺院還要遭殃，最後還是得回去。”章嘉靈童說：“我看回去不會有大難，就是遇到災難，也只是我一個人，沒有什麼可後悔的。我若不去，為我一人累及無數生命，卻典塘寺也將搗毀，最後我也保不住，還是馬上回去為好。”眾侍從和喇嘛既敬仰又悲傷，泣不成聲。其後，兩三個侍從輪流背著小靈童，沿著崎嶇山路來到一個比較開闊的峽谷時，佑寧寺的人早已在那裡支起帳房，等候小活佛的到來。
三天以後，章嘉靈童一行來到了清軍的軍營附近。章嘉拉章的管家巴燕昂索哀叫道：“現在小活佛被迫去軍營，僧人中若有願隨行服侍者太好了。這是去赴殺場，如果答應也難勉強..”阿則曲傑說：“我從靈童4 歲就跟隨到現在，在此緊要關頭，不忍相棄，死則同死，生則同生，沒有什麼不能去的”。於是主僕共11 人來到營房前。
士兵將其他9 位僧人擋在帳外，只讓阿則曲傑領著小靈童去參見岳鍾琪將軍。士兵們讓小活佛跪在地上，岳將軍高聲喝問：“活佛，你是章嘉呼圖克圖的轉世嗎？”小靈童答道：“神佛和可信賴的上師們說我是章嘉活佛的轉世，所以居於此位。”將軍又問：“你的前輩極受大皇帝的眷顧，賜給無數賞賜，你為何要反叛大皇帝？”靈童說：“凡有心腸之人，誰會控告一個8 歲小孩會反叛大皇帝？”岳將軍看了看其他將軍，微微一笑，說：“你既然沒有反叛，為何不呆在自己的住處，卻逃匿到深山者林？”小靈童說：“誰不愛惜生命，聽說來了一支殺人的大軍，感到害怕就逃走了。”那些軍官們聽了此話，都忍不住笑出聲來。
當小靈童一行被岳鍾琪帶到西寧後，年羹堯宣示了雍正皇帝的諭旨，佑寧寺的喇嘛們才放下心來。到西寧不久，小靈童得了天花病。這以前阿則曲傑曾對小章嘉靈童說過，“漢地的城市容易染上天花，早晚要念誦葉衣佛母咒和各種佛母的咒語。”小靈童卻說：“何必費力去念咒！我今生大概要在漢地度過，這次要是出了天花，從此就放心了，難道不好嗎？”小靈童的這些話，實際上是預示了他今後一生的道路。從歷史記載看，三世章嘉活佛一生的大多數時間確實都是在北京度過的。
章嘉靈童到達北京後，當時的掌印喇嘛土觀活佛派管家遠道相迎，北京的僧侶等各方代表也親往或派人前來迎接。據記載，當章嘉靈童離開西寧的奏章呈給雍正皇帝時，他對土觀活佛說：“章嘉轉世靈童到北京後，暫居你處，待學會禮儀，朕再召見。”當時土觀活佛是北京的掌印喇嘛，極受清帝寵信，政教地位都很顯赫。但是，二世章嘉活佛曾是土觀活佛的恩師，所以轉世靈童前往旃檀覺臥寺（弘仁寺）的土觀拉章佛殿時，土觀活佛親自到寺院大門迎接。兩人相見，猶如多年離散的母子相見，十分興奮。
在這裡，土觀活佛每日教給他覲見皇上時，如何以敬語稱呼，甚至如何站跪，如何邁步等禮儀。一日，雍正皇帝傳諭將駕臨旃檀覺臥寺，屆時要召見章嘉靈童。章嘉小活佛站在佛殿院外的僧眾隊伍前頭，當皇帝駕臨時，章嘉活佛便跪在地上，呈獻一尊無量壽佛銅像和一條長哈達。皇帝下轎，拉著小靈童的手扶他起來，說：“活佛先進屋！”章嘉靈童又跪下，熟練地按照禮儀說：“請大皇帝先進！”雍正皇帝將小靈童抱在懷裡走進房內，讓章嘉活佛坐到座墊的中間，皇帝自己坐在座墊邊上，拉著靈童的手，想起二世章嘉活佛，不覺流下了眼淚，一時說不出話來。此後，雍正帝把年羹堯召到眼前，說：你將青海、蒙古全部收歸治下，朕並不怎麼高興，■你把朕之喇嘛的真正轉世靈童延請至京，與朕會面，卻使朕高興之至。以後雍正帝還下令，這位小活佛享受前世章嘉活佛一切尊貴的生活待遇，可按前輩所授封賜乘皇帝御用的黃幛馬車，坐黃龍金座。從此，章嘉靈童開始了他一生的京城生活。
青海兵亂時，三世章嘉靈童被喇嘛們藏到了離佑寧寺有兩日路程的山窪里。這裡森林稠密，無邊無際，山崖與激流相接，地勢極為險峻。此處一座叫恰斯的山頂上，暗藏有一石洞，小靈童就躲在這裡。另有兩名隨從守護在身旁。為了不被人發現，他們白天不敢做飯，只有到深夜才匆匆燒水煮飯，兩位隨從整天提心吊擔，而小靈童卻毫不在意：“我們不必這樣藏起來，還是到一個寬闊的地方坐下來，舒舒服服地吃一頓飯。”
年羹堯和岳鍾琪得到聖令後，下令15 歲以下兒童一律不准傷害，並勒令小靈童藏身的附近部落和寺院交出靈童，否則將村落寺院夷為平地。在此關頭，佑寧寺只得派管家前去迎接小章嘉佛。
管家來到恰斯山的前一個晚上，小章嘉佛夢見一個人對他說：“明天有人來接您，還是大膽地跟他們回去好。”翌日，他給侍從們說後，堅巴古仁巴不高興地說：“依您的夢看，我們還是把頭送去為好。”小靈童爬到一面山崖上往遠處眺望，突然，他看見幾匹馬從遠處奔來。小靈童高興地把這個消息告訴了侍從。堅巴古仁巴說：“象您夢見的那樣，取我們頭的人來了。”說完倒地大哭。
轉眼間，這群人馬來到了洞裡，堅巴古仁巴破涕為笑。管家來到靈童跟前說道：“現在不但隱藏不住，若不馬上回去，地方和寺院還要遭殃，最後還是得回去。”章嘉靈童說：“我看回去不會有大難，就是遇到災難，也只是我一個人，沒有什麼可後悔的。我若不去，為我一人累及無數生命，卻典塘寺也將搗毀，最後我也保不住，還是馬上回去為好。”眾侍從和喇嘛既敬仰又悲傷，泣不成聲。其後，兩三個侍從輪流背著小靈童，沿著崎嶇山路來到一個比較開闊的峽谷時，佑寧寺的人早已在那裡支起帳房，等候小活佛的到來。
三天以後，章嘉靈童一行來到了清軍的軍營附近。章嘉拉章的管家巴燕昂索哀叫道：“現在小活佛被迫去軍營，僧人中若有願隨行服侍者太好了。這是去赴殺場，如果答應也難勉強..”阿則曲傑說：“我從靈童4 歲就跟隨到現在，在此緊要關頭，不忍相棄，死則同死，生則同生，沒有什麼不能去的”。於是主僕共11 人來到營房前。
士兵將其他9 位僧人擋在帳外，只讓阿則曲傑領著小靈童去參見岳鍾琪將軍。士兵們讓小活佛跪在地上，岳將軍高聲喝問：“活佛，你是章嘉呼圖克圖的轉世嗎？”小靈童答道：“神佛和可信賴的上師們說我是章嘉活佛的轉世，所以居於此位。”將軍又問：“你的前輩極受大皇帝的眷顧，賜給無數賞賜，你為何要反叛大皇帝？”靈童說：“凡有心腸之人，誰會控告一個8 歲小孩會反叛大皇帝？”岳將軍看了看其他將軍，微微一笑，說：“你既然沒有反叛，為何不呆在自己的住處，卻逃匿到深山者林？”小靈童說：“誰不愛惜生命，聽說來了一支殺人的大軍，感到害怕就逃走了。”那些軍官們聽了此話，都忍不住笑出聲來。
當小靈童一行被岳鍾琪帶到西寧後，年羹堯宣示了雍正皇帝的諭旨，佑寧寺的喇嘛們才放下心來。到西寧不久，小靈童得了天花病。這以前阿則曲傑曾對小章嘉靈童說過，“漢地的城市容易染上天花，早晚要念誦葉衣佛母咒和各種佛母的咒語。”小靈童卻說：“何必費力去念咒！我今生大概要在漢地度過，這次要是出了天花，從此就放心了，難道不好嗎？”小靈童的這些話，實際上是預示了他今後一生的道路。從歷史記載看，三世章嘉活佛一生的大多數時間確實都是在北京度過的。
章嘉靈童到達北京後，當時的掌印喇嘛土觀活佛派管家遠道相迎，北京的僧侶等各方代表也親往或派人前來迎接。據記載，當章嘉靈童離開西寧的奏章呈給雍正皇帝時，他對土觀活佛說：“章嘉轉世靈童到北京後，暫居你處，待學會禮儀，朕再召見。”當時土觀活佛是北京的掌印喇嘛，極受清帝寵信，政教地位都很顯赫。但是，二世章嘉活佛曾是土觀活佛的恩師，所以轉世靈童前往旃檀覺臥寺（弘仁寺）的土觀拉章佛殿時，土觀活佛親自到寺院大門迎接。兩人相見，猶如多年離散的母子相見，十分興奮。
在這裡，土觀活佛每日教給他覲見皇上時，如何以敬語稱呼，甚至如何站跪，如何邁步等禮儀。一日，雍正皇帝傳諭將駕臨旃檀覺臥寺，屆時要召見章嘉靈童。章嘉小活佛站在佛殿院外的僧眾隊伍前頭，當皇帝駕臨時，章嘉活佛便跪在地上，呈獻一尊無量壽佛銅像和一條長哈達。皇帝下轎，拉著小靈童的手扶他起來，說：“活佛先進屋！”章嘉靈童又跪下，熟練地按照禮儀說：“請大皇帝先進！”雍正皇帝將小靈童抱在懷裡走進房內，讓章嘉活佛坐到座墊的中間，皇帝自己坐在座墊邊上，拉著靈童的手，想起二世章嘉活佛，不覺流下了眼淚，一時說不出話來。此後，雍正帝把年羹堯召到眼前，說：你將青海、蒙古全部收歸治下，朕並不怎麼高興，■你把朕之喇嘛的真正轉世靈童延請至京，與朕會面，卻使朕高興之至。以後雍正帝還下令，這位小活佛享受前世章嘉活佛一切尊貴的生活待遇，可按前輩所授封賜乘皇帝御用的黃幛馬車，坐黃龍金座。從此，章嘉靈童開始了他一生的京城生活。