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鐵嶺之敗，對於林丹汗來說，還可算是勝敗兵家常事，但對於內喀爾喀聯盟來說卻是極大的打擊。此時，盟主卓里克圖洪巴圖魯年事已高，聯盟的主要事務，都是由年富力強的宰賽來承當，其人已經成為實際上的盟主和未來盟主的繼任者。他的被俘，內喀爾喀聯盟驚懼不已，一時不知所措。
努爾哈赤掌握了宰賽父子，也就捏住了內喀爾喀聯盟的要害，他們不得不在是年十月遣使求和，要求與努爾哈赤會盟。十一月，內喀爾喀五部所有有實力的首領以卓里克圖洪巴圖魯為首與努爾哈赤舉行了會盟大會，相約一同針對明朝作戰。
通過這次會盟，內喀爾喀聯盟秉承林丹汗的意志抵抗女真人的情勢，被一朝消解。
天啟初年，努爾哈赤攻克遼東重鎮瀋陽，然後僅留少量部隊留守，其餘大軍一鼓作氣連下70餘城。林丹汗見大金後方空虛，便率軍兵臨瀋陽城下，試圖解救被拘押的宰賽，但結果卻被八旗少量的留守部隊擊潰，林丹汗敗退。
內喀爾喀聯盟見武力解決無望，只得用上萬頭牲畜的贖金贖回了宰賽，而這毫無疑問，對林丹汗的聲望又是一次重大打擊。
為了挽回漸漸失去的人望，天啟二年，領軍至山海關協助明軍牽制女真人的攻勢，可這一次又失敗了，明朝重鎮廣寧被努爾哈赤攻陷，林丹汗從此喪失了最重要的貿易基地。
一連串的失敗，兵員、物資以及最重要的聲望都損失慘重，這將他當初改信紅教造成的負面影響無限地放大了，其中一個最能說明問題的直接後果就是當敗退山海關之後，原本就反對信仰紅教的重臣，管理左翼三萬戶的特命大臣錫爾呼納克杜棱，率領所屬烏齊葉特部與明安諤勒哲依圖台吉所屬烏嚕特部共三千多戶，投奔遼陽城，歸順了努爾哈赤。
經過這一連串的打擊，此後，林丹巴圖爾開始變了，他的變化又同崇禎的變化極為類似。經過一連串的挫折之後，他們都由原本的極度自信一轉變得沒有了起碼的自信，而人一旦失去起碼的自信也就意味著失去了起碼的判斷力。
看到林丹汗已經有了眾叛親離的苗頭，天啟三年，努爾哈赤開始了對於林丹汗的反擊，他單方面要求內喀爾喀聯盟改變盟約條款，將共同針對明朝改為針對林丹汗。
在內喀爾喀聯盟內部，宰賽最有實力，但在上次被俘之後，他已經臣服了努爾哈赤，不敢反對。而盟主卓里克圖洪巴圖魯雖年邁體衰，倒不失草原英雄的本色，斷然拒絕。努爾哈赤殺雞儆猴，四月，他出兵攻打喀爾喀聯盟中持反對意見最堅決的扎魯特部首領昂安。昂安猝不及防，本人及兒子戰死，所部屬民和牲畜全被女真人虜獲。
卓里克圖洪巴圖魯面對公然侵略再不願忍受，相約林丹汗一同討伐後金。但是，此時的林丹汗已經沒了自信，也就沒有了正確的判斷力，他不願再冒險面對八旗大軍，而把注意力都集中在了整合內部上。
其實，在錫爾呼納克杜棱投奔努爾哈赤後，察哈爾八大營中信奉黃教的烏珠穆沁部貴族多爾濟、塞棱，蘇尼特部貴族素塞巴圖嚕、浩齊特部貴族策凌伊爾登、阿巴噶部貴族都思噶爾各率所部離開，投奔了篤信黃教的漠北喀爾喀。這時，林丹汗面對的內部形勢雖然異常嚴峻，急需整頓內部，但他仍然無論如何也不該拒絕卓里克圖洪巴圖魯共抗八旗大軍的邀約，這是戰略上的自殺行為。
整頓內部，安內，林丹汗的第一目標便是死心塌地歸附努爾哈赤的科爾沁。
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一百二十六章 洗腦
一個大帝國的最終崩潰，大量內奸的努力功不可沒，如果說明帝國的崩潰和大量漢奸的努力是分不開的話，那北元蒙古的覆亡，也得益於眾多蒙奸與女真人的精誠合作。
科爾沁部首領奧巴，便是蒙奸的代表人物。
在與大金聯姻的蒙古各部中，科爾沁較為特殊，其他人都可說是自保的權宜之計，而他卻是自覺自愿地背叛了自己的民族。
天啟四年，奧巴覺得聯姻還不過癮，乾脆和努爾哈赤舉行了會盟，將矛頭直指蒙古共主林丹汗。
而這，標誌著科爾沁部完全與林丹汗決裂，脫離了蒙古陣營。
如果不剪除內奸，安內是無從談起的。林丹汗厲兵秣馬，決定武力解決科爾沁，但作為共主，林丹汗還是做了最後的和平努力。天啟五年四月，林丹汗派卓爾濟喇嘛前往科爾沁，與奧巴談判，希望科爾沁能夠回頭，但結果不歡而散。
十一月，林丹汗開始組織東征，調主力山陰察哈爾和山南察哈爾兩路並舉，計劃在十一日會合，十五日出征，同時，向喀爾喀聯盟發出命令要求他們參戰。
然而，林丹汗東征科爾沁的計劃，卻讓內喀爾喀聯盟盟主卓里克圖洪巴圖魯感到了不安。他完全清楚，如果林丹汗徹底控制了科爾沁，必然實力大增，那時，自己就不再是有條件的服從而是要令行禁止不得違抗了。但要公然幫助科爾沁這個蒙古的叛徒，又說不過去，於是，這個糊塗的老人開始了暗箱操作。
當林丹汗正在集合兵馬的時候，部隊何時會合，何時出征，走哪條路線，主攻方向是哪裡等等軍事情報，全都通過卓里克圖洪巴圖魯傳到了奧巴的耳朵里。
如此一來，接下來的結果也就可想而知，林丹汗這次的軍事行動功敗垂成。