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咸豐八年（１８５８）戊午科順天鄉試，大學士柏為正主考，戶部尚書朱鳳標、左副都御史程廷桂為副主考。發榜後，有滿洲平齡中式第七名。這個平齡素嫻曲調，曾玩票登台演戲。為此引起物議紛紛，說戲子亦會中高魁？御史孟傳金上奏劾平齡試卷朱墨不符，請特行覆試。咸豐下諭派載垣、端華等查辦，不准稍涉徇護。果然，磨勘官復勘平齡試卷，發現草稿不全，詩文內誤字疵謬太甚。同時還順帶發現應議之卷的人達五十名之多。柏先行革職，朱鳳標、程庭桂解任。之後，又在平齡案內審出兵部主事李鶴齡代刑部主事羅鴻繹勾通關節，囑買同考官編修浦安，更改試卷，並托柏家人關說柏等情節。輿論為之譁然。九月十三日，咸豐下旨：“科場為掄才大典，交通舞弊定例甚嚴。不意柏身任大學士，在內廷行走有年，曾任內務府大臣、軍機大臣，且系科甲出身，豈不知科場定例，竟以家人求情，輒敢撤換試卷，既有成憲可循，就所供情節詳加審核，法難寬宥，言念及此，不禁垂淚。柏著照王大臣所擬即行處斬，派肅順、趙光前赴市曹監視行刑。已革編修浦安、已革舉人羅鴻繹、已革主事李鶴齡，著照例斬決以昭炯戒。副考官戶部尚書朱鳳標於柏撤換試卷，闈中並未查訊，出場後又不即行參奏，照例知情徇隱即應治罪，即止於失察亦應研訊，惟閱其供詞，尚無知情情弊，著從寬革職。”於是載垣等再會審程庭桂收受關節案。兩案歸併，涉及朝野上百人，釀成大案。
由於賄賂風行，還給一些不法之徒創造了機會。乾隆七年（１７４２），江西巡撫陳宏謀奏云：“江西積棍每年尾隨學臣按試各郡，假冒學臣親戚內幕，哄騙士民營求入學，講定謝儀若干，一同包封，仍存士民之手，俟案出有名，方來取銀，營求之人見其先不取銀，以為有益無損，遂將銀兩會付尹包封畫押，棍徒預用錢文假作銀封，臨時同夥設計掩飾調換，攜銀潛逃，名曰調包。迨至案出無名，士子啟視銀封，方知墮計，而棍徒早已遠 。被騙者既不敢鳴官以取累，又不敢告人以貽羞，遂致此風各處多有，不能杜絕。”
童試、鄉試畢竟涉及社會面廣，透明度高些，容易引起社會輿論的關注與監督。然進入會試，尤其殿試階段，官方的暗箱操作則更具隱蔽性。左右金榜上考生名次的因素很多，比如“閱卷大臣”。順治二年（１６４５）規定：殿試後，“各官所閱試卷，粘貼浮簽，止書次第，不必書各官姓名。”其“各擬首卷，密封進覽。”十五年（１６５８）又定，讀卷官由部院堂官中開列，“恭請欽點十四名”。乾隆二十五年（１７６０）鑑於“每科試策，不過二百餘卷，舊例讀卷十四人，不免過多。”從此，八名進士出身的朝臣任讀卷官成為定製。殿試的閱卷大臣都是由皇帝欽點的內閣及各部院執行長，雖然名義上是“公同閱定”，實際不然。大約從乾隆以後，閱卷官們在擬定金榜考生名次上形成了這麼一個規矩：依照閱卷大臣自身的地位與資歷的排隊狀況最終決定進士在金榜上名次。中國第一歷史檔案館現藏有一份光緒二十年（１８９２）金榜，榜上殿試狀元為張謇。然而有誰知這個狀元的得到還有個背景故事。當時張謇殿試考得並不理想，收卷官黃思永是他的同鄉朋友，接到卷子後展開看，發現有一處空白，想必張謇挖補修改後忘記填寫上，黃於是取出隨身筆墨替他填上，另外還改了一處錯。等到閱卷大臣評定排名次時，張謇的老鄉翁同極力提攜。當時翁同在八個閱卷大臣中資歷與地位只排第四，但他自恃是光緒皇帝的老師，又暗中運動另外幾個閱卷大臣，最後還是將張謇拔為狀元。
在金榜排名的問題上，皇上也是最終拍板的關鍵人物。通常情況下，金榜前十名（頭甲三名及二甲的前七名）的名次要由皇帝最後決定。據史載，乾隆二十六年（１７６１）辛巳科殿試閱卷大臣推選江蘇陽湖人趙翼第一，第二為浙江仁和人胡高望，第三為陝西韓城人王傑。乾隆說：“趙翼文自佳，然江浙多狀元，無足異。陝西則本朝尚未有，即與一狀元，亦不為過耳。”於是便授意將趙翼從頭名狀元調為第三名探花，而陝西的王傑當上了狀元。清末發生的慈禧太后欽點劉春霖狀元一事，則更具鬧劇色彩。光緒三十年（１９０４）清廷舉行了歷史上最後一屆殿試，當時八位閱卷大臣擬定的金榜排名單為：一甲一名朱汝春，一甲二名劉春霖，一甲三名商衍鎏……。頭十名的名單遞到慈禧手中，當看到第一名朱汝珍的名字時，她就開始皺眉頭。“朱”姓與廣東籍貫，讓她聯想起了太天天國的洪秀全，戊戌變法的康有為、梁啓超及革命黨人孫中山等。加上她害死過珍妃，對“珍”字也過敏。再看第二名劉春霖，首先籍貫就好，“直隸（河北）隸寧”，當時天下大亂，正該“肅寧”一下，名字也吉利，當時正值大旱，誰不盼著下點“春霖”？另外，劉春霖這人書法不錯，曾受人之託，為慈禧抄過《金剛經》之類的作品。於是慈禧便將劉春霖點為狀元，朱汝珍只好屈居第二。
光緒三十一年（１９０４），在中國延續了千年的科舉制度走到了盡頭。這年八月，在朝野一片呼聲中，光緒皇帝下旨：“著即自丙午科為始，所有鄉會試，一律停止，各省歲科考試，亦即停止。”