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但是關於項羽發掘秦始皇陵墓，還有著其他不同的說法，有幾種說法流傳的比較廣。
一個故事是說公元前206年，項羽入關後，命英布去盜秦始皇墓。當英布率眾把地下皇城大門打開時，裡面突然射出無數箭矢來，亂箭如雨，當場就射死了許多沒有任何防備的士兵。箭雨之後隨之而來的是從墓中飛的出無數怪鳥，這些怪鳥見人就啄，有不少士兵傷於鳥嘴之下。被嚇得三魂沒有七魄的士兵四散逃去，哪知道又被墓中衝出的怪獸追擊，死傷無數。驚呆了的英布不敢進門，急忙派人向項羽報告。項羽一聽大怒，親自率士兵沖入墓門。至墓內，項羽定晴一看，立刻被眼前的景象所震驚。只見裡面星光燦爛，山巒起伏，草木青翠，這不是函谷關嗎?項羽帶兵往前衝擊，這時又是一陣亂箭飛出，由於士兵傷得太多，項羽無奈之下，只好率兵退出秦始皇陵。
另一個故事說，項羽把秦朝滅掉以後，特派十萬精兵挖掘秦始皇陵墓。士兵選在陵墓南面和西北面尋挖掘陵墓的穴道，挖了半月有餘，也沒有一絲的線索。項羽聽說後，就趕到了現場，親自督促士兵，可是仍沒有結果。正在猶豫之時，忽然從西北方向走來一個鶴髮童顏的老人。老人對項羽說：“你不該動用如此眾多的勞役來挖墓，秦始皇是怎麼滅亡的，你應該心知肚明，萬不可重蹈秦王朝的覆轍啊。”項羽聽了老人之言，思索良久，終有所悟。於是馬上命令士兵停止挖掘，返回楚地。但是士兵們畢竟在此地挖了多時，地面上已經出現了兩條溝，在歷史上被稱為“霸王溝”。
還有一個更為離奇的故事。是說項羽挖掘秦始皇陵時，從墓中飛出一些金雁，消失於南方。到三國時期，有一個名叫張善的人在日南這個地方當太守，有人向他行賄，送他一隻金雁，張善一看，金雁身上還刻有字，說此雁乃秦始皇陵中之物。
不管傳說怎樣，歷史仍是歷史，據史書記載，項羽東撤後，關東的盜賊紛紛湧入秦始皇陵，傳說搗毀陵內銅槨以取銅。再後來，有一個牧童在此放羊，羊走進了被亂軍挖開的地下穴道，找不到了。牧童便拿了一個火把，進入墓穴中去找羊，結果失火，大火燒了90多天。據說，方圓數十里的陵區地面，也隨著一些陪葬坑和陪葬墓的坍塌而下陷了好幾米。這樣秦始皇陵的地面建築蕩然無存，地下埋藏也受到一定程度的破壞。
這些記載都已被當今考古發現所佐證。秦始皇陵發現的陪葬坑、陪葬墓幾乎都遇到過盜掘和火焚的破壞。
不過，以現在掌握的通過長期認真考古調查和發掘所獲得的資料分析，秦始皇陵未曾經過大規模盜掘。秦始皇陵是否曾經被項羽破壞，眾說不一，已經成為千古疑案。有學者推測，盜發秦始皇陵實有其事，但有可能並非項羽軍官方有組織的行動。
現代考古證實，秦始皇陵只是部分被盜，地宮尚未被盜掘。已出土的兩乘銅車馬位於秦始皇陵封土下面地宮西墓道的耳室里。有史料記載秦始皇陵地宮普遭火焚和洗劫，如果真是這樣，那墓道旁的隨葬品應該首先遭到破壞。但銅車馬出土前沒有遭到火焚和其他人為破壞，這也為地宮沒有被盜火燒做了一個旁證。
十餘年來，考古工作者在秦始皇陵封土四周進行了細緻的鑽探工作，先後打了4萬多個探孔。鑽探資料表明，秦始皇陵地宮四周均有4米厚的宮牆，還用磚包砌起來，並且找到了若干個通往地宮的甬道，發現甬道中的五花土並沒有人為擾動破壞的跡象。只發現兩個直徑1米，深度不到9米的盜洞，但均遠離地宮。
此外，秦始皇陵地宮中存在大量水銀的事實，更是其未遭到盜掘的有力證據。因為地宮一旦被盜，水銀就會順盜洞揮發掉。由上述理由可以推斷，秦始皇陵地宮可能沒有被盜。隨著最新科技手段的運用，地宮是否被盜掘和焚毀的真相將會大白於天下。
秦陵歷代劫難
據史料記載，項羽對秦始皇陵墓的挖掘應該是秦陵所遭遇的最早的劫難，但是秦陵並沒有因此變得安寧，反而西楚霸王的這次行為成了秦陵之後劫難的導火索，從那以後的幾千年裡，秦陵就再也沒有平靜過。
當西楚霸王掘陵的陰影還沒有消散，西漢王莽的敗亡，赤眉軍入關中，就曾經對秦陵進行過大規模的“發掘諸陵，取其寶貨”。
據有關記載，後趙的當權者石勒和石虎，在盜竊戰國時的趙簡子墓失敗之後，來到了秦始皇陵。經過一番周密的鑽探，他們在封土不遠處開始了挖掘。這次，苦心沒有白費，鬼使神差，他們竟然打開了通往秦陵地宮的墓道，取走了墓道門旁安裝的數根銅柱。正當他們打算進一步向地宮深入鑿挖時，被守陵人發現。兩人不得不含恨忍痛放棄了秦陵，背著銅柱落荒而逃。
還有更為離奇的民間傳說：清朝道光年間，秦始皇陵封土遭到了暴雨流水的衝擊，陵墓北面的半腰間，竟然被暴雨衝擊中出一個很深的洞窟。這個洞窟被附近村莊的一個老頭發現後，立即傳播開來。消息傳到了一個土匪頭子耳中，他立即率人以探測陵園為由進入洞窟，令所有入洞者大吃一驚的是，這個洞窟竟通入陵墓地宮。土匪頭子對此大為興奮，命人取了大批的珍寶出洞，溜之大吉。守陵人得知此事後，馬上報告官府，官府派人堵死了洞窟，隨之加緊了對陵園的看管，洞窟再未被掘。清朝滅亡之後，隨之而起的是軍閥混亂，陝西軍閥又一次派兵挖掘了秦陵，取走了地宮大批珍寶。