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這案初發時，朝鮮人嬪妃任氏、鄭氏便自縊而死。黃氏、李氏被鞫處斬。黃氏死前援引了很多人。李氏說：「反正都是死，幹嗎要牽連別人！要死我自己死！」終於不誣一人。這時朝鮮諸女大都被誅殺，只有崔氏在南京而倖免。朱棣曾命南京的宮女北上，崔氏因病未成行。慘殺開始時，韓氏被幽閉在空室，好幾天不給飲食。守門宦官可憐她，有時在門口放些吃的，因而沒有餓死。但她的從婢卻全部被殺了。韓氏的乳母金黑也被囚於獄中，事後才得赦免。
就在朱棣濫殺的時候(永樂十九年)，四月初八庚子日夜晚，雷雨交加，奉天、華蓋、謹身三大殿被雷擊中起火。大火沖天，力救不及。經十餘年耗盡民財才修建成的壯麗宮殿，就這樣化為灰燼，很多人喪身火海。宮人們卻慶幸火災的發生，以為天降的大火可能會使皇帝的虐殺稍稍收斂。在當時的人們看來，天變是對人事的懲戒。人事有錯誤，天才震怒降災。
第二天，朱棣下了一道詔書，對上天的懲戒表示自責：
朕躬膺天命，祗紹鴻圖，爰仿古制，肇建兩京，乃永樂十九年四月初八日奉天等三殿災，朕心惶懼，莫知所措。意者於敬天事神之禮有所怠歟？或法祖有戾而政務有乖歟？或小人在位賢人隱遁而善惡不分歟？或刑獄冤濫及無辜而曲直不辨歟？或讒慝交作諂諛並進而忠言不入歟？或橫徵暴斂剝削掊■而殃及田裡歟？或賞罰不當 財妄費而國用無度歟？或租稅太重徭役不均而民生不遂歟？或軍旅未息徵調無方而■餉空乏歟？或工作過度徵需繁數而民力凋弊歟？或奸人附勢群吏弄法抑有司■茸罷軟貪殘恣縱而致是歟？下厲於民，上違於天，朕之冥昧，未究所由，爾文武群臣受朕委任，休戚是同，朕所行果有不當，宜條陳無隱，庶圖悛改，以回天意。
朱棣認錯反省的態度似乎極為誠懇。到了十三日，朱棣再次下詔，宣布將「見有不便於民及諸不急之務者，悉皆停止，用蘇困弊，仰答天心」。然而，後宮的殺戮並未被列入他的反省範圍之內，朱棣「恣行誅戮，無異平日」 ，並沒有停止對宮人的誅戮。先後因二呂之案被殺的竟有三千多人。
朱棣如此狂殺濫誅，還有一個原因。朱棣晚年龐愛貴妃王氏。據說王氏有賢德，侍奉皇帝皇后恭謹如一，在宮闈之內肅雍有禮，和藹仁厚，掌理庶務有條不紊，甚為朱棣所重。朱棣晚年有病，常常發脾氣，王貴妃常常從中調護，以免宮人們受到譴責。自皇太子、親王公主以下都很信賴王氏。朱棣甚至有立王氏為皇后之意。王氏的死，使朱棣痛悼不止，更加重了他的喪心風病。自此以後，朱棣處事更多錯謬，用刑也更加殘酷了 。
朱棣在臨死前的幾個月還要求朝鮮進獻美女，這時朱棣已經是六十五歲的老人了。
然而，這些可憐的淑女，不論是何處選來，也不論受寵與否，最後在宮中也難免一死。原來，明朝初年仍然保持著為皇帝殉葬的制度，朱棣死時，被殉葬的宮人有三十餘人。即使最受寵愛的韓氏和在呂氏慘案中倖免於難的崔氏亦在其列。殉死那天，要賞她們一頓酒宴，隨後，把她們領入大堂，這時大堂上已經安置好了許多小木床。只聽得哭聲震天，宮人們一個個被強迫站在木床上，把頭伸進吊好的繩套中。站在一旁的宦官將床一撤，宮人們便升天了。韓氏死時，呼喊著自己的乳母說：「娘，我去了！娘，我去了！」喊聲未絕，床已撤去。雖然殉葬者的家屬被稱為朝天女戶，受到優恤，殉葬者也會得到好聽的諡號，並被葬入皇陵，但這又怎能補償她們被斷送的青春和被虐殺的生命！
朱棣即位不久，曾自我標榜說：「人心誠不可有好樂，一有好樂泥而不返，則欲必勝理。若心能靜虛，事來則應，事去則如明鏡止水，自然純是天理。朕每朝退默坐，未嘗不思管束此心為切要，又思為人君，但於宮室車馬服食玩好無所增加，則天下自然無事。」 朱棣雖然稱不上是個荒淫無度的皇帝，但也絕不是真的清心寡欲，朱棣剛一即位，便下令「求民間識字婦女入內職」 。永樂元年，又命禮部訪求在京官員軍民之家女子年十五至二十容止端正、性情閒淑者備王妃之選 。他曾命女官蔡氏到杭州選識字婦女入宮，鬧得民間騷動。當時有人作詩說：「已雲玉閏歸馬足，更妝金屋貯娥眉。」「臨別親鄰莫惆悵，從來生女作門楣。」 朱棣平時吃飯要有宮女伴唱 ，晚年因為身體有病，朝參也要有宮女陪伴攙扶 ，這在整個明朝都是很特殊的。
朱棣一共有四個兒子，長子朱高熾便是後來的仁宗皇帝。朱高熾雖為長子，又仁賢，卻不為朱棣喜歡。他很胖，因而很笨，走路要人攙扶，還不免失足，當然難以帶兵出去打仗了。朱棣最喜歡老二朱高煦。朱高煦被封為漢王，他從小不肯讀書 ，為人兇悍，靖難之役中屢立戰功，幾次救朱棣轉危為安。朱棣想立他為太子，卻遭到大臣們的反對。大學士解縉的死，黃淮的下獄，就與他們跟朱高熾的關係有牽連。幸虧朱高熾有位聰明伶俐的兒子朱瞻基，很為朱棣所愛，朱高熾的太子地位才得以保住。朱棣死後一年多，朱高煦便起兵造反，想奪取皇位，這時是朱瞻基在位，親自率兵東征，兵臨城下，高煦不戰而屈，最後仍未免一死。朱棣的三子朱高燧，封為趙王。四子朱高爔，未封而殤。
就在朱棣濫殺的時候(永樂十九年)，四月初八庚子日夜晚，雷雨交加，奉天、華蓋、謹身三大殿被雷擊中起火。大火沖天，力救不及。經十餘年耗盡民財才修建成的壯麗宮殿，就這樣化為灰燼，很多人喪身火海。宮人們卻慶幸火災的發生，以為天降的大火可能會使皇帝的虐殺稍稍收斂。在當時的人們看來，天變是對人事的懲戒。人事有錯誤，天才震怒降災。
第二天，朱棣下了一道詔書，對上天的懲戒表示自責：
朕躬膺天命，祗紹鴻圖，爰仿古制，肇建兩京，乃永樂十九年四月初八日奉天等三殿災，朕心惶懼，莫知所措。意者於敬天事神之禮有所怠歟？或法祖有戾而政務有乖歟？或小人在位賢人隱遁而善惡不分歟？或刑獄冤濫及無辜而曲直不辨歟？或讒慝交作諂諛並進而忠言不入歟？或橫徵暴斂剝削掊■而殃及田裡歟？或賞罰不當 財妄費而國用無度歟？或租稅太重徭役不均而民生不遂歟？或軍旅未息徵調無方而■餉空乏歟？或工作過度徵需繁數而民力凋弊歟？或奸人附勢群吏弄法抑有司■茸罷軟貪殘恣縱而致是歟？下厲於民，上違於天，朕之冥昧，未究所由，爾文武群臣受朕委任，休戚是同，朕所行果有不當，宜條陳無隱，庶圖悛改，以回天意。
朱棣認錯反省的態度似乎極為誠懇。到了十三日，朱棣再次下詔，宣布將「見有不便於民及諸不急之務者，悉皆停止，用蘇困弊，仰答天心」。然而，後宮的殺戮並未被列入他的反省範圍之內，朱棣「恣行誅戮，無異平日」 ，並沒有停止對宮人的誅戮。先後因二呂之案被殺的竟有三千多人。
朱棣如此狂殺濫誅，還有一個原因。朱棣晚年龐愛貴妃王氏。據說王氏有賢德，侍奉皇帝皇后恭謹如一，在宮闈之內肅雍有禮，和藹仁厚，掌理庶務有條不紊，甚為朱棣所重。朱棣晚年有病，常常發脾氣，王貴妃常常從中調護，以免宮人們受到譴責。自皇太子、親王公主以下都很信賴王氏。朱棣甚至有立王氏為皇后之意。王氏的死，使朱棣痛悼不止，更加重了他的喪心風病。自此以後，朱棣處事更多錯謬，用刑也更加殘酷了 。
朱棣在臨死前的幾個月還要求朝鮮進獻美女，這時朱棣已經是六十五歲的老人了。
然而，這些可憐的淑女，不論是何處選來，也不論受寵與否，最後在宮中也難免一死。原來，明朝初年仍然保持著為皇帝殉葬的制度，朱棣死時，被殉葬的宮人有三十餘人。即使最受寵愛的韓氏和在呂氏慘案中倖免於難的崔氏亦在其列。殉死那天，要賞她們一頓酒宴，隨後，把她們領入大堂，這時大堂上已經安置好了許多小木床。只聽得哭聲震天，宮人們一個個被強迫站在木床上，把頭伸進吊好的繩套中。站在一旁的宦官將床一撤，宮人們便升天了。韓氏死時，呼喊著自己的乳母說：「娘，我去了！娘，我去了！」喊聲未絕，床已撤去。雖然殉葬者的家屬被稱為朝天女戶，受到優恤，殉葬者也會得到好聽的諡號，並被葬入皇陵，但這又怎能補償她們被斷送的青春和被虐殺的生命！
朱棣即位不久，曾自我標榜說：「人心誠不可有好樂，一有好樂泥而不返，則欲必勝理。若心能靜虛，事來則應，事去則如明鏡止水，自然純是天理。朕每朝退默坐，未嘗不思管束此心為切要，又思為人君，但於宮室車馬服食玩好無所增加，則天下自然無事。」 朱棣雖然稱不上是個荒淫無度的皇帝，但也絕不是真的清心寡欲，朱棣剛一即位，便下令「求民間識字婦女入內職」 。永樂元年，又命禮部訪求在京官員軍民之家女子年十五至二十容止端正、性情閒淑者備王妃之選 。他曾命女官蔡氏到杭州選識字婦女入宮，鬧得民間騷動。當時有人作詩說：「已雲玉閏歸馬足，更妝金屋貯娥眉。」「臨別親鄰莫惆悵，從來生女作門楣。」 朱棣平時吃飯要有宮女伴唱 ，晚年因為身體有病，朝參也要有宮女陪伴攙扶 ，這在整個明朝都是很特殊的。
朱棣一共有四個兒子，長子朱高熾便是後來的仁宗皇帝。朱高熾雖為長子，又仁賢，卻不為朱棣喜歡。他很胖，因而很笨，走路要人攙扶，還不免失足，當然難以帶兵出去打仗了。朱棣最喜歡老二朱高煦。朱高煦被封為漢王，他從小不肯讀書 ，為人兇悍，靖難之役中屢立戰功，幾次救朱棣轉危為安。朱棣想立他為太子，卻遭到大臣們的反對。大學士解縉的死，黃淮的下獄，就與他們跟朱高熾的關係有牽連。幸虧朱高熾有位聰明伶俐的兒子朱瞻基，很為朱棣所愛，朱高熾的太子地位才得以保住。朱棣死後一年多，朱高煦便起兵造反，想奪取皇位，這時是朱瞻基在位，親自率兵東征，兵臨城下，高煦不戰而屈，最後仍未免一死。朱棣的三子朱高燧，封為趙王。四子朱高爔，未封而殤。