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漢建安二年，元月，太祖提數千眾進清河，許攸以五萬眾設伏之，困之。當是時也，太宗仁皇帝年十二，亦在軍中，太祖乃置太宗於膝上，故指揮若定，不為所亂，謂太宗曰：「且觀諸長輩破賊！」眾感而奮，遂破之。
二月，紹奔平原，猶敗之。東奔樂安，再敗之。
三月，紹走蓼城，太祖發兵圍之，於是驚懼死。河北遂平。
太祖既覆袁紹，入濟南，以界橋事不得已殺許攸一人，余者皆赦死，發陝州徒刑三載，青州人心遂安。俄而，復舉高密鄭玄為太常，建大學，行科考，建三長制，又開幽州民屯為戶，並均田與之，復設屯田於冀、營、青、陝四州，攤口算于田賦，世稱救民塗炭，海內稱善。
七月，太祖既滅袁紹，平河北，乃移鎮鄴城，分州設牧，屬衛將軍府。
十二月，中原諸侯會南陽，議連而抗太祖也。
漢建安五年三月，太祖欲震中原諸侯，又以鄴下富足，起銅雀台，以正與重俱置於此。
七月，豫州牧劉備使魯肅謁太祖。
同月，天子束髮，歸長安。太祖既至長安，群醜震怖，王允聯諸逆相約謀太祖，重申舊誓。未幾，與會者八人，出首者四也。
同月，聞西涼叛。
漢建安五年秋，七月廿三，太祖西征過長安，公卿請為大將軍，不應。將復請，外戚城門校尉董承、左中郎將伏完、右中郎將王斌憂之，相約為亂，起兵攻武庫不得，事敗見誅。左右復請殺王氏二子，併入宮處置董、伏二貴人。太祖喟然對曰：「吾負漢室行數載至此，雖得善始，不能善終，已多愧矣，焉能為區區意不平復違臣節？」左右雖應之，多不值也。
九月，過漢陽，涼州士民多自從之。
同月，破馬騰。
十月，降韓遂，令出玉門，經營西域。涼、臧十二州遂平。繼伐漢中。
十一月，天子出奔，自清明門東行，太尉劉虞在門前止之，伏地請歸，盡言不可行，不聽，再止，乃令矢之，中，然後匆匆之去。三日，虞遺子和曰：「吾聞前盧子乾死是謂子曰：『勿以惡小而為之，勿以善小而不為』，深然之，吾今亦有言欲以遺子，曰：『勿以時窮而忘節，勿以勢起而亂性』，小子識之！」是夕瘡發，薨，妾梅氏亦作炭殉矣。天下議之，咸曰天子失德。
十二月，天子既走南陽，關中動盪，士民皆望太祖歸。更有奏者，勸太祖進燕王位以安心。太祖以漢高祖皇帝白馬事，固辭之。
同月，漢中太守張魯孤身出斜道，降之。乃令趙雲進駐漢中，都督漢中、武都二郡，又發楊秋引千騎為輔，然使魯為漢中太守。漢中遂定。
同月，太祖歸長安，先為虞發葬。
漢建安六年，元月，又令曹操、劉備及劉表請天子歸長安詳此事。不應，反罪太祖。
同月，百官再三請進燕公位，凡三辭，乃受，以燕公位代太子位行民主責，督十一州軍政務。並請於天子，且復請歸。
太祖既稱公，乃尊母為燕國太后，敕封其妻為燕國後，其餘諸位夫人皆稱嬪。拜汝南呂范為首相，魏郡審配為左相，南陽婁圭為右相，此三相下，又為四相，分為鉅鹿田豐，北海王修，遼西韓當，潁川戲忠。
設三省，一設中書省，掌機要，發政令，為首相領；再設尚書省，掌機要，統攬各部、台、曹、閣所入文書，批陳閱覽，為左相領；後設門下省，掌機要，專司監察、批駁政令，為右相領。三省之下，復設六部，曰禮部、吏部、工部、兵部、刑部、戶部，每部皆有尚書一人，左右侍郎二人，直對各州郡縣鄉亭；又設十二寺，依舊屬三省，曰太常寺、鴻臚寺、宗正寺、大理寺、少府寺、太僕寺、司農寺、將作寺、黃閣寺、版印寺、欽天寺、衛尉寺。再設四台，曰御史台、財政台、樞密台、靖安台，御史台掌監察，為鉅鹿田豐領，財政台掌財政，為北海王修所領，樞密台掌兵馬調度，為遼西韓當所領，靖安台權責不明，但以潁川戲忠所領，郭嘉為副。又曰，凡三省三相，與四台首腦，並於鄴下銅雀台設坐，並稱台僚，遇非常事，七座並論，可決國事！
三月，令蔣干使蜀，乃於彼見白羆，白羆者，祥瑞也。
四月，後漢名臣趙歧夜觀紫薇，謂左右曰：「蒼天已死，昊天未立，歲在丙子，天下大吉！」
同月，操有戰書予鄴下，自稱治軍七十萬，欲與太祖獵於白馬。太祖觀之，復曰：「以吾之眾旅，投鞭於河，足斷其流。」
五月，端午日，閱兵銅雀台，軍容雄壯，咸曰萬勝。
同月，立射科取士策，即科舉制也。
同月，令徐晃、張頜奔襲白馬，一戰下之。旋提鄴下步騎一萬，親至白馬。
同月，操至平丘，相與之持。
太祖自統御海內，芟夷髃丑，其行軍用師，大較依孫、吳之法，而因事設奇，譎敵制勝，變化如神。臨事又手為節度，從令者克捷，違教者負敗。與虜對陳，意思安閒，如不欲戰，然及至決機乘勝，氣勢盈溢，故每戰必克，軍無幸勝。一生用武，殊無敵手，唯曹操稍可相對也。
六月，破酸棗，獲夏侯淵、丁婓首。
同月，太祖直趣官渡，操屯於濮南，乃並兵西下援護，先遣曹純引虎豹騎萬眾持節先行。太祖窺其釁，即破之。適操至，再攻，亦大破之。是役，獲曹純、曹休、許褚、史渙首。