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秋，雁門飢，太祖發軍糧兩屯於太守郭縕賑之。郡中豪強大戶聞之，無不感佩，遂協力出糧，一郡賴以得安。八月，迎趙皇后，成禮於平城。
十月，朝議三將下獄，拜太祖為中郎，以功特加千石，爵公大夫，赴洛入郎署。隨行義從俱乘白馬，白馬義從之名自是而起。過河內孟津，逢日食，士民驚恐奔逐，唯太祖巍然不亂，自斬座下馬首而震眾心。須臾，日食過，孟津乃安，士民官吏無不膺服。及登船，左右問曰：「公何所恃？」太祖曰：「天象有常，君子自不懼也！」待渡河，有使來告：「君師劉公以天象罷三公之位。」太祖面不改色：「君子自強，如此瑣事，何告之也？」左右愈服。及入洛，以中郎拜尚書台行事，晚謁寬。相談至夜，將走，寬度太祖年歲日長，雄氣漸成，乃臨門拗其袖嘆曰：「漢室興亡，將操於文琪手也，慎之！」太祖不知其意，兼以前言誅宦事宜，乃徐答曰：「王甫根基已動，小兒輩自破敵，恩師但於內堂安坐。」寬自知失言，乃曰：「善。」
太中大夫段熲，阿附中常侍王甫，甘為爪牙，權傾朝野，其在洛中，時人未敢高聲言於目前，唯太祖常與其痦。前罪將夏育、田晏，遇赦為庶人，返鄉途中被殺於道。熲疑太祖所為，於銅駝街前相質，時熲引數十人，太祖凡一人，天色既暗，熲乃引眾拔刀欲行不利，喝曰：「小兒輩以吾刀不利乎？」太祖曾不色變，昂然抽刀對曰：「天下健者，豈唯段公？」話音落，京師大震，房屋官寺坍塌者不計其數，熲大驚而退，由是喪膽。
年末，南宮尚書台有雌雞化雄，一身毛皆似雄，但頭冠尚未變。及發，洛中震恐，閹寺遮面而走，士人輿論洶洶。當日，復又交州事變，四郡陷落。南宮平城門無故自塌。太祖為尚書郎，親目所見，愕然當場。待歸，更與王允、田豐等急謀誅宦。
熹平七年初，太祖遷為中都官從事，與王允等合推陽球為司隸校尉。蔡邕欲上疏請誅宦，先以家人及藏書萬卷託付太祖。及疏上，果下獄論死。太祖等奮力營救，改流放朔方。王甫誣告靈帝宋皇后行巫蠱之事，靈帝廢后，宋氏族誅於市。帝師光祿大夫橋玄幼子被賊所挾，太祖設計救之。玄壯其志，感其恩，乃自請為司徒領尚書事，以助太祖等誅宦。
三月，朝議改元光和。王甫使門生於京兆界辜榷官財物七千餘萬，京兆尹楊彪發其奸，言之司隸。時甫休沐里舍，熲亦歸家。球欲假詣闕謝恩，因奏甫、熲及中常侍淳于登、袁赦、封羽等罪惡，唯慮甫聞訊入宮相持，便不敢行。太祖乃自告奮勇，率義從堵截其舍。待至，不及陽球得旨，太祖即刻親持刃相博，引義從攻殺入舍，先擒甫及子萌，復拖其發冠至門前看管。甫臥於血泊，惶然問曰：「不得旨而殺兩千石，死罪無赦，於君何益？」太祖慨然應曰：「汝父子族人五毒俱備，貪鄙殘命，天下苦之久矣！既已發動，自有進無退，便以亡命江湖，亦要為天下誅汝曹！」既攻，洛中士民臨街而觀，復聞此言，皆踴躍相頌，固知王甫無生矣。太祖既誅王甫，復磔其屍於夏城門，大署榜曰「賊臣王甫」。盡沒入財產，妻、子皆徙比景。左右或勸曰：「行事酷烈，早晚或遭反噬。」太祖凜然對曰：「日食地震，雌雞化雄，若不盡誅彼輩，大漢焉有早晚？」
太祖與陽球等誅滅王甫、段熲、陳玖，驅除袁赦、張奉、淳于登等，獨曹節奸狡，先入北宮，以是脫逃。陽球與永樂少府陳球、步兵校尉劉訥、司徒劉郃合謀誅節，欲成全功。謀尚未發，節竟以順帝虞貴人章陵之葬，說動中常侍張讓、趙忠等，復為大長秋、尚書令，節制羽林、虎賁兩軍，其勢更熾。翌日，四公以謀逆罪下獄，旋遇害。太祖時在城外，聞訊急回，擒節弟破石為質，自至尚書台獨會節，迫其赦四公家眷。時橋玄在側，見而贊曰：「文琪內剛而外刃，鋒利為天下冠」。審配時為陳球家臣，因之歸心於太祖，甘為驅馳，太祖亦視其為股肱。節歸家，喟然嘆曰：「吾老矣！天下昏昏，能全我家者，必此子也。」乃遣人送女孫至太祖處。趙皇后知之，遂往魏郡節族中下聘，求為太祖側室，即馮夫人也。
光和元年六月，靈帝開西園，朝廷凡授官，皆以秩納錢。太祖恰出為遼東襄平令，聞之大怒，自尚書台奉書即行，曾不稍顧。張讓、趙忠，面面相覷，竟不敢問。行路中，聞曹操棄職返鄉。太祖與操志趣相仿，素與之善，又思沛國乃文皇后故鄉，遂攜婁圭、韓當，輕騎至譙縣謁之。操親族曹仁、曹洪、夏侯惇、夏侯淵等，俱一時良才，與太祖相見親切，乃共議時局，相為激勵不可失丈夫青雲之志。初，有黃龍現於譙。後三年，太祖與操共浴於渦水，復遇毒蛟，殺之。操妻丁夫人素賢，聞太祖尚無嗣，乃選己家樂姬顏色最好者贈之，太祖納為側室，即卞夫人也。太祖與操辭別，聞北海王修有賢名，專往訪之，求為幕僚，遂浮海至遼東。
太祖自誅殺王甫，面斥曹節，聲名日顯，漸為天下重。襄平長吏受取貪饕，依倚貴勢，歷前令不見舉；聞太祖至，一日盡去。於是政教大行，一縣清平。遼東邊郡，夷狄叢生，雜胡或百十為聚，或上萬為國，然俱慕王化，嚮往中國。唯高句麗自矜部眾蕃庶，山河險固，有進取遼東，宰割塞外之念，故長以漢為敵國。遼東百姓，頗受其苦。太祖履任，即欲為民除此大害，尚未定策。適高句麗亦欲圖漢，仿馬邑之謀，遣其國貫那部貴人至襄平，誑言其王老衰，諸部爭位，欲請太祖率漢軍為援，將以有報也。太祖洞燭其奸，偽與之盟。俟冬日，盡發遼東民團，又遣公孫越、公孫范往募諸部雜胡，整軍八千餘，自備糧秣，往攻高句麗。公孫氏舊吏玄菟郡別部司馬徐榮，壯太祖之舉，自引本部千五百精騎往助。將發，趙皇后遣家人送白馬旗至，以做激勵，眾皆以為吉。