第37頁
這道詔書反映了清政府推行招撫策略的決心，也顯示出進剿不成，清政府對開展招撫所寄予的厚望。為此清政府還規定有具體細則，凡海上鄭軍武官率眾而降者，不問真偽，照原職補官；單身投降者一般降四級錄用；有立功表現者降二級，武官可以改任文官。同時還下令保護沿海等地與鄭軍有鄉鄰督黨等社會關係之人，不許挾嫌報復陷害。到後來，為進一步加強對鄭軍的分化瓦解力度，清政府在漳州專設處理鄭軍歸降事宜的“修來館”，又稱招來館，對招來的鄭軍文官照原職撥部補官，武官一律保留現職；士兵和平民沒有剃髮的賞銀二
十兩，已剃髮的賞銀五十兩；願入伍者立即撥在營中領取餉銀，願返鄉者送路費發回原籍安置；對屢次逃走而復來者也一視同仁，照樣給賞，不加追問；甚至對鄭軍間諜，發現後不僅不予追究，反誘以厚利，多方感化，收為己用。這種種措施，表明清政府對招撫策略的高度重視，確實卓有成效地起到了分化瓦解鄭軍的作用。施琅原系鄭成功部將，不僅了解鄭軍，且與鄭軍一些將領關係密切，因此正是對鄭軍進行瓦解工作的理想人選。
施琅升任總兵。在這一時期，清政府和鄭氏集團都發生了一些變化。
愛新覺羅·玄燁於順治十八年（1661年）正月即位，後成為中國歷史上最為著名的皇帝之一。康熙以聰慧的才智和政治品格，一生為國家民族創建了鼎盛的偉業，是中國歷代帝王中文韜武略最為突出的一位君王，被譽為“千古一帝”。他一生除鰲拜、平三藩、視察黃河、疏通漕運、任用良將、東收台灣、北定疆界、與蒙古諸王結盟、西征噶爾丹、汲取漢文化，發展民族經濟，推行富國強民的政策措施，完成了統一中華、振興中華民族的大業，是中國最終形成統一的多民族國家的重要締造者。不過，當時的康熙尚年幼，就連施琅總兵之任，都是由輔政大臣鰲拜決定的。
台灣島內，鄭成功病逝，諸將公推鄭成功之弟鄭世襲為護理，主持台灣事務，但鄭世襲卻存有野心，與黃昭等部分將領密謀自立，形成與廈門的鄭經相拒的局面。鄭經聞訊，在眾將領的舉戴下，立即宣布繼位，稱為“世藩”，並為鄭成功發喪，之後將囚禁的周全斌放出，任命其為五軍都督，準備進兵台灣，攻打主持台灣事務的鄭成功之弟鄭世襲。
施琅探知鄭氏的這些情況後，迅速向福建總督李率泰作了匯報。清政府接到施琅的情報，認為“海上人心搖動，紛紛離散，行動不一”，於是加緊了招撫活動。據《台灣外紀》所載，康熙元年（1662年）七月，清福建總督李率泰接獲施琅所呈成功病逝、鄭氏內部不和的消息後，經與靖南王耿繼茂計議，即派遣都司王維明、李振華、總兵林忠前往廈門招撫鄭經，提出的條件是：剃髮、上岸，即保其榮華富貴。鄭經此時因鄭成功病逝，鄭軍內部人心惶惶，正忙於準備前往台灣平定內亂，為便於集中精力解除後顧之憂，密令鄭泰、洪旭等佯與清政府談判，答覆清廷欲行招撫的條件為：照朝鮮例，不剃髮，僅稱臣納貢而已。八月，耿繼茂、李率泰派林忠等人往廈門，要求鄭經送還鄭軍攻占的州縣印信，以示確有談判誠意。鄭經為爭取時間以靖內患，應允了清廷的要求，派人繳還明朝所賜予鄭氏的敕命等，以騙取清政府的信任。十月，鄭經親率五軍周全斌、侍衛馮錫范、咨議參軍陳永華進兵台灣，斬殺了舉兵相抗的鎮將黃昭等人，仍善待鄭世襲。至此，鄭經內亂平息，政權穩定下來，正式繼鄭成功之位，成為鄭軍統領人物。十二月，清廷通知鄭氏負責和談的洪旭：若要接受招撫，必須剃髮、登岸。鄭經此時內亂已靖，遂斷然拒絕，清廷的招撫毫無成效。鄭經平定了台灣內亂之後，分派諸將駐守台灣各個要地，諸事安排妥當，鄭經率大隊舟師回到廈門。
其實，清廷始終未放棄武力平台的準備，在行招撫之策的同時，也在積極整修兵馬船隻，隨時準備再攻金、廈。清廷總結了進攻廈門海戰失敗的教訓，充分認識到，欲平沿海之亂，必須組建水師。清廷在與鄭軍交戰多年，終未占得上風，其因在於八旗軍隊的鐵騎強弓宜於陸地稱雄，拙於海上作戰。而鄭氏集團為海上世家，其海上武裝力量之強大，在當時尚未有人能夠望其項背。鄭軍攻城掠地，飄忽無定，又以孤懸於海外的金、廈二島為基地，現又擁有澎湖、台灣為根據地，恃此海峽天險，清廷望洋興嘆，對之更是無可奈何，如欲與之抗衡，乃至於消滅之，必須建立一支足能與之匹敵的水師部隊。
據《清聖祖實錄》記載，康熙元年（1662年）六月，清政府決定在福建建立水師，設置水師提督一名、總兵兩名，令兵部會同大學士蘇納海、尚書車克就有關事宜速議具奏。蘇納海官居大學士，位高權重，而且他到過福建等東南地區，對沿海形勢及駐防的將領都較為了解，尤其欣賞施琅的才幹，因而蘇納海再次舉薦施琅出任福建水師提督。掌握大權的輔政大臣鰲拜曾任命施琅為同安總兵，對施琅頗有好感，因而當施琅，鰲拜很快同意了蘇納海的再次舉薦。七月，清廷頒令，提升施琅為福建水師提督，並徵募漳州所屬各縣水兵組建水師。
十二月，命水師提督施琅率兵四千駐紮於海澄縣，並在此海防前線指揮訓練新軍，建立海軍基地，其屬下左路水師總兵官帶兵三千駐紮閩安縣，右路水師總兵官帶兵三千駐紮同安縣。至此，清朝第一支水師部隊組建起來，施琅因此成為中國歷史上第一位海軍統率——水師提督。