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中秋之夜，鄭成功的戰船來到了鼓浪嶼。為了麻痹鄭聯，他先派人給鄭聯送上稻米千石為贄見之禮。鄭聯原本就十分狂傲，此時見鄭成功給他送來了甚為短缺的糧食，且所率的戰船又少，不疑有詐，未加絲毫的防範。
第二天一大早，鄭成功前去拜見鄭聯，向鄭聯請求道：“師屢敗績，赧顏相見，倘吾兄見憐，以一旅相助，得片土棲身，終不敢忘大德。”聯曰：“吾弟何出此言？軍旅相助，分所當然。”鄭成功謙卑地表示了感激之情，之後便隨鄭聯一同喝酒去了。此時，忙於尋歡作樂的鄭聯完全放鬆了對鄭成功的警惕。鄭成功見鄭聯毫無防備，驕兵之計已經實現，便告辭而出，密令戰船陸續進港，悄悄靠近鄭聯的戰艦，並約定以炮聲為號，搶占鄭聯戰艦。
當天晚上，鄭成功在虎溪岩設宴，回請鄭聯。鄭聯接到邀請，毫無戒心，當即前來赴宴。在酒宴之上，鄭成功殷勤地向其勸酒，鄭聯也放懷暢飲，至深夜才掌燈而回。行至半途，預先埋伏在路旁的鄭成功部將杜輝等突然沖了出來，鄭聯毫無還手之力，刺殺行動極為順利。杜輝等人殺死鄭聯後，割下其首級並藏匿起來，然後飛報鄭成功。鄭成功得到消息，立即令隨從士卒在岩頂放起號炮，自己則火速領兵進入廈門。一進城內，鄭成功便作悲狀痛哭：“是誰殺了我的兄長，此仇不共戴天！”並大喊捉拿兇手，為鄭聯報仇雪恨。他又派兵守住鄭聯和鄭彩的家門，下令沒有自己的命令，任何人不得擅入，名為保護族兄家屬的安全，實則將他們軟禁了起來。隨後張貼告示，懸賞捉拿兇手，有報知兇手消息者，賞銀千兩，同時安撫百姓，派兵維持秩序，因而廈門城內並未出現動盪和騷亂。這時，鄭聯的部下和戰船被施琅等人所困，士卒被繳械，鄭聯的部將陳俸、藍衍、吳豪等人被收編。鄭彩部下將領楊朝棟、王勝、楊權、蔡新等人聽說鄭聯已死，也盡皆歸順鄭成功。
鄭彩接到鄭聯為鄭成功所殺的消息後，領著戰船百餘艘逃至廣東南海一帶。鄭成功派人前去邀請，鄭彩長嘆一聲：“我已年老氣衰。依我所見，諸子弟中，能成大器者，惟大木。”於是將兵船悉數交給了鄭成功。鄭成功見鄭彩誠懇，再無猜疑，待之甚厚。
攻取廈門，對鄭成功軍事力量的發展有著十分重大的意義。吞併鄭聯、鄭彩所部後，鄭軍實力大增，廈門從此為鄭成功所據，並成為鄭軍抗清基地。鄭成功在廈門擴充整編軍隊，分為中、左、右、前、後五軍，軍下設鎮，每鎮轄兵一千二百人，尤其注重水師訓練，轄下水師“舳艫陣列，進退以法，將士在驚濤駭浪中，無異平地，跳躑上下，矯捷如飛”。為解決軍隊給養，鄭成功還進一步發展海上貿易，同時派遣洪政招安銅山、南澳、閩安諸島，鄭成功自領中軍，以馮澄世為參謀，縱橫東南海上，結成海上長城。鄭成功以廈門為基地，充分利用其具有海洋與大陸相隔的地理優勢，盡展鄭軍長於海戰的特點，隊伍迅速壯大起來。可以說，奪取廈門為鄭氏集團堅持長期的抗清鬥爭奠定了基礎。
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反正重歸輔佐鄭氏創業(6)
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鄭成功襲取廈門，兵不血刃取鄭聯，在這場奠定抗清基地的重大戰役中，施琅獻計獻策，親身參與，充分顯示出其過人的謀略和膽識，這也是施琅在鄭軍中立下的最為卓著的戰功。
這一時期，施琅與鄭成功可謂“有魚水之歡”。然而，就在兩人密切合作，不斷取得軍事勝利的時候，這種親密關係逐漸出現了裂痕。
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嫌隙漸生施氏全家被囚(1)
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鄭成功與施琅，由於不同的出身和經歷，在個性、思想以及人生理想方面都差異較大。施琅雖忠心耿耿，但恃才傲物；鄭成功雖謀略超凡，但剛愎自用。因為個性的衝突，嫌隙漸生，施琅被褫奪兵權。即使後來施琅為鄭軍重奪廈門，依然未能官復原職，不滿與怨恨溢於言表，及至怒殺曾德，令鄭成功怒不可遏，密令逮捕了施琅兄弟及其家人，施、鄭關係徹底決裂。
施琅歸順鄭成功之後，被授予左先鋒鎮之職，頗受重用。他胸懷韜略，智勇兼備，作戰多能獲勝，在鄭軍中以“知兵”著稱，為鄭軍抗擊清軍、壯大隊伍立下了卓著功勳，尤其是為鄭成功襲取廈門獻計，考慮甚為周密，協助鄭成功兵不血刃占據了廈門，吞併了鄭聯的隊伍。此舉不僅使鄭軍建立了抗清根據地，而且大大增強了軍事力量。然而，隨著軍事上不斷取得勝利，施琅與鄭成功之間的裂痕也日漸明顯，而且由於兩人都頗為自負、性格倔強，導致裂痕愈來愈大，衝突愈演愈烈。
最初的爭執是因施琅對鄭成功籌措糧餉的方法有不同意見，幾次三番進行勸阻，引起了鄭成功的不滿。爾後又相繼發生潮州浮橋事件、陳斌逃亡事件，使鄭成功對施琅漸生怨恨和猜疑。
決定戰爭勝負的因素是多方面的，但糧餉供給無疑占有極重要地位，誠如兵書所言：“兵馬未動，糧草先行。”鄭成功為抗清所發動的各種大小戰役，在許多情況下都同糧食問題有直接關係。草創時期的鄭軍，由於兵員不多，加上其父鄭芝龍多年從事海外貿易所存蓄的大量金銀珠寶，尚能依靠收購糧食得以維持，但隨著鄭軍的不斷壯大，部屬和家眷也越來越多，