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在亞姆的塞赫美特神殿附近的村鎮，一個婦人對巴耶克說她的丈夫搭船去了河對岸的廢墟結果到現在還沒有回來。巴耶克作為守護者當然是義不容辭地“借”了一條船去尋找婦人的丈夫，在浴血奮戰幹掉好幾條鱷魚之後，巴耶克發現這個丈夫喝得酩酊大醉，而且完全不記得自己還有個老婆了。
沒辦法，巴耶克只好開船載著這個丈夫回到村鎮，結果小風一吹這個丈夫清醒了過來。原來就是他的“妻子”把他灌醉的，要和他結婚，還說他欠她的“童真稅”，讓他交出一大筆錢。這時候兩個壯漢從旁邊走了過來，原來這並不是一個找人的任務，而是一次古埃及版的“仙人跳”……
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巴耶克來到阿蒙石環，他想起之前和卡慕來到這裡的情景。
兩父子在夜晚的沙漠中觀賞星辰，巴耶克的父親曾告訴過他，他們如今身旁的石環是指出諸神在天上的位置，也會指出我們在這世上的位置。
聽到這個介紹，卡慕相當雀躍，他計劃要找全所有的石環，還有獅身人面像、金字塔，然後找到屬於自己的位置。卡慕死後，作為父親的巴耶克能為兒子做的事，就是要找到所有的石環，來找出卡慕在繁星中的位置。
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在支線任務“狡猾的書記官”中，一位偉大的詩人、哲學家亞里斯托被關押了，她的妻子整天在家裡哭哭啼啼。
他被抓捕的原因竟然是他寫出美妙的作品，卻被書記官尤多羅斯剽竊了。亞里斯托選擇與尤多羅斯對簿公堂，爭辯了好幾個月，到最後，夫人的丈夫被打、被嘲笑，又被扔進了囚籠。
而巴耶克要營救這位詩人，協助夫人和他的丈夫逃離這座城市，結束這場苦難。
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巴耶克為了刺殺聖蛇而潛入了亞歷山大港的澡堂中，情急之下動用了袖劍割斷了自己的無名指。而這也成為後來刺客斬掉無名指宣誓的由來。
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在一座豪宅中，巴耶克見到了埃及豔后克利奧帕特拉，而埃及豔后的出場詞也令人非常印象深刻：“我可以和你們中的任何一個人睡覺，但是……第二天早上他就要被處死。”
巴耶克知道了自己一直在追查的青銅面具人就是源自於上古維序者，而這些人此時支持法老托勒密。於是埃及豔后和巴耶克夫婦的目標一致，正式合作。
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在列托波利斯，這個地方遭受著聖甲蟲和沙暴的雙重壓迫。
巴耶克找到了列托波利斯的領袖塔哈卡，討論如何找出“聖甲蟲”的計劃。巴耶克幫助塔哈卡打退了沙漠暴徒，然而在慶功宴上，塔哈卡卻在酒里下藥把巴耶克迷昏，把他埋在沙漠中等死。
好在巴耶克叫來了自己的坐騎，塞努把坐騎的韁繩交到了巴耶克的手中，這才成功脫險。
原來塔哈卡就是“聖甲蟲”，他之所以在列托波利斯治理風沙並不是為了造福人民，而是在用隱形的身份尋找著這裡埋藏的秘密。
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在追蹤“鬣狗”的時候，巴耶克進入胡夫金字塔，發現“鬣狗”正在這裡舉行儀式，想要讓自己的女兒死而復生。在被擊敗後，“鬣狗”還蠱惑巴耶克用伊甸碎片救活卡慕，但巴耶克並沒有被蠱惑。
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而在主線任務中，關於埃及豔后、凱撒的歷史畫卷也隨著劇情的推進而一步步展開。
埃及豔后本來想和龐培聯合，當龐培的艦隊在登陸的時候卻被托勒密和上古維序者的部隊伏擊，全軍覆沒。埃及豔后克利奧帕特拉不得已決定和凱撒聯合，奪回對埃及的統治權。
在巴耶克和艾雅的努力下，克利奧帕特拉成功和凱撒聯合。在尼羅河之戰中，巴耶克和艾雅的英勇奮戰讓凱撒的軍隊取得了勝利，托勒密被鱷魚拖入了海底。
但此時，意想不到的劇情發生了，克利奧帕特拉只是給了巴耶克和艾雅一筆錢，但凱撒卻要將法老托勒密的死歸罪於他們，讓他們成為背鍋俠。
巴耶克、艾雅、塔希拉、弗希達斯等人重新聚首，他們都認為應該繼續持續戰鬥保護人民的自由意志，兄弟會的雛形出現了。
埃及豔后與凱撒的聯姻並沒有給埃及帶來和平，情況反而越來越糟糕。凱撒加入了上古維序者的陣營，而他的副手弗拉維烏斯，才是殺害卡慕的真正兇手。
公元前47年，巴耶克和艾雅為追查伊甸碎片回到錫瓦，發現百姓全都痛苦地倒在地上，之前在最初劇情中為巴耶克治傷的拉比亞也沒能倖免。
原來，弗拉維烏斯使用神器讓整個錫瓦的人全都被控制，他們已經先一步趕往寶庫。這個寶庫其實就是之前上古維序者不惜殺死卡慕和很多無辜埃及人也要打開的那個寶庫，裡面蘊藏著伊甸碎片的秘密。
巴耶克和艾雅來到寶庫中，在這裡他們看到了一個巨大的金色地球模型，而巴耶克的好朋友，留在錫瓦的霍普扎法，為了保衛寶庫，已經死在了這裡。
巴耶克和艾雅分頭行動，巴耶克刺殺弗拉維烏斯，拿到了伊甸碎片。在亞歷山大港，巴耶克和艾雅再度聚首。
兩個人都明白，他們必須為了更偉大的善行而犧牲自己的人生，在暗中刺殺那些罪有應得之人，化身為“無形者”，為新的信條而戰。