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這兩個戰備之法經修改後，鄉兵和馬匹按地域編組成鄉軍，都由兵部主管，能夠蓄兵予民，一旦有了戰事，可以很快形成戰鬥力，也免得平日裡過多的軍隊浪費錢財。
原來王安石實施之時，百姓承平已久、安逸享樂之心過盛，將軍役等同於傜伇，不願意參與平時的訓練，也不願意多養育馬匹，導致二法時行時廢，根本沒了作用。但現在，百姓經歷了幾十年的戰亂，已經知道保證國家武力的重要，求戰、恢復中原之心極為迫切，鄉間百姓自主集社或主動參與軍事訓練者甚多，故二法只要地方行事妥當，能夠得到很好的效果。
在地方“養馬法”、“保甲法”推行，阻力最大的反而是地方政府和官員。尤其是"保甲法"，改變了地方以大姓和宗族管理百姓的舊制，也使得國家可以借編制保甲之機查清實際的情況，給每年徵收的賦稅提供詳盡的數據。
更主要的是，編制保甲之後，國家可以利用編成的保甲知道不少民間的實際情況，等於多了一個由下而上的監督體系，地方官吏自然不願意推行。
為了讓朝廷的改制深入民心，皇太子趙惇接受了巒明的建議，把朝廷關於改制的坻報增印，明發天下。然後，又將各項新制度由太子宮中的文臣們改編成了順口溜，讓召集來的說書人教吏民百姓傳唱，以使更多的人了解朝廷的新舉措和目的。
為了減輕地方上的阻力，“養馬法”、“保甲法”從邊境向核心推廣，邊境地區經常還是有些小的戰亂，百姓們和當地官府都有保護地方安寧的需求，推行這兩種蓄兵於民的策略比較容易。而且，因為大宋缺少良馬，邊境上常年與金、西夏、周邊諸部進行交易，以換取馬匹，種馬的來源可以更好的解決。
皇太子在這樣大動干戈之前就建立起監察台，也是擔心地方上在進行變革的時候胡來。監察台雖然不能完全杜絕地方上不服從命令或是隨意改變政令的行為，但要好的多。監察台派出了監察官員，如果那些地方官員不願意推行，就開始對其進行清查，嚇的地方官員不得不推行。
軍制的改變雖然也讓那些守舊之臣擔心，但整個軍隊層級的設計是重頭輕下，戰鬥力最強的軍隊集中在朝廷手中，而且軍隊的後勤也還掌握在國家手中，不怕有國家變亂的風險。各級謀士團的設立，反而使得有軍事素養的文人可以大量進入軍隊擔任官職，還給予了他們對將領的牽制權，這也使得士林們對此次的改革接受度較高。
在地方軍制改革正在比較順利進行的時候，理學大師朱熹再次上書，認為練兵修武、恢復中原都是胡說，反對現在所進行的軍制變革，他覺得只要能夠緊守疆界，修正德業、嚴明紀綱，就能使金人感到恐懼，不戰而屈人之兵。
看到這份長達萬餘言的上書，皇太子趙惇本人是覺得既可笑又有些惱火，朱熹身為當今的理學宗師，在儒學中有很大的影響力。他這種只要自己立身明義，就可以決勝於朝廷之內、播遠威於外國的思想，會讓不少士林中人更加的死守所謂的"義理"，而不知變通，牽制朝廷的變革。
為了理清大家的想法，也是確定國家未來的方向，皇太子趙惇下旨，以朝廷的名義招朱熹、陳亮和各儒家學派的主要成員入朝，要求他們公開講述自己的主張、互相辯論，以正理義、明事非。
陳亮在辛棄疾處接到朝廷旨意，知道此次是皇太子準備借解決儒家學術之爭，來理清偏安一方的主和派和立志恢復的主戰派的爭執，定下朝廷將來舉措的基礎，便與同時被詔入京的辛棄疾一同啟程。
其他被徵召的儒家宗師和學者大都也對儒家現在的學術亂局不滿，認為要保證國家的穩定，必須要有一個學術的核心，所以也紛紛應詔上路，趕往京師臨安。
但朱熹卻上書拒絕入朝，認為天理為規、無需辯駁，再次強調了自己的“正心誠意”之論。直指太子用心不正、急切過度，所用臣子都是“至庸走卒 ”，指責朝廷的備戰是浪費資財，並要求天子趙昚重新理政。同時提出了六項“急務”：重新教育太子並為太子選妃，選任剛明公正者為臣，振綱紀、變風俗，養民力，修軍政。
如此指斥主政的皇太子、批判大臣，比當初被認為是“狂妄”的陳亮上書還要過分。朝中官員們得知之後，紛紛上奏章譴責朱熹和理學“欺世盜名”，認為理學是偽學，要求朝廷明禁理學、以正士風。
這次，一向反感理學的皇太子卻並沒有立刻藉機對理學採取行動，而是說服眾臣，認為道理不辯不明，還是給朱熹一個說明自己理論的機會，這樣才能真正的明事非、識真義。朱熹上書中唯一還得到一些臣子贊同的，只有儘快給皇太子選妃這一條，但又被皇太子給否定了，他以祖父喪禮也應按三年守制盡孝為由，再次推拒了選妃的建議。
趙惇隨即再次下旨明確告知朱熹，此次學術之辯不以親近、不認好惡，一切以學術爭辯的結果而論。如果他再不赴朝，那麼朝廷就會把理學作為偽學進行嚴禁，查禁箸作、封閉書院、禁棝學子。
知道此次無法躲過的朱熹只得啟程赴京，臨行前對友人說道：“皇太子信重陳亮、辛棄疾等人，意欲北伐中原，不顧事實情況，全不知國中尚有太多可慮之事。此次辯論，不過是走個過場，理學被禁只在眼前了。”