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5月11日，孫中山與唐紹儀、章太炎、唐繼堯等人聯名致電黎元洪，要求懲辦滋擾國會的偽公民團，段祺瑞又唆使督軍團逼迫黎元洪解散國會，黎元洪因此免除段祺瑞職務，讓伍廷芳代理國務總理。在段的指使下，安徽、河南、山東、奉天、陝西、浙江、直隸等省的督軍相繼宣布獨立。
無力對付督軍團的黎元洪求助於有重兵駐紮在徐州的安徽督軍張勳，請他到北京保護自己。張勳6月7日率辮子軍5000人自徐州動身，到天津後卻逼迫黎元洪3天內解散國會。9日，辮子軍開始進入北京。引狼入室的黎元洪無奈宣布解散國會。翌日，張勳又把康有為叫到北京，住在張勳的私邸，共策復辟清室。
7月1日，張勳、康有為等入清宮擁立清廢帝溥儀再次登基，並將國號改稱為宣統九年。消息傳出，各省的督軍及各界人士一致聲討。段祺瑞自任“討逆軍總司令”打敗張勳，這齣復辟醜劇僅生存了十幾天便匆匆退場。
張勳復辟時，孫中山於7月4日召集在上海的唐紹儀、程璧光、章太炎等人商討討伐叛逆、維護辛亥革命的成果，孫中山主張成立臨時政府，決定邀請黎元洪南下繼續行使總統職權，並致電國會議員，請他們南下護法。7月8日，孫中山乘“海琛”艦由上海赴廣州，著手組建軍政府，準備在廣州建立護法根據地。
7月19日，孫中山電請國會議員南下開會，並致電段祺瑞，揭穿他非法復任國務總理，但段祺瑞對孫中山的警告置若罔聞，他自認是“再造共和”，不再召集國會，反而修改了國會組織法，重組國會。於是國會議員紛紛南下，25日，國會議員在廣州召開了國會非常會議，會議通過了《中華民國軍政府組織大綱》。
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新舊約法之爭與南下護法（2）
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9月1日，會議選舉孫中山為中華民國軍政府大元帥，唐繼堯、陸榮廷為元帥。於是，中國分裂為南北兩個政府。同一天，非常國會還選舉了各部總長。孫中山任命章太炎為秘書長。章太炎以往反對孫中山最為激烈，但經歷這麼多年的風雨和波折，他終於被孫中山寬容的氣度所感動，最終成為孫中山領導的護法鬥爭中的積極一員。
當時的軍政府最需要的是能夠控制掌握的軍隊，所以孫中山在組織軍政府期間，曾多次致電留居在上海的岑春煊、廣西的陸榮廷和雲南的唐繼堯，請他們到廣州來“公商要政”，但都被對方稱病拒絕，這樣，孫中山只得到了海軍的支持，陸軍則完全不聽調遣。
此時，國內各省護法運動已漸成聲勢，北方的段祺瑞政府也準備動用武力進行鎮壓。
9月下旬，北洋軍在湖南與桂軍相持。10月，被孫中山派往湖南的程潛率軍進入長沙，推舉陸榮廷為“湘粵桂巡閱使”，譚浩明為湖南督軍。但陸榮廷對程潛出任省長十分不滿，於12月18日唆使譚浩明以武力迫使程潛辭職，自此牢牢地把湖南納入桂系的勢力範圍之內。
北洋軍在前線的失敗使段祺瑞陷入困境。1917年11月15日，他向馮國璋提出辭呈。由於段的下台，日本當局期望促成“南北議和”。而力圖擴充自己勢力的陸榮廷，在控制了湖南後，希望通過“南北議和”撈到更多好處，並飭令前線“響應”馮國璋的停戰令。北方段祺瑞的皖系勢力乘機反攻，捲土重來。吳佩孚率軍南下，連續攻陷岳陽、平江等地，粵桂聯軍迅速潰退，1918年3月長沙失守，聯軍退守湘南。
皖系的勝利，使段祺瑞有了復出的資本。以曹錕為首的15省3特區的督軍聯名要求段出山組閣，日本方面暗中支持奉系張作霖表態支持。3月23日，段祺瑞終於再次復出掌權。陸榮廷為了保住他在兩廣的統治權，背著孫中山與吳佩孚簽訂了停戰協定。
陸榮廷一直視孫中山在廣州建立軍政府之舉為搶奪其地盤，想方設法削弱軍政府的權力。軍政府與廣東督軍府的矛盾越來越大，怕廣東人反桂情緒高漲，陸榮廷又任親信莫榮新擔任廣東督軍。
莫榮新當了廣東督軍後，進一步從事反孫中山、反軍政府的活動，接連以“匪徒”名義捕殺大元帥府衛隊數十名官兵。為了護法目的一直對軍閥忍讓再三的孫中山終於忍無可忍，他令陳炯明、程璧光等討伐莫榮新，但沒有得到回應。氣憤已極的孫中山於是率領衛士及部分將領登上“同安”、“豫章”兩艦，親自指揮向督軍署開炮，炮手連續向觀音山督軍府發射炮彈70餘發，廣州全城為之震動。迫於壓力的莫榮新最後只好到大元帥府“道歉”。
早在1917年10月，陸榮廷就與唐繼堯暗中策劃成立另一個機構，以代替軍政府。次年1月5日，他們在廣州成立各省聯合會議，像伍廷芳、唐紹儀、唐繼堯、程璧光、陸榮廷等都在其中任外交、財政、軍事要職，這已經在事實上形成了和軍政府對峙的局面，孫中山雖然一再通電錶示反對，但軍政府被閹割局勢已難以挽回。
1918年2月26日發生了海軍總長程璧光被刺殺案，海軍內部開始分化，一些官兵不安於護法，企圖脫離軍政府回上海，孫中山又失去了一支有力的依賴力量。
4月，桂系與政學會分子活動改組軍政府。5月20日，非常國會在廣州再次開會，選舉七位總裁，孫中山是七總裁之一；陸榮廷與唐繼堯推舉岑春煊擔任“主席總裁”，西南政局已完全被桂滇軍閥所把持，軍政府名存實亡。
無力對付督軍團的黎元洪求助於有重兵駐紮在徐州的安徽督軍張勳，請他到北京保護自己。張勳6月7日率辮子軍5000人自徐州動身，到天津後卻逼迫黎元洪3天內解散國會。9日，辮子軍開始進入北京。引狼入室的黎元洪無奈宣布解散國會。翌日，張勳又把康有為叫到北京，住在張勳的私邸，共策復辟清室。
7月1日，張勳、康有為等入清宮擁立清廢帝溥儀再次登基，並將國號改稱為宣統九年。消息傳出，各省的督軍及各界人士一致聲討。段祺瑞自任“討逆軍總司令”打敗張勳，這齣復辟醜劇僅生存了十幾天便匆匆退場。
張勳復辟時，孫中山於7月4日召集在上海的唐紹儀、程璧光、章太炎等人商討討伐叛逆、維護辛亥革命的成果，孫中山主張成立臨時政府，決定邀請黎元洪南下繼續行使總統職權，並致電國會議員，請他們南下護法。7月8日，孫中山乘“海琛”艦由上海赴廣州，著手組建軍政府，準備在廣州建立護法根據地。
7月19日，孫中山電請國會議員南下開會，並致電段祺瑞，揭穿他非法復任國務總理，但段祺瑞對孫中山的警告置若罔聞，他自認是“再造共和”，不再召集國會，反而修改了國會組織法，重組國會。於是國會議員紛紛南下，25日，國會議員在廣州召開了國會非常會議，會議通過了《中華民國軍政府組織大綱》。
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新舊約法之爭與南下護法（2）
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9月1日，會議選舉孫中山為中華民國軍政府大元帥，唐繼堯、陸榮廷為元帥。於是，中國分裂為南北兩個政府。同一天，非常國會還選舉了各部總長。孫中山任命章太炎為秘書長。章太炎以往反對孫中山最為激烈，但經歷這麼多年的風雨和波折，他終於被孫中山寬容的氣度所感動，最終成為孫中山領導的護法鬥爭中的積極一員。
當時的軍政府最需要的是能夠控制掌握的軍隊，所以孫中山在組織軍政府期間，曾多次致電留居在上海的岑春煊、廣西的陸榮廷和雲南的唐繼堯，請他們到廣州來“公商要政”，但都被對方稱病拒絕，這樣，孫中山只得到了海軍的支持，陸軍則完全不聽調遣。
此時，國內各省護法運動已漸成聲勢，北方的段祺瑞政府也準備動用武力進行鎮壓。
9月下旬，北洋軍在湖南與桂軍相持。10月，被孫中山派往湖南的程潛率軍進入長沙，推舉陸榮廷為“湘粵桂巡閱使”，譚浩明為湖南督軍。但陸榮廷對程潛出任省長十分不滿，於12月18日唆使譚浩明以武力迫使程潛辭職，自此牢牢地把湖南納入桂系的勢力範圍之內。
北洋軍在前線的失敗使段祺瑞陷入困境。1917年11月15日，他向馮國璋提出辭呈。由於段的下台，日本當局期望促成“南北議和”。而力圖擴充自己勢力的陸榮廷，在控制了湖南後，希望通過“南北議和”撈到更多好處，並飭令前線“響應”馮國璋的停戰令。北方段祺瑞的皖系勢力乘機反攻，捲土重來。吳佩孚率軍南下，連續攻陷岳陽、平江等地，粵桂聯軍迅速潰退，1918年3月長沙失守，聯軍退守湘南。
皖系的勝利，使段祺瑞有了復出的資本。以曹錕為首的15省3特區的督軍聯名要求段出山組閣，日本方面暗中支持奉系張作霖表態支持。3月23日，段祺瑞終於再次復出掌權。陸榮廷為了保住他在兩廣的統治權，背著孫中山與吳佩孚簽訂了停戰協定。
陸榮廷一直視孫中山在廣州建立軍政府之舉為搶奪其地盤，想方設法削弱軍政府的權力。軍政府與廣東督軍府的矛盾越來越大，怕廣東人反桂情緒高漲，陸榮廷又任親信莫榮新擔任廣東督軍。
莫榮新當了廣東督軍後，進一步從事反孫中山、反軍政府的活動，接連以“匪徒”名義捕殺大元帥府衛隊數十名官兵。為了護法目的一直對軍閥忍讓再三的孫中山終於忍無可忍，他令陳炯明、程璧光等討伐莫榮新，但沒有得到回應。氣憤已極的孫中山於是率領衛士及部分將領登上“同安”、“豫章”兩艦，親自指揮向督軍署開炮，炮手連續向觀音山督軍府發射炮彈70餘發，廣州全城為之震動。迫於壓力的莫榮新最後只好到大元帥府“道歉”。
早在1917年10月，陸榮廷就與唐繼堯暗中策劃成立另一個機構，以代替軍政府。次年1月5日，他們在廣州成立各省聯合會議，像伍廷芳、唐紹儀、唐繼堯、程璧光、陸榮廷等都在其中任外交、財政、軍事要職，這已經在事實上形成了和軍政府對峙的局面，孫中山雖然一再通電錶示反對，但軍政府被閹割局勢已難以挽回。
1918年2月26日發生了海軍總長程璧光被刺殺案，海軍內部開始分化，一些官兵不安於護法，企圖脫離軍政府回上海，孫中山又失去了一支有力的依賴力量。
4月，桂系與政學會分子活動改組軍政府。5月20日，非常國會在廣州再次開會，選舉七位總裁，孫中山是七總裁之一；陸榮廷與唐繼堯推舉岑春煊擔任“主席總裁”，西南政局已完全被桂滇軍閥所把持，軍政府名存實亡。