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參加華中局整風運動，並向幹部作整風輔導報告。對揚帆受誣一案，參加審查，實事求是糾正錯案。
1945年(39歲)
2月14日，被任命為中共中央華中局委員。
4月，在延安參加黨的“七大”會議。會議期間，受到毛澤東的表揚和接見。會後留在延安，仍在中央社會部工作。‘
1946年(40歲)
3月，離瀋陽到北平。旋即奉命到南京參加中共駐南京代表團工作。
7月，陶行知逝世後，根據周恩來的指示，對正在上海的許多進步人士一一進行了解，並給以多方面的關心與照顧。
9月，根據周恩來指示，與夏衍一起離上海到香港，在港主持統一戰線及隱蔽戰線工作。
1947年(41歲)
1月16日，中共中央決定成立中共中央南京局所屬香港分局，被任命為香港分局成員。
1948年(42歲)
5月，就即將召開政治協商會議一事，和各反美反蔣民主黨派、人民團體及社會知名人士交換意見。
聯繫和組織港商同大連、煙臺等解放區沿海城市進行貿易往來，為解放區提供緊缺物資。
年底，在港獲悉上海李白電台被國民黨破壞，電告上海情報負責人劉人壽及部分情報幹部撤往香港。
有計劃地組織良主黨派領導人和各無黨派知名人士從上海等地轉往香港，然後由香港通過海上通道轉移到解放區，為召開新的政治協商會議做準備。先後共組織20多批，約350人，歷時一年，沒有一次失誤。
1949年(43歲)
春。參與策動國民黨政府資源委員會和上海海關兩系統的起義。參與組織國民黨中央航空公司和中國航空公司在港機構和人員的起義。
4月，應中央電召，與夏衍、許滌新同船離香港前往北平，接受接管上海的任務。
5月11日，受周恩來接見，談上海接管工作。被告知即將擔任解放後上海市副市長職務。5月12日，受毛澤東接見。當晚又出席周恩來召集的會議，討論上海工作。
5月16日，離開北平。
5月23日，到達丹陽向中共中央華東局報到，參與接管上海的準備工作。
5月27日，上海全市解放。28日，上海市人民政府宣告成立。任上海市副市長。陪同陳毅市長接收上海舊政府。5月31日被任命兼任上海市軍事管制委員會秘書長。”
在此前後，黨內被任命為中共中央華東局委員、社會部部長、統戰部副部長、上海市委副書記、社會部部長、統戰部部長、市政府黨組書記等。
9月30日，當選為全國政協委員。
1950年(44歲)
1月，中共中央決定華東局與上海市委領導機構分開。任市委常委。
1月27日，華東軍政委員會成立，當選為委員。
1951年—一1953年
工作基本上沒有變動，負責市政府的日常工作，並分管政法工作。
10月16日——24日，在上海市第二屆第一次人民代表會議上，當選為副市長，市協商會議第一副主席。
11月，任市委財政經濟工作委員會副書記。1951年5月兼任市政府財政經濟委員會主任。
1954年(48歲)
春。華東局撤銷，上海市委改組，任第三書記。
8月16日——21日，出席市第一屆人民代表大會第一次會議，當選為全國人民代表大會代表。9月1日，赴北京出席全國人民代表大會第一次會議。
1955年(49歲)
4月3日，在中國共產黨全國代表會議期間，通過陳毅，以書面報告形式主動向中央談了自己12年前在李士群、胡均鶴挾持下會見汪精衛的經過，並說明自己長時間沒有向組織上說清楚的原因。經毛澤東批示，被以“反革命”罪名逮捕，關押在北京北郊功德林公安部看守所。4月17日，上海各大報刊公布潘漢年被捕消息。
1960年(54歲)
3月15日，被轉移到昌平縣秦城監獄關押。
1963年(57歲)
1月9日，被最高人民法院以“內奸”罪判處有期徒刑15年，並剝奪政治權利終身。
2月13日，被“假釋交公安部管制”，並與董慧一起到北京南郊團河勞改農場居住。
1967年(61歲)
3月，根據“中央文革”命令被重新收監審查，從團河農場轉口秦城監獄關押。7月，患病住院，被懷疑為身患癌症，在醫院住了兩個月，仍回監獄。
1970年(64歲)
7月，根據“專案組”的建議，經中共中央批推，被重新加重處理：“永遠開除黨籍，判處無期徒刑，剝奪政治權利終身。”
1975年(69歲)
5月，與董慧一起被遣送到湖南茶陵縣洣江茶場安置，作為“特殊犯人”接受管制。
1976年(70歲)
冬。多種疾病發作，住進茶陵縣茶場醫院治療。
1977年(71歲)
3月24日，獲准轉到長沙湖南省醫學院第二附屬醫院治療。
4月14日，因多種疾病迸發，醫治無效，於晚上19點45分逝世。17日遺體火化，骨灰埋放在長沙市金盆嶺火葬場墓地。
1979年
中共十一屆三中全會後，陳雲委託長期在上海從事地下工作的劉曉收集潘漢年材料，以查清問題。
1980年
11月3日，在一次中央工作會議上討論《建國以來黨的若干歷史問題決議》(草稿)時，廖承志與劉曉率先提出，潘漢年問題是個冤案，要求中央對潘漢年一案重新審查。