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但是，蔣介石頑固堅持反共立場，使談判陷於僵局。同時，他對內繼續採取高壓政策，於11月26日將救國會領導人沈鈞儒等“七君子”以“危害民國”罪名加以逮捕。在長達8個月營救“七君子”的過程中，潘漢年同宋慶齡經常聯繫，並親自到蘇州監獄去看望沈鈞儒、章乃器、鄒韜奮、李公朴、王造時、沙千里、史良等人，代表中共向他們表示慰問。宋慶齡更組織了聲勢浩大的營救活動，對國民黨鎮壓抗日的救國會領袖的行徑進行了針鋒相對的鬥爭。她發起了影響巨大的“救國入獄運動”，領銜和何香凝等16人向蘇州高等法院呈文，義正辭嚴地指出：“愛國無罪，則與沈鈞儒等同享自由;愛國有罪，則與沈鈞儒等同受處罰。具狀人等願以身試法律上救國之責任。’講公開發表宣言說：“我們準備好去進監獄了!我們自願為救國而入獄，我們相信這是我們的光榮，也是我們的責任!……我們要使全世界知道中國人決不是貪生怕死的懦夫，愛國的中國人決不僅是沈先生等七個，而有千千萬萬個。中國人心不死，中國永不會亡!”這些話今天讀來仍然感人肺腑、震撼人心!1937年7月5日，宋慶齡不顧天氣炎熱，胃病發作，疼痛難忍，堅持與胡子嬰等12人親赴蘇州高等法院投獄，使該院院長、首席檢察官狼狽不堪，不得不承認救國會本身並非犯罪。宋慶齡返滬後，又於7日致電蔣介石等，堅決要求立即釋放“七君子”。7月底，國民黨當局被迫釋放了沈鈞儒等7人，營救活動取得了勝利。當“七君子”回到上海時，潘漢年代表中共向他們表示了慰問，並轉達了中共關於抗戰的方針政策。他還約請宋子文和救國會諸位領導人會見七君子，以推動國民黨政府轉向抗戰。
1936年12月12日，發生了震驚中外的西安事變。張學良、楊虎城將軍發動兵諫，用武力逼迫蔣介石答應停止內戰、一致抗日的要求。南京政府一片混亂，“親日派”何應欽宣布了“討道令”，準備轟炸西安，企圖置蔣於死地。宋美齡、宋子文、孔祥熙等人強烈要求南京與西安之間謀取妥協，把蔣介石救出來。正在上海的宋美齡深知，如果蔣氏一死，宋氏利益難保。她不僅請兄長宋子文去見二姐宋慶齡，打聽中共方面的立場與動向，而且急急忙忙找到二姐宋慶齡央求她出面斡旋，與中共聯繫，以求保住蔣的性命。宋慶齡立即將此情況轉告潘漢年，徵詢潘漢年的意見。潘漢年將中共中央關於和平解決西安事變的主張，決定派出周恩來等代表到西安參加協商談判的消息，告訴了宋慶齡。潘還建議宋慶齡勸宋子文、宋美齡等人前往西安，和張、楊及中共代表團商談，謀求事變的和平解決。
潘漢年還向陳果夫、陳立夫派來的張沖說明中共主張和平解決西安事件，表示陳立夫如果要去西安，他可以陪同前往。潘漢年從宋慶齡、張沖那裡分別獲悉了南京方面的種種動向之後，便按照中共中央指示的精神，趕到南京秘密會見了宋子文、宋美齡兄妹，商定由端納陪同宋氏兄妹去西安參加談判。另外，又同陳立夫面談了中共中央和平解決西安事變的主張和國共合作抗日的基本條件。
西安事變很快就取得了比較圓滿的和平解決，這是中共正確主張的勝利。也少不了潘漢年的一份努力。1937年“七七”事變後，全國抗戰爆發。經過周恩來等同蔣介石的多次談判，終於形成了第二次國共合作、一致抗日的新局面。宋慶齡聞訊後“感動得幾乎要下淚”。在促成建立抗日民族統一戰線的過程中，潘漢年立下了不可磨滅的歷史功績，宋慶齡作出了極為重要的特殊貢獻。
1937年12月23日，距蘆溝橋事變僅5個月16天，上海、南京都已淪落於日本侵略者之手。中共中央非常關心居住在上海的宋慶齡的安全，毛澤東、周恩來特地從延安連拍兩次電報，建議她離滬去香港。潘漢年收到電報後，立即派交通聯絡員李雲(祝秀貞)轉達給宋慶齡。宋慶齡接到第一次電報，表示還有許多事要處理，暫緩離開上海。接到第二次電報，她才決定離滬去港。這天早晨，她惜別了居住多年的莫利哀路寓所，在紐西蘭友人路易·艾黎護送和李燕娥陪同下，到達公和祥碼頭。由李燕娥陪同登上一艘德國郵船駛往香港，潘漢年派李雲在船上陪同前往。
宋慶齡到達香港後，為了鞏固與發展抗日民族統一戰線，為了在五大洲架起一座友誼的橋樑，爭取國際友人、海外僑胞的援助，支援抗日戰爭，支援正在敵後浴血奮戰的八路軍、新四軍，依靠八路軍駐香港辦事處負責人廖承志，於1938年6月組織了有國際友人參加與支持的保衛中國同盟。潘漢年也於1937年12月撤離上海到達香港，和廖承志一起繼續從事統戰工作，並領導一部分秘密工作。在香港，潘漢年參與的第一件事，就是和廖承志一起向海外華僑募捐寒衣，運送給八路軍。他還參加了宋慶齡任主席的保衛中國同盟的工作。宋慶齡領導“保盟”向海內外許多友好團體和人士募集了大量醫藥物資等，源源不斷地支援八路軍、新四軍，為爭取抗日戰爭的勝利作出了重大的貢獻。
1941年12月7日，太平洋戰爭爆發，日軍進攻香港。周恩來緊急致電廖承志、潘漢年、劉少文，指示立即幫助宋慶齡、何香凝等人離港。9日，宋慶齡從香港啟德機場乘飛機飛抵重慶。香港淪陷後，潘漢年將工作重心移至上海，繼續進行情報工作。1943年1月，被任命為中共中央華中局情報部部長。1944年11月，赴延安參加中共第七次全國代表大會。此後，在瀋陽、北平、上海、香港等地開展統戰工作及情報工作，並為解放區提供緊缺物資。