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還有一些解放前後在潘漢年、揚帆直接領導下的幹部，雖然1955年未被逮捕判刑，但受到隔離審查、調離原來崗位、降級使用等不公正待遇。如趙錚、何犖等在隔離審查後，有的升級逮捕，被清理出公安部門，有的送皖南勞教農場。有些幹部在以後的審干、反右鬥爭等政治運動中又被扣上“右派分子”帽子等，受到錯誤處理，如王以偉、干戈、唐路等。解放前有過貢獻的王大超則被迫自殺。
這樣一批經過對敵鬥爭長期考驗、富有鬥爭經驗的幹部長期被打入另冊，遭到誣陷，不受信用，且不說個人和家庭蒙冤遭難，對解放後的情報、公安、政法、統戰等工作，也造成了相當重大的損失。
二、是解放後立功贖罪的來自敵特陣營中的叛徒、特務分子，即所謂潘漢年、揚帆“掩護、包庇”的反革命分子、這類株連對象人數最多，情況也複雜。本來是既往不咎，立功贖罪的投誠對象，現在卻成為潘、揚“包庇”的鐵證。
三、是潘漢年的親屬，如潘漢年的胞弟潘錫年，侄子潘可西等人。潘漢年是宜興陸平潘家較早參加革命的。解放前，潘漢年是有名的共產黨人，他的親屬在家鄉被另眼看待。解放後，潘漢年成了“反革命”，他們又被無辜株連20多年。如潘可西和潘錫年，都是抗戰時期入黨、到過延安工作的老幹部。由於是潘漢年的親屬，在反右鬥爭、“文革”中或被下放，或作為“反革命分子”監督勞動。他們的小輩也受影響，有的連上大學、當幹部的資格都被剝奪了。
除了以上直接受株連的以外，還有一批潘漢年的戰友、摯友，如王堯山、於伶等，也曾受到過種種懷疑、誣陷和不公正的對待。潘漢年被捕後，上海市副市長許建國奉市委第一書記柯慶施命立即回上海安排追查潘案的工作。許一到上海先和市委秘書長王堯山研究潘在上海的工作情況以及潘的私人來往關係。柯慶施從北京返滬以後，馬上召集小範圍的會議研究潘案，並要王堯山談對潘漢年的看法，提供潘的來往關係中的可疑之處。王堯山談的主要意見是：潘漢年解放前是搞情報工作的，他的關係比較複雜，因工作關係與敵人內部曾有接觸;至於他是否是內奸，王堯山始終不表示態度。後來，就要王停職檢查，並追查他與潘的關係。柯慶施還決定把王的宿舍從丁香花園遷出。從此，王堯山被迫寫了不少交代，但每次交代都沒有說潘漢年是“內奸”、“特務”。以後又召開多次揭發批判王堯山的會議，有時會議有四、五十人參加。1959年，對王堯山宣布了市委《關於開除反黨分子王堯山黨籍的決議》。王堯山拒絕簽字，並嚴正提出：“簽字違反我對黨忠誠的意志，我不同意市委的決議。”當年，王堯山被降職降級下放到淮海中學。他的夫人趙先寫了申訴信給中央。誰知此信轉到柯慶施手裡，趙先即被打成“右派分子”，被撤銷上海市婦聯主任的職務，下放到長興島農場“勞動改造”。
除了上海以外，潘案的株連對象還涉及北京、江蘇、浙江、廣東甚至香港等地。由於潘漢年長期領導隱蔽戰線的工作;這條戰線上的幹部受株連的情況特別嚴重。現年93歲的華克之(即張建良)就是其中之一。華克之在大革命時期是國民黨左派，“四一二”事件後，他認清了蔣介石的反動本質，誓以反蔣救國為己任。1935年曾策劃刺蔣未遂，成為國民黨懸賞10萬元通緝的要犯。1937年他到延安後，面聆毛主席的教導，表示決心聽從共產黨的調遣，萬死不辭。1939年，他由廖承志和潘漢年兩人介紹，由毛主席親自批准加入中國共產黨。從此，他成為潘漢年的重要助手，馳騁於敵占區的隱蔽工作戰線上，屢建奇功。潘案發生後，1955年5月21日他也被捕。在獄中，他實在不能接受潘是“內奸”、“反革命”的定論，猶如他不相信自己犯“反革命罪”一樣。但他又不能不相信中央的決定，加上某些人對他的不實誣陷，使他極度痛苦，竟將筷子捅進自己的眼窩，眼球都掉了出來。經過搶救，眼睛雖被保住，但一目幾乎失明，落下終身殘疾。他被判刑11年，刑釋後被押送徐州監督改造又是10年。他的夫人朱素文也是潘的下屬幹部，1955年被捕審查，1963年獲釋後下放到徐州當圖書資料管理員，兩人依靠她的50多元工資苦度光陰。1979年，華克之到北京找到廖承志，才得以平反。直到潘漢年平反，公安部再次複查，重新作了結論，認定他在建國前在潘漢年領導下出生入死地做革命工作，對黨的事業是卓有貢獻的。
在潘漢年冤案的影響下，如此眾多的他的家屬、親友、戰友、領導下的幹部和所屬的工作關係受到株連，造成了一大批冤假錯案，這個歷史教訓十分深刻，永遠值得記取。
複查平反
1979年陳雲委託劉曉等了解潘漢年解放前在上海隱蔽鬥爭中的工作情況和問題，為重新審查潘案做準備。後來陳雲因病住院開刀，在開刀之前他語重心長地提出：雖然這次是開小刀，但人老了要防萬一，希望在有生之年能看到潘漢年問題得到解決。他還提出：1936年中共駐共產國際代表團派潘漢年去進行國共談判時，是由王明、康生和他三人決定的。現在王、康都已去世，只有他能為潘漢年作證明了。當姚依林去探望他時，他建議中央複查潘漢年的問題，姚將他的建議立即報告總書記胡耀邦。