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1933年8月，我從福建省委調到粵贛省委擔任書記，潘漢年兼任中華蘇維埃大學的委員，校長是毛澤東，副校長是沙可夫。1934年三月24日，中華蘇維埃共和國第二次全國代表大會在瑞金召開，毛澤東當選為中華蘇維埃共和國中央政府主席，潘漢年和我都當選為蘇維埃共和國的中央執行委員。在這期間，他正忙著奔走於瑞金和福州之間，擔任中華蘇維埃臨時中央政府和紅軍全權代表與福建人民政府談判，開展抗日反蔣運動。1933年9月蔣光鼐、蔡廷鍇領導的十九路軍，要同中國共產黨合作，在福建進行抗日反蔣活動。派陳公培(吳明)攜帶蔣光鼐寫的《十九路軍與紅軍聯絡證明書》到達五台。彭德懷和袁國平遵照周恩來的電示與陳公培會談。彭德懷和袁國平既肯定了十九路軍抗日反蔣行動，又批評了他們來福建“剿共”的錯誤，將會談情況電告了中央，並且給蔣光鼐、蔡廷鍇寫了回信，請他們再派代表到瑞金談判。10月下旬，蔣光鼐、蔡廷鍇派徐名鴻作為十九路軍的全權代表，同陳公培來到瑞金，送來了十九路軍領導人給毛澤東、朱德的信。黨中央決定由周恩來負責這次談判工作，派潘漢年(潘健行)為全權代表，與徐名鴻進行具體商談。雙方在談判期間，毛澤東、朱德曾多次會見徐名鴻、陳公培、潘漢年等，於10月26日簽訂了《反日反蔣的初步協定》11條，標誌著我黨與十九路軍的合作抗日反蔣的關係初步形成。隨後，我方派潘漢年為代表，黃火青(黃一青)為秘書前往福州。黃火青團正患瘧疾，一時不能同行，中央讓潘漢年與徐名鴻、陳公培先行，並由李克農指派吳振英等兩人為警衛員隨行。臨行的那天早晨，毛澤東、張聞天、林伯渠、鄧發等前來送行，鄧發為他們開了通行證，還派人護送他們經河州，由新泉出境。一星期後，黃火青病稍愈，獨往福州，與潘漢年同住在十九路軍總部里。
我黨與十九路軍的合作關係形成後，陳銘樞、蔣光鼐、蔡廷鍇等根據《初步協定》規定的“在初步協定簽訂後，福建省政府及十九路軍即根據訂立本協定原則發表反蔣宣言，並立即進行反日反蔣軍事行動之準備”的條文，聯合李濟深、黃琪翔等一部分反蔣反日的力量，於11月15日在福州開會決定於11月20日發動事變。對於十九路軍方面的行動，蔣介石已獲情報，企圖加以阻止。蔣曾邀蔡廷鍇到廬山會晤，請林森入閩誘勸陳銘樞，均告失敗。遂於17日派專機攜函來福州接蔡廷鍇往南昌，被蔡廷鍇將飛機和飛行員扣留。李濟深、陳銘樞、蔣光鼐、蔡廷鍇、黃琪翔等於1933年11月20日在福州南校場召開“中國人民臨時代表大會”，宣告成立“中華共和國人民革命政府”(簡稱“福建人民政府”)。
在福建事變爆發的過程中，潘漢年、黃火青給中央發回了兩份電報，電報稿是潘漢年起草的，由黃火青翻譯成密碼後，交十九路軍的電台發回的。黨中央復電要他們兩人中一人回瑞金匯報情況，潘漢年因忙於同“福建人民政府”商談各項工作，選由黃火青回瑞金。黃火青在向中央匯報了情況後，被派往漳州，作為蘇維埃中央政府駐漳州領事。
“福建人民政府”成立後，中華蘇維埃臨時中央政府就根據《初步協定》規定的“雙方立即停止軍事行動，暫時劃定軍事疆界線，在該線不得駐紮主力軍隊。同時，十九路軍必須運用各種方式，排除或消滅存在福建與蘇區接壤地間妨礙貫徹該協定之一切障礙勢力”的條文，派張雲逸為代表和福建省蘇維埃政府代表方方到汀州，與福建人民政府閩西善後處代表陳小航談判。雙方於11月27日簽訂了《閩西邊界及交通條約》，開闢了一條由中央蘇區經閩西、閩南到達福建沿海的通道，打破了蔣介石對中央蘇區的經濟封鎖。潘漢年在福州與福建人民政府財政部次長許錫清，就雙方物資交換和支援蘇區所缺乏的物資，特別是運輸食鹽等問題進行了多次的洽談。當時，不僅雙方的貿易往來頻繁，農民群眾和商人也可以進出蘇區做買賣。閩西善後處還在蛟洋組織一個民間的貿易合作社，提供了一筆資金，用以購買食鹽等物品運進蘇區進行交換。潘漢年還與李濟深、陳銘樞、蔡廷鍇、陳友仁等人，就政治、軍事、外交等問題進行廣泛的商談。他敦促福建人民政府實施《初步協定》中“福建省政府及十九路軍方面，立即釋放在福建各牢獄中的政治犯”的規定。12月1日，福建人民政府發布了“大赦令”，宣告：“反對賣國賊蔣介石及其御用的國民黨”，“毫無犯罪之可言”。12月4日、5日、7日，福建人民政府高等法院和閩侯地方法院先後釋放在押的全部政治犯60多人。其中馬立峰、範式人等同志被福州中心市委派往福安，加強中心縣委的領導力量。同時，福建人民政府對我地下黨領導的一些進步團體的公開活動也予以默認。福州、廈門等地“反帝大同盟”等組織都採取了公開的形式，壯大了力量。
1933年9月，蔣介石在德、意、美等顧問參與策劃下，糾集100萬兵力向革命根據地發動第五次軍事“圍剿”，其中50萬兵力用於圍攻中央革命根據地。11月福建人民政府宣告成立後，蔣介石大為驚恐，認為如不迅速撲滅，影響所及，起而效法，就將嚴重地動搖他的統治地位，立即從“圍剿”前線抽調嫡系部隊，集中陸、海、空20—30萬兵力，自任“討逆軍”司令，向福建十九路軍陣地進攻。由於十九路軍寡不敵眾，內部派別繁雜，蔣介石又以硬攻與分化兼施，十九路軍節節敗退。當時，中共臨時中央犯了“左”傾關門主義錯誤，不懂得如何發展進步力量，爭取中間力量，孤立頑固、反動力量，來推進反蔣抗日運動，坐失良機。1934年1月，蔣介石剛攻取福州，就將大部分軍隊調回，繼續投入第五次“圍剿”。當十九路軍撤離福州時，潘漢年與梅龔彬等從馬尾乘日本商船去香港。在香港，福建事變的主要領導人繼續進行反蔣抗日運動，潘漢年交待梅龔彬要大力策動。隨後潘漢年迴轉瑞金。張雲逸和黃火青等在十九路軍的協助下，也先後回到了中央蘇區。福建人民政府雖然只存在兩個月，但是，蔡廷鍇等當時反蔣反日，同蔣介石公開決裂，這是有利於中國革命事業的。