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1938年，上海的地下黨組織決定出版《魯迅全集》，潘漢年作為這項工程的發起人和領導者之一，做了大量深入細緻的工作，從各方面特別是在經濟上，幫助克服出版中遇到的困難。經過多方努力，只用了半年時間，《魯迅全集》就得以出版發行。當時，這套書籍發行1000套。此外，還印刷了200套裝幀精美的紀念本，每套紀念本都貼有魯迅私人朱文印章，作為許廣平先生贈送給摯友親朋的禮物，潘漢年獲得一套。從此，潘漢年一直把這套《魯迅全集》珍藏在身邊，並伴隨他度過了身陷囹圄的27個春秋，直到1977年他逝世後，才被上海檔案館收藏。
四
潘漢年傾注精力，積極組織推動上海的進步文化運動蓬勃發展，成就斐然。這時，更加艱巨的使命落在了他的身上，使他的革命生涯發生了重大的轉折。
1931年4月，黨中央調潘漢年到中央特科工作，擔任特科二科科長，隨後又成為中央特別工作委員會的領導成員之一。在此期間，潘漢年協同陳賡、李克農，在周恩來、陳雲的指揮下果斷地清除了顧順章叛變後遺留的隱患，保衛了黨中央的安全;參與組織、護送黨中央主要領導人員轉移到蘇區的工作;參與粉碎敵人偽造“伍豪事件”的陰謀;配合宋慶齡，聯絡國際國內知名人士，積極營救牛蘭夫婦，在對敵隱蔽鬥爭方面作出了許多貢獻。
此外，潘漢年憑藉智慧和人生經歷，成功地建立起一個範圍廣泛的地下情報工作網，並且和一批著名的社會上層人士建立了情報工作聯繫，如楊度、王紹鏊、王崑崙、梅龔彬、胡鄂公、董健吾等。潘漢年還和一些來華工作的外國朋友建立了友好關係。早在1929年，他就同美國著名女記者史沫特萊結識。後來，他又通過其他途徑同佐爾格、路易·艾黎等人建立了聯繫。當時，他領導的地下黨的一架秘密電台就設在路易·艾黎的家裡，使地下黨有了一個安全可靠的聯絡渠道。在共同的革命鬥爭中，潘漢年和路易·艾黎結下了深厚的友誼，艾黎始終深深懷念這位中國戰友。他在回憶中特別強調了潘漢年對黨的秘密工作所作出的貢獻，說“他是一位非常好的同志，個子不高，圓圓的臉，總是笑眯眯的，機智而又老成，待人非常親切，大家都喜歡他”。他還高度評價潘漢年是“對革命有過功勞的人，當年出生入死，屢建奇功”。
從1931年到1933年，潘漢年在黨的隱蔽戰線上出色地戰鬥了兩年多時間，經歷了無數次曲折風險，度過了幾百個險象環生的日日夜夜，為保衛黨中央和地下工作同志作出了重要貢獻。如果沒有堅定的革命信念和不怕犧牲的勇敢精神，這是難以想像的。
1933年5月14日，國民黨軍警在上海逮捕了潘梓年和丁玲。潘漢年營救未成，即遵照黨組織的決定，離開上海，經汕頭去江西瑞金中央蘇區。在中央蘇區，他先後擔任中央局宣傳部副部長、部長，協助張聞天編輯黨刊《真理》。8月，中華蘇維埃大學成立，潘漢年被任命為校務委員。1934年1月，在中華蘇維埃第二次全國代表大會上，他當選為中華蘇維埃中央執行委員。
1933年10月，潘漢年代表中華蘇維埃政府和工農紅軍，與國民黨十九路軍代表徐名鴻就抗日反蔣問題舉行談判。10月26日，簽訂了《抗日反蔣的初步協定》。10月底，他又和黃火青等到福建與十九路軍領導人就建立軍事同盟問題進行談判。通過談判，消除了工農紅軍和十九路軍的對峙狀態;雙方開展了經濟貿易;對方還釋放了政治犯60餘人，並默認進步團體的存在，從而為恢復中共地下黨在福建的活動創造了條件。
1934年10月，潘漢年與何長工到江西尋烏地區和國民黨廣東省主席陳濟棠的代表就聯合抗日反蔣問題進行談判。談判持續了三天三夜，結果達成就地停戰、互通情報、解除封鎖、互相通商、互相借道等五項協議。這次談判的成功，為黨中央在第五次反“圍剿”戰鬥中正確選擇突圍方向，紅軍長征出發時順利突破第一、第二道封鎖線，減少傷亡和損失，作出了重要貢獻。
完成談判任務後，潘漢年加入了長征隊伍。在征途中他被編入中央直屬團，擔任總政治部宣傳部部長兼地方工作部部長。
1935年2月28日，紅軍第二次攻占遵義。這時，張聞天代表黨中央找潘漢年談話，決定派他和當時任中共中央政治局委員兼白區工作部部長的陳雲到上海恢復黨的秘密工作，設法與共產國際恢復電訊聯繫，匯報遵義會議情況。並要潘漢年先行一步。潘漢年在中共貴州工委負責人秦天真的協助下，歷經艱辛，經香港回到上海，與陳雲於同年8月先後乘蘇聯貨船去海參崴，轉赴莫斯科。
五
潘漢年到蘇聯以後，國際國內形勢發生了重大變化。1935年7月，共產國際第七次代表大會召開，會議向全世界共產黨提出了建立廣泛的反法西斯統一戰線的方針。根據這一方針，中共駐共產國際代表團發表了《為抗日救國告全體同胞書》(即著名的《八一宣言》)。這是中國共產黨第一個闡述建立抗日民族統一戰線的重要文件，在國內外引起了很大反響。
這時，由於日本帝國主義發動華北事變，侵占了中國的華北地區，進而準備滅亡全中國。蔣介石開始謀求改善同蘇聯的關係，並以改善國共關係作為姿態。為此，從1935年秋天起，蔣介石就通過各種途徑打通同中國共產黨的關係，國民黨駐蘇聯大使館官員和中共駐共產國際代表團接觸就是其中一條重要途徑。1936年年初，中共代表團指定潘漢年為談判的聯繫人。