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宮中大火之後，連明成祖朱棣自己也不相信建文帝真的自焚而死。《明太宗實錄》記載，有一次明成祖對身邊的大臣說：“朕於宮中遍尋皇考宸翰不可得，有言建文自焚時，並寶璽皆毀矣，朕深慟之。”寶璽被焚怎麼可能沒有一點殘骸呢?建文帝很有可能帶著寶璽逃跑了，借著寶璽他就有可能東山再起，這種疑慮與擔憂始終縈繞在明成祖心中。《明史·胡濙傳》記載，永樂五年朱棣派遣戶科都給事中胡濙，以頒布御製諸書、尋訪仙人張邋遢為名，暗中偵察建文帝的蹤跡，前後長達十六年之久。所有這些都表明，建文帝有可能逃出宮了。
逃向何方
關於建文帝出亡一事，以清代學者谷應泰編撰的《明史紀事本末》的記載最具有代表性。它成書早於《明史》，為私人著述，權威性是被當時人們所認可的。他認為建文帝並未自焚，而是在大臣的保護下由密道逃出南京。
據谷應泰記載，建文四年六月，建文帝得知南京金川門失守，長吁短嘆，欲自殺。翰林院編修程濟建議，不如出走流亡。太監王鉞跪在地上提醒皇上，高皇帝升天之前，留下一個寶匣，交代說，如有大難，可以打開。眾人一起趕到奉先殿左側，看到一個紅色寶匣，四周用鐵封著，鎖也用鐵灌注。建文帝一見祖父的遺物，不免悲慟，下令焚燒大內，皇后馬氏赴火死。程濟砸開寶匣後，但見裡面有三張度牒，分別寫著“應文”、“應能”、“應賢”，裡面還有和尚的袈裟、僧帽、僧鞋、剃刀，以及銀元寶十錠。寫著：“應文從鬼門出，其餘人等從水關御溝而行，薄暮時分在神樂觀的西房會合。”建文帝嘆道，這豈非天數!程濟立即為皇上剃去頭髮，換上袈裟、僧帽、僧鞋。楊應能表示願意剃度，隨帝流亡;監察御史葉希賢毅然說，臣名賢，無疑就是“應賢”，也剃度改裝隨從。當時在殿上的五六十人痛哭流涕，都表示要隨從流亡。建文帝說，這麼多人一起行動，勢必引起懷疑。於是決定由九人陪他前往鬼門，在神樂觀乘船至太平門。民間盛傳當建文帝出鬼門時，門外正好有一艘小船，船中有一道士，呼建文帝乘舟，並叩首稱萬歲。道士說：“昨夜夢見高皇帝，命臣來此守候。”
這段富有傳奇色彩的文字，其真實性讓人懷疑，可谷應泰講得栩栩如生，令人真假難辨。建文帝到底是自焚而死呢，還是由密道逃離南京了?
在此後的一些典籍中，也出現了關於建文帝逃出宮所走密道的描述。《明史考證》有這樣一段記載：“宮中陰溝，直通土城之外，高丈二，闊八尺，足行一人一馬，備臨禍潛出，可謂深思熟慮矣。”但是傳說中的密道是否存在呢?對這段歷史很有研究的季士家老先生多年前發現，1978年太平門裡一家叫南京鋼銼的工廠要建棟新樓，挖地下室挖出了地道。從挖出情況看，高度大概在兩米五左右，寬度在兩米左’右。當年發現地道的地方就在原來明皇宮的旁邊。可這一個地道是否能直通皇宮?2005年6月的一天，季老先生接到一個電話，說在清涼山旁邊的國防園發現一個明代涵洞。涵洞位於原明故宮的宮城外，在明代主要是為排水用的，但不下雨時，是沒水的旱洞，完全可以容納一個人通過。根據季先生的推斷，這個涵洞很可能就是地道的出口。為了求生，建文帝使了一個火燒皇宮的金蟬脫殼計，從這個涵洞鑽進地道逃走了。
那麼，既然建文帝有可能遜國出亡，他又去了哪裡呢?綜合各種資料，有如下幾種說法：遜國為僧，雲遊四方
正如《明史紀事本末》記載，建文帝從南京逃出後，帶著楊應能、葉希賢、程濟兩比丘一道，隱名易服，雲遊天下。當時建文帝被攆下台後，可以說是四面楚歌，無處藏身。因為當年建文帝大刀闊斧地“削藩”時，引起了藩王的恐慌和憎恨，這個時候根本不可能有哪個藩王站出來幫助建文帝，因此他只有去西南的貴州一帶(當年貴州尚未建省，於永樂十一年，即1413年才正式建省)。為逃脫追捕，“西遊重慶，東到天台，轉入祥符，僑居西粵，中間結庵於白龍，題詩於羅永，兩入荊楚之鄉，三幸史彬之第”。建文帝曾流亡於雲南、貴州、四川、青海一帶，很多地方都留有建文帝的遺址和傳說。
雲南省楚雄州武定縣獅山，現存很多有關建文帝的歷史遺蹟和傳說。在獅子山上，原先由元代印度僧人指空和尚擴建的正續禪寺，並沒有指空和尚的一席之地，在大雄寶殿中央端坐的卻是建文帝身披袈裟、頭頂摩戒的塑像。寺內大雄寶殿的柱子上，則有這樣一副楹聯：“僧為帝，帝亦為僧，數十載衣缽相傳，正覺依然皇覺舊;叔負侄，侄不負叔，八千里芒鞋徒步，獅山更比燕山高。”聯內所說的皇覺寺，指明太祖朱元璋早年為僧之所;“叔負侄”指朱棣篡奪了侄兒朱允炆的帝位。顯然作此聯的古人堅信朱允炆曾在此為僧，並寄以同情。
聯中“衣缽相傳”語，概括了祖父朱元璋由僧為帝，孫子朱允炆由帝為僧的滄桑巨變。在《明史紀事本末》中，記載有建文帝所作詩詞數首，都是反映他在雲南一帶流浪生活的，如《宿永慶寺》、《羅永庵題壁七律兩首》、《七言述懷》等。其中《七言述懷》云：“牢落西南四十秋，蕭蕭白髮已盈頭。乾坤有恨家何在，江漢無情水自流。長樂宮中雲氣散，乾元閣上雨聲收。新蒲細柳年年綠，野老吞聲哭未休。”據說這首詩是建文帝在朱棣死後，“決意東行”，擬回京參見新皇帝時所作。今日獅子山上亦立有此碑。
逃向何方
關於建文帝出亡一事，以清代學者谷應泰編撰的《明史紀事本末》的記載最具有代表性。它成書早於《明史》，為私人著述，權威性是被當時人們所認可的。他認為建文帝並未自焚，而是在大臣的保護下由密道逃出南京。
據谷應泰記載，建文四年六月，建文帝得知南京金川門失守，長吁短嘆，欲自殺。翰林院編修程濟建議，不如出走流亡。太監王鉞跪在地上提醒皇上，高皇帝升天之前，留下一個寶匣，交代說，如有大難，可以打開。眾人一起趕到奉先殿左側，看到一個紅色寶匣，四周用鐵封著，鎖也用鐵灌注。建文帝一見祖父的遺物，不免悲慟，下令焚燒大內，皇后馬氏赴火死。程濟砸開寶匣後，但見裡面有三張度牒，分別寫著“應文”、“應能”、“應賢”，裡面還有和尚的袈裟、僧帽、僧鞋、剃刀，以及銀元寶十錠。寫著：“應文從鬼門出，其餘人等從水關御溝而行，薄暮時分在神樂觀的西房會合。”建文帝嘆道，這豈非天數!程濟立即為皇上剃去頭髮，換上袈裟、僧帽、僧鞋。楊應能表示願意剃度，隨帝流亡;監察御史葉希賢毅然說，臣名賢，無疑就是“應賢”，也剃度改裝隨從。當時在殿上的五六十人痛哭流涕，都表示要隨從流亡。建文帝說，這麼多人一起行動，勢必引起懷疑。於是決定由九人陪他前往鬼門，在神樂觀乘船至太平門。民間盛傳當建文帝出鬼門時，門外正好有一艘小船，船中有一道士，呼建文帝乘舟，並叩首稱萬歲。道士說：“昨夜夢見高皇帝，命臣來此守候。”
這段富有傳奇色彩的文字，其真實性讓人懷疑，可谷應泰講得栩栩如生，令人真假難辨。建文帝到底是自焚而死呢，還是由密道逃離南京了?
在此後的一些典籍中，也出現了關於建文帝逃出宮所走密道的描述。《明史考證》有這樣一段記載：“宮中陰溝，直通土城之外，高丈二，闊八尺，足行一人一馬，備臨禍潛出，可謂深思熟慮矣。”但是傳說中的密道是否存在呢?對這段歷史很有研究的季士家老先生多年前發現，1978年太平門裡一家叫南京鋼銼的工廠要建棟新樓，挖地下室挖出了地道。從挖出情況看，高度大概在兩米五左右，寬度在兩米左’右。當年發現地道的地方就在原來明皇宮的旁邊。可這一個地道是否能直通皇宮?2005年6月的一天，季老先生接到一個電話，說在清涼山旁邊的國防園發現一個明代涵洞。涵洞位於原明故宮的宮城外，在明代主要是為排水用的，但不下雨時，是沒水的旱洞，完全可以容納一個人通過。根據季先生的推斷，這個涵洞很可能就是地道的出口。為了求生，建文帝使了一個火燒皇宮的金蟬脫殼計，從這個涵洞鑽進地道逃走了。
那麼，既然建文帝有可能遜國出亡，他又去了哪裡呢?綜合各種資料，有如下幾種說法：遜國為僧，雲遊四方
正如《明史紀事本末》記載，建文帝從南京逃出後，帶著楊應能、葉希賢、程濟兩比丘一道，隱名易服，雲遊天下。當時建文帝被攆下台後，可以說是四面楚歌，無處藏身。因為當年建文帝大刀闊斧地“削藩”時，引起了藩王的恐慌和憎恨，這個時候根本不可能有哪個藩王站出來幫助建文帝，因此他只有去西南的貴州一帶(當年貴州尚未建省，於永樂十一年，即1413年才正式建省)。為逃脫追捕，“西遊重慶，東到天台，轉入祥符，僑居西粵，中間結庵於白龍，題詩於羅永，兩入荊楚之鄉，三幸史彬之第”。建文帝曾流亡於雲南、貴州、四川、青海一帶，很多地方都留有建文帝的遺址和傳說。
雲南省楚雄州武定縣獅山，現存很多有關建文帝的歷史遺蹟和傳說。在獅子山上，原先由元代印度僧人指空和尚擴建的正續禪寺，並沒有指空和尚的一席之地，在大雄寶殿中央端坐的卻是建文帝身披袈裟、頭頂摩戒的塑像。寺內大雄寶殿的柱子上，則有這樣一副楹聯：“僧為帝，帝亦為僧，數十載衣缽相傳，正覺依然皇覺舊;叔負侄，侄不負叔，八千里芒鞋徒步，獅山更比燕山高。”聯內所說的皇覺寺，指明太祖朱元璋早年為僧之所;“叔負侄”指朱棣篡奪了侄兒朱允炆的帝位。顯然作此聯的古人堅信朱允炆曾在此為僧，並寄以同情。
聯中“衣缽相傳”語，概括了祖父朱元璋由僧為帝，孫子朱允炆由帝為僧的滄桑巨變。在《明史紀事本末》中，記載有建文帝所作詩詞數首，都是反映他在雲南一帶流浪生活的，如《宿永慶寺》、《羅永庵題壁七律兩首》、《七言述懷》等。其中《七言述懷》云：“牢落西南四十秋，蕭蕭白髮已盈頭。乾坤有恨家何在，江漢無情水自流。長樂宮中雲氣散，乾元閣上雨聲收。新蒲細柳年年綠，野老吞聲哭未休。”據說這首詩是建文帝在朱棣死後，“決意東行”，擬回京參見新皇帝時所作。今日獅子山上亦立有此碑。