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陝西方面，徐達一軍直下奉元（今西安），元將張思道未戰即逃，李思齊雖有十萬大軍，也不敢做像樣的抵抗，西奔臨洮。徐達與諸將異議，堅持己見，他認定要先拿關中元將中最硬的李思齊開刀，直下隴州（今陝西隴縣）、秦州（今甘肅天水）、鞏昌（今甘肅隴西）、蘭州。由於事先做過不少“思想工作”，李思齊向明軍投降，附近元軍殘部皆望風降服。
張思道從奉元逃跑後，向寧夏方向逃跑，留其弟張良臣和姚暉等人守慶陽。到了寧夏，窮蹙勢孤的張思道走投無路，只得向王保保“報到”。王保保這個氣，張口大罵從前你這個王八蛋與我爭關中的勇氣哪裡去了，馬上把他押入囚牢關了起來。慶陽方面，張思道之弟張良臣詐降，結果使明軍受降部隊損失慘重。徐達聞訊大怒，指揮四路大軍圍攻慶陽。元廷派出數道兵增援，皆被圍城明軍打敗潰逃而去。堅守數日，慶陽城中糧盡，守將之一的姚暉向明軍投降，張良臣等人跳井未死，被明軍撈出後皆剮切於軍營之前。
王保保得知慶陽失陷後，便集兵猛攻蘭州。猛攻數日，難克堅城。憤懣之下，王保保率元軍在蘭州附近大掠泄憤。出乎他意料的是，明朝大將徐達來得快，在定西車道峪與王保保狹路相逢。
元、明兩軍中間隔一條深溝，樹柵其間，作持久相鬥狀。明軍糧多兵壯，有持久戰的本錢；王保保元軍情怯糧少，先自慌了心神。徐達使心理戰，命令明軍晝夜不停發動假攻擊，使元軍不得片刻休息。鬧騰了兩天，明軍忽然閉營假裝休整，筋疲力盡的元軍謝天謝地，終於有機會吃塊軍糧想歇一覺。殊不料，大半夜間，明軍全軍發動攻擊，又累又乏的元軍根本不敵，近十萬將卒被生擒，王保保僅與妻兒數人北走黃河，“得流木以渡，遂奔和林”。
這次，不僅他本人狼狽到家，基本上也把北元最大一份家底也賠光。
應昌方面，城池完整，但仍舊面臨老問題：糧糙不足，難以拒守。王保保等人一直上書順帝讓他離開這一危險地帶去和林，但這半老頭子仍舊想回大都，希望元軍會創造“奇蹟”。奇蹟未看到，痢疾卻先到。早已被“大喜樂”淘虛了身子骨的元順帝又貪嘴，多吃了些不乾淨的牛羊肉，忽染痢疾。缺醫少藥加上抵抗力過弱，五十一歲的順帝活活拉死。大元最後一代帝王，死得如此不堪。
皇太子愛猷識理達臘這回終於可以做皇帝了，他改元“宣光”，即杜甫《北征詩》中之意：“周漢獲再興，宣光果明哲”，頗有中興大元之意。這位太子爺雖然一直是個“事頭”，又好佛法又喜歡腐化，其實他的漢文化功底頗為深厚，除能寫一筆瀟灑遒勁宋徽宗體書法外，還會作漢詩。其詩大多散軼不存，只在《糙木子》一書中存有一首《新月詩》：“昨夜嚴陵失釣鉤，何人移上碧雲頭。雖然未得團圓相，也有清光遍九州。”清新可喜，就是沒有帝王氣象在詩中。（此詩有人誤記為朱元璋的太子所作）
皇太子帝位還未坐熱乎，朱元璋的外甥李文忠已經統大軍殺來。本來他是大將常遇春的副手，常大將軍在攻克上都後得暴疾身亡，所以小李就成為這支大軍的總指揮。聽說元順帝已死，皇太子還在應昌，求功心切的李文忠馬上向這座城市發動進攻。結果自不必說，明軍殺擒元軍數萬，並活捉了北元皇帝愛猷識理達臘的皇后、嬪妃、宮女以及他的兒子買的里八剌。“新帝”腿腳利索，又逃過一次大難，最終逃往和林。
明洪武五年，朱元璋怕北元死灰復燃，派徐達、李文忠等人大軍四出，統十五萬精騎準備徹底消滅王保保和愛猷識理達臘。明軍初戰得利，但進至嶺北，遭遇王保保埋伏，大敗一場，死了幾萬人（明朝自己說是一萬多）。“明年，擴廓（王保保）復攻雁門，（明太祖）命諸將嚴為之備，自是明兵希（甚少）出塞矣。”
早在此次出軍前，明太祖曾七次往王保保軍營“遣使通好”，王保保皆不應。最後，朱元璋派出王保保父親的好友、元朝降將李思齊出塞，想以言語打動王保保歸降。王保保對這位先前與自己關中大戰的“老叔”很客氣，又請吃飯又請喝酒，就是不提歸降之事。呆了數日，王保保派人禮送“老叔”出境。行至塞下，送行騎士臨別，忽然對李思齊說：“主帥有命，請您留一物當做紀念。”李思齊很奇怪：“我自遠而來，未帶重禮。”騎士說：“希望您留下一臂以為離別之禮！”望著面色嚴肅的精甲鐵騎數百人皆對自己虎視眈眈，李思齊自知不免，只得自己抽刀切下一條胳膊交與騎士。傷口雖然齊整，又有從人救護，難免流血過多，老李回來後不久即死掉，在新朝也沒享幾天好福。
正因如此，朱元璋對王保保更是油然生敬。一日，他大會諸將宴飲，問：“天下奇男子，誰也？”大家皆回答：“常遇春所將不過萬人，橫行天下無敵手，足可稱是真奇男子！”朱元璋搖頭一笑：“常遇春雖人傑，我能得而臣之。天下奇男子，非王保保莫屬！”
大起大落後，王保保在和林與從前的“皇太子”關係相處和睦，洪武六年又統軍殺回長城邊，但被老對手徐達候個正著，在懷柔把他所率元軍打得大敗而去。洪武八年，正值壯年的王保保染疾而死，其妻毛氏自縊殉夫。
洪武十一年，愛猷識理達臘也病死，殘元大臣諡其為“昭宗”，並擁其弟弟（有說是其子）脫古思帖木兒為帝。十年後，這位爺在捕魚兒海（有說是貝加爾湖，有說是距熱河不遠的達爾泊）晃悠，被明朝大將藍玉偵知消息，率十萬大軍前去攻擊。明軍殺元軍數千，生擒近八萬人，就是跑了脫古思帖木兒本人。此時的北元皇帝再無昔日的威赫聲名和尊嚴。逃往和林路上，他被叛臣也速迭兒縊死。
百年之前，蒙古軍隊如同火山中噴流出的熾熱岩漿，沒有任何東西能阻擋他們的滾滾向前。他們騎著蒙古矮馬，身上除了那張弓有些不成比例的長大外，武器簡單而實用。正是憑藉這些頭腦仍處於蒙昧時代的原始的衝動，蒙古武士以極少的人數，完成了人類歷史上史無前例的征服，無數種文明皆似漂亮的琉璃一樣粉碎在狼牙棒下。歐洲的重鎧騎士們有命逃回城市的，便向主教和國王渲染黃色面孔海洋般集涌而來的恐懼，這就是“黃禍”一詞的產生。實際上，這些騎著高頭大馬身穿精鋼鐵甲的大個子們無非是以敵人的眾多來掩飾自己戰敗的無能而已，西進的蒙古軍隊雖然殺人無數、毀城無數、擊敗有建制的軍隊無數，但他們最大的戰役從未使用過十二萬人以上的兵力。當然，“黃禍”渲染者的謊言基本無人拆穿，因為己方的目擊者基本上都已在驚愕中死於蒙古人的弓箭或者刀下。
光榮蒙古武士的後代，僅僅過了一百年，退化如此嚴重，與從前相比，他們的戰馬更高大，身體更肥碩，打仗的行頭要複雜數倍，但仍然被漢人軍隊摧枯拉朽般地一擊再擊，一退再退，終於縮回青糙漫天的糙原。其實，蒙古戰士的體魄並未因百年歲月而變得虛弱，惟一改變的，只是他們昔日那種奮不顧身、勇往直前的勃勃勇氣！