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指揮控制系統是天軍的神經中樞，它是天軍人員最多的部門，有一個司令部，下轄數個地面太空基地及一個載人空間站指揮中心和一個信息戰作戰中心。負責收集、處理情報預警系統和其它軍種傳來的太空戰所需的情報，組織各種太空戰兵器適時、準確、迅速、協調地進行太空行動，指揮反彈道飛彈和巡航飛彈的防禦，統籌安排各發射基地的後勤保障。它的另一項職責是和其它軍種進行合同作戰，為其它軍種提供全面的偵察、通信、預警、導航、氣象等保障，從而使各種飛彈精確擊中目標，使大批的艦隊安全順利航行，使各種飛機準確飛行。
攔截打擊系統是太空軍的“堅盾利劍”，根據情報預警系統和指揮控制系統提供的目標情況和作戰指令，依靠動能、定向能武器為主的硬殺傷手段和衛星干擾、電腦病毒等軟殺傷手段，不但對敵空間目標實施打擊，還要有選擇地破壞敵地面武器系統。
它由各種太空戰兵器構成，按其發射位置可分為陸基、海基、空基和天基武器系統。
目前在技術上比較可靠的武器系統是陸、海基反彈道飛彈系統、陸基反固定軌道衛星飛彈系統和陸、空基雷射武器系統，而空、天基地反衛星飛彈系統已緊隨美國人之後研製成功。
薛皓簡和錢寒白聽取專家們的意見決定重點發展六大武器系統：首先是載人空間攻擊系統。在載人空間站上安裝重型反衛星、反飛彈武器系統，由人來操縱並摧毀空間目標，並研究防禦用的反雷射裝甲和防撞網。在太空梭與空天飛機的基礎上，發展裝載輕型反衛星、反飛彈武器系統的太空戰鬥機和空天戰鬥機，靈活地攻擊空天目標並可進行天襲。眾人都預計到，太空將是人類未來爭奪最劇烈的戰場，中國人曾經在‘航海大發現’時代落伍的痛苦經歷使薛皓簡和錢寒白決定不能再在航天時代受制於人。
其次是定向能武器系統。如強雷射武器、射頻／微波武器和帶電粒子束武器等。強雷射武器是解放軍擁有的最具世界水平的武器，提高它的發射能量密度，縮小它的發射機體，將使它成為各種軍種的通用武器。薛皓簡和錢寒白特別強調雷射武器具有戰略意義，它史無前例地使防禦者比進攻者更具優勢。
第三是動能武器系統。美國的ＡＳＡＴ空基反衛星動能飛彈系統和陸基彈道飛彈攔截系統的優勢雖然被解放軍的彈道飛彈優勢抵消，薛皓簡和錢寒白認為加強中國自己的這一系統不但逼迫美國投入更大的力量發展彈道飛彈來拉長它越來越力不從心的軍備競賽，而且使中國面對彈道飛彈的後起之秀──日本和印度──具有戰略優勢。
第四是衛星監聽和信息發射系統。它是太空信息戰的物質基礎，通過對敵方經過衛星的軍事保密網信息的截取、收集、分析和破譯，在必要時候在敵人的信息中寄生計算機病毒，使它侵入到軍用通信和指揮控制部門的計算機系統中。這是信息戰的新邊疆，喜好獨出心裁的薛皓簡和錢寒白當然不會放過。
第五是衛星網偵察制導系統。它將減少其它軍種在偵察制導中的不必要的犧牲，發揮解放軍大量被動制導武器的威力，減少戰爭成本。在中國公民和他們的人民代表特別觀注生命損失的今天，它無疑是很受歡迎的武器系統。
最後是天雷系統。天雷，亦稱“太空雷”，是一種帶有戰鬥裝藥的反衛星衛星，主要用於攻擊繞地運行的衛星和部署在太空中的各種戰略防禦系統。它裝有雷殼、引信和裝藥，以及識別、跟蹤目標的探測引導裝置。它還具有向目標靠近的有限機動能力。
天雷由航天工具發射到繞地球運行的軌道上，通過地面指令靠近並攻擊空間活動目標。多個天雷及其控制系統即可組成網狀“天雷陣”。太空梭在運行軌道上一次可布撒幾千枚天雷。天雷是一種結構簡單、價格便宜、部署容易、體積小和重量輕的天基反衛星防天系統。由於中國人對發展價廉物美的東西有特殊天分，薛皓簡和錢寒白當然不想浪費。
薛皓簡和錢寒白對天軍的指揮員們強調太空戰是最複雜和最綜合的戰爭形式，太空軍的每個成員都應具有豐富的知識、開闊的眼界和敏捷的思維。要了解太空戰不只是對制天權的爭奪，它還在其它戰爭領域具有天生優勢。比如太空戰系統在阻止敵人獲得信息優勢方面就將發揮重要的作用。在現代戰爭中，贏得信息優勢將是信息戰的首要目標。由於衛星在信息的獲取、傳輸、控制和使用中占擾著重要地位，那麼對衛星的破壞與反破壞、干擾與反干擾、摧毀與反摧毀將成為現代戰爭中的一項主要內容。
因而運用太空戰系統摧毀、干擾和破壞敵方衛星實際上就起到了阻止敵方獲取信息優勢的重要作用，從而實現以天制地的目的。
此外，從外層空間防禦彈道飛彈看，打彈道飛彈也是天軍的迫切任務。由於打衛星和在大氣層之上打彈道飛彈基本上可以採用相同的武器系統──陸、空基雷射武器和陸、海基動能攔截飛彈，再考慮到未來的空天戰鬥機可以在空、天兩個領域飛行襲擊，因此，衛星和彈道飛彈防禦的統籌考慮是最佳選擇。
作為軍委秘書長，薛皓簡實際上是胡旭湘的主要軍事顧問，不時參與重要的軍事決策。６月的一次軍委會議討論對巴基斯坦、伊朗和阿拉伯國家的軍備輸出的問題。薛皓簡仔細看完由高翔天提交的巴基斯坦所需軍事裝備後，不禁吃驚道：“如果這些裝備到了巴軍手中，那麼巴基斯坦在常規軍備上會處於對印度的優勢。”