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要不要擴大廣東清剿邪教的戰果，孫士毅舉棋不定。倘若敷衍了事，廣東外洋貿易可保，但巡撫及署理總督的位置難保；反之，保住了官位，必須賠掉廣東日趨繁榮的外洋貿易，孫士毅還會成為廣東的千古罪人，受到口岸商人和後任督撫的唾罵。
經反覆斟酌，孫士毅決定仿效潘文岩自繳議罪銀。他先召來布政使陳用敷、按察使姚棻，說通了兩名屬官，然後上認罪折，自咎廣東督撫、司道官員及意籍教士途經府縣官員嚴重失察，甘願罰一年俸銀及半年養廉銀。以罰贖罪，是和珅的一大發明，乾隆嘗到甜頭樂此不疲，硃批：“知罪可訓，著督臣收齊銀兩交戶部。”此時，協辦大學士和珅出任吏部尚書，仍兼戶部事。這筆巨銀自然交給和珅，部分用於乾隆帝用度，部分中飽和珅的私囊。
廣東地方官無一受到行政處罰。湖南湖北不得不效仿廣東，從湖南湘粵交界的宜章縣，一直到湖北襄陽前一站的南津縣，沿途地方官及省城官員統統自罰銀兩。乾隆及和珅財源廣進，共收到七十萬兩銀子。
乾隆五十年三月，哆羅教案審結，查明天主教西洋教士及中國教民，與國內民眾謀反毫無關聯。但是，西洋邪教傳播範圍之廣，潛入內地的傳教士之多，藏匿時間之久，信教刁民之眾，令乾隆帝夜不能寐。尤其是梅神甫、安多呢等西洋教士，藏匿山西、山東達一二十年之久。乾隆諭稱：“此案本應按律定擬，將該犯等即置重辟，第念伊等究系夷人，免其一死，已屬法外之仁，未便仍照向例發回該國懲治。因令刑部將各該犯牢固監禁，以示懲儆。”
十八名西洋傳教士全部囚禁在京師大獄。乾隆著廣東巡撫孫士毅，將審判結果下達給在廣州貿易的西洋商人，“詳悉曉諭，使他們咸知感懼，益加小心，恪守內地法度。”
對於華籍教士教民，懲罰則要嚴厲得多。華籍教士抄家入官，流伊犁給厄魯特（蒙族）為奴；延請接引義大利傳教士的教民，流伊犁給厄魯特為奴。信教民人也都酌情受罰，最嚴厲的流伊犁與厄魯特為奴。
羅馬教廷在中國的傳教事業遭受重大挫折。在京效力的西洋教士積極營救，乞求中國皇帝高抬貴手，寬恕他們。恩威並舉是大清夷務一貫的方略，十月八日，乾隆下恩赦令釋放囚禁的西洋教士。只有十二名夷犯沐浴到天朝皇帝的恩典，另六人死於京師大獄，其中包括五十三歲的羅馬當家哆羅。
孝敬貢銀
乾隆四十一年倪宏文商欠案，對行商橫徵暴斂的粵海關未代賠一兩銀子，而廣東地方官一個不漏自掏腰包替倪宏文代賠所欠外商的銀債。自此，地方官與粵海關交惡，在李湖任廣東巡撫期間，地方與海關的關係惡化到極點。
皇上在錢財上一味關照粵海關；哆羅教案，皇上僅在密折中斥責穆騰額，仍未要海關官員掏銀子贖罪。孫士毅審時度勢，決定同海關重修於好。穆騰額也不願跟地方鬧僵，連州土民饑荒，海關不等孫士毅開口，便捐出兩萬賑災銀。
潘文岩代辦備貢，是前總督舒常一手促成。當時潘振承就叫苦連天，公行貼了兩萬四千兩銀子，還沒討到內務府大爺的一句好話。
公行的用度，有八成由同文行上繳；公行賠墊，幾乎成了潘振承個人賠墊。孫士毅也收到內務府總管大臣伊齡阿的諮文，責備廣東撫院督辦備貢不力。說和中堂親自替皇上驗貢，皇上對廣東的洋貢很不滿意。
孫士毅雖然處事方式時有不當，但絕對是個大清官，對貪贓枉法深惡痛絕。他收到伊齡阿的諮文，氣不打一處出：“什麼皇上不滿意，說到底就是沒有另備一份厚禮孝敬這幫大爺。”孫士毅對潘振承賠墊辦貢反受責深表同情，然而，這幫大爺又不便得罪，他們動輒拿皇上來壓人，你非得按他們的旨意辦不可。
哆羅教案，罰錢最多的是潘振承，一人就罰了十二萬銀兩，倘若再賠墊操辦備貢，啟官非趴下不可。十三行全靠啟官撐著，他若倒下，整個公行就得完蛋。潘振承罰銀十二萬，成為孫士毅為潘振承解脫的理由。因為事情牽扯到粵海關，孫士毅登門拜訪穆騰額。
對操辦常貢備貢，粵海關向來抱著喜憂參半的態度。喜的是辦貢可以邀寵悅聖，還可以藉機為自己辦厚禮孝敬決定他們升遷的大老爺們；憂的是壓力太大，沒辦好邀寵不成就會失寵。行商怨聲載道，海關總不能老叫他們賠墊，所謂減稅彌補最後往往成了一句空話。行商破產或虧損，不僅僅是行商個人的損失，直接影響到海關徵稅。
穆騰額同意免去行商代辦備貢，理由就是潘文岩因教案受罰十二萬銀兩，瀕臨破產。而公行的行用，潘文岩向來要出七至八成。如今潘文岩幾近捉襟見肘，恐無餘銀墊付代辦貢品。
孫士毅和穆騰額聯名上折，稟陳潘文岩的困難。乾隆收到摺子甚感疑惑，行商代辦貢品，墊支超出部分，不是由粵海關在稅款中扣除嗎？墊付馬上就可以得到彌補，還有何困難？
乾隆把李質穎叫來，李質穎先後出任廣東巡撫和粵海關監督，如今在內務府做飼養御馬的上駟院卿，鬱郁不得志。皇上申明要聽真話，李質穎斗膽捅破內幕。按照定製，粵海關每年備貢銀五萬五千兩，其中二萬五千兩按年解京，交內務府造辦處，粵海關自留三萬兩，以備辦貢品之用。如三萬兩不足辦貢品，則另從雜稅中補支。“行商實際上是享受不到雜稅補支的。這一項雜稅減免了，巧立名目增加一項新稅種。海關也不是有意盤剝行商，戶部和內務府都向粵海關伸手要銀子，粵海關只能打行商的主意，弄得他們名義上得到補支，實際上仍是賠墊。”
經反覆斟酌，孫士毅決定仿效潘文岩自繳議罪銀。他先召來布政使陳用敷、按察使姚棻，說通了兩名屬官，然後上認罪折，自咎廣東督撫、司道官員及意籍教士途經府縣官員嚴重失察，甘願罰一年俸銀及半年養廉銀。以罰贖罪，是和珅的一大發明，乾隆嘗到甜頭樂此不疲，硃批：“知罪可訓，著督臣收齊銀兩交戶部。”此時，協辦大學士和珅出任吏部尚書，仍兼戶部事。這筆巨銀自然交給和珅，部分用於乾隆帝用度，部分中飽和珅的私囊。
廣東地方官無一受到行政處罰。湖南湖北不得不效仿廣東，從湖南湘粵交界的宜章縣，一直到湖北襄陽前一站的南津縣，沿途地方官及省城官員統統自罰銀兩。乾隆及和珅財源廣進，共收到七十萬兩銀子。
乾隆五十年三月，哆羅教案審結，查明天主教西洋教士及中國教民，與國內民眾謀反毫無關聯。但是，西洋邪教傳播範圍之廣，潛入內地的傳教士之多，藏匿時間之久，信教刁民之眾，令乾隆帝夜不能寐。尤其是梅神甫、安多呢等西洋教士，藏匿山西、山東達一二十年之久。乾隆諭稱：“此案本應按律定擬，將該犯等即置重辟，第念伊等究系夷人，免其一死，已屬法外之仁，未便仍照向例發回該國懲治。因令刑部將各該犯牢固監禁，以示懲儆。”
十八名西洋傳教士全部囚禁在京師大獄。乾隆著廣東巡撫孫士毅，將審判結果下達給在廣州貿易的西洋商人，“詳悉曉諭，使他們咸知感懼，益加小心，恪守內地法度。”
對於華籍教士教民，懲罰則要嚴厲得多。華籍教士抄家入官，流伊犁給厄魯特（蒙族）為奴；延請接引義大利傳教士的教民，流伊犁給厄魯特為奴。信教民人也都酌情受罰，最嚴厲的流伊犁與厄魯特為奴。
羅馬教廷在中國的傳教事業遭受重大挫折。在京效力的西洋教士積極營救，乞求中國皇帝高抬貴手，寬恕他們。恩威並舉是大清夷務一貫的方略，十月八日，乾隆下恩赦令釋放囚禁的西洋教士。只有十二名夷犯沐浴到天朝皇帝的恩典，另六人死於京師大獄，其中包括五十三歲的羅馬當家哆羅。
孝敬貢銀
乾隆四十一年倪宏文商欠案，對行商橫徵暴斂的粵海關未代賠一兩銀子，而廣東地方官一個不漏自掏腰包替倪宏文代賠所欠外商的銀債。自此，地方官與粵海關交惡，在李湖任廣東巡撫期間，地方與海關的關係惡化到極點。
皇上在錢財上一味關照粵海關；哆羅教案，皇上僅在密折中斥責穆騰額，仍未要海關官員掏銀子贖罪。孫士毅審時度勢，決定同海關重修於好。穆騰額也不願跟地方鬧僵，連州土民饑荒，海關不等孫士毅開口，便捐出兩萬賑災銀。
潘文岩代辦備貢，是前總督舒常一手促成。當時潘振承就叫苦連天，公行貼了兩萬四千兩銀子，還沒討到內務府大爺的一句好話。
公行的用度，有八成由同文行上繳；公行賠墊，幾乎成了潘振承個人賠墊。孫士毅也收到內務府總管大臣伊齡阿的諮文，責備廣東撫院督辦備貢不力。說和中堂親自替皇上驗貢，皇上對廣東的洋貢很不滿意。
孫士毅雖然處事方式時有不當，但絕對是個大清官，對貪贓枉法深惡痛絕。他收到伊齡阿的諮文，氣不打一處出：“什麼皇上不滿意，說到底就是沒有另備一份厚禮孝敬這幫大爺。”孫士毅對潘振承賠墊辦貢反受責深表同情，然而，這幫大爺又不便得罪，他們動輒拿皇上來壓人，你非得按他們的旨意辦不可。
哆羅教案，罰錢最多的是潘振承，一人就罰了十二萬銀兩，倘若再賠墊操辦備貢，啟官非趴下不可。十三行全靠啟官撐著，他若倒下，整個公行就得完蛋。潘振承罰銀十二萬，成為孫士毅為潘振承解脫的理由。因為事情牽扯到粵海關，孫士毅登門拜訪穆騰額。
對操辦常貢備貢，粵海關向來抱著喜憂參半的態度。喜的是辦貢可以邀寵悅聖，還可以藉機為自己辦厚禮孝敬決定他們升遷的大老爺們；憂的是壓力太大，沒辦好邀寵不成就會失寵。行商怨聲載道，海關總不能老叫他們賠墊，所謂減稅彌補最後往往成了一句空話。行商破產或虧損，不僅僅是行商個人的損失，直接影響到海關徵稅。
穆騰額同意免去行商代辦備貢，理由就是潘文岩因教案受罰十二萬銀兩，瀕臨破產。而公行的行用，潘文岩向來要出七至八成。如今潘文岩幾近捉襟見肘，恐無餘銀墊付代辦貢品。
孫士毅和穆騰額聯名上折，稟陳潘文岩的困難。乾隆收到摺子甚感疑惑，行商代辦貢品，墊支超出部分，不是由粵海關在稅款中扣除嗎？墊付馬上就可以得到彌補，還有何困難？
乾隆把李質穎叫來，李質穎先後出任廣東巡撫和粵海關監督，如今在內務府做飼養御馬的上駟院卿，鬱郁不得志。皇上申明要聽真話，李質穎斗膽捅破內幕。按照定製，粵海關每年備貢銀五萬五千兩，其中二萬五千兩按年解京，交內務府造辦處，粵海關自留三萬兩，以備辦貢品之用。如三萬兩不足辦貢品，則另從雜稅中補支。“行商實際上是享受不到雜稅補支的。這一項雜稅減免了，巧立名目增加一項新稅種。海關也不是有意盤剝行商，戶部和內務府都向粵海關伸手要銀子，粵海關只能打行商的主意，弄得他們名義上得到補支，實際上仍是賠墊。”