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隨著戰局的展開，形勢日漸緊張。新運總會的黃仁霖從勵志總社抽調一部分人手，成立“軍事委員會戰地服務團”，黃仁霖任主任，閻寶航任副主任。戰地服務團下設總務、慰問、服務三個組。閻寶航多次率南京知名人士乘汽車，攜慰問品，到上海抗戰前線慰勞抗日將士。為避開白天敵機轟炸，慰問團常在夜裡前去。他不避艱辛，不怕危險，為多慰勞前線將士，有時候專門到上海去徵購慰勞物品，再由上海出發深入前線慰問。上海方面的愛國人士、社會賢達給閻寶航的慰勞活動以大力支持。報紙上紛紛報導閻寶航與各方人士赴前線慰問的消息。
1937年11月20日，日軍逼近南京，國民政府通告中外即日遷都重慶，南京所有機關單位和抗日指揮中樞暫移武漢，於是南京居民迅速撤退。新運總會人員分水陸兩路奔向武漢。閻寶航和盧廣績、方慶瑛三人在長江渡口，登上英國太古船。船開後，閻寶航發現船底層滿是從前線下來橫躺豎臥的傷兵，表現出異乎尋常的焦急。他立即闖進同船來的朱慶瀾將軍的房間，與他商斟辦法。他們決定立即在船上開展募捐，救濟傷員。於是，在閻寶航的安排下，由方慶瑛和同船的徐仲航各帶一位護士和自告奮勇者開始募捐活動，共募得現金兩千元左右，全部獻給了這些傷兵。
撤退到武漢的東總總部和新運總會總部設在武昌明月橋14號。這時的閻寶航，既是東總主席團成員，又是東總地下黨組成員，具體負責關外工作。其他人員的分工是，高崇民、陳先舟負責組織工作，於毅夫負責主編東總機關刊物《反攻》半月刊，該刊成為宣傳黨的抗日民族統一戰線政策和團結廣大東北人民的言論核心與陣地。
1938年1月，由於“我黨積極組織和領導抗日活動，建立和擴大敵後抗日根據地。為了給抗日根據地培養、輸送幹部，根據周恩來同志指示，東總黨組開辦一個短期訓練班”。東總黨組根據周恩來指示，決定在北平、武漢、西安等地秘密開辦短期幹部訓練班，把在武漢開辦訓練班的任務交給了閻寶航。為掩人耳目，閻寶航將訓練班命名為“新生活幹部訓練班”，而且經費也由新運總會支付。閻寶航成立了“訓練委員會”，負總責，執行委員為徐壽軒，日常工作由徐仲航負責，設秘書處專門負責訓練班的具體工作。以新運總會名義舉辦的新生活幹部訓練班在武昌明月橋順直會館開辦。訓練班由劉瀾波、於毅夫擔任主講。聶鶴亭講游擊戰術、寧匡烈講爆破技術。同時邀請中共長江局的鄧穎超、李濤以及劉咸一等講授民眾運動、政治常識、宣傳辦法、農村工作、救護等訓練課程。政治課主要內容是講授動員組織民眾、堅持抗戰到底以及如何鞏固抗日民族統一戰線等。訓練班學員從東北大、中學校學生中挑選。先後共辦3期，每期兩個月，受訓青年近50人。第一、二期學員畢業後，閻寶航分別通過八路軍辦事處介紹他們到太行山抗日根據地和安徽李宗仁第五戰區工作。第三期開辦不久，黃仁霖對訓練班的實質似乎有所察覺，對閻寶航說：“這期訓練班的學員我們都不要了，由你隨便安排，錢花就花了，也不用作報銷手續。”從而迫使這期訓練班提前畢業。閻寶航把一部分學員介紹給各戰區，一部分學員介紹給陶鑄、李范一主辦的湖北湯池合作社幹部訓練班，其餘都陸續介紹去延安和各戰地工作。《新華日報》發表文章稱讚：三期訓練班“成績均甚優良，受訓青年，均已介紹到前方工作”。另據徐壽軒《兩周訓練紀實》一文記載，訓練班共計109名學員，結業時自謀工作者只有28人，參加太行山游擊隊者14人，赴河南農村工作者10人，赴臨汾游擊隊者32人，赴浙江從事民運者3人，赴石友三部隊者4人，到湖北農村合作工作者28人。
到達武漢初期，閻寶航仍然擔任新運總會與戰地服務團領導職務，工作相當繁忙。“他奔走國是，席不暇暖。飲食起居，也獨自操持，十分辛勞”，但仍樂此不疲。當時，蘇聯政府為支援中國的抗日戰爭，專門派出空軍志願隊與日軍作戰。閻寶航不僅盛讚蘇聯空軍志願人員伸張正義的國際主義精神，並以戰地服務團名義，派人到襄陽等地開闢空軍招待所，專門招待蘇聯空軍志願隊人員。翟梅林就是閻寶航親自選派為蘇聯空軍志願隊人員服務的青年。翟梅林回憶說：
在漢口拜謁閻老時，閻老在百忙中還耐心地對蘇聯志願軍不遠萬里援助中國，打擊日寇，給予很高的評價。他說我們自己力量不夠，蘇聯伸張正義，助我於困難之中，正是“患難之交”。諄諄囑我要以最大努力，盡到後勤招待工作的責任，使其賓至如歸。蘇聯這樣的無私援助，不僅要感謝，更需要學習。叫我好好地想一想，這是否如孫中山先生所說的“以平等待我之民族，共同奮鬥”，志願軍是為什麼？孫中山先生“聯共”政策應如何對待？閻老的啟發，使我面對實際，從眼前身邊事物與利益，狹隘自私的小圈子中走出來。更感到國家興亡，匹夫有責的實際意義，也糾正了一些人說蘇聯和帝國主義一樣的謬論。如果是那樣為什麼蘇聯還派志願軍幫助中國抗擊日寇呢？當然那時，還有很多事物不懂，更沒有接觸過，但對抗戰救國前途，確抱有自然的樂觀看法。不管怎樣，只要閻老點頭，叫做的，便當是對的。
1937年11月20日，日軍逼近南京，國民政府通告中外即日遷都重慶，南京所有機關單位和抗日指揮中樞暫移武漢，於是南京居民迅速撤退。新運總會人員分水陸兩路奔向武漢。閻寶航和盧廣績、方慶瑛三人在長江渡口，登上英國太古船。船開後，閻寶航發現船底層滿是從前線下來橫躺豎臥的傷兵，表現出異乎尋常的焦急。他立即闖進同船來的朱慶瀾將軍的房間，與他商斟辦法。他們決定立即在船上開展募捐，救濟傷員。於是，在閻寶航的安排下，由方慶瑛和同船的徐仲航各帶一位護士和自告奮勇者開始募捐活動，共募得現金兩千元左右，全部獻給了這些傷兵。
撤退到武漢的東總總部和新運總會總部設在武昌明月橋14號。這時的閻寶航，既是東總主席團成員，又是東總地下黨組成員，具體負責關外工作。其他人員的分工是，高崇民、陳先舟負責組織工作，於毅夫負責主編東總機關刊物《反攻》半月刊，該刊成為宣傳黨的抗日民族統一戰線政策和團結廣大東北人民的言論核心與陣地。
1938年1月，由於“我黨積極組織和領導抗日活動，建立和擴大敵後抗日根據地。為了給抗日根據地培養、輸送幹部，根據周恩來同志指示，東總黨組開辦一個短期訓練班”。東總黨組根據周恩來指示，決定在北平、武漢、西安等地秘密開辦短期幹部訓練班，把在武漢開辦訓練班的任務交給了閻寶航。為掩人耳目，閻寶航將訓練班命名為“新生活幹部訓練班”，而且經費也由新運總會支付。閻寶航成立了“訓練委員會”，負總責，執行委員為徐壽軒，日常工作由徐仲航負責，設秘書處專門負責訓練班的具體工作。以新運總會名義舉辦的新生活幹部訓練班在武昌明月橋順直會館開辦。訓練班由劉瀾波、於毅夫擔任主講。聶鶴亭講游擊戰術、寧匡烈講爆破技術。同時邀請中共長江局的鄧穎超、李濤以及劉咸一等講授民眾運動、政治常識、宣傳辦法、農村工作、救護等訓練課程。政治課主要內容是講授動員組織民眾、堅持抗戰到底以及如何鞏固抗日民族統一戰線等。訓練班學員從東北大、中學校學生中挑選。先後共辦3期，每期兩個月，受訓青年近50人。第一、二期學員畢業後，閻寶航分別通過八路軍辦事處介紹他們到太行山抗日根據地和安徽李宗仁第五戰區工作。第三期開辦不久，黃仁霖對訓練班的實質似乎有所察覺，對閻寶航說：“這期訓練班的學員我們都不要了，由你隨便安排，錢花就花了，也不用作報銷手續。”從而迫使這期訓練班提前畢業。閻寶航把一部分學員介紹給各戰區，一部分學員介紹給陶鑄、李范一主辦的湖北湯池合作社幹部訓練班，其餘都陸續介紹去延安和各戰地工作。《新華日報》發表文章稱讚：三期訓練班“成績均甚優良，受訓青年，均已介紹到前方工作”。另據徐壽軒《兩周訓練紀實》一文記載，訓練班共計109名學員，結業時自謀工作者只有28人，參加太行山游擊隊者14人，赴河南農村工作者10人，赴臨汾游擊隊者32人，赴浙江從事民運者3人，赴石友三部隊者4人，到湖北農村合作工作者28人。
到達武漢初期，閻寶航仍然擔任新運總會與戰地服務團領導職務，工作相當繁忙。“他奔走國是，席不暇暖。飲食起居，也獨自操持，十分辛勞”，但仍樂此不疲。當時，蘇聯政府為支援中國的抗日戰爭，專門派出空軍志願隊與日軍作戰。閻寶航不僅盛讚蘇聯空軍志願人員伸張正義的國際主義精神，並以戰地服務團名義，派人到襄陽等地開闢空軍招待所，專門招待蘇聯空軍志願隊人員。翟梅林就是閻寶航親自選派為蘇聯空軍志願隊人員服務的青年。翟梅林回憶說：
在漢口拜謁閻老時，閻老在百忙中還耐心地對蘇聯志願軍不遠萬里援助中國，打擊日寇，給予很高的評價。他說我們自己力量不夠，蘇聯伸張正義，助我於困難之中，正是“患難之交”。諄諄囑我要以最大努力，盡到後勤招待工作的責任，使其賓至如歸。蘇聯這樣的無私援助，不僅要感謝，更需要學習。叫我好好地想一想，這是否如孫中山先生所說的“以平等待我之民族，共同奮鬥”，志願軍是為什麼？孫中山先生“聯共”政策應如何對待？閻老的啟發，使我面對實際，從眼前身邊事物與利益，狹隘自私的小圈子中走出來。更感到國家興亡，匹夫有責的實際意義，也糾正了一些人說蘇聯和帝國主義一樣的謬論。如果是那樣為什麼蘇聯還派志願軍幫助中國抗擊日寇呢？當然那時，還有很多事物不懂，更沒有接觸過，但對抗戰救國前途，確抱有自然的樂觀看法。不管怎樣，只要閻老點頭，叫做的，便當是對的。