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鮑羅廷的建議無疑使廣州的中共黨組織陷入尷尬境地。譚平山時任國民黨中央組織部部長，一直被看作是親近汪精衛的左派人士，中山艦事件後始終沒有同蔣介石接觸。他對鮑羅廷的建議"苦笑不語"。張國燾宣稱，廣州市流傳的有關破壞國共合作的謠言與中共無關，中共方面只知道有個黨務整理方案，卻不了解詳細的內容，如果中共方面向蔣介石表示忠誠，這"未免太過抹煞中共的地位"。但在鮑羅廷的再三勸說下，張國燾、譚平山只好前往東山拜訪蔣介石。他們按照鮑羅廷的要求，向蔣介石表達了中共對國民黨二屆二中全會的態度。蔣介石自然是"色然而喜，頻頻表示欣慰"。
5月15日，國民黨二屆二中全會在廣州召開。蔣介石當選為主席團成員，並擔任當天會議的執行主席。會上，蔣介石以"消除疑慮，杜絕糾紛"以及"改善中國共產黨與國民黨的關係"為由，提出《整理黨務案》、《選舉中央執行委員會主席案》、《國民黨與共產黨協定事項案》以及《全體黨員重新登記案》等4項提案。
其中，《整理黨務案》是蔣介石與譚延闓、孫科、朱培德、宋子文、甘乃光、陳公博、伍朝樞等聯名提出的。主要內容有兩條：一是整理黨務案的四項原則：改善國民黨與中國共產黨的關係；糾正兩黨黨員妨礙兩黨合作的行動與言論；保障國民黨黨綱黨章的統一權威；確定中國共產黨員加入國民黨的地位與意義。二是組織國共兩黨聯席會議，審查兩黨黨員妨礙合作的行動、言論及其糾紛問題，協定兩黨有連帶關係的各種重要事件。
《選舉中央執行委員會主席案》由蔣介石、譚延闓、譚平山、伍朝樞、程潛、甘乃光、陳公博等聯名提出。建議設立國民黨中央常務委員會主席一人，監督黨務工作的進行。這項提案實際上從組織上進一步排斥了汪精衛。
《國民黨與共產黨協定事項案》是蔣介石單獨提出來的，共有九條。大部分條文是蔣介石同鮑羅廷事先商談好的。後來又增加了一條，即：凡他黨黨員加入國民黨者，在高級黨部（中央黨部、省黨部、特別市黨部）任執行委員時，數額不得超過各該黨部執行委員總數的三分之一。這項議案一提出，"全場相顧驚愕"。
《全體黨員重新登記案》也是蔣介石單獨提出來的。內容是：國民黨全部黨員進行重新登記；各地黨部需要統一，沒有中央命令的黨部一律取消。
這段時間，蔣介石同鮑羅廷又親熱起來。5月16日，蔣介石在審查整理黨務案之後會見了鮑羅廷，說國民黨黨員消極抵制共產黨，不能積極地奮發自強。甚至擔憂國共兩黨黨員"混合革命，小黨勝於大黨"。他乘機提出，革命非統制不可，否則不能成功。鮑羅廷竟然被蔣介石的花言巧語所感動。當晚，蔣介石又趕往鮑公館看電影。
5月20日，會議選出國共兩黨聯席會議代表。其中，國民黨5名，包括蔣介石在內，共產黨只有3名。5月21日，會議發布北伐宣言。22日，會議閉幕。蔣介石在當天發表講話，為提出整理黨務案辯解。他說，他這次是以國民黨員的身份提出整理黨務案的，如果像外界所說的那樣，以為提出整理黨務案的是一位有實力的軍人，那就完全錯了。他提出整理黨務案，是"鑑於現在時局的糾紛和環境的險惡，實在有不能不整理之勢，才提出整理黨務的辦法。"他在講話中還標榜自己如何擁護革命。他說，如果今天有人說我不革命，那就無異於說我反革命，"我不但不能承認，而且要起來反對他。"
會議撤銷了汪精衛的領導職務，選舉張靜江為國民黨中央執行委員會主席。譚延闓接替汪精衛當選為國民黨中央政治會議主席兼國民政府主席，蔣介石不僅接替譚平山擔任國民黨中央組織部長，而且還擔任了國民黨軍人部長。這些人事方面的所謂改革實際上都是蔣介石一手促成的，"形式上經過蔣、張、鮑三巨頭的密商"。
不難發現，這四個提案，特別是蔣介石單獨提出的《國民黨與共產黨協定事項案》主要是針對中國共產黨的，其目的是限制共產黨人在國民黨內的活動，削弱了中國共產黨人在國民黨內的權力，也打擊了共產黨和國民黨左派的勢力。對此，蔣介石直言不諱地說："此時共產黨奪取廣州基地的陰謀既已失敗"。
在中國共產黨看來，國民黨所採取的整理黨務案的辦法，決不是由"容共"到"聯共"，"其用意無寧是限制中共的發展，打擊中共之獨立存在。"
所以，整理黨務案公布後，在廣州的中共黨員"無不萬分激憤"。有些人不滿地責問說，為什麼不主動提出國共合作方式，由黨內合作改為黨外合作？為什麼不退出國民黨？為什麼要被動地受處罰？
儘管鮑羅廷也感到不愉快，但他還是作了"種種有利於自己的解釋"。他聲稱："我們沒有被驅逐出廣東，那就顯示我們仍有勝利的機會。只此一點，就可以證明我們的處理方針並不算是完全錯誤的。"他還自我安慰，說右派並沒有占到什麼便宜，他自己也沒有被扣留，而主張扣留他的胡漢民倒是被趕出了廣州，企圖搗亂的吳鐵城被拘禁了，西山會議派的人也不能插足廣東。右派"連一個職位也沒有撈到，幾乎所有部長都是左派"。這一切都證明受到打擊的不是我們。
5月15日，國民黨二屆二中全會在廣州召開。蔣介石當選為主席團成員，並擔任當天會議的執行主席。會上，蔣介石以"消除疑慮，杜絕糾紛"以及"改善中國共產黨與國民黨的關係"為由，提出《整理黨務案》、《選舉中央執行委員會主席案》、《國民黨與共產黨協定事項案》以及《全體黨員重新登記案》等4項提案。
其中，《整理黨務案》是蔣介石與譚延闓、孫科、朱培德、宋子文、甘乃光、陳公博、伍朝樞等聯名提出的。主要內容有兩條：一是整理黨務案的四項原則：改善國民黨與中國共產黨的關係；糾正兩黨黨員妨礙兩黨合作的行動與言論；保障國民黨黨綱黨章的統一權威；確定中國共產黨員加入國民黨的地位與意義。二是組織國共兩黨聯席會議，審查兩黨黨員妨礙合作的行動、言論及其糾紛問題，協定兩黨有連帶關係的各種重要事件。
《選舉中央執行委員會主席案》由蔣介石、譚延闓、譚平山、伍朝樞、程潛、甘乃光、陳公博等聯名提出。建議設立國民黨中央常務委員會主席一人，監督黨務工作的進行。這項提案實際上從組織上進一步排斥了汪精衛。
《國民黨與共產黨協定事項案》是蔣介石單獨提出來的，共有九條。大部分條文是蔣介石同鮑羅廷事先商談好的。後來又增加了一條，即：凡他黨黨員加入國民黨者，在高級黨部（中央黨部、省黨部、特別市黨部）任執行委員時，數額不得超過各該黨部執行委員總數的三分之一。這項議案一提出，"全場相顧驚愕"。
《全體黨員重新登記案》也是蔣介石單獨提出來的。內容是：國民黨全部黨員進行重新登記；各地黨部需要統一，沒有中央命令的黨部一律取消。
這段時間，蔣介石同鮑羅廷又親熱起來。5月16日，蔣介石在審查整理黨務案之後會見了鮑羅廷，說國民黨黨員消極抵制共產黨，不能積極地奮發自強。甚至擔憂國共兩黨黨員"混合革命，小黨勝於大黨"。他乘機提出，革命非統制不可，否則不能成功。鮑羅廷竟然被蔣介石的花言巧語所感動。當晚，蔣介石又趕往鮑公館看電影。
5月20日，會議選出國共兩黨聯席會議代表。其中，國民黨5名，包括蔣介石在內，共產黨只有3名。5月21日，會議發布北伐宣言。22日，會議閉幕。蔣介石在當天發表講話，為提出整理黨務案辯解。他說，他這次是以國民黨員的身份提出整理黨務案的，如果像外界所說的那樣，以為提出整理黨務案的是一位有實力的軍人，那就完全錯了。他提出整理黨務案，是"鑑於現在時局的糾紛和環境的險惡，實在有不能不整理之勢，才提出整理黨務的辦法。"他在講話中還標榜自己如何擁護革命。他說，如果今天有人說我不革命，那就無異於說我反革命，"我不但不能承認，而且要起來反對他。"
會議撤銷了汪精衛的領導職務，選舉張靜江為國民黨中央執行委員會主席。譚延闓接替汪精衛當選為國民黨中央政治會議主席兼國民政府主席，蔣介石不僅接替譚平山擔任國民黨中央組織部長，而且還擔任了國民黨軍人部長。這些人事方面的所謂改革實際上都是蔣介石一手促成的，"形式上經過蔣、張、鮑三巨頭的密商"。
不難發現，這四個提案，特別是蔣介石單獨提出的《國民黨與共產黨協定事項案》主要是針對中國共產黨的，其目的是限制共產黨人在國民黨內的活動，削弱了中國共產黨人在國民黨內的權力，也打擊了共產黨和國民黨左派的勢力。對此，蔣介石直言不諱地說："此時共產黨奪取廣州基地的陰謀既已失敗"。
在中國共產黨看來，國民黨所採取的整理黨務案的辦法，決不是由"容共"到"聯共"，"其用意無寧是限制中共的發展，打擊中共之獨立存在。"
所以，整理黨務案公布後，在廣州的中共黨員"無不萬分激憤"。有些人不滿地責問說，為什麼不主動提出國共合作方式，由黨內合作改為黨外合作？為什麼不退出國民黨？為什麼要被動地受處罰？
儘管鮑羅廷也感到不愉快，但他還是作了"種種有利於自己的解釋"。他聲稱："我們沒有被驅逐出廣東，那就顯示我們仍有勝利的機會。只此一點，就可以證明我們的處理方針並不算是完全錯誤的。"他還自我安慰，說右派並沒有占到什麼便宜，他自己也沒有被扣留，而主張扣留他的胡漢民倒是被趕出了廣州，企圖搗亂的吳鐵城被拘禁了，西山會議派的人也不能插足廣東。右派"連一個職位也沒有撈到，幾乎所有部長都是左派"。這一切都證明受到打擊的不是我們。