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面對側翼受到的威脅，卡利克拉提達斯盡其所能地去應對。因為他沒有辦法將自己的戰線延伸去挫敗敵人的策略，“於是他將艦隊分為兩支，兩翼各自為戰”（Diodorus 13.98.4）。這樣他就沒了中路，容易遭到停在加里普島前方的那一排雅典戰船的攻擊。但在形勢逼迫下，他不得不在戰術上做一些妥協，畢竟受到的主要威脅（可能被敵人包圍）實在是太嚴峻了，不能忽視。事實上，雅典中路在戰役的第一階段（時間很長，也很激烈）停留在原地。“起先作戰井然有序，後來就亂七八糟廣。”（Xenophon，Hellenica 1.6.33）雅典人對斯巴達側翼的襲擊起初集中在中路，讓斯巴達人幾乎沒有機會去嘗試他們如今更具優勢的機動動作。隨著戰鬥繼續，未參戰且毫髮未傷的雅典中路，對疲憊的斯巴達人的威脅越來越大。卡利克拉提達斯的戰船撞上一艘敵船，他陣亡了。此後，斯巴達左翼敗退了，企圖逃跑。斯巴達陣型終於被打亂，雅典中路投入殺戮和追擊，摧毀了許多逃跑的敵船，自己卻沒有任何損失。在斯巴達右翼，戰鬥持續了很久，非常殘酷，最後與海軍司令一起作戰的拉科尼亞戰船損失了十分之九，其他船隻則全部逃走。雅典右翼阻止了對方向北逃跑，僥倖逃出的少數船隻南下去了希俄斯島、庫麥和弗凱亞等地。米蒂利尼的斯巴達指揮官在得知此役結局後也逃走了，於是科農得以與雅典主艦隊會合。
據狄奧多羅斯說，阿吉紐西戰役“是希臘人對抗希臘人歷史上最偉大的海戰”（13.98.5）。斯巴達人損失了77艘戰船，即全軍戰船的64%，這是一個驚人的數字。在基諾塞馬、阿卑多斯和諾提昂三次戰役中，失敗一方的平均損失為28%。在庫濟庫斯，雅典人運用欺騙、奇襲和多個單位獨立指揮將敵人誘騙到開闊海域並將其包圍，最後擊潰整個斯巴達艦隊。阿吉紐西發生了一場可以與庫濟庫斯戰役相提並論的潰敗，由於雅典人的出色謀略，斯巴達人又一次遭到包圍，與附近陸地的聯繫被切斷。僅僅因為雅典左翼無法封閉缺口，才有一些斯巴達船只得以逃脫。
雅典人的155艘戰船隻損失了25艘，這是一次輝煌的勝利。他們若是在這場戰役中失敗，就必然會輸掉整個戰爭，但憑藉一支匆匆拼湊而成的艦隊，他們殲滅了由呂山德準備和訓練的優勢敵人，並殺死了接替呂山德的勇敢的年輕海軍司令。雅典又一次統領大海，雅典人有理由期望自己在這場戰爭中生存下去，甚至贏得最終勝利。
搜尋倖存者和遇難者
阿吉紐西大捷挽救了雅典人，但他們沒有高興多久，因為他們很快就為了這場戰役的結局而大吵起來。戰役結束後，雅典艦隊分散在越來越洶湧的大海上，大約是4平方英里的海域。他們在戰役中損失的25艘船當中有12艘的殘骸還漂浮著，可能有1000人在掙扎求生，其中很多人抓著船隻殘骸，大量死屍也附著在殘骸上或漂浮在周圍的海面上。三列槳座戰船的船長們在得勝後沒有停下來營救倖存者，也沒有收回死者遺體以便安葬，而是迅速返回了阿吉紐西，商討下一步策略。
對希臘人來說，收回死者遺體幾乎和營救倖存者一樣重要。在史詩中，奧德修斯來到冥界，妥善安排一位陣亡戰友的葬禮。在古典悲劇中，安提戈涅拒絕服從國王的命令，寧願自己喪命，也不願意讓她死去的兄弟暴屍荒野。雅典人為何忽視了這麼神聖的義務？
部分原因是這場戰役出乎雅典人的預料，艦隊比通常情況更加深入開闊海域，並且分散在面積很大的海面上（前411年以來的其他海戰都發生在靠近陸地的狹窄海域）。按照標準程序，戰鬥結束後，勝利者的艦隊會靠岸，然後決定如何營救倖存者和收回死者遺體，以及誰具體負責這些事情。在正常情況下，每次戰役後都會有足夠的時間來完成這項任務。無疑這也是雅典人預期的戰役結果，因為雅典人兩面包圍敵人的計劃會使己方的全部船隻進入離阿吉紐西群島不遠的較小海域。但最後很多敵船逃到了很遠之外，雅典人不得不追擊敵船，這樣一來通常的做法就無法實現了。
船長們最終將艦隊撤回阿吉紐西群島時，出現了第二個問題。科農還在12英里之外，被斯巴達人封堵在米蒂利尼港口。米蒂利尼的斯巴達指揮官愛特奧尼庫斯得知戰役結局之後，肯定會逃跑並與希俄斯島的斯巴達艦隊會合。那麼，斯巴達艦隊就有超過90艘戰船，這會成為一支新艦隊的骨幹力量，以便將來再次挑戰雅典人。這些戰略考慮迫使雅典人將艦隊調往米蒂利尼，以切斷斯巴達人的退路；儘管雅典人肯定是左右為難，不知道是先截斷斯巴達人的退路，還是先履行對倖存者與死難者的義務。最終他們選擇了妥協：艦隊三分之二的船隻及全部8位將軍匆匆趕往米蒂利尼，而47艘戰船則被留下實施搜救，由三列槳座戰船船長塞拉門尼斯和色拉西布洛斯指揮。
這個決定受到了很多批評，但它很有道理。去往米蒂利尼的艦隊如果成功切斷了愛特奧尼庫斯部隊的退路，肯定要發生交戰，所以派遣將軍們（正是他們籌劃和執行了在阿吉紐西的作戰計劃並取得輝煌勝利）去收拾殘敵是很有道理的。塞拉門尼斯和色拉西布洛斯不是普通船長，而是具有突出才幹和豐富經驗的前任將軍。他們開始著手完成自己的使命，但遇到了一個新的困難：海上颳起了風暴，驚濤駭浪，奉命搜尋倖存者和遇難者的人們心驚膽戰。
據狄奧多羅斯說，阿吉紐西戰役“是希臘人對抗希臘人歷史上最偉大的海戰”（13.98.5）。斯巴達人損失了77艘戰船，即全軍戰船的64%，這是一個驚人的數字。在基諾塞馬、阿卑多斯和諾提昂三次戰役中，失敗一方的平均損失為28%。在庫濟庫斯，雅典人運用欺騙、奇襲和多個單位獨立指揮將敵人誘騙到開闊海域並將其包圍，最後擊潰整個斯巴達艦隊。阿吉紐西發生了一場可以與庫濟庫斯戰役相提並論的潰敗，由於雅典人的出色謀略，斯巴達人又一次遭到包圍，與附近陸地的聯繫被切斷。僅僅因為雅典左翼無法封閉缺口，才有一些斯巴達船只得以逃脫。
雅典人的155艘戰船隻損失了25艘，這是一次輝煌的勝利。他們若是在這場戰役中失敗，就必然會輸掉整個戰爭，但憑藉一支匆匆拼湊而成的艦隊，他們殲滅了由呂山德準備和訓練的優勢敵人，並殺死了接替呂山德的勇敢的年輕海軍司令。雅典又一次統領大海，雅典人有理由期望自己在這場戰爭中生存下去，甚至贏得最終勝利。
搜尋倖存者和遇難者
阿吉紐西大捷挽救了雅典人，但他們沒有高興多久，因為他們很快就為了這場戰役的結局而大吵起來。戰役結束後，雅典艦隊分散在越來越洶湧的大海上，大約是4平方英里的海域。他們在戰役中損失的25艘船當中有12艘的殘骸還漂浮著，可能有1000人在掙扎求生，其中很多人抓著船隻殘骸，大量死屍也附著在殘骸上或漂浮在周圍的海面上。三列槳座戰船的船長們在得勝後沒有停下來營救倖存者，也沒有收回死者遺體以便安葬，而是迅速返回了阿吉紐西，商討下一步策略。
對希臘人來說，收回死者遺體幾乎和營救倖存者一樣重要。在史詩中，奧德修斯來到冥界，妥善安排一位陣亡戰友的葬禮。在古典悲劇中，安提戈涅拒絕服從國王的命令，寧願自己喪命，也不願意讓她死去的兄弟暴屍荒野。雅典人為何忽視了這麼神聖的義務？
部分原因是這場戰役出乎雅典人的預料，艦隊比通常情況更加深入開闊海域，並且分散在面積很大的海面上（前411年以來的其他海戰都發生在靠近陸地的狹窄海域）。按照標準程序，戰鬥結束後，勝利者的艦隊會靠岸，然後決定如何營救倖存者和收回死者遺體，以及誰具體負責這些事情。在正常情況下，每次戰役後都會有足夠的時間來完成這項任務。無疑這也是雅典人預期的戰役結果，因為雅典人兩面包圍敵人的計劃會使己方的全部船隻進入離阿吉紐西群島不遠的較小海域。但最後很多敵船逃到了很遠之外，雅典人不得不追擊敵船，這樣一來通常的做法就無法實現了。
船長們最終將艦隊撤回阿吉紐西群島時，出現了第二個問題。科農還在12英里之外，被斯巴達人封堵在米蒂利尼港口。米蒂利尼的斯巴達指揮官愛特奧尼庫斯得知戰役結局之後，肯定會逃跑並與希俄斯島的斯巴達艦隊會合。那麼，斯巴達艦隊就有超過90艘戰船，這會成為一支新艦隊的骨幹力量，以便將來再次挑戰雅典人。這些戰略考慮迫使雅典人將艦隊調往米蒂利尼，以切斷斯巴達人的退路；儘管雅典人肯定是左右為難，不知道是先截斷斯巴達人的退路，還是先履行對倖存者與死難者的義務。最終他們選擇了妥協：艦隊三分之二的船隻及全部8位將軍匆匆趕往米蒂利尼，而47艘戰船則被留下實施搜救，由三列槳座戰船船長塞拉門尼斯和色拉西布洛斯指揮。
這個決定受到了很多批評，但它很有道理。去往米蒂利尼的艦隊如果成功切斷了愛特奧尼庫斯部隊的退路，肯定要發生交戰，所以派遣將軍們（正是他們籌劃和執行了在阿吉紐西的作戰計劃並取得輝煌勝利）去收拾殘敵是很有道理的。塞拉門尼斯和色拉西布洛斯不是普通船長，而是具有突出才幹和豐富經驗的前任將軍。他們開始著手完成自己的使命，但遇到了一個新的困難：海上颳起了風暴，驚濤駭浪，奉命搜尋倖存者和遇難者的人們心驚膽戰。