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那十名錦衣衛早見他們的師傅被砍倒，心知不妙，便想逃跑，卻被隨孫承宗而來的十五名侍衛圍在林子裡全殲滅了。
天啟五年（１６２５年，天命十年）十月，明熹宗聽從魏忠賢建議，派高第以兵部尚書，佩尚方寶劍，經略遼東，進駐山海關。
他一到任上，就藉口柳河兵敗為理由，撤掉山海關總兵馬世龍的職，讓他立即從錦州回到關內去，等候朝廷問罪。接著，高第準備將山海關外的駐兵全部撤進關內，完全採取不謀進取，只圖守關的消極防禦的策略。
由於高第畏敵如虎的政策，激起袁崇煥等將領的竭力反對。可是，高第憑藉著皇上賜給的尚方寶劍，又有魏忠賢及其死黨們的暗中支持，把將領們的建議置於腦後，固執己見，堅持把關外的駐軍撤回來。
高第不戰而退的策略，鬧得軍心不穩，民怨沸騰，難民塞於路，哭聲震於野，並且丟棄米栗十餘萬石，造成軍無戰心，士氣低落。
袁崇煥簡直氣炸了肺，自己辛辛苦苦修築的寧遠城，如此堅固的一座前沿堡壘，卻要拱手送給敵人，哪有這樣的道理？
對孫承宗的罷職，袁崇煥已早有察覺，頗為難過。
袁崇煥的性格剛直，膽略過人，從來不服邪的，對高第的專橫跋扈甚為不滿，特別是動轍以尚方寶劍論處，更為反感。袁崇煥對撤軍之事置之不理，高第也是不答應，執意要他撤軍，見袁崇煥拒不撤兵，又知道皇帝垂信於他，就不再堅持要袁崇煥從寧、前撤軍了。
但是，高第仍然用心險惡，他把寧遠、前屯以外的其他各城堡全都撤防，使寧遠城變成一座孤城！高第的用心之險惡，目的之卑鄙，手段之惡劣，都是前所未有過的。
後金汗王努爾哈赤，在占領廣寧之後的四年之間，雖然派兵兩次打錦州，一次打松山，均遭敗績而歸，以後便不敢再興兵南犯了。
善於聞風而動的努爾哈赤，曾經乘著熊廷弼下台之機，派兵奪占遼瀋；這次又得到孫承宗被罷職還鄉，高第撤軍關內、寧遠城孤守的消息，決定派兵攻打寧遠城，向袁崇煥報那兩次兵敗之仇。
經過充分醞釀、準備，後金國於天啟六年（１６２６年，天命十一年）正月十四日，也就是努爾哈赤去廣寧一帶打圍之後的第四天，便迫不急待地從瀋陽出發，親自統帥大軍十三萬，號稱二十萬人馬，向明朝發動新的、大規模地進攻。
十六日，後金兵馬到達東昌堡，十七日渡過遼河，沒有受到任何阻擋。
為了顯示八旗兵馬的雄威，努爾哈赤於曠野布兵，南到大海，北越廣寧大道，漫山遍野，浩浩蕩蕩，看不到首尾，只見劍戟如林，刀槍的寒光刺人眼目，令人望之膽寒。
大軍抵達西平堡時，前哨軍卒捉住幾名明軍的探馬，經過審問，得知除寧遠城以外的城堡，均無大部隊防守，只有屯衛守員一千人，大凌河城守兵五百人，錦州守兵三千人。
後金兵馬一到，右屯衛守城參將周守廉、錦州游擊肖盛、中軍張賢、都司昌忠、松山參將太輔、中軍毛風義，以及大小凌河、杏山、塔山等各處軍民，按照袁崇煥的布置，實行堅壁清野，焚燒房屋，運走所有的穀物糧食，毫無反抗，紛紛逃走，故意顯示出畏敵如虎的逃跑姿態。
於是，努爾哈赤十幾萬兵馬如入無人之境，毫無阻擋地開進不設防的右屯、錦州、松山、杏山、塔山、大小凌河各城。
當後金的兵馬從瀋陽一出發時，袁崇煥的探馬便來向他報告了。
他與總兵滿桂等商議後，對守城作了嚴密部署：他先喊來參將姚撫民、胡一寧、金冠、還有游擊季善、張國青等，給他們交待了任務。
儘管寧遠城兵將不足三萬人，袁崇煥卻臨戰不驚，指揮若定，團結守城將領，迎戰後金兵馬。
首先，袁崇煥將兵力集中於寧遠城內，撤中左所、右屯等處的兵力，連同從西洋購來的大炮，全部入城，精心布置於城頭。
為了吸取已往教訓，袁崇煥命令同知陳維模負責稽查城內奸細，及時肅清後金的間諜人員在城內活動，發現一個消滅一個，絕不手軟。
袁崇煥準備長期守城，命令通判金啟宗專門負責供應守軍將士的飲食。對將領也作了分工，袁崇煥派總兵滿桂守城東，副將左輔守城西，參將祖大壽守城南，副總兵朱梅守城北；而袁崇煥自己則總督全局，負責全城守御。
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努爾哈赤私秘生活全記錄--第十一章(8)
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從這一天開始，袁崇煥不再下城，就在城上與守城將士一起吃住，在他的鼓舞下，全城軍民立即行動起來，身強力壯的登城防守；不能打仗的，參加後勤巡守巷口，提防奸細。
為向皇上表示決心，袁崇煥在寫給天啟帝的卷表中，表達了他和寧遠城軍民的戰鬥意志，誓死捍衛大明江山社稷，狠狠打擊興兵來犯的後金兵馬！
努爾哈赤本是一個深謀遠慮之人，許多事情都是未雨綢繆，事前早做好準備了。在向寧遠出兵之前，他曾單獨找李永芳、李小芳父子二人，布置往寧遠城派遣諜報人員的事情。
二人肩負著後金汗王努爾哈赤的使命，懷裡揣著馬如龍的書信，進了寧遠城。當時，雖說後金沒有出兵，寧遠城裡已顯示出緊張的備戰氣氛。城上守軍各就各位，嚴陣已待。站崗的、遊動的，還有一隊隊巡邏士卒穿街過巷，盤查可疑行人，既緊張，又有秩序。