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翁同等人和親王奕誴的另外一個矛盾是雲南方面還沒有支付的三萬兩銀子的性質認定問題。潘英章供認已經支付給孫家穆等人五萬兩銀子，還沒有支付的三萬兩銀子是要送給戶部承辦官員及經手書吏的，並不是要送給王文韶和景廉的。孫家穆也供認，王文韶和景廉並沒有參與賄賂款項的分配。因此，翁同等人認為，王文韶其實並沒有收受賄賂。但是，奕誴認為，這預留的三萬兩銀子，是要在事成之後送給王文韶等人的。
怎麼解決兩人之間的矛盾？翁同覺得解決不了。他就召集參與審訊的其他官員，在自己家裡召開小會，孤立親王奕誴。
在翁同家中開會的，有奉旨查辦雲南報銷案的刑部尚書麟書、戶部尚書閻敬銘，原刑部尚書潘祖蔭丁憂後，張之萬繼任，他也參加了會審，此外還有刑部左侍郎薛允升。這五位大臣一致同意限制雲南報銷案追究的範圍，嚴格按律治罪。刑部左侍郎薛允升在刑部任職十多年，精通刑名，其他四個大臣就推舉他來草擬最後的結案奏摺。擬好草稿，大家傳閱後，再找奕誴商量。親王看了定罪草稿後認為判得太輕。同時，他堅持認定留在銀號的三萬多兩銀子是留著送給王文韶和景廉的，雖然他們沒有拿到銀子，但是也要受到懲處。
最後，翁同、麟書、閻敬銘、張之萬、薛允升會同親王，在刑部提訊雲南報銷案的全部人犯，讓他們過堂畫押。雲南報銷案，在翁同等人的主審下，得出了一個官方版本的案情。
崔尊彝、潘英章兩人為了報銷雲南省積壓多年的軍需收支及年例奏銷款項，擔心戶部經辦人員從中作梗，利用朋友關係找到太常寺卿周瑞清，請他從中疏通關係，又找到潘英章的朋友、戶部主事龍繼棟，請他與負責報銷事務的主稿主事孫家穆溝通。崔尊彝拿出八萬兩作為疏通各戶部、工部、兵部關節的部費，首付五萬，事成再給三萬。五萬銀子中，周瑞清留下了五千兩，孫家穆拿到四萬五千兩後，自己留下七千兩，又預留六千兩準備分配給兵部官吏，其餘都分配給了戶部、工部各司官吏，這些款項都經天順祥、乾盛亨等銀號匯兌變現。
專案組還明確了兩個問題。第一是，雲南報銷的財務清冊，合法合規，並沒有虛報亂報的問題。也就是說，按照正常的財務流程，雲南省不送禮行賄，相關部門也會按照正常的程序把雲南的款項給報銷了。原本應該辦理的手續，雲南地方官員送了錢，戶部收錢後通過了報銷；工部審計通過但還沒有上奏；兵部因為雲南省沒有事先造冊，給予駁回。
第二個問題是，雲南報銷清冊中的經費支出所列款項都符合規定，崔尊彝等人用於行賄的銀子並沒有列入軍費中報銷。那麼，這筆行賄的銀子是從哪裡來的呢？審查發現，行賄銀十萬餘兩，都是從雲南省捐納款項的結餘裡面提取的，屬於官銀。崔尊彝用了其中的八萬多兩，將剩餘公款二萬多兩侵吞了，潘英章則侵吞了一千多兩。
在定案的最後時刻，親王奕誴還想把饋贈送禮的所有官員的名單報上去，翁同等人不同意。翁同說：“王爺把這些人奏報上去，是要問罪呢，還是不問罪呢？”親王在關鍵時刻退縮了，說：“不問罪。”翁同說：“既然王爺不打算追究這些人的罪，為什麼還要報告上去呢？不如等我們面奏的時候一起提一下。”經過翁同等人再三勸解，親王才最終同意了定案結論。
慈禧太后接到報告後，召見了親王、翁同、閻敬銘等六人。慈禧隔著帘子問道：“雲南報銷案如何？”
閻敬銘代表大家回答說：“案內不敢一字遺，案外不敢一字牽涉。”他這個回答，其實給全案定了辦事的基本原則，就是局限在因為報銷引起的行賄受賄內，不牽涉更多的人和事。在這一範圍內的，嚴格依法辦事；不在這一範圍內的，一概不問。
慈禧說：“案外的事情，原來就不必牽連。”她肯定了大家的辦案原則後，又問：“此案罪名如何？”閻敬銘簡單匯報了基本情況。慈禧說：“國家多故，天子幼沖，而執法官員敢於舞弊至此。你們這麼辦，沒有輕縱相關罪犯吧？”這時候，親王奕誴動了一下，慈禧馬上問他：“王，你有話儘管說。”
奕誴就說：“潘祖蔭在丁憂之前，定下了退贓減罪的意見，告訴了幾位大人。幾位大人就是根據潘的意見，從輕發落罪犯的。”
翁同趕緊接上話：“潘祖蔭已經去位，即便他不去位，此案也不是他一人所能主持的。”
奕誴又挑起話題，說：“今日須遵旨嚴辦。”當時，翁同等人先遞上的是對軍機大臣景廉的處理意見，建議對景廉從輕發落，所以奕誴才有這樣的說法。
翁同回擊說：“現在沒有降旨嚴辦，就算是有旨要求嚴辦，也要依照律例，怎麼能畸輕畸重？律例是祖宗成法，國家憲章。嘉慶年間就有對類似犯罪從輕發落的先例。只要不枉法，他們的行為都是可以原諒的。”
慈禧聽出翁同話中有話，讓他把枉法不枉法的情況進行詳細說明。翁同舉了之前同類案件的處理意見。慈禧表示明白了。
親王奕誴不死心，又說：“太后垂簾辦事，若輕縱，將來皇上親政時，必有議論。”
怎麼解決兩人之間的矛盾？翁同覺得解決不了。他就召集參與審訊的其他官員，在自己家裡召開小會，孤立親王奕誴。
在翁同家中開會的，有奉旨查辦雲南報銷案的刑部尚書麟書、戶部尚書閻敬銘，原刑部尚書潘祖蔭丁憂後，張之萬繼任，他也參加了會審，此外還有刑部左侍郎薛允升。這五位大臣一致同意限制雲南報銷案追究的範圍，嚴格按律治罪。刑部左侍郎薛允升在刑部任職十多年，精通刑名，其他四個大臣就推舉他來草擬最後的結案奏摺。擬好草稿，大家傳閱後，再找奕誴商量。親王看了定罪草稿後認為判得太輕。同時，他堅持認定留在銀號的三萬多兩銀子是留著送給王文韶和景廉的，雖然他們沒有拿到銀子，但是也要受到懲處。
最後，翁同、麟書、閻敬銘、張之萬、薛允升會同親王，在刑部提訊雲南報銷案的全部人犯，讓他們過堂畫押。雲南報銷案，在翁同等人的主審下，得出了一個官方版本的案情。
崔尊彝、潘英章兩人為了報銷雲南省積壓多年的軍需收支及年例奏銷款項，擔心戶部經辦人員從中作梗，利用朋友關係找到太常寺卿周瑞清，請他從中疏通關係，又找到潘英章的朋友、戶部主事龍繼棟，請他與負責報銷事務的主稿主事孫家穆溝通。崔尊彝拿出八萬兩作為疏通各戶部、工部、兵部關節的部費，首付五萬，事成再給三萬。五萬銀子中，周瑞清留下了五千兩，孫家穆拿到四萬五千兩後，自己留下七千兩，又預留六千兩準備分配給兵部官吏，其餘都分配給了戶部、工部各司官吏，這些款項都經天順祥、乾盛亨等銀號匯兌變現。
專案組還明確了兩個問題。第一是，雲南報銷的財務清冊，合法合規，並沒有虛報亂報的問題。也就是說，按照正常的財務流程，雲南省不送禮行賄，相關部門也會按照正常的程序把雲南的款項給報銷了。原本應該辦理的手續，雲南地方官員送了錢，戶部收錢後通過了報銷；工部審計通過但還沒有上奏；兵部因為雲南省沒有事先造冊，給予駁回。
第二個問題是，雲南報銷清冊中的經費支出所列款項都符合規定，崔尊彝等人用於行賄的銀子並沒有列入軍費中報銷。那麼，這筆行賄的銀子是從哪裡來的呢？審查發現，行賄銀十萬餘兩，都是從雲南省捐納款項的結餘裡面提取的，屬於官銀。崔尊彝用了其中的八萬多兩，將剩餘公款二萬多兩侵吞了，潘英章則侵吞了一千多兩。
在定案的最後時刻，親王奕誴還想把饋贈送禮的所有官員的名單報上去，翁同等人不同意。翁同說：“王爺把這些人奏報上去，是要問罪呢，還是不問罪呢？”親王在關鍵時刻退縮了，說：“不問罪。”翁同說：“既然王爺不打算追究這些人的罪，為什麼還要報告上去呢？不如等我們面奏的時候一起提一下。”經過翁同等人再三勸解，親王才最終同意了定案結論。
慈禧太后接到報告後，召見了親王、翁同、閻敬銘等六人。慈禧隔著帘子問道：“雲南報銷案如何？”
閻敬銘代表大家回答說：“案內不敢一字遺，案外不敢一字牽涉。”他這個回答，其實給全案定了辦事的基本原則，就是局限在因為報銷引起的行賄受賄內，不牽涉更多的人和事。在這一範圍內的，嚴格依法辦事；不在這一範圍內的，一概不問。
慈禧說：“案外的事情，原來就不必牽連。”她肯定了大家的辦案原則後，又問：“此案罪名如何？”閻敬銘簡單匯報了基本情況。慈禧說：“國家多故，天子幼沖，而執法官員敢於舞弊至此。你們這麼辦，沒有輕縱相關罪犯吧？”這時候，親王奕誴動了一下，慈禧馬上問他：“王，你有話儘管說。”
奕誴就說：“潘祖蔭在丁憂之前，定下了退贓減罪的意見，告訴了幾位大人。幾位大人就是根據潘的意見，從輕發落罪犯的。”
翁同趕緊接上話：“潘祖蔭已經去位，即便他不去位，此案也不是他一人所能主持的。”
奕誴又挑起話題，說：“今日須遵旨嚴辦。”當時，翁同等人先遞上的是對軍機大臣景廉的處理意見，建議對景廉從輕發落，所以奕誴才有這樣的說法。
翁同回擊說：“現在沒有降旨嚴辦，就算是有旨要求嚴辦，也要依照律例，怎麼能畸輕畸重？律例是祖宗成法，國家憲章。嘉慶年間就有對類似犯罪從輕發落的先例。只要不枉法，他們的行為都是可以原諒的。”
慈禧聽出翁同話中有話，讓他把枉法不枉法的情況進行詳細說明。翁同舉了之前同類案件的處理意見。慈禧表示明白了。
親王奕誴不死心，又說：“太后垂簾辦事，若輕縱，將來皇上親政時，必有議論。”