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清流黨人敏銳地抓住了這個機會。十月下旬，清流黨的主將，當時擔任詹事府右庶子的張佩綸連續上奏，要求罷免王文韶。除了彈劾王文韶早前名聲惡劣，現在又牽涉雲南報銷醜聞外，張佩綸還指出，王文韶已經眾望不孚，不適合繼續留在軍機處主持政務了。此外，張佩綸還在奏摺中附帶了一份材料，說明王文韶對雲南報銷案負有不可推卸的責任。
張佩綸提出了三個疑點。第一，案子幾個月前就發生了，聖旨也要求查辦了，為什麼王文韶沒有將承辦報銷的書吏看管傳問，最後造成書吏潛逃，“人或曰文韶機警，何獨於書吏則不機警？”第二，刑部查出雲南報銷的款項存在出入，“人或曰文韶精密，何獨於報銷則不精密”？第三，雲南的崔尊彝、潘英章兩個人送禮行賄的罪行，可以確定無疑了，為什麼到現在還沒有被革職，作為軍機大臣的王文韶是有責任的。“人或曰文韶明白，何獨於該兩員處分則不明白？”綜上所述，如果不罷免王文韶，案件無法深究。
最後，張佩綸也把此事和剛剛發生的某次地震掛鉤，說：“王文韶剛剛被朝廷慰留，地氣即不安靖。我不是說王文韶足以導致地震，但是兩者肯定是有關係的。”張佩綸的彈劾是清流黨人的第四波攻擊，也是內容最紮實、時機掌握得最好的一次，取得了上佳的效果。
就在張佩綸上奏的同時，江蘇巡撫的奏報到達了北京。江蘇巡撫報告說，根據崔尊彝家丁稱，崔一個多月前在江蘇丹徒縣病故。崔尊彝是雲南報銷案的關鍵人物，卻在案件取得實質進展的時候突然死去，而且消息遲了一個月才報上來。當時就有人議論，崔尊彝是不是真的“病故”，很值得懷疑。慈禧也下令，要求安徽、江蘇巡撫查明崔尊彝是否真的病故。人們很自然地把崔尊彝的死和雲南報銷案聯繫起來，同時又想是不是和王文韶有關呢？大家這樣一多想，就增加了張佩綸奏摺的效力。
另外一個事情也增加了張佩綸奏摺的威力。刑部尚書麟書等人，審訊天順祥掌柜王敬臣和周瑞清的家丁譚升得知，崔尊彝、潘英章來到北京後，多次和周瑞清碰頭商討。周瑞清也曾派人拿著雲南的銀票到天順祥匯兌銀兩。至此，周瑞清涉案完全可以確定，不用等另外一個雲南官員潘英章到京對質，現在就可以查辦周瑞清了。於是，聖旨下令，將周瑞清革職，歸案審訊。
雲南報銷案發展到這一步，肯定不可能大事化小小事化了了。在前台的當事人紛紛落馬，種種疑問都指向後台的王文韶。王文韶如果再不主動辭職，只會引發更多的懷疑，招致更多的彈劾。到時候，王文韶能否全身而退，就很難說了。所以，王文韶第三次請求辭職。十一月初五，朝廷下旨，批准王文韶辭官養親。王文韶辭職後，收拾行李，很快離開了北京。但是他並沒有返回杭州老家，而是帶著老母親，逗留在天津，等待此案的進一步發展。
王文韶辭職後軍機處出現了空缺。當年八九月份，恭親王奕一直生病，無法理政，加上王文韶和景廉又牽涉雲南報銷案，慈禧太后有事只能找李鴻藻、寶商量。慈禧太后補充了兩位軍機大臣：工部尚書翁同和刑部尚書潘祖蔭。翁同、潘祖蔭都是南方人，軍機處走了一個南黨的王文韶，卻多了兩個南方人，表面上看南派力量增長了，但實際上，李鴻藻在軍機處資歷老，又能幹，深得慈禧倚重，翁同和潘祖蔭完全無法與他對抗。再加上一個多月後，潘祖蔭因為父親病故，回鄉丁憂守孝，李鴻藻的力量在軍機處占絕對優勢，清流黨勢力迅速發展。張佩綸在光緒八年年末，署理左副都御使，第二年被提拔為侍講學士；張之洞則早在一年前外放山西巡撫。北黨勢力，經過扳倒王文韶的這場硬仗後如日中天。
此後，清流黨人再也沒有對相關人員進行彈劾，或對案件的審理有所進諫。這也可以進一步證明，清流黨人只是把此案當作南北黨爭的工具，主要目的就是扳倒王文韶，而不是真的關心雲南軍費問題或者要懲治書吏腐敗。
雲南報銷案在王文韶罷官後，進入了一個新的階段，就是根據案情，實事求是審理階段。
十一月初，周瑞清革職後接受刑部審訊，供出了孫家穆。孫家穆接受了刑部的傳訊，他供稱，當年二月份，同司的主事龍繼棟提到雲南報銷的冊子要到，有人托龍繼棟幫忙從中照料，龍請求孫幫忙，在辦理此案時給予方便。孫家穆承認自己從中收取了賄賂，至於收取了多少，都分給了哪些人，怎樣分配的，孫家穆卻推說自己不知道。龍繼棟很快也被傳到刑部接受調查，他堅決不承認自己受賄枉法。孫家穆、龍繼棟都被革職，接受進一步的質詢。光緒九年（1883年）二月，潘英章被押解到京，他對挪用公款、打點關節的事情供認不諱。但是在具體的金額問題上，潘英章閃爍其詞，把責任推給了已死的崔尊彝。當時，審訊的重點已經轉移到了這筆行賄用的銀兩，到底是從哪來的？潘英章只承認其中的五萬多兩是雲南的官銀，其餘的都是籌措的私人款項。
在光緒九年前後的審訊過程中，有兩件事情不得不說。第一是，監察御史李郁華被審查出涉嫌受賄。這是雲南報銷案中一個有趣的小插曲。
李郁華曾經擔任過雲南鄉試主考官，可能由此和潘英章熟悉。潘英章此次來京，李郁華在雲南的親戚拜託潘英章幫忙帶東西給李郁華。由此，潘英章到北京後，和李郁華往來密切。李郁華感覺到潘英章此行除了辦理知府上任手續外，另一個重要任務是辦理雲南軍費報銷事宜。他非常好奇，先後向銀號掌柜王敬臣、周瑞清、龍繼棟、孫家穆等人打聽消息。這幾個人都推說不清楚，但都把信息反饋給了潘英章，說李郁華這個人問東問西的，會不會出問題？潘英章感覺，李郁華已經知道了此案的幕後情況，同時忌憚他監察御史的身份，不得不輸送給他部分利益。潘英章把雲南方面在北京採購物資的事情，委託李郁華幫忙負責，讓他能夠落下一部分好處。同時，潘英章額外給了李郁華四百兩銀子。李郁華是否一開始就想參與雲南報銷事件的分紅，我們不得而知，但是他的所作所為，的確是收受賄賂。他很有可能根本就不知道雲南報銷案的幕後情況，但他收的這些好處，卻帶有“封口費”的意思。最終，李郁華也鋃鐺入獄。
張佩綸提出了三個疑點。第一，案子幾個月前就發生了，聖旨也要求查辦了，為什麼王文韶沒有將承辦報銷的書吏看管傳問，最後造成書吏潛逃，“人或曰文韶機警，何獨於書吏則不機警？”第二，刑部查出雲南報銷的款項存在出入，“人或曰文韶精密，何獨於報銷則不精密”？第三，雲南的崔尊彝、潘英章兩個人送禮行賄的罪行，可以確定無疑了，為什麼到現在還沒有被革職，作為軍機大臣的王文韶是有責任的。“人或曰文韶明白，何獨於該兩員處分則不明白？”綜上所述，如果不罷免王文韶，案件無法深究。
最後，張佩綸也把此事和剛剛發生的某次地震掛鉤，說：“王文韶剛剛被朝廷慰留，地氣即不安靖。我不是說王文韶足以導致地震，但是兩者肯定是有關係的。”張佩綸的彈劾是清流黨人的第四波攻擊，也是內容最紮實、時機掌握得最好的一次，取得了上佳的效果。
就在張佩綸上奏的同時，江蘇巡撫的奏報到達了北京。江蘇巡撫報告說，根據崔尊彝家丁稱，崔一個多月前在江蘇丹徒縣病故。崔尊彝是雲南報銷案的關鍵人物，卻在案件取得實質進展的時候突然死去，而且消息遲了一個月才報上來。當時就有人議論，崔尊彝是不是真的“病故”，很值得懷疑。慈禧也下令，要求安徽、江蘇巡撫查明崔尊彝是否真的病故。人們很自然地把崔尊彝的死和雲南報銷案聯繫起來，同時又想是不是和王文韶有關呢？大家這樣一多想，就增加了張佩綸奏摺的效力。
另外一個事情也增加了張佩綸奏摺的威力。刑部尚書麟書等人，審訊天順祥掌柜王敬臣和周瑞清的家丁譚升得知，崔尊彝、潘英章來到北京後，多次和周瑞清碰頭商討。周瑞清也曾派人拿著雲南的銀票到天順祥匯兌銀兩。至此，周瑞清涉案完全可以確定，不用等另外一個雲南官員潘英章到京對質，現在就可以查辦周瑞清了。於是，聖旨下令，將周瑞清革職，歸案審訊。
雲南報銷案發展到這一步，肯定不可能大事化小小事化了了。在前台的當事人紛紛落馬，種種疑問都指向後台的王文韶。王文韶如果再不主動辭職，只會引發更多的懷疑，招致更多的彈劾。到時候，王文韶能否全身而退，就很難說了。所以，王文韶第三次請求辭職。十一月初五，朝廷下旨，批准王文韶辭官養親。王文韶辭職後，收拾行李，很快離開了北京。但是他並沒有返回杭州老家，而是帶著老母親，逗留在天津，等待此案的進一步發展。
王文韶辭職後軍機處出現了空缺。當年八九月份，恭親王奕一直生病，無法理政，加上王文韶和景廉又牽涉雲南報銷案，慈禧太后有事只能找李鴻藻、寶商量。慈禧太后補充了兩位軍機大臣：工部尚書翁同和刑部尚書潘祖蔭。翁同、潘祖蔭都是南方人，軍機處走了一個南黨的王文韶，卻多了兩個南方人，表面上看南派力量增長了，但實際上，李鴻藻在軍機處資歷老，又能幹，深得慈禧倚重，翁同和潘祖蔭完全無法與他對抗。再加上一個多月後，潘祖蔭因為父親病故，回鄉丁憂守孝，李鴻藻的力量在軍機處占絕對優勢，清流黨勢力迅速發展。張佩綸在光緒八年年末，署理左副都御使，第二年被提拔為侍講學士；張之洞則早在一年前外放山西巡撫。北黨勢力，經過扳倒王文韶的這場硬仗後如日中天。
此後，清流黨人再也沒有對相關人員進行彈劾，或對案件的審理有所進諫。這也可以進一步證明，清流黨人只是把此案當作南北黨爭的工具，主要目的就是扳倒王文韶，而不是真的關心雲南軍費問題或者要懲治書吏腐敗。
雲南報銷案在王文韶罷官後，進入了一個新的階段，就是根據案情，實事求是審理階段。
十一月初，周瑞清革職後接受刑部審訊，供出了孫家穆。孫家穆接受了刑部的傳訊，他供稱，當年二月份，同司的主事龍繼棟提到雲南報銷的冊子要到，有人托龍繼棟幫忙從中照料，龍請求孫幫忙，在辦理此案時給予方便。孫家穆承認自己從中收取了賄賂，至於收取了多少，都分給了哪些人，怎樣分配的，孫家穆卻推說自己不知道。龍繼棟很快也被傳到刑部接受調查，他堅決不承認自己受賄枉法。孫家穆、龍繼棟都被革職，接受進一步的質詢。光緒九年（1883年）二月，潘英章被押解到京，他對挪用公款、打點關節的事情供認不諱。但是在具體的金額問題上，潘英章閃爍其詞，把責任推給了已死的崔尊彝。當時，審訊的重點已經轉移到了這筆行賄用的銀兩，到底是從哪來的？潘英章只承認其中的五萬多兩是雲南的官銀，其餘的都是籌措的私人款項。
在光緒九年前後的審訊過程中，有兩件事情不得不說。第一是，監察御史李郁華被審查出涉嫌受賄。這是雲南報銷案中一個有趣的小插曲。
李郁華曾經擔任過雲南鄉試主考官，可能由此和潘英章熟悉。潘英章此次來京，李郁華在雲南的親戚拜託潘英章幫忙帶東西給李郁華。由此，潘英章到北京後，和李郁華往來密切。李郁華感覺到潘英章此行除了辦理知府上任手續外，另一個重要任務是辦理雲南軍費報銷事宜。他非常好奇，先後向銀號掌柜王敬臣、周瑞清、龍繼棟、孫家穆等人打聽消息。這幾個人都推說不清楚，但都把信息反饋給了潘英章，說李郁華這個人問東問西的，會不會出問題？潘英章感覺，李郁華已經知道了此案的幕後情況，同時忌憚他監察御史的身份，不得不輸送給他部分利益。潘英章把雲南方面在北京採購物資的事情，委託李郁華幫忙負責，讓他能夠落下一部分好處。同時，潘英章額外給了李郁華四百兩銀子。李郁華是否一開始就想參與雲南報銷事件的分紅，我們不得而知，但是他的所作所為，的確是收受賄賂。他很有可能根本就不知道雲南報銷案的幕後情況，但他收的這些好處，卻帶有“封口費”的意思。最終，李郁華也鋃鐺入獄。