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第二部分：
深入巢穴之後，開始遇到更多更強大的蟲族，包括正在孵化中的跳蟲、自爆蟲等。這一階段的戰鬥難度逐漸提升，大部分時候必須採取正確的策略，例如要小心處理自爆蟲，否則自爆蟲炸裂之後大範圍潑濺的酸液會對隊員們造成嚴重傷害。
到這裡，隊員們開始遇到一些麻煩，需要互相幫助，但整體的心態還是比較積極的。
人工智慧仍舊會指引主角做出最佳決策，聽從人工智慧的建議會讓戰鬥難度明顯降低。
第三部分：
蟲群開始繼續增加，逐漸超出了小隊的極限戰鬥能力。在深入蟲巢的過程中，發現了其他小隊的殘缺肢體或者戰鬥服碎片，戰鬥結束後的喘息時間會變得彌足珍貴。
有的隊員開始心態失衡，在蟲巢的底下遊蕩許久之後仍然沒有找到任何女皇的蹤跡，卻看到了太多其他死亡的小隊，在沒有後勤補給的情況下開始質疑人工智慧算出的戰鬥成功率，認為自己將葬身於此。
不過隊員之間互相打氣，還是堅持繼續前進。
人工智慧仍舊一如既往地分析數據、指揮戰鬥，面對隊員們的質疑，堅持最初的說法。
第四部分：
小隊的行動已經驚動了蟲群，雖然蟲族的主力部隊不在蟲巢，但即使是工蜂、跳蟲和自爆蟲，只要數量夠多，也足以對小隊造成巨大威脅。
無數的蟲子從四面八方湧來，後路已經被完全切斷，只能不斷前進。為了擋住身後的蟲群，一名身受重傷的隊員斷後，引爆胸口的微型反應堆。
終於獲得了喘息之機以後，秦義發現跟自己一起來執行任務、存活下來的小隊已經寥寥無幾。
更可怕的是，小隊偶然間在蟲巢深處發現了戰鬥服的碎片，這是雲雀II型戰鬥服的碎片，這說明之前人類早就已經執行過斬首行動，但並沒有成功，而人工智慧隱瞞了這個信息。
隊員們徹底陷入絕望。
主角質問人工智慧，但仍舊得不到答案。隊員們發現已經沒有退路，只能繼續向前，決定不計一切代價完成自己的使命。
第五部分：
小隊在絕望中跟隨人工智慧的分析迂迴前進，為了掩護隊友，隊員們一個個地死去。
主角懷著必死之心，要完成隊友們的遺願。但最終，他和另一位僅存的隊友還是被無盡的蟲海淹沒。
奇怪的是，這些蟲子並沒有將他們殺死，而是將他們帶往蟲巢深處。
主角最終見到了蟲族女皇，它臃腫、龐大的身軀令人作嘔。
兩人想要引爆身上的微型反應堆同歸於盡，但不知為何人工智慧似乎斷線了，或者受到了奇怪的干擾，無法用人工智慧控制引爆。
倖存的隊員被帶到蟲族女皇的身邊，不知道蟲族女皇對他做了什麼，他立刻發出尖利的慘叫聲，僅僅兩分鐘之後就死亡了。
主角也被帶到了蟲族女皇的面前，同樣發出慘叫聲，仿佛自己的大腦在被無數根針刺穿。但他並沒有像隊員一樣立刻死去，而是頑強地堅持了下來。
他堅持著從雲雀作戰服上取下一把手槍，想要從戰鬥中造成的胸甲裂隙中打入一顆子彈徹底破壞微型反應堆並引發爆炸。
但這依舊沒有成功，蟲族的角質利爪洞穿了他的右手，手槍掉在地上。
在彌留之際，主角感到自己的面前似乎一片空白，讓大腦刺痛的尖利聲音也慢慢地離他遠去，仿佛變成了低聲的呢喃……
在最後時刻，他感到周圍突然劇烈震動起來，深處地底的洞頂突然整個塌陷，似乎看到了許多穿著雲雀戰鬥服的士兵闖入，還有大型的鑽地機械……
故事到此結束，留了一個開放性的結尾。
除此之外，故事梗概上也強調了，在戰鬥中或休整狀態中要有大量的台詞，每個人的台詞都要符合他們的人設。
隨著五個階段的情緒變化，每個角色的台詞也會發生變化，剛開始大家都認為自己可以完成任務，但隨著時間的推移，他們開始變得悲觀甚至絕望。
除此之外，故事梗概上還特意強調了一個關鍵信息：
在剛開始的時候，所有隊員掌握的信息是：這是人類第一次對蟲族執行斬首計劃，同時有上百支小隊在執行這個任務，人工智慧已經大致鎖定了蟲族女皇的位置，而且人類的主力部隊在與蟲族的主力部隊在星球上決戰，隨時準備支援。
所以，小隊的隊員們認為這次的任務成功率很高，一旦成功斬首蟲族女皇，人類和蟲族的戰爭就會迎來曙光。
但是隨著戰鬥的不斷深入，隊員們的信念也在不斷發生動搖。
在戰鬥中，他們也遇到其他小隊的成員，有些是已經犧牲、只剩下幾片盔甲的碎片，有些則是在絕望中與蟲族同歸於盡。
在蟲巢中，他們發現了一些雲雀戰鬥服的碎片，其中很多碎片顯然不是這次行動殘留下來的，這說明人類執行斬首行動顯然不是第一次。
隊員們漸漸覺得自己恐怕支撐不下去了，越來越絕望，但已經沒有回頭路，只能繼續往前走。
隊員們在殺死蟲族之後的戰鬥間隙，聊起了這種生物的生命形態：
蟲族幾乎不存在單體意識，為了貫徹蟲族女皇的意識完全不在乎個體的生死；在很大的範圍內可以使用心靈感應的方式共享信息，蟲族女皇的智力水平很高，所以蟲族的戰術水平完全不輸給人類。