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芳川桔梗雖然想要將御坂妹妹們當做人類來保護，奈何她們本人並無感情認知。
布束砥信試圖為御坂妹妹們植入感情裝置，卻被不知名的司令塔攔截信息，自身難保。
各大相關實驗所陷入混亂之際，天井亞雄等人強行重啟了實驗。
不願意再殺御坂妹妹的一方通行簡直神煩。
「我認為這種實驗沒有繼續進行的必要了。」
「那麼御坂便沒有繼續生存的價值。」
將槍口對準了自己的御坂妹妹按照實驗員的要求，以自殺來威脅著站立在學園都市巔峰的白髮少年。
而這一幕，恰巧被正在偷偷聯網幫助初春飾利白井黑子查找犯罪監控、想要給小夥伴們一個驚喜的御坂美琴本人通過實驗所監控的鏡頭撞見了。
見到「另一個自己」的感覺是怎樣的？
世界最真實的黑暗面在曾經一無所知的御坂美琴面前鋪展開來。
小夥伴語焉不詳的模樣突然閃現在眼前。
【有些事情我們正在處理……總之，美琴，如果你遇到了困難，記得一定要聯繫我。】
御坂美琴直接去找了一方通行——她是知道齊木悠真的住址的。
敲開門的一瞬間，白髮少年露出了極為不耐煩的表情：「又來？我說過不會再做那種無意義的實驗了。」
「一方通行。」穿著常盤台制服的茶發少女視線深沉，「我是御坂美琴。」
「我當然知道你……」一方通行頓住了話語，認真的打量了一番面前有些緊張的女孩兒，唇角勾起了一個饒有興致充滿了戰鬥欲的笑容，「你是level5的原版？」
「你果然知道。」御坂美琴抿了抿唇，「也就是說，悠真也知道是嗎？」
剛想要開打的一方通行收起了將第三名超電磁炮摁在地上摩擦的戰鬥欲。
「嘖，你認識那傢伙？」
「他曾經和我說過，你們正在處理一些事情。當時我還不明白。」
「呵，現在明白了嗎？」一方通行眼底滿是惡意的嘲弄，「看到了學園都市真實且瘋狂的一面，你要怎麼做？求我不要再殺死那些和你有著一樣臉的人偶，還是來為她們報仇？或者想要通過我向研究所索要你身為基因圖譜提供者應有的報酬？」
御坂美琴臉色鐵青。
一方通行不會幫助御坂美琴去對抗研究所——他本就是主犯。
而且，身為學園都市的第一名，為了整個科技學園想要得到level6的絕對能力的目的，他今後還會被牽扯進更多的黑暗面。
更何況，他從小到大都是作為「怪物」而活著的，並沒有一般人會有的那種憐憫心與助人為樂的美德。
即使他的生命中出現了齊木悠真這個變數……
他也不會因此而改變自身的本質。
但是——
「御坂御坂……」
異常煩人的小鬼頭出現了。
頂著一張被他殺過無數次的臉。
唯一不同的是，這個編號為20001的人偶有著屬於人類的靈魂和感情。
【最後之作】
他不知道自己為什麼要選擇救人而非殺人。
就像是御坂妹妹在自己面前自殺那般，在為最後之作清除腦內病毒、避免剩餘的御坂妹妹們通過御坂網絡被控制著成為惡徒之時，全部的演算能力都用在了最後之作的身上根本沒有餘力開反射的一方通行望著對自己舉起槍的天井亞雄，再度感受到了這世界總是讓人如此絕望的事實。
子彈出膛。
——來不及了。
一方通行已經預見了自己至少要失去前顱的結果。
太可笑了，他想。
他居然在祈求奇蹟。
但是，至少在成為學園都市的執棋者之前，在死去之前，他保護了些什麼。
然而——
子彈射穿了眉心的皮膚，在撞到本應被炸碎的顱骨之時，無形卻足夠強力的結界被激活，將那子彈直接反射了回去！
天井亞雄捂著中彈的手臂慘叫一聲：「不，這不可能……難道你的反射能力已經恢復了？！」
最後之作陷入了安逸的沉睡，病毒被徹底清除。
反射的演算再度重啟，一方通行撫摸著自己被子彈撞出了一個洞在流血的腦門，突然想到了之前某個夜晚少年湊上來親吻自己眉心的柔軟溫涼。
一方通行的唇角勾起一絲微笑，站在天井亞雄面前時，那紅色的眸子裡已經滿是殺意。
「呵，是啊，我……」
視線之中突然出現了某個慌張的少年。
「一方同學你沒事兒吧！我給你下的禁制被觸發了……啊啊啊你腦袋流血了！」
只是流血又不是腦子被炸飛了有什麼好大驚小怪的……
滿是殺意的紅色眸子須臾之間便柔軟了下來。
「你……」隔著少年，一方通行看著換了只手對悠真的後背舉槍的天井亞雄，怒不可遏，「混蛋！」
身後發出一聲慘叫，再無聲息。
悠真想要回頭，被一方通行直接捂住了眼睛：「別看。」
——那些骯髒的、黑暗的東西，不要去看，不要沾染。
連第三名都知道自己去處理御坂妹妹的事情而不是將齊木悠真牽扯到學園都市的漩渦中，他身為學園都市的第一名，怎麼可能連這點兒事情都做不到！