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第731部隊解散時，石井四郎要求全體部屬必須保守在第731部隊的所有秘密，“如果有誰泄漏了軍事秘密，我石井是一定要把這個多嘴多舌的人查出來的”。戰敗後回到了日本的第731部隊的成員，很長一段時間都保持沉默，他們一是懼怕石井四郎的恐嚇，更為主要的是不願公開自己在戰爭中的犯罪行為，害怕追究自己的責任。有些人甚至隱姓埋名，因此要想將第731部隊主要成員的結局搞清楚，難度較大。我們只能根據有限的資料與調查，對第731部隊以及日軍參謀本部與細菌戰有關的要員在戰後的蹤跡作一個簡單的介紹。
1.東條英機日本內閣總理大臣、甲級戰犯。1884年12月30日生於日本東京一個軍閥家庭里。1935年9月任關東軍憲兵司令官，1937年3月任關東軍參謀長，1940年6月任日本陸軍次長，1940年7月晉升為陸軍大臣，1941年10月任內閣首相。他極力主張擴大侵華戰爭，鼓吹“大東亞共榮圈”，同時，也積極進行細菌戰活動，對731部隊的細菌武器研究與生產以及各支隊的建立等問題都作過具體部署。日本戰敗後1948年11月12日被判處絞刑並於11月23日執行。
2.梅津美治郎日本陸軍參謀總長、甲級戰犯。1882年1月4日生於大分縣，1934～1936年任華北派遣軍總司令，1936～1938年任陸軍次長，1939～1944年任關東軍司令官。他把細菌戰當作重要戰略，曾多次批准731部隊實施細菌戰計劃。1944年5月9日親臨731部隊視察。
1944年7月任日軍參謀本部總長，全面負責指揮侵略戰爭。日本戰敗投降時，代表日本大本營在投降書上簽字。1948年11月被遠東國際軍事法庭定為甲級戰犯，判處終身監禁。1949年1月10日患癌症死亡。
3.山田乙三日本陸軍大將，關東軍司令官。1881年生於長野。從1944年起任關東軍司令官，直至日本投降。在此期間，曾領導所轄的731部隊和100部隊進行準備細菌戰的罪惡活動，採取各種措施，提高細菌武器生產能力，加速細菌實驗和施用細菌武器。最後，逃往通化，被蘇聯紅軍俘虜，在濱海軍事法庭被判處有期徒刑25年。後轉交中國，1956年被釋放回國，1965年病死。
4.遠藤三郎日本關東軍副參謀長，陸軍中將。1893年生於日本山形縣，1922年日本陸軍大學畢業。任日本關東軍參謀、副參謀長期間，曾參與石井部隊細菌戰活動。1946年受遠東國際軍事法庭審判。1953年以後經常發表反戰文章，主張日中友好，積極參加日中友好活動，並任日中友好舊軍人會會長，率團訪華，受到毛澤東、周恩來的親切接見。
戰後石井部隊的成員中，技師一級的人找工作並不是很困難。儘管這些人也是人體實驗的主要實行者，但由於美國占領軍規定的必須開除公職的參戰人員中，並不包括這些人，因此1945年他們回到日本後不久，就在母校或與之有關的大學找到了職位。第731部隊的技師大都出身於京都大學醫學系，大部分都在京都一帶的大學有了著落。在上世紀60年代末至70年代初，其中有些人當上了醫學系主任、醫科大學校長、藥科大學校長。1644部隊的技師主要來源於東京大學及其附屬學校。這部分人中，一部分回到了東大及其附屬大學，還有一部分人進入了東京大學傳染病研究所為主體的國立預防衛生研究所。在該研究所工作的1644部隊原成員，有的後來當上了該所的所長。
另一方面，根據《開除公職法》的規定，軍醫不能在國立醫院擔任醫生等公職。剛開始就業比較困難，但美國發動韓戰後，給了第731部隊的軍醫們極大的機會。為了滿足美國在朝鮮戰場上輸血的需要，1951年，美國允許在日本設立“日本血液銀行”，主體就是第731部隊的軍醫。不久，內藤良一、二木秀雄、宮本光一等組成綠十字血液製劑會社，原第731部隊第二任部隊長北野政次也加盟其中。由於他們和美軍的特殊關係，壟斷了日本的血源，獲利不少。上個世紀80年代末，日本發生了血液製品引起多數血友病患者感染上愛滋病病毒的事件，感染者提起訴訟，綠十字會血液製劑會社就是被告之一。1952年，由於美國占領軍司令部免除對1000名軍醫的開除公職處分，因此，日本“醫學界的戰犯”就完全“解放”了。
細菌部隊主要成員的結局如下。
<一>逃脫審判的要員1.石井四郎石井四郎是日本細菌戰的核心人物，是日本關東軍第731部隊部隊長、軍醫中將。1892年6月25日生於千葉縣山武郡千代田村。1920年12月京都帝國大學醫學系畢業後於1921年參加了陸軍，後又攻讀研究生，獲醫學博士學位。
1930年被提升為少佐。赴歐美考察回國後，開始細菌戰和細菌武器的研究。在日本天皇、陸軍省和日軍參謀本部及其一些軍國主義分子的支持下，創辦了細菌戰的研究機構，並使之不斷擴大，發展成為石井部隊，任部隊長。1936年石井部隊在哈爾濱市平房鎮重建。由於在細菌戰研究、實驗上卓有成效，製造出石井式細菌培養箱、土陶製細菌炸彈、濾水器等，並大力發展細菌部隊，進行細菌戰爭等而被晉升為少將。後因貪污軍費問題，1942年7月被撤消了第731部隊長職務，調至侵華第1軍擔任軍醫部長，1944年夏，調回日本，在陸軍軍醫學校建立細菌研究總部從事細菌戰研究。1945年3月，由於日軍在侵略戰爭中形勢不利，企圖使用細菌戰挽救失敗的命運，日軍參謀本部又將他調回第731部隊，重任部隊長，並晉升為中將軍銜。日本戰敗前夕，他逃回日本，為了達到隱居的目的，他讓人在報紙上發布消息說石井四郎已經死亡，並在家鄉舉行了假葬禮。1946年1月，盟軍最高統帥部對敵情報部發現並拘留了石井四郎，不久，他以提供細菌研究資料為條件，得到了美國的庇護，逃脫了審判。1959年10月9日因患喉癌病死。
1.東條英機日本內閣總理大臣、甲級戰犯。1884年12月30日生於日本東京一個軍閥家庭里。1935年9月任關東軍憲兵司令官，1937年3月任關東軍參謀長，1940年6月任日本陸軍次長，1940年7月晉升為陸軍大臣，1941年10月任內閣首相。他極力主張擴大侵華戰爭，鼓吹“大東亞共榮圈”，同時，也積極進行細菌戰活動，對731部隊的細菌武器研究與生產以及各支隊的建立等問題都作過具體部署。日本戰敗後1948年11月12日被判處絞刑並於11月23日執行。
2.梅津美治郎日本陸軍參謀總長、甲級戰犯。1882年1月4日生於大分縣，1934～1936年任華北派遣軍總司令，1936～1938年任陸軍次長，1939～1944年任關東軍司令官。他把細菌戰當作重要戰略，曾多次批准731部隊實施細菌戰計劃。1944年5月9日親臨731部隊視察。
1944年7月任日軍參謀本部總長，全面負責指揮侵略戰爭。日本戰敗投降時，代表日本大本營在投降書上簽字。1948年11月被遠東國際軍事法庭定為甲級戰犯，判處終身監禁。1949年1月10日患癌症死亡。
3.山田乙三日本陸軍大將，關東軍司令官。1881年生於長野。從1944年起任關東軍司令官，直至日本投降。在此期間，曾領導所轄的731部隊和100部隊進行準備細菌戰的罪惡活動，採取各種措施，提高細菌武器生產能力，加速細菌實驗和施用細菌武器。最後，逃往通化，被蘇聯紅軍俘虜，在濱海軍事法庭被判處有期徒刑25年。後轉交中國，1956年被釋放回國，1965年病死。
4.遠藤三郎日本關東軍副參謀長，陸軍中將。1893年生於日本山形縣，1922年日本陸軍大學畢業。任日本關東軍參謀、副參謀長期間，曾參與石井部隊細菌戰活動。1946年受遠東國際軍事法庭審判。1953年以後經常發表反戰文章，主張日中友好，積極參加日中友好活動，並任日中友好舊軍人會會長，率團訪華，受到毛澤東、周恩來的親切接見。
戰後石井部隊的成員中，技師一級的人找工作並不是很困難。儘管這些人也是人體實驗的主要實行者，但由於美國占領軍規定的必須開除公職的參戰人員中，並不包括這些人，因此1945年他們回到日本後不久，就在母校或與之有關的大學找到了職位。第731部隊的技師大都出身於京都大學醫學系，大部分都在京都一帶的大學有了著落。在上世紀60年代末至70年代初，其中有些人當上了醫學系主任、醫科大學校長、藥科大學校長。1644部隊的技師主要來源於東京大學及其附屬學校。這部分人中，一部分回到了東大及其附屬大學，還有一部分人進入了東京大學傳染病研究所為主體的國立預防衛生研究所。在該研究所工作的1644部隊原成員，有的後來當上了該所的所長。
另一方面，根據《開除公職法》的規定，軍醫不能在國立醫院擔任醫生等公職。剛開始就業比較困難，但美國發動韓戰後，給了第731部隊的軍醫們極大的機會。為了滿足美國在朝鮮戰場上輸血的需要，1951年，美國允許在日本設立“日本血液銀行”，主體就是第731部隊的軍醫。不久，內藤良一、二木秀雄、宮本光一等組成綠十字血液製劑會社，原第731部隊第二任部隊長北野政次也加盟其中。由於他們和美軍的特殊關係，壟斷了日本的血源，獲利不少。上個世紀80年代末，日本發生了血液製品引起多數血友病患者感染上愛滋病病毒的事件，感染者提起訴訟，綠十字會血液製劑會社就是被告之一。1952年，由於美國占領軍司令部免除對1000名軍醫的開除公職處分，因此，日本“醫學界的戰犯”就完全“解放”了。
細菌部隊主要成員的結局如下。
<一>逃脫審判的要員1.石井四郎石井四郎是日本細菌戰的核心人物，是日本關東軍第731部隊部隊長、軍醫中將。1892年6月25日生於千葉縣山武郡千代田村。1920年12月京都帝國大學醫學系畢業後於1921年參加了陸軍，後又攻讀研究生，獲醫學博士學位。
1930年被提升為少佐。赴歐美考察回國後，開始細菌戰和細菌武器的研究。在日本天皇、陸軍省和日軍參謀本部及其一些軍國主義分子的支持下，創辦了細菌戰的研究機構，並使之不斷擴大，發展成為石井部隊，任部隊長。1936年石井部隊在哈爾濱市平房鎮重建。由於在細菌戰研究、實驗上卓有成效，製造出石井式細菌培養箱、土陶製細菌炸彈、濾水器等，並大力發展細菌部隊，進行細菌戰爭等而被晉升為少將。後因貪污軍費問題，1942年7月被撤消了第731部隊長職務，調至侵華第1軍擔任軍醫部長，1944年夏，調回日本，在陸軍軍醫學校建立細菌研究總部從事細菌戰研究。1945年3月，由於日軍在侵略戰爭中形勢不利，企圖使用細菌戰挽救失敗的命運，日軍參謀本部又將他調回第731部隊，重任部隊長，並晉升為中將軍銜。日本戰敗前夕，他逃回日本，為了達到隱居的目的，他讓人在報紙上發布消息說石井四郎已經死亡，並在家鄉舉行了假葬禮。1946年1月，盟軍最高統帥部對敵情報部發現並拘留了石井四郎，不久，他以提供細菌研究資料為條件，得到了美國的庇護，逃脫了審判。1959年10月9日因患喉癌病死。