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1895年5月8日，中日兩國在芝罘（今山東煙臺）交換兩國皇帝的批准書，條約正式生效。
按：《馬關條約》包括《講和條約》11款，《另約》3款，《議訂專條》3款，以及《停戰展期專條》2款。中文本稱“清廷”，日文本稱“清國”。
大清帝國大皇帝陛下及大東洋人帝國大皇帝陛下為訂立和約，俾兩國及其臣民重修和平，共享幸福，且杜絕將來紛紜之端，大清帝國大皇帝陛下特簡大清帝國欽差頭等全權大臣太子太傅文華殿大學士北洋通商大臣直隸總督一等肅毅伯爵李鴻章、大清帝國欽差全權大臣二品頂戴前出使大臣李經方、大日帝國大皇帝陛下特簡大東洋人帝國全權辦理大臣內閣總理大臣從二位勛一等伯爵伊藤博文、大本帝國全權辦理大臣外務大臣從二位勛一等子爵陸奧宗光為全權大臣，彼此校閱所奉諭旨，認明均屬妥實無闕。會同議定各條款，開列於左：第一款
清政府認明朝（鮮）國確為完全無缺之獨立自主國。故凡有虧損其獨立自主體制，即如該國向清政府所修貢獻典禮等，嗣後全行廢絕。
第二款
清廷將管理下開地方之權並將該地方所有堡壘、軍器、工廠及一切屬公物件，永遠讓與日（倭）。
第一、下開劃界以內之奉天省南邊地方。從鴨綠江口溯該江抵安平河口，又從該河口劃至鳳凰城、海城及營口而止，畫成折線以南地方；所有前開各城市邑，皆包括在劃界線內。
該線抵營口之遼河後，即順流至海口止，彼此以河中心為分界。遼東灣東岸及黃海北岸在奉天所屬諸島嶼，亦一併在所讓界內。
第二、台灣全島及所有附屬各島嶼。
第三、澎湖列島。即英國格林尼次東經百十九度起、至百二十度止及北緯二十三度起、至二十四度之間諸島嶼。
第三款
前款所載及黏附本約之地圖所劃疆界，俟本約批准互換之後，兩國應各選派官員二名以上為公同劃定疆界委員，就地踏勘確定劃界。若遇本約所約疆界於地形或地理所關有礙難不便等情，各該委員等當妥為參酌更定。各該委員等當從速辦理界務，以期奉委之後限一年竣事。
但遇各該委員等有所更定畫界，兩國政府未經認準以前，應據本約所定畫界為正。
第四款
清廷約將庫平銀二萬萬兩交與日（倭），作為賠償軍費。該款分作八次交完：第一次五千萬兩，應在本約批准互換六個月內交清；第二次五千萬兩，應於本約批准互換後十二個月內交清；餘款平分六次，遞年交納；其法列下：第一次平分遞年之款於兩年內交清，第二次於三年內交清，第三次於四年內交清，第四次於五年內交清，第五次於六年內交清，第六次於七年內交清；其年分均以本約批准互換之後起算。又第一次賠款交清後，未經交完之款應按年加每百抽五之息；但無論何時將應賠之款或全數或幾分先期交清，均聽清政府之便。如從條約批准互換之日起三年之內能全數清還，除將已付利息或兩年半或不及兩年半於應付本銀扣還外，余仍全數免息。
第五款
本約批准互換之後限二年之內，東洋人准清政府讓與地方人民願遷居讓與地方之外者，任便變賣所有產業，退去界外。但限滿之後尚未遷徙者，酌宜視為東洋人臣民。又，台灣一省應於本約批准互換後，兩國立即各派大員至台灣限於本約批准後兩個月內交接清楚。
第六款
中日兩國所有約章，因此次失和自屬廢絕。清政府約俟本約批准互換之後，速派全權大臣與東洋人所派全權大臣會同訂立通商行船條約及陸路通商章程；其兩國新訂約章，應以清政府與泰西各國見行約章為本。又，本約批准互換之日起、新訂約章未經實行之前，所有東洋人政府官吏臣民及商業、工藝、行船船隻、陸路通商等，與清政府最為優待之國禮遇護視一律無異。清政府約將下開讓與各款，從兩國全權大臣畫押蓋印日起，六個月後方可照辦。
第一、見今清政府已開通商口岸以外，應准添設下開各處，立為通商口岸；以便東洋人臣民往來僑寓、從事商業工藝製作。所有添設口岸，均照向開通商海口或向開內地鎮市章程一體辦理；應得優例及利益等，亦當一律享受：湖北省荊州府沙市，
四川省重慶府，
江蘇省蘇州府，
浙江省杭州府。
東洋人政府得派遣領事官於前開各口駐紮。
第二、東洋人輪船得駛入下開各口附搭行客、裝運貨物：從湖北省宜昌溯長江以至四川省重慶府，
從上海駛進吳淞江及運河以至蘇州府、杭州府。
中日兩國未經商定行船章程以前，上開各口行船務依外國船隻駛入清政府內地水路見行章程照行。
第三、東洋人臣民在清政府內地購買經工貨件若自生之物、或將進口商貨運往內地之時欲暫行存棧，除勿庸輸納稅鈔、派征一切諸費外，得暫租棧房存貨。
第四、東洋人臣民得在清政府通商口岸、城邑任便從事各項工藝製造；又得將各項機器任便裝運進口，只交所訂進口稅。東洋人臣民在清政府製造一切貨物，其於內地運送稅、內地稅鈔課雜派以及清政府內地沾及寄存棧房之益，即照東洋人臣民運入清政府之貨物一體辦理；至應享優例豁除，亦莫不相同。嗣後如有因以上加讓之事應增章程條規，即載入本款所稱之行船通商條約內。
按：《馬關條約》包括《講和條約》11款，《另約》3款，《議訂專條》3款，以及《停戰展期專條》2款。中文本稱“清廷”，日文本稱“清國”。
大清帝國大皇帝陛下及大東洋人帝國大皇帝陛下為訂立和約，俾兩國及其臣民重修和平，共享幸福，且杜絕將來紛紜之端，大清帝國大皇帝陛下特簡大清帝國欽差頭等全權大臣太子太傅文華殿大學士北洋通商大臣直隸總督一等肅毅伯爵李鴻章、大清帝國欽差全權大臣二品頂戴前出使大臣李經方、大日帝國大皇帝陛下特簡大東洋人帝國全權辦理大臣內閣總理大臣從二位勛一等伯爵伊藤博文、大本帝國全權辦理大臣外務大臣從二位勛一等子爵陸奧宗光為全權大臣，彼此校閱所奉諭旨，認明均屬妥實無闕。會同議定各條款，開列於左：第一款
清政府認明朝（鮮）國確為完全無缺之獨立自主國。故凡有虧損其獨立自主體制，即如該國向清政府所修貢獻典禮等，嗣後全行廢絕。
第二款
清廷將管理下開地方之權並將該地方所有堡壘、軍器、工廠及一切屬公物件，永遠讓與日（倭）。
第一、下開劃界以內之奉天省南邊地方。從鴨綠江口溯該江抵安平河口，又從該河口劃至鳳凰城、海城及營口而止，畫成折線以南地方；所有前開各城市邑，皆包括在劃界線內。
該線抵營口之遼河後，即順流至海口止，彼此以河中心為分界。遼東灣東岸及黃海北岸在奉天所屬諸島嶼，亦一併在所讓界內。
第二、台灣全島及所有附屬各島嶼。
第三、澎湖列島。即英國格林尼次東經百十九度起、至百二十度止及北緯二十三度起、至二十四度之間諸島嶼。
第三款
前款所載及黏附本約之地圖所劃疆界，俟本約批准互換之後，兩國應各選派官員二名以上為公同劃定疆界委員，就地踏勘確定劃界。若遇本約所約疆界於地形或地理所關有礙難不便等情，各該委員等當妥為參酌更定。各該委員等當從速辦理界務，以期奉委之後限一年竣事。
但遇各該委員等有所更定畫界，兩國政府未經認準以前，應據本約所定畫界為正。
第四款
清廷約將庫平銀二萬萬兩交與日（倭），作為賠償軍費。該款分作八次交完：第一次五千萬兩，應在本約批准互換六個月內交清；第二次五千萬兩，應於本約批准互換後十二個月內交清；餘款平分六次，遞年交納；其法列下：第一次平分遞年之款於兩年內交清，第二次於三年內交清，第三次於四年內交清，第四次於五年內交清，第五次於六年內交清，第六次於七年內交清；其年分均以本約批准互換之後起算。又第一次賠款交清後，未經交完之款應按年加每百抽五之息；但無論何時將應賠之款或全數或幾分先期交清，均聽清政府之便。如從條約批准互換之日起三年之內能全數清還，除將已付利息或兩年半或不及兩年半於應付本銀扣還外，余仍全數免息。
第五款
本約批准互換之後限二年之內，東洋人准清政府讓與地方人民願遷居讓與地方之外者，任便變賣所有產業，退去界外。但限滿之後尚未遷徙者，酌宜視為東洋人臣民。又，台灣一省應於本約批准互換後，兩國立即各派大員至台灣限於本約批准後兩個月內交接清楚。
第六款
中日兩國所有約章，因此次失和自屬廢絕。清政府約俟本約批准互換之後，速派全權大臣與東洋人所派全權大臣會同訂立通商行船條約及陸路通商章程；其兩國新訂約章，應以清政府與泰西各國見行約章為本。又，本約批准互換之日起、新訂約章未經實行之前，所有東洋人政府官吏臣民及商業、工藝、行船船隻、陸路通商等，與清政府最為優待之國禮遇護視一律無異。清政府約將下開讓與各款，從兩國全權大臣畫押蓋印日起，六個月後方可照辦。
第一、見今清政府已開通商口岸以外，應准添設下開各處，立為通商口岸；以便東洋人臣民往來僑寓、從事商業工藝製作。所有添設口岸，均照向開通商海口或向開內地鎮市章程一體辦理；應得優例及利益等，亦當一律享受：湖北省荊州府沙市，
四川省重慶府，
江蘇省蘇州府，
浙江省杭州府。
東洋人政府得派遣領事官於前開各口駐紮。
第二、東洋人輪船得駛入下開各口附搭行客、裝運貨物：從湖北省宜昌溯長江以至四川省重慶府，
從上海駛進吳淞江及運河以至蘇州府、杭州府。
中日兩國未經商定行船章程以前，上開各口行船務依外國船隻駛入清政府內地水路見行章程照行。
第三、東洋人臣民在清政府內地購買經工貨件若自生之物、或將進口商貨運往內地之時欲暫行存棧，除勿庸輸納稅鈔、派征一切諸費外，得暫租棧房存貨。
第四、東洋人臣民得在清政府通商口岸、城邑任便從事各項工藝製造；又得將各項機器任便裝運進口，只交所訂進口稅。東洋人臣民在清政府製造一切貨物，其於內地運送稅、內地稅鈔課雜派以及清政府內地沾及寄存棧房之益，即照東洋人臣民運入清政府之貨物一體辦理；至應享優例豁除，亦莫不相同。嗣後如有因以上加讓之事應增章程條規，即載入本款所稱之行船通商條約內。