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1945年12月15日，在海軍部舉行了簡單的交接儀式，首先，由金髮表講話，然後尼米茲宣誓就職。
福雷斯特爾部長對出席儀式的參謀軍官和家屬們說："我不想把這說成是憂傷的場合。我認為正好相反。"但他接著解釋說，他並不認為同即將離任的部長告別是一件愉快的事，他在講話中對金作了讚揚。
尼米茲終於如願以償了，但海軍作戰部長決不是一種榮譽頭銜。尼米茲後來承認，他擔任這一職務的頭幾個月是一生中最感辛勞的一段時間。他每天早起晚歸，連星期天也不休息。戰爭剛剛結束，大量士兵復員歸國，海軍又遭到毫無計劃地裁減，使部隊必須不斷地進行改編。尼米茲只得下令採取臨時措施和變通方法以維持工作。後備役軍官和士兵大量退出現役，致使港口擁擠，艦船有時都難以駛進。
尼米茲有時還得應付來自部長福雷斯特爾的刁難。尼米茲儘量注意改善與他的關係，請他參與各種重要會議和決策，但兩人仍然只能維持表面上的關係。這使尼米茲感到身心疲憊。
尼米茲作為太平洋戰爭中海軍的傑出代表，在美國社會公眾中間享有崇高的威信和影響力，因此，除了作戰部的本職工作外，他還必須出席各種重要組織召集的社會宣傳活動。深諳公共關係奧妙的尼米茲認為，這些活動是博取公眾輿論的重要途徑之一，因而是他作為海軍作戰部長無法推倭的工作。他四處演講，有時還親自撰寫講稿，以切身體驗講述他所經歷的戰爭，講述海軍在各大戰役中所遭遇的艱難困苦，使民眾了解和平的來之不易。
四面八方的邀請函幾乎使他應接不暇，有時一天之內要到三個不同單位作三次內容不同的演講，這使得博聞強記的尼米茲終於鬧出了笑話。
一次，他應邀到一個軍官服務組織作演講，臨行，當副官向他介紹這個組織的情況時，他說："不需要給我說這個組織了，我當航海局長時就是這個組織的老前輩了。"
但當他開始演講之後，副官發現他搞錯了聽眾，他不斷提到和讚揚的不是聽演講的軍官服務組織，而是這個組織的對手"聯合勤務組織"。
事後，尼米茲只得私下向該組織主席道歉："我了解你們的組織，它是個了不起的組織，我深深地致以歉意。"
忙亂的社交活動增加了尼米茲的工作量，但也給他帶來了收益。杜魯門總統開始注意和欣賞尼米茲的影響力了。杜魯門撇開福雷斯特爾關於海軍作戰部長只有通過海軍部長才能接觸總統的規定，常常以官方和社會活動為由在白宮召見尼米茲，兩人一起談工作，一起消遣。
尼米茲夫婦也回請杜魯門夫婦來官邸吃飯，並一起玩蹄鐵遊戲。在玩蹄鐵遊戲時，兩對夫婦經常插換著成對比賽。常常是貝絲·杜魯門和尼米茲獲勝。
有一回，一位擲蹄鐵的世界冠軍慕名找到尼米茲，請尼米茲簽名，並希望與尼米茲一起玩這種遊戲。尼米茲異常高興，他立即直接打電話給白宮："有一位擲蹄鐵的世界冠軍在我這裡，如果你同意，我把他帶到白宮來。"
杜魯門答應了。15分鐘後，尼米茲帶著這位冠軍來到白宮草坪。杜魯門中斷了預先的工作安排來迎接他們。三人興高采烈地試投了各種新花樣。
尼米茲利用與杜魯門的交往，向他宣傳海軍和制海權。杜魯門雖然從未減少對陸軍的偏愛，但海軍在他心目中的分量有所增強了。
這年夏天，英國首相溫斯頓·邱吉爾來美國弗羅里達州度假，抵達華盛頓時，特意要求會見尼米茲上將。
邱吉爾在英國使館設宴款待尼米茲夫婦。宴會後，邱吉爾品著摻了蘇打水的白蘭地，吸著煙味濃烈的大雪茄，把尼米茲拉到一旁單獨交談。邱吉爾問："在戰爭這場考試中，你哪門課的得分最低？"據雪梨米茲作出回答後，邱吉爾也就這一問題進行了答覆。儘管兩人的答覆無從知曉，但顯然引起了兩人的談話興致，無拘無束的交談長達兩個小時。兩人尋找到了共同點，沉浸在令人難忘的回憶中，度過了一個愉快的夜晚。
尼米茲任海軍作戰部長期間，還面臨一個棘手的難題，那就是軍事法庭對"印第安納波利斯"號戰列艦艦長查爾斯·麥克維上校的軍法審判。戰爭後期，該戰艦運載鈾至提尼安島後即駛往關島，接著奉尼米茲之命，離關島前往雷伊泰灣報到，在駛往雷伊泰灣途中被擊沉。麥克維等人乘救生艇逃脫。法庭以損失艦隻罪指控麥克維。尼米茲和其他高級將領曾力阻這次審判，但福雷斯特爾卻認為，為了平息新聞界的責難和使遇難官兵家屬滿意，必須進行審判。
麥克維被控有兩項罪名：未能有效規避敵人；沒有及時下達棄艦命令。第一項罪責無法豁免，而第二項指控則被免予起訴。
審判後，尼米茲舉行了記者招待會，介紹了"印第安納波利斯"號的最後處理情況。他在會上明確表示了自己的觀點："我們不願也無意否認我們的任何錯誤，但是我們主張寬大為懷，海軍部長已同意從全面考慮免除對麥克維的處分，將其釋放出獄，恢復職務。"
一位記者就麥克維上校在海軍中的前途提問："美國海軍史上是否有曾經受過軍事審判的軍官，以後又提升為將軍的？"
福雷斯特爾部長對出席儀式的參謀軍官和家屬們說："我不想把這說成是憂傷的場合。我認為正好相反。"但他接著解釋說，他並不認為同即將離任的部長告別是一件愉快的事，他在講話中對金作了讚揚。
尼米茲終於如願以償了，但海軍作戰部長決不是一種榮譽頭銜。尼米茲後來承認，他擔任這一職務的頭幾個月是一生中最感辛勞的一段時間。他每天早起晚歸，連星期天也不休息。戰爭剛剛結束，大量士兵復員歸國，海軍又遭到毫無計劃地裁減，使部隊必須不斷地進行改編。尼米茲只得下令採取臨時措施和變通方法以維持工作。後備役軍官和士兵大量退出現役，致使港口擁擠，艦船有時都難以駛進。
尼米茲有時還得應付來自部長福雷斯特爾的刁難。尼米茲儘量注意改善與他的關係，請他參與各種重要會議和決策，但兩人仍然只能維持表面上的關係。這使尼米茲感到身心疲憊。
尼米茲作為太平洋戰爭中海軍的傑出代表，在美國社會公眾中間享有崇高的威信和影響力，因此，除了作戰部的本職工作外，他還必須出席各種重要組織召集的社會宣傳活動。深諳公共關係奧妙的尼米茲認為，這些活動是博取公眾輿論的重要途徑之一，因而是他作為海軍作戰部長無法推倭的工作。他四處演講，有時還親自撰寫講稿，以切身體驗講述他所經歷的戰爭，講述海軍在各大戰役中所遭遇的艱難困苦，使民眾了解和平的來之不易。
四面八方的邀請函幾乎使他應接不暇，有時一天之內要到三個不同單位作三次內容不同的演講，這使得博聞強記的尼米茲終於鬧出了笑話。
一次，他應邀到一個軍官服務組織作演講，臨行，當副官向他介紹這個組織的情況時，他說："不需要給我說這個組織了，我當航海局長時就是這個組織的老前輩了。"
但當他開始演講之後，副官發現他搞錯了聽眾，他不斷提到和讚揚的不是聽演講的軍官服務組織，而是這個組織的對手"聯合勤務組織"。
事後，尼米茲只得私下向該組織主席道歉："我了解你們的組織，它是個了不起的組織，我深深地致以歉意。"
忙亂的社交活動增加了尼米茲的工作量，但也給他帶來了收益。杜魯門總統開始注意和欣賞尼米茲的影響力了。杜魯門撇開福雷斯特爾關於海軍作戰部長只有通過海軍部長才能接觸總統的規定，常常以官方和社會活動為由在白宮召見尼米茲，兩人一起談工作，一起消遣。
尼米茲夫婦也回請杜魯門夫婦來官邸吃飯，並一起玩蹄鐵遊戲。在玩蹄鐵遊戲時，兩對夫婦經常插換著成對比賽。常常是貝絲·杜魯門和尼米茲獲勝。
有一回，一位擲蹄鐵的世界冠軍慕名找到尼米茲，請尼米茲簽名，並希望與尼米茲一起玩這種遊戲。尼米茲異常高興，他立即直接打電話給白宮："有一位擲蹄鐵的世界冠軍在我這裡，如果你同意，我把他帶到白宮來。"
杜魯門答應了。15分鐘後，尼米茲帶著這位冠軍來到白宮草坪。杜魯門中斷了預先的工作安排來迎接他們。三人興高采烈地試投了各種新花樣。
尼米茲利用與杜魯門的交往，向他宣傳海軍和制海權。杜魯門雖然從未減少對陸軍的偏愛，但海軍在他心目中的分量有所增強了。
這年夏天，英國首相溫斯頓·邱吉爾來美國弗羅里達州度假，抵達華盛頓時，特意要求會見尼米茲上將。
邱吉爾在英國使館設宴款待尼米茲夫婦。宴會後，邱吉爾品著摻了蘇打水的白蘭地，吸著煙味濃烈的大雪茄，把尼米茲拉到一旁單獨交談。邱吉爾問："在戰爭這場考試中，你哪門課的得分最低？"據雪梨米茲作出回答後，邱吉爾也就這一問題進行了答覆。儘管兩人的答覆無從知曉，但顯然引起了兩人的談話興致，無拘無束的交談長達兩個小時。兩人尋找到了共同點，沉浸在令人難忘的回憶中，度過了一個愉快的夜晚。
尼米茲任海軍作戰部長期間，還面臨一個棘手的難題，那就是軍事法庭對"印第安納波利斯"號戰列艦艦長查爾斯·麥克維上校的軍法審判。戰爭後期，該戰艦運載鈾至提尼安島後即駛往關島，接著奉尼米茲之命，離關島前往雷伊泰灣報到，在駛往雷伊泰灣途中被擊沉。麥克維等人乘救生艇逃脫。法庭以損失艦隻罪指控麥克維。尼米茲和其他高級將領曾力阻這次審判，但福雷斯特爾卻認為，為了平息新聞界的責難和使遇難官兵家屬滿意，必須進行審判。
麥克維被控有兩項罪名：未能有效規避敵人；沒有及時下達棄艦命令。第一項罪責無法豁免，而第二項指控則被免予起訴。
審判後，尼米茲舉行了記者招待會，介紹了"印第安納波利斯"號的最後處理情況。他在會上明確表示了自己的觀點："我們不願也無意否認我們的任何錯誤，但是我們主張寬大為懷，海軍部長已同意從全面考慮免除對麥克維的處分，將其釋放出獄，恢復職務。"
一位記者就麥克維上校在海軍中的前途提問："美國海軍史上是否有曾經受過軍事審判的軍官，以後又提升為將軍的？"