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隆安五年（401年），孫恩循海道進攻京口，逼近建康，桓玄聲稱勤王起兵，實際是想渾水摸魚，於是司馬元顯在孫恩北走遠離京師後下詔命桓玄解嚴。不過，桓玄當時完全控制了其轄區，不但作出調桓偉為江州、鎮守夏口，又以司馬刁暢督八郡、鎮守襄陽，桓振、皇甫敷、馮該等駐湓口等軍事調動，更建立了武寧郡和綏安郡分別安置遷徙的蠻族以及招集的流民。朝廷曾下詔征廣州刺史刁逵和豫章太守郭昶之，亦被桓玄所留。
元興元年（402年），司馬元顯下令討伐桓玄，桓玄在京的堂兄桓石生密報給他。當時桓玄已封鎖長江漕運，令東土飢乏，又因孫恩之亂未平，故以為司馬元顯無力討伐，便一直在荊州等待時機，蓄勢待發。然而收到桓石生的通報後，桓玄甚懼，打算堅守江陵。不過卞范之卻勸桓玄出兵東下，以桓玄的威名和軍力，令其土崩瓦解；反不應主動示弱於人。桓玄於是留桓偉守江陵，親自率兵東下。桓玄初仍憂他抗拒朝命，害怕手下士兵都不會為他所用，然而過了尋陽仍未見朝廷軍隊，於是十分高興，士氣亦上升，移檄上奏司馬元顯之罪。桓玄到姑孰時，派馮該等擊敗並俘獲豫州刺史司馬尚之，並奪取了歷陽（今安徽和縣）。當時司馬元顯因畏懼，登船而未敢出兵，而劉牢之因擔憂擊敗桓玄後會不容於司馬元顯，竟與其手下北府軍向桓玄投降。桓玄逼近建康，司馬元顯試圖守城但潰敗。桓玄入京後，稱詔解嚴，並以自己總掌國事，受命侍中、都督中外諸軍事、丞相、錄尚書事、揚州牧，領徐州刺史，加假黃鉞、羽葆鼓吹、班劍二十人。
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34.廢帝自立（下）
更新時間2016-5-2 17:36:56 字數：2190
桓玄又歷數會稽王司馬道子及其子司馬元顯的罪惡，流放司馬道子到安成郡，數月後桓玄更派人殺死司馬道子；又殺司馬元顯、庾楷、司馬尚之和司馬道子的太傅府中屬吏。桓玄又圖除去劉牢之，先命他為會稽太守，令其遠離京口。劉牢之意圖反叛但得不到北府軍將領支持，於是北逃廣陵投靠廣陵相高雅之，於途中自殺。司馬休之、高雅之和劉牢之子劉敬宣於是北逃南燕。
桓玄在三月攻入建康時就廢除了元興年號，恢復隆安年號，不久又改元大亨。及後，桓玄自讓丞相及荊江徐三州刺史，以桓偉出任荊州刺史、桓修為徐、兗二州刺史、桓石生為江州刺史、卞范之為丹陽尹、桓謙為尚書左僕射，分派桓氏宗族和親信出任內外職位。自置為太尉、平西將軍、都督中外諸軍事、揚州牧、領豫州刺史。另外又加袞冕之服，綠綟綬，增班劍至六十人，劍履上殿，入朝不趨，贊奏不名的禮遇。
四月，桓玄出鎮姑孰，辭錄尚書事，但朝中大事仍要諮詢他，小事則由朝中桓謙和卞范之決定。自晉安帝繼位以來，東晉國內戰禍連年，人民都厭戰不已，而桓玄上台後就罷黜奸佞之徒，擢用俊賢之士，令建康城中都一片歡欣景象，希望能過安定日子。不過很快，桓玄凌侮朝廷，豪奢縱慾，政令無常，故令人民失望。當時三吳******，很多人死亡，即使是富有的也是守著金玉財寶活活餓死家中，桓玄雖曾下令賑災，但米糧不多，給予不足，縱然會稽內史王愉召還出外尋食的饑民回去領糧，還是有很多人在道旁餓死。
另一方面，桓玄亦先後殺害吳興太守高素、竺謙之、高平相竺朗之、劉襲、彭城內史劉季武、冠軍將軍孫無終等北府軍舊將，以圖消滅劉牢之領下北府軍勢力。另亦要朝廷追論平定司馬元顯和殷仲堪、楊佺期的功勳，分別加封豫章公及桂陽公，並轉讓給兒子桓升及侄兒桓濬。又下詔全國避其父桓溫名諱，同名同姓者皆要改名，又贈其生母馬氏為豫章公太夫人。
大亨元年（403年），桓玄遷大將軍，又上請率軍北伐後秦，但隨後就暗示朝廷下詔不准。桓玄本身就無意北伐，就裝作出尊重詔命的姿態停止。同年，桓偉去世，桓玄因公簡約禮儀，脫下喪服後又作樂。而桓偉一直是桓玄親仗的人，桓偉死後桓玄孤危，桓玄不臣之心已露，同時全國對其有怨氣，於是打算加快篡位工作。而桓玄親信殷仲文及卞范之當時亦勸桓玄早日篡位，連朝廷加授桓玄九錫的詔命和冊命都暗中寫好。桓玄於是進升桓謙、王謐和桓修等人，讓朝廷命自已為相國，更劃南郡、南平郡、天門郡、零陵郡、營陽郡、桂陽郡、衡陽郡、義陽郡和建平郡共十郡封自己為楚王，加九錫，並能置楚國國內官屬。及後桓玄自解平西將軍和豫州刺史，將官屬併入相國府。
當時桓玄的行動令原為殷仲堪黨眾的庾仄起兵七千人反抗，趁著接替桓偉的荊州刺史桓石康未到就襲取襄陽，震動江陵，不過不久就被桓石康等所平定。桓玄及後又假意上表歸藩，卻又自已代朝廷作詔挽留自己，然後再請歸藩，又要晉安帝下手詔挽留，只因桓玄喜歡炫耀這些詔文，故此常常做這些自編自導的上表和下詔事件。另桓玄亦命人報告祥瑞出現，又想像歷代般有高士出現，不惜命皇甫謐六世孫皇甫希之假扮高士，最終竟被時人稱作“充隱”。而桓玄對政令執行亦無堅定意志，常改變主意，導致政命不一，改變起來亂七八糟。
大亨元年（403年）十一月，桓玄加自己的冠冕至皇帝規格的十二旒，又加車馬儀仗及樂器，以楚王妃為王后，楚國世子為太子。十一月十八日，由卞范之寫好禪讓詔書並命臨川王司馬寶逼晉安帝抄寫。二十一日，由兼太保、司徒王謐奉璽綬，將晉安帝的帝位禪讓給桓玄，隨後遷晉安帝至永安宮，又遷太廟的晉朝諸帝神主至琅邪國。及後百官到姑孰勸進，桓玄又假意辭讓，官員又堅持勸請，桓玄於是築壇告天，於十二月三日正式登位為帝，並改元“永始”，改封晉安帝為平固王，不久遷於尋陽。