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與此同時，配合著重複不斷的防空警報，校園的廣播裡面也是開始傳出聲音，“全校的同學們，老師們請注意了!現在所有人都按照預先的演練前往防空基地!!現在所有人都按照預先的演練前往防空基地，這不是演習!!不是演習!!”
一瞬間整個學校驟然喧譁起來了，第三次衝擊就要到來了嗎?!!人類真的就要毀滅了嗎?!!政府能夠保護人類嗎?!!這些都是所有人心中的疑惑!這一刻，不僅僅是學生，老師們的臉上也滿是擔憂和害怕的神色了。
不過緊接著在惶遽之中，所有人也沒有忘了自己現在該做的事情，在廣播的催促之下，都也是立馬在教師們的指揮下迅速的撤退前往防空基地了，這些都是原本演練過的，一時間很奇蹟的整個秩序井然，沒有絲毫的慌亂，迅速的進行著了。
而此時，就在所有人有序撤退的時候，一道魁梧的身影卻是驀地閃動，離開了這個學校，動作輕盈敏捷，甚至帶動空間障壁的微微波動，沒有能夠讓任何發現，只有些許有心人注意到，撤退的隊伍裡面似乎少了一個人～穿過深邃的海洋，踏上陸地，巨大的使徒從遠處一步一步走來，動作的步伐看似緩慢，但是每一步都是相當的堅實，龐大的身形踩在大地上，轟隆的聲響之中，一個個巨大的腳印出現，將地面踩得不斷的震顫跳動，周圍的建築甚至都被震的抖動了!
帶著無比的氣勢，來自死海文書預言的第三滅世使徒終於降臨了!
與此同時，就在軍方的裝甲車、戰鬥機裝彈待命完畢，在幾架戰鬥機的“護衛”之中，使徒一步一步朝著新東京走過來的時候，在新東京的列車站，一個身看似相當成熟的，穿著白色襯衫的瘦弱騷年也是來到了這個地方!
讓這個叫做碇—真治的白襯衫瘦弱小哥很有點驚訝的，傳說之中日常人口數百萬的新東京，列車站竟然一個人也沒有，或者說整個新東京都市竟然一個人也沒有，仿佛便化作了鬼城，這到底是什麼情況啊?!!
而且原本電話裡面說好的，那個回到列車站來接自己的葛城小姐也是沒有出現，一瞬間，小哥有點混亂了，不過緊接著愣了大概三分鐘，碇—真治隨即也是無奈的拎起自己的大包，環視著準備找個電話亭打電話試試了。
很可惜的，電話亭容易找到，可是很果斷的，電話現在根本打不通!
“果然本來就不應該來這裡嗎?而且也無法再等她了。”從自己的衣兜裡面掏出一張照片，看著上面美麗的那個叫做葛城的女人，碇—真治說出了整部新世紀福音戰士第一句台詞～這一句話像是打開了潘多拉盒子的開始，緊接著下一刻，炮彈轟擊的轟隆聲起，電線也被“嘩嘩”刮動，與使徒的戰鬥正式展開了!!
一顆顆的飛彈轟擊過去，無數的裝甲炮也是完全沒有絲毫的留情，在爆炸的白光之中，強大的衝擊摧毀了一大片的建築!
不過這些對於使徒而言，完全就連撓痒痒的程度都是算不上，和原劇情之中一模一樣的，第三使徒輕而易舉的就解決掉了整個陸地裝甲車隊列，緊接著，隨手捏爆飛彈，飛翔在自己周圍的戰鬥機也是迅速的被使徒當做蒼蠅拍死了!
狂暴的爆炸衝擊橫掃過來，那撞擊下來的戰鬥機殘骸，坍塌的建築，這一刻很倒霉的，幾乎算是身處在戰鬥中心的碇—真治同學仿佛感覺到世界末日到來了!這一刻，被狂暴的氣流衝擊，瘦弱的碇—真治變成了滿地打滾的肉球!
使徒的大腳踩下，跺碎掉一大片的地面，幸運的碇—真治在使徒的大腳之中避過，沒有被悲催的踩到，而就在此時，就在碇—真治完全已經嚇的六神無主的時刻，一輛藍色的小汽車奔馳而來!
用讓人幾乎難以置信的車技避過砸下來的戰鬥機殘骸和建築碎片，小汽車一口氣衝到位於使徒大腳之下，隨時都有可能被踩成肉泥的碇—真治身邊，汽車門打開，一隻手伸出來一把將碇—真治拖了進去!
第六章 劇情改變出現
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葛城美里開著藍色的小汽車飛奔在公路上，現在空路上沒有一個人，她的車技很好，路也很平穩，雖然車速相當的不低，但車子裡面幾乎沒有特別的晃動。
偏頭看著窗外，手上拿著這個叫做葛城小姐的女人塞給自己的機密檔案，一想到自己的父親，那個在自己一點點大的時候就拋棄自己的父親，碇-真治在失神中，頓時情緒也是有些失落了。
整個人顯得有點落寞，那受氣包一樣的神情使得原本就比較瘦弱的身影看起來更加的瘦弱了，仿佛是一隻被逐出家門的小雞仔～細心的葛城美里顯然也是注意到了自己身邊這個少年的情緒變化，作為NERV的作戰部參謀，EVA的戰鬥指揮，對於即將成為自己手下駕駛員的少年，她自然也進行了一番了解，碇司令對兒子的無情她也是知道一點的。
看到如此樣子的少年，葛城小小的愣了一下，似乎從他的身上看到了什麼，或許是某個如此相似的身影，那樣的孤寂、那樣的無助，仿佛全世界都在嘲笑自己，到這兒，葛城的眼神之中閃過一絲莫名的神色，緊接著又是一絲憐憫。
“嘛～這一次總算是讓我接到你了呢～可真是嚇了我一跳，沒想到你竟然被卷到那邊去了。幸好沒有出事，要不然的話。我可就慘了～”