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主意拿定，召集城中的總兵滿桂、參將祖大壽等將官說：：“本官身為寧遠道，當與寧遠城共存亡。你們可以撤走，本道定不進山海關，本道定橫在孤城門外，以肉身擋敵兵。”滿桂、祖大壽被道台大人的忠義感動，願率領一萬七千將士，死守不撤。
為安穩守將的心，袁崇煥暗中派人將滿桂、祖大壽等將領的家眷送入關內，也把自己的兩個小妾，各有一個幼子，託付給老管家，帶回關內。臨走，告訴兩個小妾說：“從此隱姓埋名，讓兩個兒子改姓方，回老家，藏身田園，永不出世，除非……”小妾問：“除非什麼？老爺。”袁崇煥揚揚手，讓他們走，說：“沒有除非。”祖大壽勸袁崇煥說：“讓大人的令堂和妻妾都回關內吧。”袁崇煥堅決地說道：“不。”
守城不撤既定，袁崇煥再命軍卒，將城外商戶、農夫，所有人等，盡數收入城中。城外庭院房舍，盡數放火燒光，然後推倒殘牆敗壁，鏟為平地。之後關閉城門，用車輪大的石塊，堆滿城門洞，塞住城門，再不開啟。再嚴令偏將領兵搜查潛伏的探子，抓到立斬，不得漏掉一個，漏一個，搜查的偏將論斬。偏將恐懼，問參將大人說：“怎麼才能知道一個人是不是奸細？”參將回答：“凡是在城裡沒有家的，一律以奸細論處。”偏將叩謝說：“明白。”轉身沿街稽查，幾個時辰捉拿商旅數百人，繳獲銀子一萬兩，沖入軍餉。
整個寧遠城內，厲兵秣馬，重申十八斬軍紀，準備血戰。
八旗兵馬星夜西進，走東昌堡，踏過封凍的遼河，兵臨西平堡時，抓獲明兵的探子，審問後知道，右屯衛還有一千人，是參將周守廉統領；大凌河有兵五百人；錦州城內，游擊蕭升領兵三千人，其他城池各有兵馬，數目不清，都在準備撤走。
八旗兵馬急速行進，到達的城池中，明兵、百姓都已走淨，看不見一人。九天橫過七座空城，分別是右屯衛、錦州城、大凌河、小凌河、杏山、連山、和塔山。出兵第十天，到達寧遠城，這是唯一的有守衛兵馬的城池。努爾哈赤率大軍越過寧遠城五里，紮下大營，截斷通往山海關的大路。將抓獲的明兵探子送到寧遠城下，讓他去給袁崇煥送信，努爾哈赤在信中寫到：“大金以二十萬兵攻此城，攻破是必然的。城內的官員若能降，即重賞且恩養。”
城上放下來繩子，把送信人拉上去。不多時，城牆上投下書信，護衛取回，交給大汗，袁崇煥的回信是：“汗王為什麼進兵？錦、寧二城，是你國得到後，又放棄的地方，以你們放棄的地方，我修治後居住，寧可守其地，以死相拒，怎麼能投降呢？且汗王稱來兵二十萬，不實，大約是十三萬，我已經不以為來的少了。”
次日，八旗兵推楯車，架雲梯攻城，袁崇煥命人燃放火炮射擊，一聲震響，煙火迸發，火光里，數騎並倒。八旗兵四面攻城，西城牆上火力最小，只有兩門大炮，努爾哈赤命在西門主攻，用鐵皮蓋的楯車，運送身穿兩層鎧甲的兵卒，楯車推到城下，頂在城牆上，兵卒蹲在楯車用鍬鎬挖城牆，火炮打不著城跟。
半日的工夫，城牆已被挖出七個洞，大小不一，挖牆的兵卒已經能藏在洞裡，滾木礌石、箭矢都打不到了，牆體即將倒塌。這時，城牆上探出十多個炕行櫃，一半擔在牆裡，一半懸出牆外，櫃門朝下，突然，從裡面各墜出一個人，腰系鐵鏈子，有的抱著燃燒的棉被卷，有人手提蘸油帶火的乾草，下墜到城牆半腰，把火扔進洞裡，挖牆的八旗兵都被燒死。楯車裡八旗兵一齊箭射投火的明兵，有的明兵，手中燃燒的柴火還沒有扔出去，就已中箭，柴火也被箭矢釘在身上，火燒自身。大多數明兵，被拽回去時，渾身上下早插滿箭矢，命絕半空。
天色晚，兩軍停戰。第三天，八旗兵剛推出楯車，準備接著挖牆，城牆上的炮先打過來。寧遠城上的火炮，比瀋陽城、遼陽城的，打得都遠，有一炮打到正黃旗的一座營帳里，帳中的雅爾哈齊中炮，昏迷倒地，滿身流血，染紅地面一大片。軍中醫士忙來救治，將氣息微弱的雅爾哈齊，放進剛剝開的白駱駝皮里，然而，雅爾哈齊最終沒有醒過來。
努爾哈赤得報四弟死於炮火，萬分傷心，下令停止攻城，後退十里紮營，將雅爾哈齊的遺體用紅布包裹，四大貝勒和雅爾哈齊的兒子們一道抬起，哭著送往後營。代善回來後，要率雙層鐵甲兵繼續攻城，努爾哈赤阻止說：“不出兵了。”代善說：“咋不打了？如果不是天太冷，凍實了土，城牆早就踏了，今兒再挖半個時辰，准能挖倒。”其他貝勒都急著要打頭出兵，努爾哈赤緩緩地說：“損失了兵力，雖然取下城池，又有何益？僅這兩天，就折損甲喇兩人、牛錄兩人、兵卒五百。不能再戰了，都回營休整吧。”
皇太極走近說：“阿瑪別為四叔的事太傷心了。”努爾哈赤說：“朕的四個弟弟，有三個征戰陣前，刀劍傷掛滿臉，但都是終老在家裡。四弟從不臨於陣中，不曾使過一槍一劍，卻亡於炮火，難道是朕有過失嗎？”不待別人再說話，努爾哈赤先起身走出大帳。
這時，探馬進帳向代善稟報：“寧遠城南十六里外的菊花島上，有煙升起，遠看有數千明兵駐紮。”代善與各貝勒合計說：“現在天氣大冷，海水封凍，請阿瑪出兵先打下菊花島吧。”皇太極說：“阿瑪太傷心了，別再打擾。大哥本月掌政，就做主出兵得了。”代善猶豫不定，沒有主意，阿敏、岳托等人贊同皇太極的說法，請代善下令。代善聽大家都這麼說，於是下令：“正紅旗甲喇額真吳納格率領三個牛錄長甲兵，以及蒙古額駙布彥代等一百鐵騎，做前鋒，出兵菊花島。阿敏率本旗兵馬做後隊助戰。”
為安穩守將的心，袁崇煥暗中派人將滿桂、祖大壽等將領的家眷送入關內，也把自己的兩個小妾，各有一個幼子，託付給老管家，帶回關內。臨走，告訴兩個小妾說：“從此隱姓埋名，讓兩個兒子改姓方，回老家，藏身田園，永不出世，除非……”小妾問：“除非什麼？老爺。”袁崇煥揚揚手，讓他們走，說：“沒有除非。”祖大壽勸袁崇煥說：“讓大人的令堂和妻妾都回關內吧。”袁崇煥堅決地說道：“不。”
守城不撤既定，袁崇煥再命軍卒，將城外商戶、農夫，所有人等，盡數收入城中。城外庭院房舍，盡數放火燒光，然後推倒殘牆敗壁，鏟為平地。之後關閉城門，用車輪大的石塊，堆滿城門洞，塞住城門，再不開啟。再嚴令偏將領兵搜查潛伏的探子，抓到立斬，不得漏掉一個，漏一個，搜查的偏將論斬。偏將恐懼，問參將大人說：“怎麼才能知道一個人是不是奸細？”參將回答：“凡是在城裡沒有家的，一律以奸細論處。”偏將叩謝說：“明白。”轉身沿街稽查，幾個時辰捉拿商旅數百人，繳獲銀子一萬兩，沖入軍餉。
整個寧遠城內，厲兵秣馬，重申十八斬軍紀，準備血戰。
八旗兵馬星夜西進，走東昌堡，踏過封凍的遼河，兵臨西平堡時，抓獲明兵的探子，審問後知道，右屯衛還有一千人，是參將周守廉統領；大凌河有兵五百人；錦州城內，游擊蕭升領兵三千人，其他城池各有兵馬，數目不清，都在準備撤走。
八旗兵馬急速行進，到達的城池中，明兵、百姓都已走淨，看不見一人。九天橫過七座空城，分別是右屯衛、錦州城、大凌河、小凌河、杏山、連山、和塔山。出兵第十天，到達寧遠城，這是唯一的有守衛兵馬的城池。努爾哈赤率大軍越過寧遠城五里，紮下大營，截斷通往山海關的大路。將抓獲的明兵探子送到寧遠城下，讓他去給袁崇煥送信，努爾哈赤在信中寫到：“大金以二十萬兵攻此城，攻破是必然的。城內的官員若能降，即重賞且恩養。”
城上放下來繩子，把送信人拉上去。不多時，城牆上投下書信，護衛取回，交給大汗，袁崇煥的回信是：“汗王為什麼進兵？錦、寧二城，是你國得到後，又放棄的地方，以你們放棄的地方，我修治後居住，寧可守其地，以死相拒，怎麼能投降呢？且汗王稱來兵二十萬，不實，大約是十三萬，我已經不以為來的少了。”
次日，八旗兵推楯車，架雲梯攻城，袁崇煥命人燃放火炮射擊，一聲震響，煙火迸發，火光里，數騎並倒。八旗兵四面攻城，西城牆上火力最小，只有兩門大炮，努爾哈赤命在西門主攻，用鐵皮蓋的楯車，運送身穿兩層鎧甲的兵卒，楯車推到城下，頂在城牆上，兵卒蹲在楯車用鍬鎬挖城牆，火炮打不著城跟。
半日的工夫，城牆已被挖出七個洞，大小不一，挖牆的兵卒已經能藏在洞裡，滾木礌石、箭矢都打不到了，牆體即將倒塌。這時，城牆上探出十多個炕行櫃，一半擔在牆裡，一半懸出牆外，櫃門朝下，突然，從裡面各墜出一個人，腰系鐵鏈子，有的抱著燃燒的棉被卷，有人手提蘸油帶火的乾草，下墜到城牆半腰，把火扔進洞裡，挖牆的八旗兵都被燒死。楯車裡八旗兵一齊箭射投火的明兵，有的明兵，手中燃燒的柴火還沒有扔出去，就已中箭，柴火也被箭矢釘在身上，火燒自身。大多數明兵，被拽回去時，渾身上下早插滿箭矢，命絕半空。
天色晚，兩軍停戰。第三天，八旗兵剛推出楯車，準備接著挖牆，城牆上的炮先打過來。寧遠城上的火炮，比瀋陽城、遼陽城的，打得都遠，有一炮打到正黃旗的一座營帳里，帳中的雅爾哈齊中炮，昏迷倒地，滿身流血，染紅地面一大片。軍中醫士忙來救治，將氣息微弱的雅爾哈齊，放進剛剝開的白駱駝皮里，然而，雅爾哈齊最終沒有醒過來。
努爾哈赤得報四弟死於炮火，萬分傷心，下令停止攻城，後退十里紮營，將雅爾哈齊的遺體用紅布包裹，四大貝勒和雅爾哈齊的兒子們一道抬起，哭著送往後營。代善回來後，要率雙層鐵甲兵繼續攻城，努爾哈赤阻止說：“不出兵了。”代善說：“咋不打了？如果不是天太冷，凍實了土，城牆早就踏了，今兒再挖半個時辰，准能挖倒。”其他貝勒都急著要打頭出兵，努爾哈赤緩緩地說：“損失了兵力，雖然取下城池，又有何益？僅這兩天，就折損甲喇兩人、牛錄兩人、兵卒五百。不能再戰了，都回營休整吧。”
皇太極走近說：“阿瑪別為四叔的事太傷心了。”努爾哈赤說：“朕的四個弟弟，有三個征戰陣前，刀劍傷掛滿臉，但都是終老在家裡。四弟從不臨於陣中，不曾使過一槍一劍，卻亡於炮火，難道是朕有過失嗎？”不待別人再說話，努爾哈赤先起身走出大帳。
這時，探馬進帳向代善稟報：“寧遠城南十六里外的菊花島上，有煙升起，遠看有數千明兵駐紮。”代善與各貝勒合計說：“現在天氣大冷，海水封凍，請阿瑪出兵先打下菊花島吧。”皇太極說：“阿瑪太傷心了，別再打擾。大哥本月掌政，就做主出兵得了。”代善猶豫不定，沒有主意，阿敏、岳托等人贊同皇太極的說法，請代善下令。代善聽大家都這麼說，於是下令：“正紅旗甲喇額真吳納格率領三個牛錄長甲兵，以及蒙古額駙布彥代等一百鐵騎，做前鋒，出兵菊花島。阿敏率本旗兵馬做後隊助戰。”