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在十三全大會上，蔣緯國未如外界所料更上一層樓，痛失進軍中常會的機會，政治行情也一泄千里。一時間，過去奔走於蔣家門下的人物，現在都以“革新”自許，爭先恐後地和蔣家告別，這回蔣家人馬真的是慘遭失敗。
相反，李登輝在本次黨代表會上正式當選為國民黨的主席，完全扎穩了營寨，形成了自己的班底。
在這次黨代會以及隨之而來內閣大換血中，李登輝不為輿論所左右，讓沒有多少外交經歷的連戰任“外交部長”，而讓素有“外交才子”之譽的錢復去管“經濟委員會”；讓“新生代”中走紅最早、聲勢日隆的中常委、“內政部長”吳伯雄屈居台北市長等等；雖然有人稱之為“大敗筆”，但更多的人則認為：這種不按牌理出牌的惟一作用在於打破傳統，表現李登輝本人的權威。
同時，為了推行“新政”，李登輝繼續效法蔣經國奉行的年輕化、本土化用人原則，大量吸收了台籍“精英”、技術官僚和黨務少壯派進入高層領導核心。“十三大”新產生的180名中央委員，平均年齡59歲，比上屆降低11歲；其中60％的是新任委員；台藉人士則由上屆的45％上升到55％。在31名中常委中，平均年齡為63歲，其中有12人是新進。在內閣大調整中，21名閣員被一下子換了15名。
另外，李登輝還利用黨主席的提名權，把10餘名心腹提拔進了黨政上層。所以，在這兩次黨政人事變更上，雖表面上仍體現一些政治的繼承性，如讓保守色彩很濃的俞國華、沈昌煥繼續留在原來的位置上；但政治運作的軸心已不再是他們，而是國民黨內的“新生代”和李登輝的嫡系親信。
“十三大”值得注意的另一個動向是，輿論一直關注的軍方，這次和李登輝更緊密地實現了聯合。在中央委員會和中常會中，軍方主要首腦所占的位次，遠比過去靠前。
“一朝天子一朝臣”，經過這一番大換血，李登輝完全控制了台灣政壇黨、政、軍大權。
“蔣家王朝”，是二十世紀中國政治的一個怪胎，也是二十世紀中國政治及社會大變革、大動盪中的必然產物。“蔣家王朝”從大陸到台灣，歷經兩代，凡61年。它所施於中國社會及中國歷史的影響是不可低估的--無論這種影響是正面的、積極的，抑或是反面的、消極的，誰都不可能否認這種影響的存在。即使到了今天，公元一千九百九十六年，至少在台灣的政治生活中仍有那個已然不復存在了的“蔣家王朝”的政治陰影的影響痕跡。蔣氏一門的後代，仍然成為台灣公眾輿論感興趣的話題。而且，有跡象表明：在完成祖國和平統一大業進程中，蔣介石的後代子孫們仍有可能會起到舉足輕重的作用。而這正是眾望所歸，亦且是海峽兩岸人民共同的期望。因為，蔣介石的傳人畢竟也是炎黃子孫，無論三代五代抑或十代百代，蔣家的“根”永遠是奉化溪口。這一點，是不以人的意志為轉移的，絕不會因為政治見解的異同而發生改變。