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拿破崙此時已經放棄了一切侵英的意圖，可是對這個“可憐的”的維倫紐夫----這是拿破崙給他的評語----卻另外指定了一個新的“送終”計劃。他從聖克勞德給維倫紐夫發出如下命令：
“我決定把集中在卡迪茲港中的我方海軍力量，投入地中海方面，作為一個強大的牽制。你應該明了我方的意圖，立即尋找機會率領聯合艦隊，向該海域進發。首先去卡塔赫納與在該港中的西班牙支隊會合，再向納普爾斯進發，並在某個海岸上讓你船上所搭載的陸軍登陸，以便與聖西爾將軍所指揮的部隊會合。依照你自己的判斷，如果認為有必要，你所指揮的艦隊可以儘可能留在納普爾斯海岸，以給敵人造成最大的損害，並攔截意圖派往馬爾他島的船團。在這個遠征行動之後，艦隊就可以駛入土倫，以便整理和修補。我們的意圖是這樣的：無論在何處，如果遇到一個處於劣勢的敵人，你都應該毫不猶豫的進行攻擊，獲得一個決定性的勝利。這次作戰的成敗，就要看你是否能夠立即離開卡迪茲出發。”
兩天之後，拿破崙又命令狄克里斯撤換維倫紐夫，而代之以羅西尼。因為考慮到不願意刺激維倫紐夫，狄克里斯卻沒有立即通知他。10月10日，羅西尼到達羅德里戈。
10月1日，維倫紐夫開始作最後的準備，預定在10月7日出海，可是風向突然轉變，迫使他在港口中停留了十天。10月8日，他召開作戰會議，向他的艦長們解釋他對未來的會戰的戰術觀念。他主張把這個33艘戰艦的艦隊，分為兩個集團：（一）戰鬥集團，共21艘船，由他自己指揮。（二）預備集團，共12艘船，由格拉維拉將軍指揮，應位置在前者的上風方向。（註：到10月16日，最後的戰鬥序列都已完全決定。戰鬥集團又分為三個支隊，每隊七艘船。前衛為第二支隊，由阿拉發中將指揮，旗艦為“聖安娜”號。第一支隊為中央部分，由維倫紐夫親自指揮，旗艦為“布森陶爾”。第三支隊為後衛，由杜馬羅爾少將指揮，旗艦為“杜古陶因”號。預備集團，由格拉維拉指揮，旗艦為“奧地利親王”。）
接著，維倫紐夫又推測敵人所可能採取的戰術，可以說非常準確。他說：“英國艦隊不會構成一個與聯合艦隊平行的戰線。納爾遜會企圖切斷我方的戰線，包圍我方的後衛，然後集中力量來打擊可以孤立和切斷的船隻，越多越好。”至於究竟應該怎樣應付這樣的攻擊，他卻並無高見，很顯然，他知道他的艦長們只能採取魚貫而行的方式。他所補充說明的只有兩點：如果聯合艦隊占了上風，則應該追擊敵人，然後一船對一船的作戰。如果在下風，雖應排成一個緊接著的戰線，等候攻擊，而每個艦長也應各自為戰。依照拿破崙的命令，法西兩國的船隻是採取混合編組的。他們中間有一艘“四層甲板”的船“三叉戟”號，一共有131門火炮，是當時最大的船隻；三艘“三層甲板”的船，兩艘為112門火炮，一艘為100門火炮；一艘64門火炮的船隻；七艘巡洋艦和中型巡洋艦。戰艦中有18艘法國的，15艘西班牙的。所裝有的“側舷”火炮共為2,626門，短炮除外。
搭載的官兵總數為21,580人。所搭載的陸軍是由卡迪茲守備部隊中抽調出來的，其中有“非洲”團和索里亞團，都是過去曾參加過西班牙無畏艦隊的部隊。英國艦隊本應有33艘戰艦，但當納爾遜接管指揮權不久之後，路易少校所率領的支隊，共有戰艦六艘，奉命去保護一個駛向馬爾他的運輸船團，所以納爾遜手中只剩下27艘戰艦。在這些船隻當中，七艘是“三層甲板”的，三艘100門炮，四艘98門炮。二十艘為“兩層甲板”的，一艘80門炮，十六艘74門炮和三艘64門炮。此外他還有四艘巡洋艦，一艘雙帆二桅船，一艘單桅快船。全部官兵16,820人。除了短炮以外，一共有“側舷”火炮2,148門。
因為路易的支隊不在，納爾遜改變了原有觀念，不再把艦隊分成三線，而代之以兩個縱隊：（一）前衛或上風縱隊，共有船十二艘，由他自己指揮，旗艦為“勝利”號；（二）後衛或下風縱隊，共有船十五艘，由科林伍德指揮，旗艦為“王權”號。這是他第一次改變了在“秘密備忘錄”中的原有觀念，以後還有其他的改變。這些改變曾引起了許多爭論，但更足以說明納爾遜在這一戰中的心理變化。
他的目的是獲得一個決定性的勝利，俘獲或擊沉敵方的二十艘戰艦，因為他在臨死時曾經說過：“我估計應該有二十艘。”正如秘密備忘錄所說，舊式的平行戰鬥序列通常不具有決定意義，因為它們是如此遲緩，無法集中兵力打擊敵人的弱點。他認為那好比是用兩個“單臂”來搏鬥的拳師在互相格鬥，而他所希望的卻是能同時用“雙臂”來搏鬥。他的艦隊可以同時向左右兩方打擊。上風縱隊保護右面，而下風縱隊則打擊在敵人的後部。他為什麼要選擇敵人的後衛來當作打擊目標，面不選擇前衛呢？因為要支援其後衛，敵人的前衛必須調過頭來，所以需要很長時間；反之若是打擊前衛，則敵人的後衛只要繼續照原有方向前進，而不必調過頭來。
為了使他的打擊具有極大的動量，他並不嚴格遵守傳統的橫線或直線的戰術。反之，他卻代以兩個船團，只是依次航行而已。關於這一點是毫無疑問的，因為當他在默頓向凱茨將軍解釋他的戰術時，他曾經這樣說：“這樣會立即引起一場混戰，這也正是我所希望的。”在特拉法爾加之戰兩個月後，科林伍德所寫的一封信也可以作證，他說：“納爾遜決定用兩個獨立的集團來代替一個嚴整的攻擊序列。它的執行非常良好，所以獲得了優異的成功；或許它的新奇性對於我們極為有利，因為敵人料想我們一定會形成一個好像一條線的東西。”這也正是納爾遜所早已預料得到的，因為在默頓討論戰術時，他曾經突然轉向凱茨說：“但是我要告訴你我所想的是什麼。我認為它可以突襲敵人，使他不知所措。他們不知道我要做什麼。”突然襲擊加上集中兵力，另外再加上優越的炮術。
“我決定把集中在卡迪茲港中的我方海軍力量，投入地中海方面，作為一個強大的牽制。你應該明了我方的意圖，立即尋找機會率領聯合艦隊，向該海域進發。首先去卡塔赫納與在該港中的西班牙支隊會合，再向納普爾斯進發，並在某個海岸上讓你船上所搭載的陸軍登陸，以便與聖西爾將軍所指揮的部隊會合。依照你自己的判斷，如果認為有必要，你所指揮的艦隊可以儘可能留在納普爾斯海岸，以給敵人造成最大的損害，並攔截意圖派往馬爾他島的船團。在這個遠征行動之後，艦隊就可以駛入土倫，以便整理和修補。我們的意圖是這樣的：無論在何處，如果遇到一個處於劣勢的敵人，你都應該毫不猶豫的進行攻擊，獲得一個決定性的勝利。這次作戰的成敗，就要看你是否能夠立即離開卡迪茲出發。”
兩天之後，拿破崙又命令狄克里斯撤換維倫紐夫，而代之以羅西尼。因為考慮到不願意刺激維倫紐夫，狄克里斯卻沒有立即通知他。10月10日，羅西尼到達羅德里戈。
10月1日，維倫紐夫開始作最後的準備，預定在10月7日出海，可是風向突然轉變，迫使他在港口中停留了十天。10月8日，他召開作戰會議，向他的艦長們解釋他對未來的會戰的戰術觀念。他主張把這個33艘戰艦的艦隊，分為兩個集團：（一）戰鬥集團，共21艘船，由他自己指揮。（二）預備集團，共12艘船，由格拉維拉將軍指揮，應位置在前者的上風方向。（註：到10月16日，最後的戰鬥序列都已完全決定。戰鬥集團又分為三個支隊，每隊七艘船。前衛為第二支隊，由阿拉發中將指揮，旗艦為“聖安娜”號。第一支隊為中央部分，由維倫紐夫親自指揮，旗艦為“布森陶爾”。第三支隊為後衛，由杜馬羅爾少將指揮，旗艦為“杜古陶因”號。預備集團，由格拉維拉指揮，旗艦為“奧地利親王”。）
接著，維倫紐夫又推測敵人所可能採取的戰術，可以說非常準確。他說：“英國艦隊不會構成一個與聯合艦隊平行的戰線。納爾遜會企圖切斷我方的戰線，包圍我方的後衛，然後集中力量來打擊可以孤立和切斷的船隻，越多越好。”至於究竟應該怎樣應付這樣的攻擊，他卻並無高見，很顯然，他知道他的艦長們只能採取魚貫而行的方式。他所補充說明的只有兩點：如果聯合艦隊占了上風，則應該追擊敵人，然後一船對一船的作戰。如果在下風，雖應排成一個緊接著的戰線，等候攻擊，而每個艦長也應各自為戰。依照拿破崙的命令，法西兩國的船隻是採取混合編組的。他們中間有一艘“四層甲板”的船“三叉戟”號，一共有131門火炮，是當時最大的船隻；三艘“三層甲板”的船，兩艘為112門火炮，一艘為100門火炮；一艘64門火炮的船隻；七艘巡洋艦和中型巡洋艦。戰艦中有18艘法國的，15艘西班牙的。所裝有的“側舷”火炮共為2,626門，短炮除外。
搭載的官兵總數為21,580人。所搭載的陸軍是由卡迪茲守備部隊中抽調出來的，其中有“非洲”團和索里亞團，都是過去曾參加過西班牙無畏艦隊的部隊。英國艦隊本應有33艘戰艦，但當納爾遜接管指揮權不久之後，路易少校所率領的支隊，共有戰艦六艘，奉命去保護一個駛向馬爾他的運輸船團，所以納爾遜手中只剩下27艘戰艦。在這些船隻當中，七艘是“三層甲板”的，三艘100門炮，四艘98門炮。二十艘為“兩層甲板”的，一艘80門炮，十六艘74門炮和三艘64門炮。此外他還有四艘巡洋艦，一艘雙帆二桅船，一艘單桅快船。全部官兵16,820人。除了短炮以外，一共有“側舷”火炮2,148門。
因為路易的支隊不在，納爾遜改變了原有觀念，不再把艦隊分成三線，而代之以兩個縱隊：（一）前衛或上風縱隊，共有船十二艘，由他自己指揮，旗艦為“勝利”號；（二）後衛或下風縱隊，共有船十五艘，由科林伍德指揮，旗艦為“王權”號。這是他第一次改變了在“秘密備忘錄”中的原有觀念，以後還有其他的改變。這些改變曾引起了許多爭論，但更足以說明納爾遜在這一戰中的心理變化。
他的目的是獲得一個決定性的勝利，俘獲或擊沉敵方的二十艘戰艦，因為他在臨死時曾經說過：“我估計應該有二十艘。”正如秘密備忘錄所說，舊式的平行戰鬥序列通常不具有決定意義，因為它們是如此遲緩，無法集中兵力打擊敵人的弱點。他認為那好比是用兩個“單臂”來搏鬥的拳師在互相格鬥，而他所希望的卻是能同時用“雙臂”來搏鬥。他的艦隊可以同時向左右兩方打擊。上風縱隊保護右面，而下風縱隊則打擊在敵人的後部。他為什麼要選擇敵人的後衛來當作打擊目標，面不選擇前衛呢？因為要支援其後衛，敵人的前衛必須調過頭來，所以需要很長時間；反之若是打擊前衛，則敵人的後衛只要繼續照原有方向前進，而不必調過頭來。
為了使他的打擊具有極大的動量，他並不嚴格遵守傳統的橫線或直線的戰術。反之，他卻代以兩個船團，只是依次航行而已。關於這一點是毫無疑問的，因為當他在默頓向凱茨將軍解釋他的戰術時，他曾經這樣說：“這樣會立即引起一場混戰，這也正是我所希望的。”在特拉法爾加之戰兩個月後，科林伍德所寫的一封信也可以作證，他說：“納爾遜決定用兩個獨立的集團來代替一個嚴整的攻擊序列。它的執行非常良好，所以獲得了優異的成功；或許它的新奇性對於我們極為有利，因為敵人料想我們一定會形成一個好像一條線的東西。”這也正是納爾遜所早已預料得到的，因為在默頓討論戰術時，他曾經突然轉向凱茨說：“但是我要告訴你我所想的是什麼。我認為它可以突襲敵人，使他不知所措。他們不知道我要做什麼。”突然襲擊加上集中兵力，另外再加上優越的炮術。