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清兵入關後，隨著政治中心南移，大批滿族貴族、官吏、滿蒙漢八旗官兵隨之湧入北京。從順治元年（1644年）十二月清政府頒發“圈地令”，至順治四年正月，先後三次大規模圈占土地，把近京各州縣的無主荒地分給各滿族貴族，這實際上是對漢族人民的野蠻掠奪。與此同時，清廷還配合實行“投充法”，即允許各旗收納失去生產手段的貧民，充作“役使之用”。投充法實質上是逼迫漢族農民依附於滿族貴族，補充擴大農奴隊伍。被擄掠的農奴不堪虐待，紛紛逃亡，為此清廷又頒行了“逃人法”，規定“逃人鞭一百，歸還本主。隱匿之人正法，家產籍沒。鄰右甲長鄉約，各鞭一百，流徙邊遠。”“圈地令”和“投充法”維護了農奴制生產方式，厲行“逃人法”，則把農奴牢牢禁錮在莊園裡。清軍入關後推行的這一系列弊政，再加上對其他各民族施行民族歧視和壓迫政策，激起了廣大漢族人民的強烈反抗。順治二年，清政府又頒布“薙髮令”，強令廢除明朝衣冠、剃髮梳辮，改從清制，以此作為進一步確立滿族貴族統治的象徵，更激起了各地、各階層人民的激烈反抗。為了避免與漢族人民的矛盾驟然加劇，清廷又宣布暫緩一年執行。占領南京以後，清廷認為心理上征服廣大漢族人民的時機已經成熟，再次頒布“薙髮令”，所征服的地區，以十日為限，“留頭不留髮，留髮不留頭”。這種高壓政策使得被征服地區人民的反抗情緒更加高漲，未被征服地區人民的抵抗更加頑強。而且，其時的漢人視滿人為外來民族，稱之為“狄”、“虜”。在他們心目中，只有明朝才是漢人的正統正朔。
此時原來反明的農民起義軍轉而擁明抗清；原來企圖聯合清軍鎮壓起義軍的明王室轉而聯合農民起義軍，抵抗清軍。福王的弘光政權失敗後，明室遺臣先後擁立魯王、唐王、桂王等宗王，在兩廣、福建地區舉起抗清復明旗幟，各地民眾紛紛以“反清復明”為口號，進行抗清鬥爭。一些知識分子懷著強烈的漢民族氣節，義不降清，甚至奔走呼號，並積極參與抗清鬥爭。清代著名思想家、詩文家顧炎武，以及同時代的思想家王夫之、黃宗羲，都參加過抗清鬥爭，並始終不願應召到清廷做官。
清兵占領北京後，一批漢族官紳紛紛南下，遂在江南一帶形成了以漢族大地主階級為主體的政治中心，史稱南明政權。1644年5月，崇禎帝的從兄福王朱由崧由鳳陽總督馬士英等人擁戴，在南京稱帝，建元“弘光”。弘光政權建立於危難之際，寄望於南方各擁有重兵的將領維持江山，於是封鄭芝龍為“南安伯”，他手下的將領也各有升遷，施琅遂任副總兵。
“生於憂患，死於安樂”，這句話對弘光小朝廷來說是最恰當不過了。弘光政權建立後，沒有制訂出正確的對付清政府和農民軍的策略，而是一廂情願地想“借虜平寇”，竟天真地遣使赴北京“酬虜通好”，遭清政府斷然拒絕。然而，弘光政權毫無警醒，滿足於偏安江左，滿足於江南富庶的物質生活，享受燈紅酒綠、紙醉金迷的生活，其腐朽程度較之崇禎時期有過之而無不及，統治階層內部矛盾也日趨尖銳。弘光小朝廷大肆勒派軍餉，增加賦稅，甚至公開賣官，賄賂公行，政治腐敗到極點。第一個南明政權建立不到一年，即宣告滅亡。弘光帝逃往蕪湖，很快被俘獲。馬士英、阮大鋮逃到杭州，未及逃跑的許多南明官僚紛紛投靠清王朝。
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投軍從戎追隨恩主附清(5)
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弘光政權滅亡後，在福州又出現了第二個南明政權，即隆武政權。1645年的閏六月初六，唐王朱聿鍵由“南安伯”鄭芝龍等迎入福州。次日，正式就任監國；不久後，又在臣僚的擁戴下於閏六月二十七日即皇帝位，紀元從七月初一起改稱隆武元年，以福州為臨時首都，政府名為天興府，以原福建布政使司作為行宮。這就是南明史上第二個政權，史稱“隆武政權”。由於此政權為鄭芝龍所擁戴建立，因此鄭芝龍被晉封為平虜侯，很快又被封為平國公。隨著鄭芝龍的位高權重，施琅再次得到升遷，被提拔為僉都督，擔任左衝鋒，其弟施顯也被授予錦衣衛仁武營將領之職。
接連得到升遷的施琅，一方面感激鄭芝龍的知遇之恩，另一方面也希圖建功立業，有所作為，以遂平生之志。然而，為攫取更大的權利，鄭芝龍竟擁兵自重，挾制朝廷，無意進取。首席大學士黃道周對鄭芝龍擁兵觀望十分憤慨，自告奮勇督兵福建，聯絡江西，援救徽州、衢州一帶的義軍，欲為隆武政權打開局面。1645年7月22日，黃道周率領勉強拼湊的三千多士卒踏上征途，但掌握兵馬錢糧大權的鄭芝龍卻只撥付一個月的糧餉。師出不久，兵餉無繼，黃道周只好憑自己的聲望和書法，親筆書寫委任狀，沿途召募一些忠勇之士。黃道周雖也讀過一些兵書，還曾為《廣百將傳》做過注，但卻只是紙上談兵，未曾親歷沙場。部下兵將大抵是應募而來，缺乏作戰經驗，僅憑一腔熱血奮勇向前。施琅當時充當其偏裨，隨同黃道周出征，憑其獨到的軍事眼光，施琅認為依靠這樣一支隊伍同清朝正規軍作戰必敗無疑。據李光地的《榕村語錄》記載，施琅曾向黃道周“獻奇策”，提出遣散所招募來的福建沿海地方之兵，只帶少數精兵強將由小路直接進入贛州，以首席大學士督師的名義節制和調遣南贛、湖廣、廣東、廣西等地總督、巡撫、總兵，會師進取。此時的施琅已經能夠用戰略的眼光來看待與清軍的戰爭，第一次顯示出軍事方面的高瞻遠矚和深謀遠慮。但是，黃道周為人迂執，不達權變，施琅之計未被採納。不願陪著送死，施琅逕自返回福建，隨施福退守於分水關。黃道周一意孤行，鼓勇率部與清軍對壘，很快戰敗被俘，守節不屈而亡。