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不料事隔一日，情況突然發生變化。據陳少白在《興中會革命史要》里回憶：楊衢雲突然提出要把總統一位讓給他。
孫先生聽到這幾句話，覺得事情還沒有開始，同志間就發生地位之爭，非常痛心，精神上就受了一個很大的打擊。所以就約了我同鄭士良三個人，開一個會議。鄭士良聽到孫先生說明上面的事情，他就說：“這是不能答應的，我一個人去對付他，我去殺他，非殺他不可。”當時我就說：“這是不對的。殺了他，在香港就出了人命案件，我們還能起事嗎？照我的意思，我們先去省城辦事。辦成功那就沒有問題了；辦不成功，隨便什麼人作總統是沒有關係的。”孫先生就依照我的意思，在當天晚上，再開一次聯席會議，出席的人中還有一個英國人和一個美國人（系化學師），是孫先生由檀香山約來的。在會議席上，孫先生就自己提出來，把總統的名義讓給楊衢雲。
無論如何，孫中山還是以革命利益為重，讓出了“總統”職位，這也是他人生的第一次讓位。其實從實力上看，孫中山也有他的讓位考慮：楊衢雲手握起義運動的經濟大權，他的經費來源主要是黃詠商和余育之兩人所捐，余與黃都是支持楊衢雲的人；相比之下，孫中山等人所得甚少。這樣廣州起義的經費不得不依靠香港楊衢雲方面。另外，楊衢雲不但掌握經費，還負責起義的諸多工作，徵募部隊、密購槍彈等。這也是孫中山不欲與楊起糾紛的原因。
楊衢雲回香港後一直積極作起義準備工作，尋找敢死隊隊員。但就在起義前一天，出了意外。
得到“總統”名義的楊衢雲在香港先組織了一個小分隊，名為“總統衛隊”，衛隊成員與其他領隊待遇一致，此舉導致領隊們心存不滿，認為楊衢雲有失公正——衛隊配備的武器精良，而他們的配備有好有壞，於是要求更換，否則晚上不帶士兵上船。此時，楊衢雲已無時間滿足這些領隊的要求，於是急告廣州方面，要求延期兩天行動。
10月26日，預定的起義日，孫中山接到香港方面無法按時前來的電報。陳少白回憶：
……到初九日（26日），天還沒有亮，我就起來，馬上跑到農學會，等了好久，並沒有消息。綠林首領、軍隊首領、民團首領等都來討口號等命令，而孫先生卻還沒有來。本來香港船在早晨六點就應該攏岸了，我們一直等到8點鐘，才見孫先生行色匆匆地拿了一個電報來，一看是楊衢雲打來的。電報上說：“貨不能來。”我就同先生商量這事怎麼辦呢？我說：“凡事過了期，風聲必然走漏，再要發動一定要失敗的。我們還是把事情壓下去，以後再說吧！”孫先生也以為然。一方面就把領來的錢，發給綠林中人，叫他們回去再聽命令，同時馬上打電報給楊衢雲，叫他“貨不要來，以待後命”。
原來的起義部署被完全打亂，缺乏香港方面的力量，冒險舉兵起義，難以保證起義得到成功；孫中山只好採納暫緩行動的建議，於是黨員急起而消滅種種形跡，毀文籍、藏軍械，以保存力量。同時，打電報給楊衢雲，讓他們暫時不要來廣州。
其實在此之前，起義計劃已遭到告發。而告發之人，正是起義領導人之一朱淇的哥哥朱湘。朱湘是位清末舉人，任廣州西關清平局書記。朱淇是興中會骨幹，為起義起草討滿檄文及安民布告，而起義前兩天，碰巧被哥哥朱湘看到。他唯恐受到牽連，就假借朱淇名義向省河緝捕統帶李家焯告密。李得報後一面派人監視孫中山，一面向兩廣總督譚鍾麟報告。豈料，譚鍾麟並不相信著名醫生孫逸仙會造反，反而哈哈大笑說，“孫乃狂士，好作大言，焉敢造反”，堅決不肯相信。憚於孫中山是位名醫，又是基督徒，李家焯一時也不敢輕舉妄動。
另一邊，楊衢雲在香港的籌備活動也已經暴露。10月27日，巡官斯坦頓獲悉有人雇用約400名戰士，乘“保安”號夜航進入廣州。斯坦頓馬上將情報電報給廣州政府。清總督府接電報，立即組織1500多名清軍進入廣州城內，開始了大搜捕，廣州城內的農學會、王家祠等起義的指揮機關都被清軍查獲。
10月28日凌晨，當“保安”號開抵省河時，清兵已派兵在碼頭守候搜查。船上雖有起義軍400多人，但分裝在7大箱的槍枝和子彈都被別的貨壓在底下，無法取出來武裝自己。邱四和朱貴全等40人被捕，後來的人因偽裝及時，才躲過了抓捕。
這時的廣州當局，一面提審被捕人員，一面繼續搜捕起義者。在搜捕中陸皓東不幸被捕。
陸皓東原本也可以逃脫搜捕，但他擔心雙門底機關的會中名冊被搜去，將會累及許多會員受難，於是他不顧其他人勸阻，冒險前往。名冊燒掉後，他也不幸被捕入獄。南海縣令李徵庸遵照兩廣總督的命令，提訊陸皓東。當李叱令陸跪下時，陸挺立不動，並拒絕供出任何會員。11月7日，陸皓東、邱四、朱貴全3人英勇就義，程奎光受600軍棍的酷刑，傷重而逝，程耀宸也病死在獄中。這5位是最早為中國革命獻身的烈士，孫中山後來在自傳里稱陸皓東“為中國有史以來為共和革命犧牲者之第一人”。
孫中山見城內風頭已緊，立即告陳少白及手下各人迅速離開廣州，擺脫了盯梢的人後，他半夜砸開了早年在意奧拉尼學校時的同學家，孫中山在這裡聽到了他最好的朋友和同學陸皓東不幸被捕的消息，不禁痛哭失聲。躲藏了三天，等清軍的搜捕和戒備有點鬆懈下來，便化裝成一個商人，與尤列等人搭乘一艘小火輪，離開廣州，經順德又到了香山縣，轉澳門到達香港。
孫先生聽到這幾句話，覺得事情還沒有開始，同志間就發生地位之爭，非常痛心，精神上就受了一個很大的打擊。所以就約了我同鄭士良三個人，開一個會議。鄭士良聽到孫先生說明上面的事情，他就說：“這是不能答應的，我一個人去對付他，我去殺他，非殺他不可。”當時我就說：“這是不對的。殺了他，在香港就出了人命案件，我們還能起事嗎？照我的意思，我們先去省城辦事。辦成功那就沒有問題了；辦不成功，隨便什麼人作總統是沒有關係的。”孫先生就依照我的意思，在當天晚上，再開一次聯席會議，出席的人中還有一個英國人和一個美國人（系化學師），是孫先生由檀香山約來的。在會議席上，孫先生就自己提出來，把總統的名義讓給楊衢雲。
無論如何，孫中山還是以革命利益為重，讓出了“總統”職位，這也是他人生的第一次讓位。其實從實力上看，孫中山也有他的讓位考慮：楊衢雲手握起義運動的經濟大權，他的經費來源主要是黃詠商和余育之兩人所捐，余與黃都是支持楊衢雲的人；相比之下，孫中山等人所得甚少。這樣廣州起義的經費不得不依靠香港楊衢雲方面。另外，楊衢雲不但掌握經費，還負責起義的諸多工作，徵募部隊、密購槍彈等。這也是孫中山不欲與楊起糾紛的原因。
楊衢雲回香港後一直積極作起義準備工作，尋找敢死隊隊員。但就在起義前一天，出了意外。
得到“總統”名義的楊衢雲在香港先組織了一個小分隊，名為“總統衛隊”，衛隊成員與其他領隊待遇一致，此舉導致領隊們心存不滿，認為楊衢雲有失公正——衛隊配備的武器精良，而他們的配備有好有壞，於是要求更換，否則晚上不帶士兵上船。此時，楊衢雲已無時間滿足這些領隊的要求，於是急告廣州方面，要求延期兩天行動。
10月26日，預定的起義日，孫中山接到香港方面無法按時前來的電報。陳少白回憶：
……到初九日（26日），天還沒有亮，我就起來，馬上跑到農學會，等了好久，並沒有消息。綠林首領、軍隊首領、民團首領等都來討口號等命令，而孫先生卻還沒有來。本來香港船在早晨六點就應該攏岸了，我們一直等到8點鐘，才見孫先生行色匆匆地拿了一個電報來，一看是楊衢雲打來的。電報上說：“貨不能來。”我就同先生商量這事怎麼辦呢？我說：“凡事過了期，風聲必然走漏，再要發動一定要失敗的。我們還是把事情壓下去，以後再說吧！”孫先生也以為然。一方面就把領來的錢，發給綠林中人，叫他們回去再聽命令，同時馬上打電報給楊衢雲，叫他“貨不要來，以待後命”。
原來的起義部署被完全打亂，缺乏香港方面的力量，冒險舉兵起義，難以保證起義得到成功；孫中山只好採納暫緩行動的建議，於是黨員急起而消滅種種形跡，毀文籍、藏軍械，以保存力量。同時，打電報給楊衢雲，讓他們暫時不要來廣州。
其實在此之前，起義計劃已遭到告發。而告發之人，正是起義領導人之一朱淇的哥哥朱湘。朱湘是位清末舉人，任廣州西關清平局書記。朱淇是興中會骨幹，為起義起草討滿檄文及安民布告，而起義前兩天，碰巧被哥哥朱湘看到。他唯恐受到牽連，就假借朱淇名義向省河緝捕統帶李家焯告密。李得報後一面派人監視孫中山，一面向兩廣總督譚鍾麟報告。豈料，譚鍾麟並不相信著名醫生孫逸仙會造反，反而哈哈大笑說，“孫乃狂士，好作大言，焉敢造反”，堅決不肯相信。憚於孫中山是位名醫，又是基督徒，李家焯一時也不敢輕舉妄動。
另一邊，楊衢雲在香港的籌備活動也已經暴露。10月27日，巡官斯坦頓獲悉有人雇用約400名戰士，乘“保安”號夜航進入廣州。斯坦頓馬上將情報電報給廣州政府。清總督府接電報，立即組織1500多名清軍進入廣州城內，開始了大搜捕，廣州城內的農學會、王家祠等起義的指揮機關都被清軍查獲。
10月28日凌晨，當“保安”號開抵省河時，清兵已派兵在碼頭守候搜查。船上雖有起義軍400多人，但分裝在7大箱的槍枝和子彈都被別的貨壓在底下，無法取出來武裝自己。邱四和朱貴全等40人被捕，後來的人因偽裝及時，才躲過了抓捕。
這時的廣州當局，一面提審被捕人員，一面繼續搜捕起義者。在搜捕中陸皓東不幸被捕。
陸皓東原本也可以逃脫搜捕，但他擔心雙門底機關的會中名冊被搜去，將會累及許多會員受難，於是他不顧其他人勸阻，冒險前往。名冊燒掉後，他也不幸被捕入獄。南海縣令李徵庸遵照兩廣總督的命令，提訊陸皓東。當李叱令陸跪下時，陸挺立不動，並拒絕供出任何會員。11月7日，陸皓東、邱四、朱貴全3人英勇就義，程奎光受600軍棍的酷刑，傷重而逝，程耀宸也病死在獄中。這5位是最早為中國革命獻身的烈士，孫中山後來在自傳里稱陸皓東“為中國有史以來為共和革命犧牲者之第一人”。
孫中山見城內風頭已緊，立即告陳少白及手下各人迅速離開廣州，擺脫了盯梢的人後，他半夜砸開了早年在意奧拉尼學校時的同學家，孫中山在這裡聽到了他最好的朋友和同學陸皓東不幸被捕的消息，不禁痛哭失聲。躲藏了三天，等清軍的搜捕和戒備有點鬆懈下來，便化裝成一個商人，與尤列等人搭乘一艘小火輪，離開廣州，經順德又到了香山縣，轉澳門到達香港。