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同年4月25日，原中共中央政治局候補委員、從事黨中央情報工作的顧順章在漢口被捕叛變，國民黨反動派有了一舉破壞中共中央的可能。幸而打入國民黨內部的共產黨員錢壯飛及時向中央報告了這一消息，當時中央的主要負責人周恩來得知後，在陳雲等同志的協助下，立即採取緊急措施，才使局勢轉危為安。此後，中央領導機關在上海的處境更加困難，活動範圍被迫大大縮小，連中央政治局和常委會的會議都難以舉行，工作一度陷於停頓狀態。
為了使中共中央領導機關逐步穩定下來，中央決定重建特別工作委員會，於是陳雲、潘漢年、康生被同期調往中央特科。陳雲任特科總負責人，潘漢年是陳雲的助手，任特科二科科長，主要負責搜集情報工作。”
重新調整的中央特科在陳雲的領導下，在潘漢年等同志的協助下，克服各種困難，在白色恐怖日趨嚴重的上海，為保衛黨中央和各級黨組織的安全，打擊敵人的陰謀破壞活動，作出了應有的貢獻。在這期間中央特科主要處理了以下幾件大事：
第一，協助周恩來處理向忠發被捕叛變後中央機關的轉移。
第二，懲處叛徒王世德。此人綽號“老先生”，原是特科三科工作人員，叛變後，泄露了特科工作機密，給黨的特科工作造成困難。後受到特科“紅隊”的懲處。
第三，配合營救國際職工運動領袖牛蘭及夫人。牛蘭是太平洋勞動書記局秘書長，當時他在上海做地下工運工作。1931年6月牛蘭夫婦在上海公共租界被帝國主義無理逮捕，後又交給國民黨反動政府解往南京，關在“模範監獄”。
牛蘭被捕後，中共發動了聲勢浩大的營救活動。在牛蘭解往南京時，上海地下黨組織曾發動數千名群眾赴上海北火車站示威，要求國民黨反動當局釋放他們。1932年3月陳雲兼任中華全國總工會黨團書記，曾召集全總黨團開會，研究營救牛蘭夫婦的問題。中華全國總工會於5月7日發表《反對國民黨政府危害世界職工運動革命家——牛蘭夫婦告全國工友書》;7月9日又通過了《中華全國總工會號召全國赤色工會領導全中國工人階級來援助世界職工運動革命領袖牛蘭之決議》。與此同時，著名愛國人士宋慶齡，各國的著名學者羅曼·羅蘭、愛因斯坦等也都以個人的名義發表聲明，或採取其他方式抗議國民黨政府，要求他們釋放牛蘭夫婦。
當時的營救活動有兩個重要前提：一是要證明牛蘭夫婦是蔣介石指使人抓的;二是要證明牛蘭夫婦還活著。為了搞到這兩個證據，必須獲得牛蘭從獄中寫出的親筆信。這件事交給了中央特科二科，潘漢年通過各種關係，買通了中統特務頭子張沖，獲得了牛蘭的親筆信，為營救工作提供了重要條件。
第四，派遣宗益壽打入敵人內部。宗益壽，江蘇宜興人。1927年曾參與發動宜興農民暴動。暴動失敗後，到上海參加黨的工會工作，改名孟平。後根據臨時中央的決定和特科的安排，在上海報上刊登脫黨啟事，打入敵人內部。宗孟平在敵人內部曾成功地保護了中共被捕的同志。
第五，揭穿國民黨偽造《伍豪等脫離共黨啟事》的真相。此事由中央特科協同黨的上海地下組織付諸實施。當時，採取的主要反擊行動是：
1.在《申報》刊登《伍豪啟事》。《申報》在上海影響大，共產黨和申報館又有一定的關係。1932年2月16日《時報》刊出偽造啟事後，中共黨組織即派人給申報館廣告處送去上海的臨時中央所代寫的《伍豪啟事》，以否定國民黨反動派的偽詞。但申報館廣告處律師看後說：《申報》沒有刊登《伍豪等脫離共黨啟事》，所以不便刊登《伍豪啟事》。
2月20日，《申報》館在國民黨當局的壓力下刊登了偽造啟事。因此，黨又派同志於當日上午到申報館詢問：《申報》已登《伍豪等脫離共黨啟事》，為何不登《伍豪啟事》?申報館答稱：鋪保手續不合，不能刊登《伍豪啟事》。幾經交涉後，終於在申報館總經理史量才、顧問陶行知的支持下，同意用廣告處的名義在報上公開答覆：“伍豪先生鑒：承於本月十八日送來廣告啟事一則。因福昌床公司否認擔保，手續不合，不能刊出。”這是當時在國民黨反動派統治下所能做到的公開否認國民黨反動派的偽造啟事的一種方法。它的作用是;(1)使人得知有兩個伍豪，因為《伍豪等脫離共黨啟事》已在《申報》登出，而又說伍豪有個啟事未能刊出，可見後一個伍豪與前一個伍豪不是一個人;(2)使人得知後一個伍豪的啟事是對著《時報》已登出的伍豪啟事來的。正如陳雲在1972年6月13日指出的：“當時臨時中央設法登了一個小廣告，用報館回答伍豪先生的方式，間接說明伍豪有一個否認並揭穿國民黨造謠的聲明，但因為保人關係，不能登出。用這個小廣告使白區和全黨同志知道國民黨的陰謀，不受其欺騙。”
2.在上海散發了反擊國民黨反動派造謠誣衊的傳單。這一傳單于2月20日由中共江蘇省委宣傳部署名，題為《反對國民黨的無恥造謠》。’傳單指出：“最近在時報、新聞報各反動報紙堆中所登載的伍豪等二百四十三人脫離共產黨的廣告，就是帝國主義走狗國民黨無恥造謠的一例。”“無論這些狗東西怎樣造謠誣衊，並不能動搖共產黨在勞苦群眾中的威信!”