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在潘漢年的正確領導下，上海公安機關和警備部隊密切配合，加強內外偵察，嚴密防範，查明情況，堅決打擊。從1949年5月底至1949年年底的7個月中，上海破獲各類特務案件417起，捕獲特務分子1499名，繳獲敵人電台109部，沉重地打擊了國民黨敵特機關的破壞活動。
解放初期，盜匪活動非常猖獗，殺人越貨無惡不作。據統計，在上海解放後的頭7個月中，共發生強盜案737起，盜竊案11430起，搶劫案530起，僅1949年6月，全市就發生搶劫案190起，其中最多的一天竟發生14起，嚴重地威脅著人民的生命財產安全，威脅著社會的安定。潘漢年多次主持召開會議，研究打擊盜匪的措施，協調公安機關和警備部隊緊密合作，廣泛依靠群眾密切配合。同時，還制訂並貫徹了“鎮壓與寬大相結合”的方針和“首惡必辦，脅從不問，立功受獎”的政策，堅決鎮壓盜匪頭子，並採取了“以盜反盜”、“以案破案”的鬥爭策略，一批批慣盜慣匪紛紛落網。到1949年12月，盜匪搶劫案降到56起，比6月份減少240%，社會秩序逐漸安定。
分化瓦解流氓幫會勢力
舊上海的流氓勢力根深蒂固，盤根錯節，控制著整個上海社會。
對於如何處理上海的流氓幫會勢力，黨中央領導同志十分關切。劉少奇接見潘漢年時就問起過這件事：“上海解放，青洪幫怎麼樣，他們會不會像1927年那樣出來搗亂?”潘漢年回答說：“我和杜月笙的兒子杜維屏有聯繫。去年在香港，我和夏衍同志還見過杜月笙。這次我們離港前，杜月笙曾向我們作了保證，一定要安分守己。我對他們說，只要你們不動，我們對青洪幫上層分子就不動不殺。據我了解，黃金榮那幫人也不會鬧事。”劉少奇聽後，對潘漢年說：“你告訴陳毅等同志，先不要動他們，觀察一個時期再說。”
上海解放前夕，潘漢年就通過關係向黃金榮等傳遞信息，要黃不要跟國民黨逃跑，只要遵守人民政府的一切政策法令，人民政府就不會為難他。解放時，黃金榮聽從了潘的勸告，留在上海，並表示不問外事。但是，他的徒子徒孫在上海仍然不斷地幹壞事。改造舊上海的鬥爭，在很大程度上也涉及到黃金榮這類人。這時，黨內幹部有不同的看法。有人認為，打蛇要打頭，不鎮壓黃金榮，無法鎮壓他的徒子徒孫;也有人認為，國民黨反動派的死硬分子都跑了，杜月笙也跑了，黃金榮能夠留下來還是好的。兩種意見爭論不休。針對這一問題，潘漢年在市府的工作會議上分析說，黃金榮是反動統治時期帝國主義的走狗，他的徒子徒孫在上海乾了許多壞事。但是，上海解放後，他沒有逃走，也就是說他對祖國還有感情，對我們至少不抱有敵意。他聲稱不問外事，那很好，我們不必要把“專政對象”加在他頭上，只要他表示態度就行了。為了更有效地分化瓦解黃金榮等舊上海流氓勢力，同時更好地體現黨的政策，潘漢年會同市軍管會領導經過多次專門研究，考慮到上海青洪幫勢力和黃金榮等人的實際情況，根據黨的政策，決定採取對繼續作惡者從嚴、將功贖罪者從寬的政策，區別對待，以達到更好、更快地瓦解、消滅幫會殘餘勢力的目的。
當時，上海有些市民對人民政府不殺黃金榮，想不通，致書有關部門，要求從嚴懲辦。市軍管會、市人民政府對此作了不少宣傳工作。1950年6月的一天，潘漢年為了了解黃金榮的動態，把杜宣同志找去，讓他去黃金榮家宣布黨的政策，並對黃及其手下的頭目訓示，要黃金榮及其手下老老實實，不准再進行一切不利於人民的活動。1950年底鎮反，市人民政府又派人找黃金榮談話，向他宣布政策不變，但要他寫“悔過書”公開登報，進一步向人民交代，低頭認罪。黃金榮讓人代筆，於1951年5月20日在《文匯報》、《新聞報》上發表了《黃金榮自白書》。潘漢年切實執行了黨的政策，把流氓頭子黃金榮穩住，讓黃約束其徒子徒孫，打擊了流氓犯罪活動，並且使其破壞性降到最低限度，從而確保了上海的穩定。
黃金榮於1953年6月20日去世後，又留下了一些麻煩問題。原來，黃金榮有不少財產，解放後，他的許多金銀珠寶被他的一個兒媳席捲一空帶到香港，剩下的不動產就非常有限了。黃家的收入日見拮据，以至於難以維持日常開支。黃家打算變賣一些不動產，但又不敢貿然提出。後來，求助於章士釗先生。章士釗在1955年1月寫信給陳毅市長，陳述黃家的困難;2月，章又給潘漢年寫信，籲請政府幫助處理黃家的遺產問題。潘漢年接到信後，親自批示處理了這一難題。
對於杜月笙，潘漢年也做了不少工作，花費了許多心力，努力爭取，減少幫會流氓勢力對上海社會治安的滋擾。在解放前夕，潘漢年在香港就和杜月笙父子打招呼，並且得到過杜的保證。上海解放後，潘漢年又把杜月笙留在上海的另一個兒子杜維翰找來談話，告訴他，如果杜月笙回上海，安分守己，我們是歡迎的。杜維翰專程去了一趟香港。不久，杜維翰回上海，告訴潘漢年說：“我爸爸很感激潘副市長。只是他現在病重，離開氧氣瓶不能活，暫時無法回來。不過他向潘副市長保證，他本人在香港決不進行任何反共活動，也決不去台灣。另外，他還表示，一定要關照上海的徒弟們服從政府的法令，安分守己。”以上這些，後來都做到了。杜月笙在香港去世後，杜家要求在上海的報紙上發一個訃告。潘漢年為此請示上級得到批准。杜家的人及其門徒為此深為感動。