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不過在戰鬥的最後，惱羞成怒的叛軍孤注一擲，使用了特殊的生化武器，雖然戰鬥最終結束了，但羅舟和很多士兵都遭受重創。
執政官決定讓這批戰士進入冬眠，並通過機械義肢等新技術修復他們的身體，讓他們在未來的某個時間再度復活。
雖然這次成功瓦解了飛船派的圖謀，但執政官意識到這很可能只是一次試探，真正的飛船派組織隱藏得一定很深，在未來還有可能會捲土重來。所以，他在暗地裡給這批冬眠的戰士一份特殊的使命，就是在自己死後，也能保證星際火種計劃可以順利地推行下去。
第三階段的內容到此為止，這個階段算是劇情前半段的一個小高潮，電影化流程能夠最大限度地激發玩家的情緒，各種大場面的營造讓玩家的腎上腺素激增。在戰鬥中，窮凶極惡的叛軍、隊友負傷、爆炸和混亂的場景，等等這些元素都可以很好地調動玩家的情緒，讓第二階段被壓抑的情緒得以釋放。
第四階段的內容，是羅舟冬眠結束後的劇情。
自從主角冬眠之後已經過去了數十年，等他從冬眠中甦醒過來之後，整個人類世界已經發生了天翻地覆的變化。
在冬眠中心服務人員的引導下，羅舟領到新的防護服，去軍營報導。離開冬眠中心之後羅舟才發現，原來現在人類已經轉入了地底，外面的世界也已經發生了翻天覆地的變化。
原本的執政官已經死去，現在的新任執政官不論是手腕還是能力都要略遜一籌，表面上風平浪靜，實際上高層的局勢已經是亂成一團。
羅舟原本的隊員只有一名跟他一同冬眠、一同甦醒，其他的隊員或者是病死，或者是老死，或者是在和蟲族的戰鬥中死去，都已經離開了人世。
不過羅舟很快就被分配了新的隊員，作為一名曾經立下過不朽功勳的軍士長，羅舟在軍營中受到了極大的尊重。
這方面在遊戲中有非常直觀的提現：軍營中的所有人都對羅舟畢恭畢敬，而且在商人那邊購物也可以享受很不錯的折扣。
而後，羅舟恢復了士兵的身份，再度率領自己的小隊出發前往地表進行探索工作。
回到地表之後，羅舟才發現原本熟悉的場景已經發生了翻天覆地的變化。
一萬多米的行星發動機早已經完全建成，以前還只是一個空架子，現在已經變成了一座碩大的鋼鐵山峰，還在噴射著藍色的粒子尾焰，強烈的光亮讓周圍的區域永遠都是白天。
原本紅褐色的荒原已經變成了白茫茫的雪原，其實嚴格來說那並不是雪，而是二氧化碳在極冷條件下凝結成的乾冰，環境已經陷入絕對的嚴寒。
在行星發動機附近溫度會高很多，如果在行星發動機腳下的話，即使防護服破損或者能源耗盡也不會被凍死，頂多是凍傷，但如果離行星發動機比較遠的話，那麼防護服的恆溫系統失去能源就意味著死路一條。
第四階段的遊戲內容，跟第一階段有些類似，同樣是半開放世界的玩法。
羅舟和自己的小隊在茫茫雪原上執行任務，比如解救被困的運輸車隊、到一些非常偏遠的地方去圍剿殘存的蟲族、在厚厚的冰層下面尋找可以廢物利用的資源，等等。
在行星發動機啟動的過程中，星球的地殼還是發生了一些震動，許多大型礦場坍塌，也有一些蟲族挖掘出來的巢穴發生了塌陷。這些地方還有一些可供利用的資源，但已經很難去搜尋，只有羅舟這樣的小分隊才會去尋找。
通過第一階段和第四階段場景的對比，玩家會產生一種恍如隔世之感。羅舟在執行任務的時候還能依稀認出數十年前跟蟲族戰鬥過的地方，還在某個廢墟下面發現了自己曾經駕駛過的機甲殘骸。但時過境遷，曾經多到讓人噁心的蟲族，現在也只是在苟延殘喘，遇到蟲族的概率下降了很多。
但這也並不意味著蟲族已經毫無威脅，它們反而更加學會了隱藏自己，而且在這數十年的進化中，它們又獲得了一些專門針對人類武器的特長，甚至誕生了很多種新型的蟲族。
相比第一階段而言，雖然第四階段同樣是半開放世界的遊戲玩法，但難度提升了很多。蟲族的實力更強、出現了不少新兵種；玩家在荒野中能夠搜刮到的資源變得更少了；環境更加惡劣，永遠處於溫度極低的狀態，一旦防護服破損或者能源用盡，就可能會有生命危險。
除了蟲族之外，玩家還有可能遭遇叛軍的襲擊，這些叛軍對羅舟都是欲除之而後快，敵人的情況變得更加複雜。
隨著任務線的推進，玩家也慢慢知道了現在的大背景。
為了讓星球獲得足夠的速度，最高執政官決定使用引力彈弓的方針，利用NGC-X-3進行加速。但這毫無疑問是一場豪賭，一旦失敗，星球將會跟NGC-X-3相撞，人類將迎來滅頂之災。
在這種緊要關頭，已經蟄伏數十年的飛船派，再度蠢蠢欲動起來。
之前飛船派搶奪飛船的行動顯然只是一次投機，真正的飛船派首腦潛藏在高層中伺機而動，他們並沒有無所事事，在這數十年中，他們一直在秘密發展飛船派的成員，為接下來的計劃做準備。
至於飛船派的理由也非常充分，他們依舊認為引力彈弓所帶來的風險是完全不可控的，一旦失敗，人類文明將迎來滅頂之災。所以，這些自詡精英的飛船派更加迫切地要奪取星際飛船，立刻逃離這顆星球，延續人類的火種。