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由於地位尊崇，有地可圖，藏僧來內地也絡繹不絕。元朝大德年間，藏地每年平均有千名僧人來內地，其中除一些奉召為帝王宗室做佛事外，不少人是來中原和江南販運貨物求財的。他們往返的巨額費用不僅元政府要“報銷”，連交通工具都是元朝政府全程提供。由於販運貨物數目巨大，每年都累死驛馬無數。為此，元朝的漢臣痛心疾首地講：“佛以清淨為本，而僧徒（包括內地的漢僧）貪慕貨利，一事所需，金帛無算。生民脂膏，縱其所欲。（此輩）又復畜養妻子，行不修法，適足以褻慢天神。比來佛事愈煩，累朝享國不永。”特別可惡的是，不少藏僧身佩金虎圓符，“絡繹道路，騶騎數百，驛舍至不能容。”氣焰囂張之外，還常常霸占民房，逼yín婦女，沒有一點佛家子弟氣象。
可笑的是，元朝統治者，不僅帝王宗室男子受戒，妃主及貴臣妻妾，也常常延詔帝師入家中“受戒”。“其夫自外歸，聞娘子受戒，則閉戶不入。”如此，“受戒”竟成為貴族婦女與番僧yín亂的絕佳藉口，蒙古王公往往戴大綠帽也不悟。八思巴見忽必烈壁畫
“妃王寡居者，間數日，則親自赴堂受戒，往往恣其yín佚，名曰‘大布施’，又曰‘以身布施’”（《糙木子》）。這些大和尚平日酒肉不離口，營養豐富，吃嘛嘛香，身體特棒，自然踴躍興奮地“為yín民服務”，滿足那些寡居久曠的貴族婦女欲求。由此，他們又會得到更多的物質回報。“為其徒者，怙勢恣睢，日新月盛，氣焰薰灼，延於四方，為害不可勝言。”最囂張時，不僅藏僧敢從監獄搶人，連宗王王妃也敢因爭道而拉之下馬，痛打惡罵，膽大包天。“事聞，詔釋不問”。元文宗時，還頒旨令：“凡民毆西僧者，截其手；詈（罵）之者，斷其舌”，對藏僧回護至極。
番僧中最惡者，當屬楊璉真加。忽必烈時代，此人被任命為“江南釋教總統”。這位楊璉真加“怙恩橫肆，勢焰爍人，窮驕極yín，不可具狀”。他最大的“功勞”，是在元世祖默許下，發掘南宋諸帝陵寢。窮刨深掘後，楊璉真加盜盡南宋陵墓內的珍寶，然後把諸帝屍骨混在一起，又雜置牛馬枯骨埋於地下，上築一塔，名曰鎮南塔。而且，密宗習俗，“得帝王骷髏，可以厭勝致富”，所以，南宋諸帝的頭蓋骨，均被楊“總統”挖出鑲金嵌銀當成潔器和酒器。特別是宋理宗屍體，由於傳說中他嘴裡有大粒夜明珠，被楊璉真加派人倒懸於樹上，瀝乾水銀後，遍剖胸腔頭部，探找那隻大珠子。除南宋諸帝陵外，楊“總統”連南宋舊臣的墳墓也不放過，共掘墳一百一十一處，徹頭徹尾一個“掘墳賊”。杭州任上，楊璉真加“受人獻美女寶物無算，且攘奪盜取財物，計金一千七百兩、銀六千八百兩、玉帶九、玉器大小百十有一、雜寶貝五十有二、大珠五十兩、鈔一十一萬六千二百錠、田二萬三千畝，私庇平民不輸公賦者二萬三千戶（賦稅直接交他）……”這些“罪狀”，只是他貪瀆的很小一部分，“他所藏匿未露者不論也”。對此，元廷的處理也只是“籍其妻孥田畝”，抄家了事，沒過多久就把楊璉真加放了。現在，杭州靈隱寺內那些山上不倫不類的石佛像，皆是當年楊“總統”的傑作。
對於宗教，忽必烈其實也是一個徹頭徹尾的實用主義者，只要對他“有用”。信奉什麼都可以，前提是必須為蒙古統治服務。看似開明的宗教政策，實則蘊含勃勃殺機。舉例講，忽必烈對伊斯蘭教大力扶持，但當有基督徒告訴他《可蘭經》中有“盡殺一切多神教徒”時，他登時青筋暴露，馬上找來大都的伊斯蘭教士（蒙語譯為“答失蠻”）詢問此事是否屬實。其中一名教士回答說確實有此類記載。忽必烈冷笑：“真主既然命令爾等盡誅異教徒，奈何爾等現在不立時殺盡他們呢？”此教士傻不拉嘰回答：“時機未至，吾等尚缺盡誅異教徒的手段。”忽必烈大臉一沉，怒叱道：“我倒有此手段！”立命衛士把回話教士的腦袋卸掉。同時，他對回回人割喉殺羊的習俗和其他飲食習俗也十分不滿，表示：“此輩乃我大元奴屬，飲食敢不隨我朝乎！”同時下令，敢有再以斷喉法宰殺羊只的，將被以同種方式處死。
雖如此，由於元朝回回人能經商致富和為蒙古人斂財，仍舊大受信任。特別是阿合馬專政二十年，援引同類，回回人的勢力更是滲透到帝國各個角落。值得注意的是，阿合馬本人似乎並不是虔誠的伊斯蘭教徒。
在宗教方面，忽必烈也擅長在各教之間搞制衡。乃顏叛亂失敗後，望見戰場上狼藉遍地的頂端飾有十字架的乃顏部軍旗，元軍中的伊斯蘭教徒歡呼：“看吧，跟隨這種宗教的人，已經被殲滅了！”忽必烈聞言，坐在大象背上頓發雷霆，發表高論，指出乃顏的失敗，正是他叛逆之行激怒了上帝，所以才遭嚴懲。“上帝”是不能被冤屈的，上帝不會站在乃顏這種謀逆之賊的一邊。所以，每逢復活節等節日，忽必烈總是裝出一臉虔誠，與基督徒們一起舉行宗教儀式，像模像樣，收買人心。從他對馬可·波羅一家的厚待，可以看出忽必烈對基督徒確實有好感。這些人不僅能向他貢獻各種異寶奇珍，又能向他講述各種奇聞佚事和蒙古人未到之地的風土人情。
忽必烈時代，中國的本土宗教道教最為淪落。邱處機死後，全真派隨著教長的死亡一蹶不振。特別是二次佛道大辯論，傾向性明顯的忽必烈徹查道教徒偽造道經之事，並下令當眾剃掉參與辯論的道士頭髮，迫其為僧，狠狠羞辱了這些“仙風道骨”的道徒。當然，道教中的正一道“天師”張可大由於在忽必烈攻南宋鄂州時獻過媚言，說“王爺後二十年當一統天下”，忽必烈記之於心。大元建立後，張可大已死，忽必烈便把其子召至大都封官晉爵，派他主持江南地區的道教事務。所以，忽必烈本人身上“薩滿教”的蒙古人心性十分明顯，對於讖言、巫術、燒骨、施咒等等怪力亂神最感興趣，教門義理倒成為次要。除正一派外，北方的太一道因能為皇帝“祠醮”，也一度大受青睞。總體而言，元代社會中，漢人本土宗教道教頹勢明顯，連遭打擊。且一蹶不振。到了清朝，異族入統中原的帝王們與元帝一樣崇佛，道教更是被排擠得幾無立足之地。
值得一提的是，蒙古人對亞洲特別是中西亞的伊斯蘭化，做出了很大的“貢獻”。以伊兒汗國為例，旭烈兀與其蒙古、突厥上層統治集團曾到處殘殺迫害伊斯蘭教徒。但是，到他曾孫合贊汗統治期間，為了能使寶座穩固，合贊汗下令全體上層蒙古統治集團及軍隊將領、士兵全部皈依伊斯蘭教，由此，波斯大地徹頭徹尾變成了伊斯蘭地區。昔日存在的多種宗教，幾乎全為一種宗教所代替。這種局面，如果不是蒙古人的鐵血政策，單靠宗教本身的力量，不可能如此快地“立竿見影”。在漢地，忽必烈並未被儒臣說動“以夏變夷”，伊兒汗國和金帳汗國蒙古統治者卻被當地征服者同化。同化後，他們靠強力使廣大地區泛伊斯蘭化。世界歷史上最饒有趣味的一個現象是：一個地區一旦伊斯蘭化，就會永遠伊斯蘭化。可悲的是，強力的合贊汗死後，伊兒汗國迅速衰落，軍事帝國的弱點很快把汗國帶入墳墓。而他推行的伊斯蘭化，不過是為他人做嫁衣而已。