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此刻，大勝之後的石田勇次郎同樣很苦悶，失去了衛星不但不能發現解放軍兩大洋艦隊的動向，連和日本本土直接的保密通訊都中斷了，只能通過空中雷射接力連到台北，再用台北和東京之間的海底光纖保持通訊聯絡了。全殲解放軍兩大洋艦隊的構想已經不能如願了，明智之舉應該是回日本組成完整的ＮＭＤ，使解放軍不能再那麼遂意地發射飛彈。他剛提出自己的想法，手下的參謀們卻一至反對，紛紛提議繼續攻擊中國東南沿海地區，逼解放軍艦隊前來決戰。縮回日本當****，太有損海軍的光榮形象了。正在爭吵間，台灣總統謝濁水親自打來了電話道：“支那突然襲擊我澎湖守軍，他們人多勢眾，我軍已快撐不住了，請你部趕快支援。”
石田勇次郎按捺心中的興奮，冷靜地問艦隊氣象官：“我們這裡什麼時候會天晴？”
“至少六天。”氣象官肯定地回答。
“各戰隊作好出擊準備！”石田勇次郎果斷地下達了命令。
解放軍天軍的“北斗”ＧＰＳ剛一恢復以台灣為中心的局部地區的工作，以十幾年時間偵察和鎖定台灣各重要目標的二炮立刻把積存的能量發揮出來，從華東、華中和華南地區幾百個基地第一攻擊波便發射了兩千多枚彈道飛彈和巡航飛彈。攻擊目標涵蓋了台灣的通訊指揮中心、雷達防空系統、飛機場、港口、交通網和經濟目標。 攻擊通訊指揮中心的飛彈有一部分是“神箭”型侵徹戰鬥部彈道飛彈，攻擊的重點除了總統府、“台灣五角大廈”和三軍各總部等外，重中之重便是“衡山指揮所”的“戰時最高指揮中心”。高度神秘的“衡山指揮所”位於台北士林區雞南山被挖空的山體內，耗資十億美元竣工沒幾年的“台灣五角大廈”──國防部和參謀本部大樓──就在附近。“衡山指揮所”範圍內的雞南山地下被挖成三層，建構成相當壯觀的地底隧道，內里錯綜複雜，最遠可直通松山機場和士林官邸──蔣介石生前的住所。除此以外，隧道內還裝有先進的通訊系統，以備戰時，地面交通和通訊被中斷後，地底交通仍可暢通無阻，讓“總統”和各級官員也可以透過高科技通訊器材，密切注視大局發展。由於整個基地占地非常遼闊，常常需要乘車，因而地底隧道的寬度是能容納兩輛軍車並行。在必要的情況下，總統只需三分鐘，便可由東吳大學的地底隧道，回到總統府。“新五角大廈”架有專門的天橋直通“衡山指揮所”，步行也只需六七分鐘。
“神箭”型侵徹戰鬥部彈道飛彈首先在隧道上方和山體通風口處炸開大洞，隨後裝有空氣燃料炸藥彈頭的巡航飛彈再循著開口鑽入，在隧道和山體內部爆炸。引起上百名逃入“衡山指揮所”的幕僚人員缺氧而窒息死亡。謝濁水和少數高級官員因為避在有兩米厚鋼板隔離和獨立通風系統三防深層地下室，僥倖躲過一劫。由於內裝的台灣陸軍“數位化戰場基礎”的ＩＭＳＥ“戰術區域通信系統”與外界“潛龍”光纖系統構通的結口被破壞，“衡山指揮所”實際上已淪為防空洞了。
解放軍二炮也沒放過台北地區的重要的圓山地下要塞，一枚“神箭”從通風口穿透了下層避彈室的天花板，使謝濁水的備胎首先漏了氣──他的副總統當場死亡。二炮還攻擊了台灣ＡＡＯＣ空軍作戰中心──“強網”的中樞神經、海軍大成系統等機密單位。台灣的指揮系統一下子癱瘓了。
台灣的防空系統的感覺神經──“強網”系統──是以空軍規劃的“強網三階段”為主要架構，再逐步整合其他軍種的相關防空系統組成的。台灣島形狀狹長，東西寬１５至１４４公里，南北延伸３９４公里，面積僅為３５７８０平方公里。
從軍事角度分析，台灣島本身幾乎沒有戰略縱深可言，即使是橫亘於大陸與台灣本島之間、被台灣視為台方天然屏障的台灣海峽，最窄處也只有１３５公里，作戰飛機只要幾分鐘就可飛過。因此，建立高效的預警系統，以提高台軍的整體戰鬥能力成為台當局夢寐以求的目標。為節約預警時間，ＡＡＯＣ空軍作戰中心還下設北、中、南三處ＡＡＣ“自動化區域作戰管制中心”──又稱戰管聯隊，來整合中程低空防空飛彈、戰機、防空火炮以及要點防空飛彈等系統，以達到集中管制、統一指揮運用，避免火力重疊。它的作戰指導原則為：早期預警、立即反應、多層攔截、保證摧毀；作戰理念為：先低後高，先點後面，先西後東，陸海並重。
二炮首先端掉南投縣歸仁的固定衛星地面站，斷絕了短時間台軍利用“華衛”系列衛星的可能，李恆的天軍信息戰作戰中心乘機控制了這些衛星。接著二炮又敲掉建在台灣南、北兩處高山上的“鋪路抓”ＡＮ／ＦＰＳ─１１５大型遠程相控陣雷達，使台灣防空部隊一下少了１５分鐘的預警時間。這些美制“鋪路爪”相控陣雷達採用雙面陣天線，由２０００個陣元組成。掃描一次所需時間為６秒種，工作頻率４２０─４５０兆赫，探測距離一般為４８００公里，對高彈道、雷達截面為１０平方米的彈道飛彈的探測距離甚至可達５５５０公里。由於雷達峰值功率５８２。４千瓦，平均功率１４５千瓦，兩個直徑約３０米圓形天線陣彼此成６０度，每個陣面後傾２０度使整個系統極為笨重，全部設備需一棟３２米高的多層建築物才能都裝得下，使解放軍的飛彈想打不中都不可能。