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姚棻撲了個空，令官兵官差將方濟各修道院翻了個底朝天，帶領澳門同知、綠營守備上澳門總督府交涉。總督法利亞對蔡伯多祿躲藏澳門毫不知情，他聲明澳門總督管不了教堂，教堂及神職人員隸屬羅馬教廷。
姚棻在澳門同知衙門住下，指揮官差在澳門挨家逐戶搜捕。孫士毅趕到澳門，得知姚棻已經打草驚蛇，氣得沒話說。因為姚棻是按孫士毅的指令聯繫澳門駐軍聯手拿人。
事已至此，孫士毅只有強逼了，向澳葡當局施加壓力。孫士毅寫了一道撫令，叫通事譯成葡文，然後坐同知衙門召見葡人總督法利亞。
法利亞開始還算恭順，當他接到葡文撫令，火冒三丈。撫令指責澳門葡人區是邪教黑窩，澳葡當局藏垢庇凶。法利亞指著葡文撫令駁斥孫士毅，通事劉南生嚇得不敢傳譯。孫士毅和姚棻從法利亞的表情，知道他說話的大致內容，小小葡夷吏胥在對抗天朝官員令。孫士毅和姚棻輪番拍打驚堂木，厲聲斥責葡夷總督。軍人出身的法利亞用葡語大聲說道：“現在我鄭重宣布，葡萄牙駐澳總督正式向受到支那迫害的天主教徒蔡伯多祿提供政治避難！”
法利亞揚長而去。孫士毅和姚棻氣炸了肺，小小葡夷吏胥竟如此猖狂？孫士毅逼通事譯出葡吏說過的話，劉南生結結巴巴譯出，孫士毅即下撫令：封鎖澳門，斷絕向葡人區供應米油蔬菜。
澳門的葡人、華人以及大清駐澳的官員官兵的供給向來依賴內地。封鎖引起葡人的極大恐慌，他們鋌而走險採取激烈的方式打破封鎖。葡萄牙水手截留了一艘給大清駐軍運送大米的船，並向其他可能載有大米的船隻開火警告，命令他們靠岸檢查。姚棻急忙趕回廣州，向孫士毅稟報危情。
孫士毅宣布解除封鎖，希望澳葡當局感我天朝仁德，交出欽犯蔡伯多祿。孫士毅派藩司陳用敷向澳葡當局交涉，陳用敷的方式與姚棻如出一轍，自恃天朝官員，飭令澳葡小夷交出欽犯蔡伯多祿，“以示臣服天朝，為我天朝良夷”。澳葡當局不吃這一套，拒不交出蔡伯多祿。
從八月案發到十月底，各省督撫紛紛上摺子向乾隆帝稟報清查邪教的赫赫戰果，唯獨廣東連教案主謀蔡伯多祿都沒鎖拿歸案。乾隆把孫士毅等罵個狗血淋頭，孫士毅既驚恐，又惶惑，湖廣督撫審訊義大利教士及接引教民，在奏摺中特別提到意籍教士持澳門海關的路引進廣州，離開十三行持有粵海關監督穆騰額親自簽發的路引。然而，皇上對此事視而不見、一聲不吭，死死揪住廣東督撫不放。
躲在桂越邊境清剿安南流寇的兩廣總督舒常，也受到皇上斥責。
舒常騎馬趕到廣州時，孫士毅已調動撫標二個營、肇慶協和廣州協各一個步兵營、虎門協和順德協各一個水師營，加上原有的二千餘名澳門駐軍共計六千官兵，將澳門葡人區圍個水泄不通。澳門葡人總計不到四千人，葡兵四百多。孫士毅是個文官，對決勝沒有把握。此時，潘振承派信差轉呈荷蘭及法國商人要求出口湖絲的稟帖。孫士毅親自接見荷商法商，說他已批准他們要求購買湖絲的稟求，問他們對即將發生的澳門戰事的看法，荷法商人一致認為，炮戰槍戰打不過葡人，如果是肉搏，中國的兵多，勝負就很難說。
孫士毅焦急萬分地懇請舒制軍調動督標、軍標、提標增援。舒常認為夷務不可繞開理夷官員，上十三行會見潘振承。潘振承介紹情況道：“除英吉利，其他外商在澳門留守人員全部撤離澳門。一旦開火，炮彈沒長眼睛，只要傷到一個英吉利人，英吉利人都有理由幫助葡萄牙人。”
舒常總督兩省軍事，對英吉利戰艦的威力多有耳聞。“英夷為何不走？”舒常不解道。
潘振承也很疑惑。這個謎只有中國的鴉片販知道。英國東印度公司與澳葡達成秘密協議，英國的鴉片船隻可懸掛葡萄牙國旗駛入澳門，交少許稅金便可同中國的走私販交易。
“舒制憲，為拿一個欽犯發動一場戰爭，想必不是皇上所願看到的。更嚴峻的是，倘若英吉利捲入，孰勝孰負，老夫就不好妄斷。老夫恭請制憲大人三思。”
舒常責令孫士毅撤軍。孫士毅人沒抓到，灰溜溜撤軍，弄得好沒面子。於是他下了一道撫諭給澳葡當局，“諒爾等葡夷驚悚喪膽，夜不成寐，遂萌悔過之意，伏乞恭順。天朝向來以德馭民，故撤回天朝雄師，以示天朝恩威。”孫士毅仍沒忘記敦促葡夷交出天朝欽犯蔡伯多祿，“速交出邪教徒蔡伯多祿伏法，以證爾等確已向化，痛改前非，實為良夷”。
澳葡總督法利亞也跟孫巡撫開了個玩笑，寫了一封沒蓋公印的私信給孫士毅：“尊敬的孫士毅巡撫，本督不得不向您通報，受中國當局迫害的虔誠天主教徒蔡伯多祿，已於公元一七八四年十月三十日深夜乘坐里斯本號商船離開澳門，前往大葡帝國在印度的屬地果阿。估計里斯本號已過馬六甲海峽，恭請您向大葡帝國駐果阿總督席爾瓦下達天朝巡撫令，勒令他交出天朝欽犯蔡伯多祿，送往天朝伏法。”
孫士毅來到潘園，遞名剌“拜見”潘啟官，向啟官表示歉意。啟官叫僕役退下，親手斟茶侍奉孫撫台，啟官寬宏大量，令孫士毅放下心來，把澳葡總督法利亞給他的私信給啟官看。
姚棻在澳門同知衙門住下，指揮官差在澳門挨家逐戶搜捕。孫士毅趕到澳門，得知姚棻已經打草驚蛇，氣得沒話說。因為姚棻是按孫士毅的指令聯繫澳門駐軍聯手拿人。
事已至此，孫士毅只有強逼了，向澳葡當局施加壓力。孫士毅寫了一道撫令，叫通事譯成葡文，然後坐同知衙門召見葡人總督法利亞。
法利亞開始還算恭順，當他接到葡文撫令，火冒三丈。撫令指責澳門葡人區是邪教黑窩，澳葡當局藏垢庇凶。法利亞指著葡文撫令駁斥孫士毅，通事劉南生嚇得不敢傳譯。孫士毅和姚棻從法利亞的表情，知道他說話的大致內容，小小葡夷吏胥在對抗天朝官員令。孫士毅和姚棻輪番拍打驚堂木，厲聲斥責葡夷總督。軍人出身的法利亞用葡語大聲說道：“現在我鄭重宣布，葡萄牙駐澳總督正式向受到支那迫害的天主教徒蔡伯多祿提供政治避難！”
法利亞揚長而去。孫士毅和姚棻氣炸了肺，小小葡夷吏胥竟如此猖狂？孫士毅逼通事譯出葡吏說過的話，劉南生結結巴巴譯出，孫士毅即下撫令：封鎖澳門，斷絕向葡人區供應米油蔬菜。
澳門的葡人、華人以及大清駐澳的官員官兵的供給向來依賴內地。封鎖引起葡人的極大恐慌，他們鋌而走險採取激烈的方式打破封鎖。葡萄牙水手截留了一艘給大清駐軍運送大米的船，並向其他可能載有大米的船隻開火警告，命令他們靠岸檢查。姚棻急忙趕回廣州，向孫士毅稟報危情。
孫士毅宣布解除封鎖，希望澳葡當局感我天朝仁德，交出欽犯蔡伯多祿。孫士毅派藩司陳用敷向澳葡當局交涉，陳用敷的方式與姚棻如出一轍，自恃天朝官員，飭令澳葡小夷交出欽犯蔡伯多祿，“以示臣服天朝，為我天朝良夷”。澳葡當局不吃這一套，拒不交出蔡伯多祿。
從八月案發到十月底，各省督撫紛紛上摺子向乾隆帝稟報清查邪教的赫赫戰果，唯獨廣東連教案主謀蔡伯多祿都沒鎖拿歸案。乾隆把孫士毅等罵個狗血淋頭，孫士毅既驚恐，又惶惑，湖廣督撫審訊義大利教士及接引教民，在奏摺中特別提到意籍教士持澳門海關的路引進廣州，離開十三行持有粵海關監督穆騰額親自簽發的路引。然而，皇上對此事視而不見、一聲不吭，死死揪住廣東督撫不放。
躲在桂越邊境清剿安南流寇的兩廣總督舒常，也受到皇上斥責。
舒常騎馬趕到廣州時，孫士毅已調動撫標二個營、肇慶協和廣州協各一個步兵營、虎門協和順德協各一個水師營，加上原有的二千餘名澳門駐軍共計六千官兵，將澳門葡人區圍個水泄不通。澳門葡人總計不到四千人，葡兵四百多。孫士毅是個文官，對決勝沒有把握。此時，潘振承派信差轉呈荷蘭及法國商人要求出口湖絲的稟帖。孫士毅親自接見荷商法商，說他已批准他們要求購買湖絲的稟求，問他們對即將發生的澳門戰事的看法，荷法商人一致認為，炮戰槍戰打不過葡人，如果是肉搏，中國的兵多，勝負就很難說。
孫士毅焦急萬分地懇請舒制軍調動督標、軍標、提標增援。舒常認為夷務不可繞開理夷官員，上十三行會見潘振承。潘振承介紹情況道：“除英吉利，其他外商在澳門留守人員全部撤離澳門。一旦開火，炮彈沒長眼睛，只要傷到一個英吉利人，英吉利人都有理由幫助葡萄牙人。”
舒常總督兩省軍事，對英吉利戰艦的威力多有耳聞。“英夷為何不走？”舒常不解道。
潘振承也很疑惑。這個謎只有中國的鴉片販知道。英國東印度公司與澳葡達成秘密協議，英國的鴉片船隻可懸掛葡萄牙國旗駛入澳門，交少許稅金便可同中國的走私販交易。
“舒制憲，為拿一個欽犯發動一場戰爭，想必不是皇上所願看到的。更嚴峻的是，倘若英吉利捲入，孰勝孰負，老夫就不好妄斷。老夫恭請制憲大人三思。”
舒常責令孫士毅撤軍。孫士毅人沒抓到，灰溜溜撤軍，弄得好沒面子。於是他下了一道撫諭給澳葡當局，“諒爾等葡夷驚悚喪膽，夜不成寐，遂萌悔過之意，伏乞恭順。天朝向來以德馭民，故撤回天朝雄師，以示天朝恩威。”孫士毅仍沒忘記敦促葡夷交出天朝欽犯蔡伯多祿，“速交出邪教徒蔡伯多祿伏法，以證爾等確已向化，痛改前非，實為良夷”。
澳葡總督法利亞也跟孫巡撫開了個玩笑，寫了一封沒蓋公印的私信給孫士毅：“尊敬的孫士毅巡撫，本督不得不向您通報，受中國當局迫害的虔誠天主教徒蔡伯多祿，已於公元一七八四年十月三十日深夜乘坐里斯本號商船離開澳門，前往大葡帝國在印度的屬地果阿。估計里斯本號已過馬六甲海峽，恭請您向大葡帝國駐果阿總督席爾瓦下達天朝巡撫令，勒令他交出天朝欽犯蔡伯多祿，送往天朝伏法。”
孫士毅來到潘園，遞名剌“拜見”潘啟官，向啟官表示歉意。啟官叫僕役退下，親手斟茶侍奉孫撫台，啟官寬宏大量，令孫士毅放下心來，把澳葡總督法利亞給他的私信給啟官看。