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另外，還有一種說法說，不是慈禧而是李蓮英害死了光緒。據《清室外記》記載：“皇帝賓天之情形及其得病之由，外人無由詳知，惟藏於李蓮英輩之心中。關於太后、皇帝同時而崩，北京城中，言人人殊，然欲查其原因，則實毫無線索。但日處憂城之中帝，一旦再操大柄，自為李蓮英輩之不利。可以斷言，當日頤和園中之事，或為太后所不及知者。據當時目擊者論之，此亦情勢所可有。”也就是說慈禧太后的親信太監李蓮英等人，平日裡狗仗主勢，經常中傷和作弄光緒帝。他們怕在西太后死後光緒再操權柄，會不利於他們，所以就先下手為強，在西太后將死之前，先將光緒帝害死。這一說法同時為英國人普蘭德所著的《慈禧外傳》和德齡的所寫的《瀛台泣血記》等書所認同。德齡以親生的經歷認定光緒皇帝就是被李蓮英害死的。她的書中寫道：“李蓮英眼看太后的壽命已經不久，自己的靠山，快要發生問題了，便暗自著急起來。他想與其待光緒掌了權和自己算帳，不如讓自己先下手的好。經過幾度籌思，他的毒計便決定了。“近來奴婢聽許多人說，萬歲爺的身子很不好”……“奴婢願意瞧瞧他看，或者可以使他的身體好起來。”……就在李蓮英說過這一番話的第二天，光緒便好端端地也害起很厲害的病來。……只有光緒自己心裡是明白的，他料定必是給李蓮英在飲食里下了毒，存心要謀殺他。”
光緒死因謎案(2)
此外在溥儀在《我的前半生》一書中又提出了另一種說法，說是袁世凱毒死了光緒皇帝。袁世凱在戊戌變法時辜負了光緒的信任，在關鍵時刻出賣了皇上。袁世凱擔心一旦慈禧死去，光緒重新掌權，自己將死無葬身之地。於是便借進藥的機會，暗中下毒，將光緒毒死。這種說法，在當時宮內太監中間流傳很廣，溥儀在《我的前半生》一書中就記載了這一說法：說“光緒皇帝在死的前一天還是好好的，只是因為用了一劑藥就壞了，後來才知道這劑藥是袁世凱使人送來的。按照常例，皇帝的病，每天太醫開的藥方都要分抄給內務府大臣們每人一份，如果是重病還要給每位軍機大臣一份。據內務府某大臣的一位後人告訴我光緒皇帝死前得的不過是一般的感冒，他看過那些藥方，脈案極為平常，加之有人前一天還看到他和好人一樣站在屋裡說話，所以當人們聽到光緒病重的消息時都很驚異，。更奇怪的是，病重消息傳出不過兩個時辰，就聽說已經“晏駕”了。”由此可見，溥儀認為是袁世凱毒死了光緒帝。
上面的這些說法，都認為光緒帝時被人害死的。因為這一疑案是發生在皇宮內廷，外邊的人就更難以知曉真實的內幕，所以數十年來這一疑案始終懸而不決，眾說紛紜。
二十世紀三十年代，光緒皇帝的陵墓被軍閥炸開，後來有人對光緒皇帝的遺體進行過研究，卻並未發現中毒的成分。由此光緒皇帝的死因變的更加離奇。最近，有人根據宮廷檔案的記載，對光緒皇帝的死因進行了研究。最後竟然驚奇的發現光緒皇帝其實是病死的。他和慈禧太后先後而死，並沒有什麼內幕消息，只不過是歷史的巧合而已。
學者們通過分析檔案館所藏的清宮脈案中光緒皇帝的病案，發現光緒皇帝自幼多病，且有長期遺精病史，身體素質甚差。光緒帝自己所寫的“病原”中也說：“遺精之病將二十年，前數年每月必發十數次，近數年每月不過二、三次，且有無夢不舉即自遺泄之時，冬天較甚。……腿膝足踝永遠發涼……稍感風涼則必頭疼體……其耳鳴腦響亦將近十年。……腰腿肩背沉……此病亦有十二、三年矣”。光緒帝成年以後，依然是經常的生病，據光緒二十五年正月初二日的“脈案”記載：“皇上脈息左寸關沉弦稍數，右寸關沉滑而數，兩尺細弱，沉取尤甚。面色青黃而滯，左鼻孔內腫痛漸消，乾燥稍減，時或涕見黑絲。……進膳不香，消化不快，精神欠佳，肢體倦怠。……下部潮濕寒涼，大便燥結，小水頻數，時或艱嗇不利等症。本由稟賦虛弱，心脾欠虛，肝陰不足，虛火上浮，炎及肺金，木燥風生而動胃火使然。” 光緒三十四年(1908年)三月初九日，御醫曹元恆在《脈案》中寫到：皇上肝腎陰虛，脾陽不足，氣血虧損，病勢十分嚴重。看來光緒皇帝的病並非是一日所得，而是從小就留下了病根子，並逐漸的變得越來越嚴重。據曾經為光緒皇帝看過病的江蘇名醫杜鍾駿說：“我此次進京，滿以為能夠治好皇上的病，博得微名。今天看來，徒勞無益。不求有功，只求不出差錯。” 由此可見，其實醫生們早就料定光緒的病早已是不治之症。 並非是野史上所說的光緒帝平時沒有得病的跡象，突然暴死。按照脈案的記載，光緒皇帝應該是久病而死。
當然，脈案也並不是沒有偽造的可能，不過相對於野史筆記來說，它的可信度應該是更高一些。