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袁崇煥殺掉毛文龍雖然得不償失，但再英明的人也難以避免失誤的。和袁崇煥對明帝國的巨大作用比起來，殺毛文龍的失誤本可以忽略不計。皇帝朱由檢最初也認為此事應該忽略不計，袁崇煥雖然有點過份，但只是方法的失當，動機是好的，袁崇煥還有很多的機會將功補過，更何況毛文龍確有可殺之罪。如果是在漢唐時期，大臣也會認為此事可以忽略不計，可明帝國的大臣卻不這麼認為，如果袁崇煥是一個平庸的人他們也許會這麼認為；但因為袁崇煥超群絕綸，此事就變得關係重大了，甚至關係到帝國的千秋大計。也不知皇帝身邊的官僚使了什麼法術，使朱由檢對殺毛文龍一事突然認真起來，對袁崇煥的態度逐漸向相反的方向轉變。
下面我們推斷一下皇帝和某位大臣的對話：
皇帝：你認為袁崇煥這人怎樣？
大臣：袁崇煥這人能打仗，有能力，人也聰明，就是有點那個？
皇帝：什麼這個那個的，有話直說！
大臣：也沒什麼，不過是恃才傲物看不起人罷了，有才能的人都有這毛病；如果看不起我們到沒什麼，但不能看不起......
皇帝：看不起什麼？你今天怎麼說話吞吞吐吐的？
大臣：皇上恕微臣無罪，微臣方敢直言。
皇帝：恕你無罪。
大臣：但不能看不起皇上。
皇帝：袁崇煥真的連朕也看不起嗎？
大臣：也不過是道聽途說而已，皇上不可當真，但袁崇煥確實對微臣說過皇上不會打仗。
皇帝：他真的這麼說？
大臣：他還說皇太極很會打仗。
皇帝：什麼？！
大臣：聽說他還私下向後金求和，皇上一定知道這事。
皇帝；我不知道，我能作漢奸賣國賊嗎？誰給他這麼大權力？
大臣：皇上別生氣，你的英明誰人不知，哪個不曉。毛文龍就說過皇上是亘古未有的天才軍事家。微臣該死，我怎麼提到他了，袁督師會怪罪我的。
皇帝：袁崇煥算老幾？你憑什麼怕他！
大臣：不只我怕他，滿朝文武都怕他，我們都怕成為第二個毛文龍。長此下去，朝中只有袁崇煥沒有皇上了。
............
經過上述那段對話後，袁崇煥的命運已經註定了，剩下的只是時間問題。
五
自努爾哈赤中炮身死後,皇太極繼承後金汗位。皇太極和乃父一樣英明神武，知道在袁崇煥身上討不到半點便宜，但又不能在沒有簽訂實實在在和平條款的前提下和明政府長期休戰。對於一個新崛起的馬上民族來說，要在一個綜合國力強於自己的競爭對手下生存下去就得不停止地進攻，直到對方被打垮或被迫承認自己的平等地位為止。所以皇太極對明帝國的戰略是"以戰迫和"，在明帝國不再稱女真民族為叛逆和承認後金的獨立國家地位之前，滿洲兵團就得對明帝國保持連續不斷的進攻態勢。既然袁崇煥是後金戰勝中國的最大障礙，那麼就要不惜一切代價除掉他。除掉袁崇煥靠武力是行不通的，因為袁崇煥已被一千次地證明比滿洲人更有戰鬥力；最切實可行的辦法就是行反間計，借敵人之手除掉這個強敵。明政府內戰內行外戰外行，是行使反間計最理想的對手。
皇太極開始有步驟地實施他的反間戰略。
一六三0年，皇太極統率十萬大軍繞過袁崇煥的防區，越過平地松林進入蒙古大草原，從北面威脅長城的重要關隘喜峰口。明帝國的邊防軍除了袁崇煥的遼東兵團外，其他邊防武裝皆不堪一擊，邊防成了一道紙屏，滿洲兵團很輕易地越過長城南下，威脅明帝國的首都北京。明政府宣布國家進入緊急狀態。
袁崇煥得知滿洲兵團威脅首都的消息，即刻親統大軍千里赴援，來到北京城下時已是人困馬乏，但仍不顧疲勞投入戰鬥，向滿洲兵團發起攻擊。滿洲兵團一看到袁崇煥的旗號，膽氣頓時去了一大半，即刻解除對首都的包圍，撤軍五十里立下營寨。
首都劫後餘生，皇帝朱由檢又恢復了自信，親自出城犒勞袁崇煥的大軍。袁崇煥請求讓兵士入城休息，朱由檢竟然拒絕了他；袁崇煥又請求讓兵士象另一支赴援的武裝一樣在外城駐紮，朱由檢依舊拒絕。疲憊不堪的遼東兵團只好在城外無險可守的平曠地帶露營！前面養精蓄銳且占絕對優勢的滿洲兵團則對這支武裝虎視眈眈。
朱由檢的態度使遼東兵團感到自己是一支強盜武裝！
立下太功得不到獎賞反而受到盜賊的待遇，一絲不祥的預感襲上袁崇煥的心頭。
迫在眉睫的危機一消除，京城的達官顯貴不但不感謝使他們轉危為安的袁崇煥，相反還紛紛指責袁崇煥應該承擔讓敵人越過長城威脅首都的責任。在他們眼中，袁崇煥顯然是在縱敵玩寇！
喜峰口是薊州軍區的轄地，袁崇煥指揮不了那裡的部隊，遼東兵團也不能在沒得到皇上命令和對方邀請的情況下進入薊州軍區。按常理滿洲兵從喜峰口入關袁崇煥一點責任也沒有，可朝中的達官顯貴認為他有責任，就一定有責任了。
皇太極一直在密切注視明帝國的動向，散布在京城的間諜帶來了袁崇煥遭非議的消息，實施反間計的條件成熟了。
當天晚上，皇太極偽造了兩封袁崇煥和後金汗國來往的書信，命人射入德勝門和永定門。第二天一大早，太監拾到了這兩封書信，然後交給皇帝朱由檢。朱由檢閱信後大起疑心，儘管兩封信偽造得很拙劣，明眼人一看就知道對方在行反間計。